Identification of protein superfamily from structurebased sequence motif

The structure-based sequence motif of the distant proteins in evolution, protein tyrosine phosphatases (PTP) Ⅰ and Ⅱ superfamilies, as an example, has been defined by the structural comparison, structure-based sequence alignment and analyses on substitution patterns of residues in common sequence conserved regions. And the phosphatases Ⅰ and Ⅱ can be correctly identified together by the structure-based PTP sequence motif from SWISS-PROT and TrEBML databases. The results show that the correct rates of identification are over 98%. This is the first time to identify PTP Ⅰ and Ⅱ together by this motif.     

贡布里希对原始主义的描述

2001年11月著名艺术史学家贡布里希在英国逝世,2002年贡氏遗作《对原始性的偏爱》出版,也成为其艺术史研究的盖棺定论之作。在这本书中,贡布里希通过对儿童及未受正规学院教育学生绘画的研究,总结了一种可称作＂原始的＂艺术图式,其特征可归纳为两点,即＂最低限度模式＂及＂基线模式＂。通过对它们的研究,为之后研究贡布里希对现代艺术的否定态度提供了最基础的依据。     

全α类蛋白质超家族保守模体特征的分析

选取了全α类中序列一致性小于等于40%和25%的四个有代表性的超家族,并从中提取序列模体和结构模体,分析了其结构和功能特征的差异. 结果表明,细胞色素C超家族和EF手超家族中已知功能的模体类型相对单一,而类同源域超家族和翼螺旋DNA结合域超家族中序列模体类型较多,但是主要以HTH和wHTH两种结构模体为主. 进一步对模体的相对位置进行统计分析和比较,发现无论是已知功能的模体还是基于统计学方法识别的模体,它们相对于序列N端和C端的分布均呈现一定的规律性. 这些特征和规律将对蛋白质超家族的识别以及结构域的研究提供有力的帮助.     

苦含情,遣谁听?夏洛蒂·勃朗特与《维莱特》

文章探讨了夏洛蒂的创作原动力及在其小说<维莱特>中企图传达的个人情感,表明夏洛蒂@勃朗特的生活经历本质上就是其小说叙述的源泉,<维莱特>具有强烈的自传色彩.     

论无标度网的增长和择优

增长和择优机制是无标度网络中两种重要的演化机制,已发现比较重要的择优机制有度择优和秩次择优,比较重要的增长方式有星形图增长和完全图增长.该文首先分析了秩次择优机制对网络度指数的影响,指出可以利用秩次择优来构造度指数在较大范围内变化的模型. 接下来分析了星形图增长和完全图增长的优缺点,并提出了更符合实际情况的模体增长方式,然后结合秩次择优机制和模体增长方式提出了一个新模型——模体增长秩次择优模型,该模型除了具有较宽的度指数范围外,还在度指数大于2.5时具有独立于网络规模的群集系数.     

Protein folds: molecular systematics in three dimensions

Advances in methods of structure determination have led to the accumulation of large amounts of protein structural data. Some 500 distinct protein folds have now been characterized, representing one-third of all globular folds that exist. The range of known structural types and the relatively large fraction of the protein universe that has already been sampled have greatly facilitated the discovery of some unifying principles governing protein structure and evolutionary relationships. These include a highly skewed distribution of topological arrangements of secondary-structure elements that favors a few very common connectivities and a highly skewed distribution in the capacity of folds to accommodate unrelated sequences. These and other observations suggest that the number of folds is far fewer than the number of genes, and that the fold universe is dominated by a small number of giant attractors that accommodate large numbers of unrelated sequences. Thus all basic protein folds will likely be determined in the near future, laying the foundation for a comprehensive understanding of the biochemical and cellular functions of whole organisms.     

脑表达的X连锁基因的克隆、染色体定位和初步功能研究

通过筛选人18周胎脑cDNA文库,得到一条与Bexl和Bex2在高度同源性的基因,经HUGO／GDB人类基因命名委员会的同意命名为BEX1,Northern杂交发现该基因在脑和胰腺中高表达,在心脏,胎盘,肝脏和肾脏中有较低表达,而在脑和骨骼肌中没有表达,用斯坦福大学G3辐射杂交系将BEX1定位于Xq22上的Marker DXS990和DXS 1059之间,以BEX1作为杂交探针小对小鼠的原位杂交中发现BEX1的小鼠同源基因在小鼠的生精小管中有表达,而在间质组织中没有表达,在成年小鼠（出生10周）中BEX1同源基因在生精小管的外周细胞中表达,在中层细胞（包括次级精母细胞和精子细胞）和内层细胞（主要由精子组成）中没有表达,而在6周的处于青春期的小鼠中,BEX1的同源基因在整个生精小管中都有表达,但外层细胞的表达比中层和内层细胞的表达要高得多,而在3周的幼年小鼠中,BEX1的同源基因仅有微量表达,所以BEX1在小鼠中的同源基因在青春期表达上升,生精小管成熟后表达维持在一定的水平,这提示BEX1基因可能参与精子发生及生精小管发育的过程。     

人类基因组中L1元件及其5＇UTR的研究

讨论了L1在人类染色体中的分布密度与染色体长度以及L1的密度与基因密度之间的关系．发现在大多数染色体上L1的密度和染色体的长度表现为正相关，而L1的密度和染色体中基因的密度表现为负相关；对人类L1的5’UTR进行了详细的研究后，发现在L1元件的5’UTR部分含有许多转录因子结合位点．对基因的转录起始位点上游进行统计分析，发现其中含有大量的L1序列．通过对人类的EST数据库进行BLAST分析，新发现了51条和人类L15’UTR相似性较高的EST片断，根据它们分布的组织特异性，说明L1元件可能调控与发育过程有关的基因的表达；最后应用多样性增量的方法对人类和大鼠的L1 5＇UTR进行了区分，得到了较好的预测结果，说明大部分L1的5’UTR的调控作用是人类特有的．     

人类锌指蛋白新基因ZNF641的克隆及表达

从人类心脏cDNA文库中分离并鉴定了一个新的人类锌指基因ZNF641,该基因的cDNA序列全长4．9kb,编码一个含438个氨基酸的蛋白质,从进化上看,该蛋白质在从小鼠到人的脊椎动物中都高度保守．Northern Blot分析显示：ZNF641在人类的多数组织中都有表达,尤其是在骨骼肌中有较高水平的表达．而亚细胞定位则显示ZNF641在细胞核及细胞质中均有定位．     

国家关键交通网络的基元结构与系综特征

基于复杂网络模体和超家族辨识方法,辨析国家关键交通网络的基元结构特性和系综特征.研究表明交通网络模体应表述为受到成本、技术和空间约束下,适应网络功能设计和建设,预先明确的、非随机的特定结构形式.阐述了交通地理网和服务网的4节点子图浓度分布的异同,进一步基于4节点子图比剖面阐明了关键交通网络的家族分类和属性特征.