Salinispora arenicola CNP193新颖NRPS基因簇在Streptomycetes coelicolor M512中的异源表达

异源表达海洋专性放线菌salinispora arenicola CNP193新颖NRPS基因簇。PCR扩增基因簇两端各约1 000 bp的片段,融合PCR将两片段融合,同质粒pC AP01双酶切后连接,构建基因簇捕获载体pC AP01-preP KS/NRPS,通过TAR(transformation-associated recombination)克隆技术构建基因簇捕获质粒pC AP01-PKS/NRPS,运用三亲接合转移法将pC AP01-PKS/NRPS转化streptomycetes coelicolor M512。HPLC检测对照菌株和重组菌发酵液乙酸乙酯提取物初步表明基因簇有表达产物产生。为新颖salinispora arenicola CNP193新颖NRPS基因簇的鉴定奠定基础。     

大豆斑疹病菌内切甘露聚糖酶ManA的功能研究

为探析大豆斑疹病菌(Xanthomonas axonopodis pv.glycines,Xag)基因组中唯一注释编码内切甘露聚糖酶(mannan endo-1,4-β-mannosidase,ManA)基因是否参与Xag的内切甘露聚糖酶活性及其他功能,采用同源重组策略创制了Xag的manA基因缺失突变株(ΔmanA)...     

端粒酶抑制剂的作用机理及应用

端粒、端粒酶及其抑制剂研究是分子细胞生物学以及医学的热点之一。笔者在本文中对近年来端粒酶抑制剂的最新研究进展,特别是有关作用机制以及在癌症等疾病治疗中的应用前景,进行了综述和分析。     

地衣芽孢杆菌植酸酶基因的克隆及其在大肠杆菌中的表达

根据已发表的Bacillus licheniformis植酸酶基因DNA序列(13eneBank AF469936),设计并合成了一对引物,应用PCR技术,以地衣芽孢杆菌AB91062的总DNA为模板,扩增出了植酸酶基因phyL的编码区,并将其克隆到pMD18-T载体上,进行了序列测定,测序结果经Genetool序列分析表明该基因编码区长1146bp,编码381个氨基酸,与已发表的Bacillus lichenjformis植酸酶基因序列在核苷酸水平上与所发表的序列有92％的同源性;在氨基酸水平上与已发表的衣芽孢杆菌植酸酶相似性为93％．并将该基因编码区克隆到大肠杆菌表达质粒pHBM625上,并在大肠杆菌中实现了高效表达,表达产物具有正常的生物学活性．     

NaCl胁迫下红砂种子萌动期差异表达基因的转录组分析

【目的】筛选NaCl胁迫下红砂萌发期的差异表达基因,为耐盐碱树种选育提供基因资源。【方法】以前期拟合的萌发阈值浓度(273 mmol/L,记为M)、最适萌发浓度(43 mmol/L,记为L)、蒸馏水(记为C)处理红砂种子,每个处理3次重复,待胚根突破种皮,不超过2 mm时取出,进行转录组测序。【结果】分别在L与C对比组(记为LvsC)、M与C对比组(记为MvsC)、M与L对比组(记为MvsL)中筛选出210、2 273、2 888个差异表达基因,其中LvsC中116个上调表达,94个下调表达; MvsC中1 781个上调表达,492个下调表达; MvsL中2 165个上调表达,723个下调表达; 上调表达基因在KEGG富集中主要集中在核糖体、碳代谢、细胞色素P450代谢、谷胱甘肽代谢等途径,下调表达基因主要富集在蔗糖淀粉代谢、内质网蛋白质加工等过程。【结论】盐胁迫条件下,差异基因诱导相关反应协同发挥作用,最终使胚轴细胞伸长,突破种皮完成萌发。     

不同木质底物诱导下桦剥管菌细胞内差异蛋白质分析

【目的】研究桦剥管菌在不同木质底物诱导下细胞内蛋白的差异表达情况,探讨桦剥管菌降解木材机理。【方法】以白桦、云杉木屑为诱导底物,利用蛋白质组双向电泳技术(2-DE)结合质谱技术(MALDI-TOF/TOF MS),检测桦剥管菌在不同树种木屑诱导下与对照组(未加木屑)相比菌体胞内蛋白质变化情况,对差异蛋白进行生物信息学分析。【结果】在白桦和云杉木屑诱导下,桦剥管菌细胞内蛋白表达发生了明显变化,处理组(添加木屑)共检测到32个细胞内差异表达蛋白点,经质谱检测及数据库检索,成功鉴定17个差异蛋白点,这些蛋白具有转移酶、水解酶、蛋白结合、细胞信号转导等分子功能,涉及分解代谢、有机物质代谢、氮化合物代谢、初级代谢、细胞生物合成和刺激响应过程。【结论】桦剥管菌降解木材是多种蛋白质共同作用的结果,通过调节多种代谢过程中的相关蛋白表达来发挥作用。     

一款基于转录组差异基因表达分析的软件包——findDEG

【目的】随着二代测序技术的不断发展,转录组测序技术在许多物种里已被广泛地应用于基因差异表达分析和基因注释研究。现有的多种基因差异表达分析软件,分析步骤多而且复杂,不同分析方法其结果差别也较大,这给研究者分析实际数据带来了不少困难。为了简化基因差异表达分析的过程,利用现有的软件开发一个集成的软件包。【方法】针对Trinity、TopHat+Cufflinks和HISAT2+StringTie 3种比较成熟的基因差异表达分析流程,考虑研究对象有无参考基因组序列、样本数据是否有重复、单端还是双端测序、不同基因表达量的计算方法以及不同的基因差异表达显著性检验方法等因素,将多种转录组测序数据分析软件整合起来形成一个集成的软件包。【结果】 使用Perl语言开发了一个名为findDEG软件包用于转录组测序数据的基因差异表达分析。软件包共分为3个模块,即Trinity、TopHat+Cufflinks和HISAT2+StringTie模块。Trinity模块提供3种计算转录本表达量方法和4种差异表达基因显著性检验方法,TopHat+Cufflinks模块可供用户选择新版或旧版的Cufflinks分析方案,HISAT2+StringTie模块则只有一种分析方案。该软件包可以自由下载使用,其网址为http://www.bioseqdata.com/findDEG/findDEG.htm。采用新版和旧版的Cufflinks分析方案以及一种Trinity组合方法,分别对小叶杨在正常和干旱胁迫条件下的转录组数据进行了分析。结果两种Cufflinks方法分别识别出了53和33个差异表达基因,其中25个是相同的; Trinity方法识别了高达1 641个差异表达基因,其中与Cufflinks两种方法相同的分别有14和3个。【结论】 新开发的软件包findDEG有十多种基因差异表达分析方案可供选择,采用一键的方式进行数据计算分析,避免了中间环节参数输入和结果利用等操作步骤,使用方便。     

白桦BpTCP7基因启动子的克隆及表达分析

【目的】研究BpTCP7启动子的表达模式,为深入分析BpTCP7基因功能提供一定参考。【方法】克隆了BpTCP7基因上游1 791 bp启动子序列,通过PLACE和Plant CARE网址对顺式作用元件进行分析,然后转入拟南芥,并分析BpTCP7启动子的组织表达特性及盐、旱胁迫应答反应。【结果】BpTCP7启动子序列中含有与细胞周期、开花、叶片发育、激素及胁迫响应等相关的顺式作用元件。该启动子在拟南芥中的表达模式呈现为营养生长阶段和生殖生长阶段均有表达,且在叶片中表达明显,与此同时,BpTCP7启动子在幼嫩、成熟叶片的边缘均有表达。与对照相比,NaCl、PEG胁迫诱导处理后BpTCP7基因表达量有升高的现象。【结论】BpTCP7基因参与白桦的叶片发育、激素应答、胁迫响应(盐、干旱)等生物学过程,对营养、生殖生长阶段各组织器官的发育也有一定的调控作用。     

烟曲霉脂肪酶B在毕赤酵母中的表达及酶学性质研究

从烟曲霉Aspergillus fumigatus GIM3.20中克隆获得了一种脂肪酶B基因(AFLB)。通过序列比对,发现AFLB与南极假丝酵母脂肪酶B(CALB)的氨基酸序列有31%的一致性,两者同属CALB家族脂肪酶；AFLB 含有与家族其他成员类似的保守五肽序列(SWSQG),预测AFLB的催化三联体分别为S233、D318和H361,其中Ser233位于保守五肽序列中；此外AFLB含有一段N-端延长序列(由第1~128位氨基酸组成),是曲霉属脂肪B的特有序列。在毕赤酵母中成功地异源表达了脂肪酶AFLB,并通过亲和层析进行了纯化。SDS电泳结果显示,该酶存在部分高度N-糖基化和部分无糖基化的两种形态,对应分子量分别为45~66kDa和42kDa。酶学性质表征结果显示,重组脂肪酶AFLB最适反应pH 值为7.0,最适反应温度为40℃,并在50℃以下具有较好稳定性,其最适底物为肉豆蔻酸对硝基苯酯。脂肪酶AFLB与CALB有高度亲缘性,具有潜在的工业应用前景。     

Slc24a5在不同毛色绵羊皮肤中的表达和定位研究

为研究阳离子交换体(solute carrier family 24member 5,Slc24a5)在不同毛色绵羊皮肤中的表达情况,探究其与毛色形成之间的关系采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析黑色和白色绵羊皮肤中Slc24a5的相对表达量,并运用Western blot和免疫组织化学方法对不同体色绵羊皮肤中Slc24a5蛋白的表达和定位情况进行分析.结果显示:Slc24a5基因在黑色绵羊皮肤组织中的相对表达量是白色绵羊皮肤组织的20.53倍(P0.01);Western blot印迹结果证实绵羊皮肤组织总蛋白中存在分子量约为51kD的蛋白质条带,且黑色绵羊皮肤平均蛋白表达量显著高于白色绵羊(P0.01).免疫组织化学结果显示,Slc24a5在绵羊皮肤毛囊外根鞘和毛基质处均呈阳性表达,且根据光密度值分析显示,Slc24a5在黑色绵羊中的平均蛋白质表达量显著高于白色绵羊.以上研究结果显示Slc24a5可能与绵羊毛色形成具有一定的相关性.