基于混合核和加权SVM的microRNA前体识别算法

MicroRNA是一种单链RNA小分子,是由具有发夹结构的、更长的单链RNA前体经加工后生成.相比microRNA序列本身而言,其前体序列和二级结构隐含了更多的可识别特征与信息.因此可利用加权Levenshtein距离,结合其前体序列和二级结构构造一个指数核函数.结合SVM构造识别模型,鉴别真假前体.在用5折叠法得到最佳识别模型后,对人类数据进行测试.实验结果显示,新方法表现出了较好的识别精度,和较高的敏感性与特异性.     

Serum microRNA-155 as a potential biomarker for breast cancer screening

MicroRNAs(miRs) have been shown to be differentially expressed in the serum of cancer patients and controls,and can thus be used as biomarkers for cancer screening.We detected the expression level of miR-155 in the serum of female breast cancer patients and healthy controls to investigate whether serum miR-155 could discriminate patients with early-stage breast cancer.Serum samples were collected from 20 female patients with newly diagnosed breast cancer and 10 healthy controls.Real-time quantitative PCR was used to detect the expression level of miR-155.The expression level of miR-155 was significantly increased in the serum of breast cancer patients compared with in the serum of normal controls.MiR-155 may be useful as a blood-based biomarker for breast cancer screening.     

circRNA研究进展

环形RNA（circular RNAs,circRNAs）是一类通过反向剪接所形成的闭合环状RNA分子,广泛存在于各种生物细胞中,并且具有结构稳定、表达量丰富以及在不同组织及其不同发育阶段具有表达特异性等特征。circRNAs可以作为miRNA海绵调控m iRNA的表达,通过cis或trans调控其母基因的表达,并参与蛋白的翻译。此外,circRNA在神经发育及相关疾病的发生和发展过程中起着重要的调控作用,有望成为疾病诊断的分子标志物。本文就circRNA的分子特征、形成机制、功能、常用的数据库及其与神经系统疾病的关系做一综述。     

血清microRNA在肿瘤诊断和预后评估中的应用

介绍了血清microRNA与肿瘤发生的关系, 并且在此基础上系统介绍了国内外将血清microRNA作为肿瘤标志物的研究进展. 尽管血清microRNA作为肿瘤的分子标志物尚有许多问题要解决, 但目前的研究结果已经证明血清microRNA表达谱的变化与多种肿瘤的发生、发展具有明确的相互关系, 说明血清microRNA可以作为肿瘤临床诊断和预后评估的分子标志物. 而且, 血清microRNA自身的特性也决定了其在应用于肿瘤临床诊断和预后评估时具有创伤小、技术快速、便捷等优点.     

MicroRNA与慢性肾脏病并发动脉粥样硬化相关性与中医药干预研究进展

动脉粥样硬化(As)引起的心血管疾病是慢性肾脏病(CKD)患者主要并发症和主要死亡原因之一。microRNA是一类小的非编码RNA,是参与基因调控网络的重要因子。国内外大量研究表明部分microRNA的异常表达可通过多种机制介导CKD及其心血管并发症如As的病理进程,被确定为CKD As的病理相关因子,应用microRNA作为疾病生物标志物的独特优势和CKD As潜在治疗靶点的作用是现代研究热点。中医认为CKD As病机正虚与邪实夹杂,具有本虚标实的特点,中医药通过调控microRNA干预CKD As符合传统“扶正祛邪”治疗原则与现代中医微观辨证理念,以microRNA为切入点研究中医药防治CKD As的具体机制具有重要意义。本文就国内外microRNA与CKD As病理机制的相关性以及中药复方、中药活性成分调控CKD异常microRNA防治As的作用机制研究进展进行了综述,以期为未来相关研究提供理论参考,以便开发更有效的治疗策略,为临床中医药治疗CKD As提供新的可能途径与干预靶点。     

RACK1依赖的miRNA途径参与调节植物叶绿素的生物合成

为深入探索活化C激酶受体1(receptor of activated C kinase 1,RACK 1)在调节植物microRNA(miRNA)的生物发生,以及其靶基因中的关键作用,对在美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)网站上共享的基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中有关rack1突变体的小RNA序列数据重新进行了系统分析和挖掘,找到了19个新miRNA.通过解析差异miRNA表达,鉴定到了特异调控叶绿素合成相关基因HEMA和HEMC表达的miRNA,为今后深入系统地研究RACK1在调节叶绿体发育和光合作用机理提供了关键的理论依据,也为利用公共数据库挖掘潜在的数据信息提供了基本的研究设想和思路.     

环境污染地区成年男性精子microRNA表达谱的建立

通过收集污染区男性精液标本30份和30份对照地区成年男性的精液标本,提取精子RNA,标记后与miRCU-RYTM LNA Array芯片杂交,分析环境污染与对照地区成年男性精子中miRNA的表达情况。结果表明环境污染与对照地区男性精子共182个miRNA存在表达差异,在环境污染地区73个miRNAs显著上调,109个m...