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121.
122.
基于多级优化的真核生物基因结构预测 总被引:3,自引:2,他引:3
基因结构预测对于发现新基因、了解基因组结构规律具有重要作用, 是各类基因组计划的重要内容. 但对于真核生物, 现有基因预测方法的效果仍不理想. 为探讨多级优化的真核生物基因结构预测方法, 在将复杂的多基因结构预测问题划分为基因级(单外显子基因、多外显子基因)、元件级(外显子、内含子等)和特征级(功能位点信号、密码子使用偏好等)等多个层次上的一系列较简单子问题的基础上, 通过从简单到复杂进行逐级优化的策略, 建立了基因结构预测的多级模型, 设计了基因结构寻优的动态规划算法, 开发了真核生物基因结构预测系统GeneKey(1.0). 用广泛采用的数据集对该系统进行测试的结果表明, GeneKey(1.0)的预测精度在核苷酸、外显子和基因水平上均高于著名系统GENSCAN. GeneKey(1.0)已提供网上服务(http://infosci.hust.edu.cn). 相似文献
123.
红树植物耐盐基因转化烟草及耐盐品系的培育 总被引:8,自引:0,他引:8
从耐盐性强的红树植物白骨壤(Avicennia marina)中分离出的耐盐基因CSRG1, 构建了pGAM189/CSRG1转基因载体. 以烟草嫩叶为外植体, 通过农杆菌介导的叶盘转化法将CSRG1基因及GUS基因, Kmr基因和Hygr基因转入烟草基因组中. 转化50个外植体, 经过50 mg/L潮霉素和150 mg/L卡那霉素抗性筛选共获得了13个稳定抗性株系. 通过PCR扩增检测、Southern blot分析和GUS基因活性检测, 结果表明, 最终获得的11个转基因品系(基因转化频率为22%)中, CSRG1基因整合到烟草的染色体DNA上. Northern blot分析结果表明, CSRG1基因在转基因植株中获得表达. 耐盐性测定和光合速率测定结果表明, 转基因植株在盐分提高到2% NaCl和全海水(盐度为24)配置的MS培养基中, 成活率保持在80%~90%, 株高增长20%~40%, CSRG1基因的表达产物及形成的生理代谢途径确实可使烟草获得较高的耐盐性, 同时这种耐盐性不仅针对钠离子胁迫, 而且对于各种离子的综合盐胁迫都具有耐受性. 相似文献
124.
按大肠杆菌高表达序列设计的入干扰素α—2b基因的化学合成和克隆 总被引:1,自引:0,他引:1
根据大肠杆菌高表达序列重新设计了人干扰素α—2b基因编码区的核苷酸序列,应用化学合成的方法合成了多个互补DNA片段,经互补片段分别退火和连接后,将完整编码区分两段分别克隆于pUC19质粒中,进行DNA序列分析,分别选取序列完全正确的两种克隆片段进行重组,获得了与设计序列完全一致的含有完整编码区的人干扰素α—2b基因。 相似文献
125.
126.
水稻RSSG8基因启动子与GUS融合基因的构建及在烟草中的瞬间表达 总被引:1,自引:0,他引:1
使用染色体步移(Genome walking)法,从籼稻(Oryza sativa subsp.indica)桂朝2号基因组中克隆到长度为471bp的水稻精细胞优势表达基因RSSG8的启动子片段R8PN,并进行了全序列测定和分析.该段序列中含有3个CAAT-box,6个Gobox和多种植物顺式作用元件,但没有发现典型的TATA-box,推测为一种特殊的启动子结构,为了鉴定RSSG8基因的基本启动子元件,将二条长度不同的5’端侧翼区缺失体(分别长471bp,260bp)定向插入载体pBI121中,取代原有的CaMV 35S启动子,构了驱动报告基因GUS的植物表达载体pRGUS1,pRGUS2,通过农杆菌介导的瞬时表达法转化烟草叶片和花粉,快速鉴定启动子片段中起关键作用的区域,结果显示两个缺失片段都能启动GUS的表达,可以初步判定这两个片段具有启动子功能。 相似文献
127.
常规PCR与RACE结合法快速从cDNA文库中克隆基因 总被引:1,自引:0,他引:1
首先根据Fe(Ⅱ)-转运蛋白基因家族的保守区设计同源的常规PCR引物(F1,R1),扩增出490bp的特异片段。然后根据RACE法原理,巧妙地设计3′RACE(F2)和5′RACE(R3)特异性引物,使两者既能分别与文库载体上的筛选扩增引物配对扩增cDNA 3′和5′末端序列,又能使扩增出的3′RACE和5′RACE产物序列有重叠部分;另外设计引物时还兼顾到使F2和R3也能配对,从而能对3′RACE和5′RACE扩增产物进行双特异性引物常规PCR鉴定。该方案不但能够直接根据序列鉴定3′RACE和5′RACE产物是否为同一基因序列,还能快捷地用常规PCR鉴定3′RACE和5′RACE扩增产物是否为特异性扩增,避免了对非特异性扩增产物的克隆测序等繁琐的鉴定过程,优化了基因克隆策略。最后根据拼读出的全长序列设计引物(F4,R4)扩增出完整编码区。应用该方法成功地从小金海棠缺铁处理的根系cDNA文库中克隆了Fe(Ⅱ)-转运蛋白基因的cDNA。说明该方案是一种从cDNA文库中克隆目的基因的快捷优化方法。 相似文献
128.
以中华根瘤菌(Sinorhizobium morelense)SS—ori总DNA为模板,用PCR法扩增D-海因酶基因,分别克隆到5种不同的载体,并转入5种不同的Escherichia coli菌株,获得25株工程菌,进行培养与诱导表达.细胞经超声处理后,通过SDS—PAGE和酶活性两种指标比较表达产物.结果表明,除3株工程菌具有D-海因酶活性外,其它均为无酶活性的不溶性包涵体,包涵体经变性、复性后,可部分获得有活性的D-海因酶,其比活为0.90U/mg,复性率约为20%.此外,对包涵体产生的原因及可能解决办法也进行了讨论. 相似文献
129.
漆酶的分子生物学研究及其应用 总被引:5,自引:0,他引:5
白腐菌所分泌的木质素降解酶主要有3种:木质素过氧化物酶、锰依赖过氧化物酶和漆酶.漆酶是近年来研究较多的一种含铜的多酚氧化酶,在白腐菌中普遍存在,也存在于少数低等真菌和植物中.漆酶多为酸性蛋白,含4个铜离子,形成3个活性区域;表面一些氨基酸被不同程度地糖基化.漆酶可催化的底物迭250种,铜离子结合区域在其催化氧化过程中起决定性作用.运用PCR技术cDNA文库技术,越来越多的漆酶基因被克隆,目前已克隆到的漆酶基因有大约20个.许多来源地基因都是以家族地形式存在于染色体上的.已研究的漆酶基因中都含有10个左右的内含子,这些内含子在活性域位置上有比较高的保守性.一些特珠序列存在与否决定了该酶的表达形式-诱导型或组合型.目前已有部分漆酶基因的异源表达获得成功.本文还介绍了漆酶在环境保护、造纸工业、食品工业等方面的应用.对近年来漆酶的研究进展进行了综述. 相似文献
130.
研究了卵巢癌中高表达的新基因spindlin1的亚细胞定位及其对小鼠NIH3T3细胞生物学行为的影响, 并探讨了人spindlin1基因的生物学功能. 采用脂质体转染法将构建的融合蛋白表达载体pEGFP-N1/ pEGFP-N1-spindlin1瞬时转染COS-7细胞,观察spindlin1基因的亚细胞定位;同时稳定转染NIH3T3细胞,经G418抗性筛选后,用RT-PCR筛选并鉴定表达spindlin1的稳定细胞株;通过细胞增殖活性、流式细胞检测、软琼脂克隆形成、迁移实验及裸鼠成瘤等对转染细胞的生物学行为进行检测. 结果表明,spindlin1定位于胞核;并促进NIH3T3细胞的增殖,使其处于G2/M期的细胞比例显著增加;同时证实过表达spindlin1的NIH3T3细胞不仅具明显的克隆形成及迁移能力,而且能使裸鼠成瘤. 由此我们得出结论:spindlin1基因过表达可促使NIH3T3细胞发生恶性转化,提示spindlin1可能是一种与肿瘤形成相关的原癌基因. 相似文献