牛病毒性腹泻病毒牦牛株E0基因生物信息学分析及原核表达与抗原性检测

为研究牦牛BVDV E0蛋白的生物信息学及抗原性, 本研究对本实验室克隆并测序的牦牛病毒性腹泻病毒E0基因进行了生物信息学分析;同时用含有酶切位点、起始密码子、终止密码子的引物重新扩增E0基因, 并连接PMD18-T载体, 经BamHⅠ和HindⅢ双酶切后, 将获得的E0片段克隆至PET-28A原核表达载体, 构建重组质粒并转入JM109.酶切、质粒PCR鉴定正确后转入rosetta(DE3)菌进行诱导表达.经SDS-PAGE检测结果显示目的基因获得了较高的表达, 表达的融合蛋白约33ku, 经western-blotting检测表明目的蛋白具良好的有抗原性.     

独立学院生物信息学课程教学中存在的问题及对策

本文针对目前独立学院生物信息学教学现状,从教学大纲、内容、手段和课程考核等几方面来思考针对学生的培养,重点做到上课生动,提高学生的学习兴趣,加强实践教学环节。     

水稻组蛋白脱乙酰化酶HD2 HDACs蛋白质的生物信息学分析

HD2 HDACs家族成员是植物特异性的组蛋白脱乙酰化酶并参与基因的转录调控.本研究利用生物信息学方法对水稻组蛋白脱乙酰化酶HD2 HDACs家族成员(HDT701、HDT702、HDT2201和HDT2202)的生物学功能进行研究.结果表明,HD2 HDACs家族成员位于不同的染色体上,分布于细胞的不同部位;它们编码的蛋白均含有依赖于cAMP-和cGMP的蛋白激酶、蛋白激酶C、酪蛋白激酶II与酰胺化4个相同的位点;它们均无跨膜区,都为不稳定的亲水性蛋白质,都无信号肽.多序列比对发现粳稻与籼稻HD2 HDACs的同源性非常高;水稻HD2 HDACs蛋白质的结构域比较特殊;这些蛋白可能参与植物的基因复制、信号传导、转录过程和免疫应答等过程.     

生物信息学

生物信息学 (Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ)是一门生物学与信息学交叉而成的年轻学科 ,旨在研究生物系统与生物过程的信息量与信息流 ,以便支持人口与健康、农业生产、创新材料和资源环境等领域的研发计划。其中基因组信息学 (ｇｅｎｏｍｅｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ)、结构生物信息学 (Ｓｔｒｕｃ ｔｕｒａｌＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ)和神经信息学 (Ｎｅｕｒｏｉｎｆｏｒ ｍａｔｉｃｓ)是较热门的分支。生物信息学由数据库、应用软件和因特网三大要素组成。2 0世纪 6 0年代 ,蛋白质氨基酸序列和蛋白质三维晶体结构测定成功后 ,出现存储…     

Internet上的生物信息学资源

生物信息学是 2 1世纪科学与技术领域重点发展的学科之一 .生命科学的所有信息均可由计算机和Internet来进行储存、传输和分析 .Internet能够为我们提供大量的有关生物大分子序列、结构和功能的数据、软件、工具、文章及相关的资源 .对于化学家、物理学家、数学家、医生、生物学家等那些关注生命现象分子机理的科学家 ,生物信息学的网上资源对他们来说是必需的给养和研究手段 .在此 ,我们介绍了一些生物信息学研究的方法 ,并列出了许多相关的网站     

生物信息学中两条DNA序列比对的计数

应用组合数学的技巧研究了两个序列比对的计数问题,根据已知两个长度分别为n、m的DNA序列比对的递归公式,利用发生函数求出了两序列比对数的表达式.     

Tiling Array技术与应用研究进展

Tiling Array实验技术是从传统的微阵列(microarray)基因芯片技术发展而来, 在Tiling Array新技术产生发展的5年间, 它已经成为了全基因组生物信息挖掘的主要工具, 其高密度、高通量的特性使人们可以从全基因组水平考察生命过程和探索生命奥秘. 对Tiling Array技术和应用研究最新进展进行了较为详尽的描述, 其中包括Tiling Array技术概述、Tiling Array应用研究、Tiling Array重要的实验和发现以及对这些发现做出所有可能性的预测和解释. 除此之外, 对Tiling Array表达信号识别算法进行了简明的概述, 并对其中3种具有典型意义的算法给出了评价和比较.     

甲胎蛋白分子演化的生物信息学分析

甲胎蛋白（AFP）是类白蛋白家族成员蛋白之一,在生物个体发育以及肝癌发生发展中起重要作用. 为了研究AFP的系统发生,并以此探讨系统发育与个体发育的关系,运用生物信息学手段,分析了不同物种中类白蛋白家族成员的进化关系,并对各分子的白蛋白结构域进行了进化归类.同时,对不同物种的白蛋白（ALB）和AFP之间包含启动子、抑制子和增强子在内的约14?kb的核苷酸序列进行了比较分析. 研究从系统发育的角度阐释了AFP分子及其基因调控机制的演化方式,为更好的认识AFP在机体生理和病理状态的作用建立了理论分析的基础.     

Linux平台下EST序列分析系统的构建应用实例

利用抑制削减杂交和基因芯片技术获得一批黄孢原毛平革菌特异表达的SET序列,使用Phrap、EMBOSS、B1ast、GENSCAN、MZEF软件,基于Linux操作系统,构建EST序列分析系统,完成了从EST和基因组Blast数据库的构建,载体序列的去除,EST序列的分类和组装,EST序列在基因组上的定位,外显子和内含子的识别以及基因预测,并通过使用perl语言结合bioperl模块写的脚本程序使分析过程自动化,从而可以快速地对大批EST序列进行分析,为克隆相关基因及研究黄孢原毛平革菌功能基因组学提供有用的信息。     

基于NCBI核酸数据库资源的产黄青霉微卫星序列的筛选

利用生物信息学方法在产黄青霉基因组中筛选微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量和丰度进行了研究.利用SSRHunter1.3软件在长度为30 090 464 bp的产黄青霉基因组中共找到163个微卫星序列.其中以两碱基重复类型数目最多,为133个,占重复序列总数目的 81.60%;其次是三碱基重复为29个,占17.79%;最后是四碱基1个,占0.61%.在两碱基重复序列中,AT(44.79%)重复类别最多,其次是AG(23.92%).在三碱基重复序列中,共发现9种重复类别,其中以AAG和ACT重复类型最多,为6个(3.68%),其次是ACC(2.45%),最少的是AGC(0.61%).四碱基重复中,只有1种重复类别,为ATGT(0.61%).同时选取二碱基的重复次数在7以上和三碱基的重复次数在6以上的微卫星序列,利用Primer Premier 5.0软件设计了引物,共得到30对引物.本研究不仅为后续产黄青霉微卫星标记的筛选奠定了基础,也丰富了其基因组学资源,对产黄青霉的种群遗传结构分析、分子标记选育和遗传多样性有重要意义.