小鼠腹水瘤巨噬细胞对大肠杆菌O157免疫应答的膜蛋白质组学研究

采用膜亚蛋白质组学方法研究小鼠腹水瘤巨噬细胞Raw 264.7对致病性大肠杆菌O157的免疫应答反应,筛选并鉴定到24个差异表达的膜蛋白质.这些膜蛋白质与细胞免疫、细胞周期、细胞发育、细胞骨架、细胞生长等有关.在蛋白质水平上对巨噬细胞与大肠杆菌间的相互作用关系进行了一些探索性研究,为进一步揭示机体对病原反应的作用机制提供理论基础.     

蛋白质组学核心技术研究进展

人类基因组计划的完成标志着生命科学已进入后基因组时代,蛋白质组学的研究被提升到了前所未有的高度.对蛋白质组学研究中的三大核心技术——双向电泳、生物质谱、生物信息学技术的进展及其应用进行了概述,重点介绍了双向电泳技术和生物质谱技术.     

基于质谱技术的计算蛋白质组学研究

蛋白质组是继人类基因组计划完成之后又一新兴的生命科学研究对象，蛋白质组学研究细胞或组织内所有表达的蛋白质．生物质谱技术已为蛋白质组学研究产生了大规模的质谱数据；而如何从这些数据中提取和发现有关蛋白质组的重要生物学知识为计算蛋白质组学的研究提出了重大需求，如蛋白质鉴定、翻译后修饰、定量分析，以及疾病模式的发现等．本文研究了如何应用计算技术来解决蛋白质组学研究中质谱信息处理的这几个关键问题．     

糖生物学：基因组学和蛋白质组学的延伸

糖生物学是糖的化学和生物学研究相结合产生的一门新兴学科,研究糖 缀合物糖链的结构、生物合成和生物学功能。糖生物学研究在国际上受到高度重视,在即将到来的基因组学时代,糖生物学研究更是被视为揭示生命本质所不可缺少的重要方面。已知糖链在细菌内可修饰调控蛋白质、脂类的结构与功能,在细胞外环境参与免疫应答、感染和癌症等过程中的细胞识别,但对其作用机制还不完全清楚。本文介绍糖生物学的研究动态和发展趋势。     

后基因组学的沉思——评迈克尔·林奇的《基因组架构的起源》

生物学领域的每个人都保持有这样的一种预言:在今后几年内,人们将得到进化生物学中一些重要问题的答案。但是,人们对那些问题究竟是什么却多有歧义。各种"组学"(基因组学、蛋白质组学、转录本组学、代谢本组学乃至表型组学)的热衷者们相信,     

新版“生物信息学工具箱”发布

美国MathWorks公司近日发布了新版的Bioinformatics Toolbox for MATLAB（MATLAB生物信息学工具箱），新版“工具箱”将更好地帮助科学家从事药物、遗传工程、基因组学、蛋白质组学等研究。     

基于可视化图形特征融合的蛋白质组学质谱数据分析

近年来,对蛋白质组学质谱数据进行模式识别成为癌症诊断的一种新方法,由此发现的新生物标记物已经成功用于多种重大疾病的早期预测.这种方法的两个难点是:如何提取能够明显区分不同类别的特征,如何有效处理谱数据中大量的特征.本文提出基于多元图形特征融合的方法对蛋白质组学质谱高维数据进行可视化降维处理.在对质谱数据进行必要的预处理后,选择部分原始特征并将其映射到多元图表示域.通过多层递阶图形特征选择与提取得到最终的多元图癌症诊断模板.采用国际公开卵巢癌高通量数据集进行验证,得到了较好的分类效果.     

基于OFFGEL预分离二维液质联用技术在大鼠海马膜蛋白中的应用

以大鼠海马膜组分为研究对象,以等电聚焦OFFGEL为研究手段,结合反相液相色谱质谱联用技术,考察对酶切肽段的分离富集性能,同时结合DAVID分析工具对分离富集得到的酸性蛋白质进行的GO分析.结果表明,海马膜组分的酶切肽段经过OFFGEL分离后,得到24个不同馏分,每个馏分经过纳流液相色谱-质谱检测,发现有77% 的肽段专属于一个馏分,在酸性范围内的肽段等电点偏差较小,可以达到良好的聚焦效果;酸性蛋白的GO分析结果显示,质膜和物质的跨膜运输所占比例最大.OFFGEL作为一种预分离手段,可以应用于生物样品的大规模蛋白鉴定,在进一步蛋白质层面的生物功能研究中表现出良好的应用前景.     

20℃和25℃条件下秀丽隐杆线虫衰老过程中磷酸化蛋白质组学的研究

衰老过程受到包括温度在内的众多环境因素的影响。蛋白质磷酸化是重要的翻译后修饰,调控多种生命活动,在衰老过程中也起着重要作用。秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans,C.elegans)是经典的衰老研究的模式生物。为了探究蛋白质磷酸化修饰在不同温度下衰老过程中的作用,我们对20℃(常温)和25℃(高温)培养条件下成年时期第1天、第5天、第10天的秀丽隐杆线虫样品进行了磷酸化组学分析工作。我们采用基于DIA的非标定量分析方法,系统地比较了不同样品间的磷酸化组学差异。共9 145条高可信度的磷酸化肽段被鉴定到,对应3 317个磷酸化蛋白质。经过筛选,最终6 624条磷酸化肽段被定量到,其中有1 093条显著变化的磷酸化肽段,来自于858个磷酸化蛋白质,包含1 426个磷酸化位点,通过进一步的生物信息学分析,揭示了衰老过程中的磷酸化变化规律。     

锯缘青蟹感染副溶血弧菌后血淋巴中差异蛋白的初步研究

采用蛋白质组学技术对锯缘青蟹受细菌感染后血淋巴中蛋白表达变化的情况进行初步研究.试验中以未感染锯缘青蟹为对照,用密度为每毫升5.0×107个副溶血弧菌的菌液感染锯缘青蟹,于注射后18 h分别抽取活菌注射组、灭活菌注射组、空白对照组的锯缘青蟹的血淋巴,进行蛋白差异分析.结果发现,与对照相比,锯缘青蟹感染细菌后,血淋巴中出现1条明显差异条带.肽质量指纹图谱及生物信息分析表明,该蛋白为cryptocyanin,是血蓝蛋白基因家族中的重要成员,提示cryptocyanin与免疫反应有关.