一种基于粗糙均方残基的模糊双聚类方法

双聚类作为一种无监督的学习方法,其作用是对基因表达数据进行分析.为了获取较大容量的双聚类簇,弥补传统的双聚类方法在基因表达数据一致波动性方面的不足,引入粗糙集的上、下近似集概念,将粗糙集理论运用到模糊双聚类算法中,将粗糙上、下近似集与加权均方残差相结合,得到新的粗糙均方残基,进而提出一种基于粗糙均方残基的模糊双聚类算法.针对基因表达数据集,首先进行缺失值填补;其次,用非负矩阵分解算法对基因数据集进行降维;最后,计算数据矩阵的粗糙均方残基,结合综合评判度量函数与贴近度原则对矩阵的行列进行删除和添加,得到容量更大的双聚类结果.实验结果表明,该模糊双聚类算法是有效的.     

Progress in crystallization of major histocompatibility complex class I in vertebrates

The major histocompatibility complex(MHC)of proteins that exists in all vertebrates is encoded by a cluster of genes associated with the immune response and related functions.MHC is divided into MHC I,II,and III;MHC I is involved in antigenic presentation,binding T cell receptors,and leading ultimately to specific cellular immune responses.The complicated functions of MHC I are determined by the nature of the complex.The crystal structure of MHC I has been solved for many animals,revealing the relationship between spatial structure and function.MHC I consists of an a heavy chain and a b2m light chain,both ligated non-covalently to a complex when a peptide is bound to the antigenic-binding groove.The a heavy chain is divided into an extracellular domain,a transmembrane domain,and an intracellular domain.The extracellular domain consists of sub-regions a1,a2,and a3.The a1 and a2 together form the antigenic-binding groove and bind antigenic peptides with 8–10 amino acid residues.MHC I can form a stable spatial structure;however,it should be noted that there are differences in the structure of MHC I among animal species,including anchored amino acids in binding peptides,binding sites,molecular distance,crystallization conditions,etc.Here,progress in determination of the crystal structure of human,mouse,chicken,non-human primate,and swine MHC I is described in detail.     

A1nm(m=0,±1,n=3,4,5)团簇的稳定性和芳香性研究

采用密度泛函理论中的B3LYP方法,对铝团簇Alnm(m=0,±1,n=3,4,5)进行了理论研究.经过优化得到其基态构型,讨论了其稳定性.通过核独立化学位移(NICS)和分子轨道(MO)分析,确定Al3的次稳态、Al3-、Al4、Al4-、Al5和Al5+团簇具有芳香性,其余团簇不具有芳香性,芳香性均以π芳香性为主.     

利用ABEEM/MM模型对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象的研究

应用ABEEM／MM浮动电荷模型（原子一键电负性均衡方法融合进分子力场）对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象进行了初步的研究,与经典的力场模型相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理的体现了分子中的电荷分布。相对其他极化力场模型,该模型具有计算量较小的特点。结果表明：我们模型计算的两种二肽分子的构象能和关键二面角结构与从头计算结果符合得很好,优于其他力场模型。     

共振论应用二例

文中以环辛三烯正离子的同芳香性和咪唑与噁唑的碱性为例,讨论了共振论的应用。     

结构与碳负离子的稳定性

碳负离子的稳定性对其形成和反应性有着最直接的影响，因此定性或定量地研究碳负离子的稳定性无论在理论上还是实际上都是有意义的，本文从几个方面定性地讨论了结构与碳负离子稳定性的关系。     

蛋白质结构中氨基酸残基聚集体的识别与分析

在蛋白质结构中，氨基酸残基并不是单独行使其功能．几个残基通常聚集在一起，共同承担生物学角色．本文通过对蛋白质结构内残基的空间分布进行分析，提取出从两个残基到五个残基的组合，并统计出它们出现的频率和频率分布．二元组在维系蛋白质三级结构中起重要作用，而三元组、四元组和五元组与蛋白质的功能有着密切的关系．这些多元组可为蛋白质结构及功能的研究提供必要的信息．     

地方芽孢杆菌A.4041耐高温α—淀粉酶色氨酸残基和巯基的化？…

用Ｎ－溴代琥泊酰亚胺和Ｎ－乙基丁二酰亚胺分别为Ａ．４０４１α－淀娄酶的主要组分α－Ⅲ的色氨酸残基和巯基进行修饰。结果表明，５０％的Ｔｒｐ残基ＮＢＳ修饰，可使酶活力完全丧失，Ｃａ＾２＋和底物可减少修饰酶的失活；加Ｃａ＾２＋或底物后修饰酶的荧光强度较对照修饰酶有显著提高。     

芳香性研究展望

本文综述了芳香性的有关概念，判据及其研究近况。     

几种杂环化合物的芳香性顺序和亲电取代活性

从定性和定量两方面对五元杂环化合物和吡啶芳香性强弱进行了分析论证并排序,对五元杂环和六元杂环吡啶的亲电取代反应的部位及难易原因进行了分析论证并排序。