密度泛函理论与分子力学方法研究沥青质分子间的π-π堆积作用

为准确描述沥青质分子间的π-π堆积作用,采用密度泛函理论(DFT)和分子力学(MM)方法研究π-π堆积的势能面、质心距离(R_e)和相互作用能(ΔE_e)。结果表明,DFT-D、DFT/mGGA、MM以及采用DNP+基组的DFT/GGA方法在描述苯和沥青质的S型、T型和PD型二聚体时均可得到典型的势能面;DFT/mGGA-M06L方法的精确度最高,得到的R_e和ΔE_e与苯的参考值相比,误差均小于4.60%;S型沥青质二聚体的R_e与苯的非常接近,均为0.388 nm,但ΔE_e比苯的大十余倍;T型沥青质二聚体中近距离作用的原子数越多,ΔE_e越大,但近距离作用的原子数只有一个或几个,导致ΔE_e明显小于S型;PD型沥青质二聚体的ΔE_e大于S型,且质心垂直距离(R_v)在约0.35 nm时ΔE_e最大(接近S型的2倍),此时二聚体的片层间距明显小于S型,结构最稳定。     

钯（Ⅱ）混配合物的稳定性和配体堆积作用研究

用ｐＨ电位滴定法测定了三元混配合物把（Ⅱ）／腺苷５’－三磷酸／配体Ａ（Ａ＝１，１０－邻菲淋，２，２’－联吡啶和Ｌ－色氨酸）在４０％（Ｖ／Ｖ）二哑烷－水溶剂中的稳定常数（Ｉ＝０．１，ＫＮＯ３；２５±０．１℃）；比较和讨论了三元混配合物和二元配合物的稳定性差异；用＇ＨＮＭＲ法研究了三元混配合物体系中分子内芳环配体之间的堆积作用，计算得到的堆积度和参与堆积的芳环大小顺序一致。     

双核铜配合物[Cu2（Ophen）2]·2H2O（HOphen=2-羟基-1,10-啉菲咯啉）的水热合成和晶体结构

通过水热合成法制备了带有两个游离水分子的羟基化邻菲咯啉双核铜配合物[Cu2(Ophen)2]·2H2O(HOphen=2-羟基-1,10-啉菲咯啉).通过红外光谱和X射线单晶衍射进行结构表征.结果表明标题化合物属正交晶系,晶胞参数为:a=0.384 2(5) nm, b=1.913(3) nm, c=2.691(3) nm, α＝β＝γ＝90.00°, 晶体的其他参数为:Z=2, V=1.978(4) nm3, Dc=1.344 mg/m3, R1=0.083 9,wR1=0.147 1.该化合物中,配体邻菲咯啉发生了羟基化反应,形成羟基化邻菲咯啉,结构中还含有两个游离水分子.芳环之间的π-π堆积作用、铜-铜之间的弱作用使得该化合物分子形成一维梯形结构.     

受损腺嘌呤与氨基酸残基堆积复合物的ABEEM极化力场

修复酶能特异性识别受损DNA,碱基与氨基酸残基间的堆叠作用是特异性识别的重要因素,遗憾的是目前没有精准的模型进行模拟.本文工作的最大贡献是在ABEEM极化力场基础上添加堆叠作用函数,调节相关π键位点参数,精准模拟受损腺嘌呤与氨基酸残基间的堆积作用.选取4种受损腺嘌呤与4种芳香族氨基酸残基堆积二聚体作为模型分子.以从头算...     

邻菲啰啉合高氯酸根配离子的合成与结构表征

合成了邻菲哕啉合高氯酸根配离子,并用X-射线单晶衍射方法对其进行了晶体结构解析,结果表明,该化合物为三斜晶系,晶胞为P-1,晶胞参数:a=0.73397(11),b=1.3202(2),c=2.2382(3)nm,V=2.0934(5)nm3,Z=4,Mr=460.87,Dc=1.462g/cm3,T=298(2)K,F(000)=952,μ(Mo Kα)=0.091cm-1,R=0.0675和wR=0.1770,化合物分子通过分子间氢键和,π-π堆积作用形成了一维链状结构.