一种基于密码子使用偏性的检测型基因芯片设计方法

首先预测特定蛋白密码子使用概率表，以确定序列中各氨基酸的编码密码子，这样可以将芯片表面探针的数量减少为原来的4．47％，然后进一步考虑密码子在编码时的C－G选择性分离原则，G－T配对原则，以进一步将芯片表面探针的数量减少至4．25％，在对探针特异性要求不高的情况下，可以采用最优密码子使用概率表，以求最大限度的降低探针的数目，这样芯片表面探针的数量可减少到原来的0．20％，通过上述方法，可以显著提高单位芯片面积的信息检测量。     

不拘一格招才引智谋发展

安徽海聚信息科技有限公司由几位海归博士创立,致力于智能交通(ITS)、物联网(IOT)及卫星通讯等领域核心技术产品研发。在经受了创业起始阶段的阵痛后,公司逐步从研发阶段迈向产业化阶段,开发出的北斗/GPS车载终端、卫星定位行驶记录仪等与卫星应用相关的综合信息服务产品被成功应用于智能交通、物联网等行业领域。2012年,公司实现销售收入3300     

基于叶绿体基因组序列对50种菊科植物亲缘关系分析

菊科为双子叶植物纲的第一大科,其科内等级划分和系统学研究存在巨大挑战.叶绿体基因组具有高度的保守性和较慢的进化速率,其在植物系统发育和物种进化研究中应用广泛.对菊科20个属50种植物叶绿体基因组序列进行亲缘关系分析,基于叶绿体基因组编码序列(coding sequence,CDS)、rbcL基因序列、rbcL+matK...     

古菌起始密码子上游AUG和UAA三联体的频率分布

分析了三联体AUG和UAA(包括UAG和UGA)在古菌基因组起始密码子上游序列的三个阅读框中的频率分布.在阅读框1,三联体AUG在起始密码子上游有非常明显的缺失.与AUG的缺失相反,三联体UAA的频率在起始密码子上游显著增加.与细菌和真核生物基因组比较发现,古菌基因组的上述特征与细菌十分相似.在古菌基因组起始密码子上游序列中,三联体AUG的缺失和UAA频率的增加可以有效地避免古菌基因被错误的翻译起始,提高翻译效率.     

马歇尔·W·尼伦伯格(1927-2010)

今年1月15日,曾破译生命遗传密码的生物学家马歇尔·W·尼伦伯格(Marshall W.Nirenberg)--曾因该成就获得过诺贝尔奖--因癌症在纽约曼哈顿区的家中去世,享年82岁.     

离散系统起始状态分解及其响应可分性的证明

推导了模型为     

三维空间中基于修正逻辑的快速航迹起始算法

经典的逻辑航迹起始算法已得到广泛的应用,但目前的研究仅限于在二维空间中使用该方法,并且在密集杂波环境中很难有效的起始目标航迹.为此根据目标的运动特性提出了一种三维空间中基于修正逻辑的航迹起始算法,其基本思想是,首先在三维空间中选择两个投影面,然后在两个投影面分别使用基于修正逻辑的航迹起始算法起始航迹,最后将两个投影面上起始的航迹进行比较,进而确定三维空间中的目标航迹.仿真结果表明了这种算法在三维空间杂波环境中快速起始航迹中的有效性及优越性.     

松材线虫与拟松材线虫hsp70和hsp90基因结构特征及其分子进化

转录组的多态性是探讨物种多样性与分子进化的重要方面。笔者选取物种间保守性较高的HSP70、HSP90蛋白作为研究对象,探讨二者在松材线虫和拟松材线虫基因组中的结构差异,探明他们在松材线虫和拟松材线虫中的特点,并试图揭示两种线虫的系统发育关系。结果表明二者内含子具有丰富的多态性,内含子中的G+C含量也显著不同。核酸序列gABG和gmc2分别编码松材线虫和拟松材线虫HSP70的642个氨基酸,相似性高达99%,仅存在9个氨基酸的差异,并且这种差异是由13个碱基的多态性造成的。gABO和gmc19分别编码松材线虫和拟松材线虫的HSP90,其氨基酸序列相似性为92%。对同义密码子的偏好性分析表明,17种氨基酸对应的58个密码子中,gABG和gmc2存在10个密码子差异,gABO和gmc19存在5个密码子差异。采用邻接法分别构建的系统进化树表明松材线虫与拟松材线虫hsp70和hsp90在系统发育关系上最为接近,并与其他线性动物门物种高度同源。     

不同坡面单元人工降雨产流试验与分析

土壤前期含水率、坡度、雨强和植被是降雨产流过程的重要影响因子.目前,利用人工降雨产流试验对降雨产流机制的研究主要集中在黄土高原干旱地区和南方湿润地区,关注华北平原地区的较少,为探究不同因素对华北地区降雨产流过程的影响,利用河北工程大学临洺关校区人工模拟降雨试验平台,分析了不同降雨情景下地表径流产流响应的差异性.结果 表明:产流起始时间随土壤前期含水率、坡度和雨强的增大而减小,且受土壤前期含水率的影响更显著,产流量随时间变化呈现先增加后平稳的趋势;裸地坡产流起始时间小于自然草地,在起始产流至达到稳定临界点的时段内,裸地和草地坡产流量与产流历时呈现对数关系;累积产流量与降雨历时呈线性函数分布,拟合优度均在0.9以上.相较植被和坡度而言,土壤前期含水率和雨强是影响试验单元产流最重要的两大因素.通过上述不同情景、不同因素的试验差异分析研究,以期为构建适用于华北平原的产汇流模式提供理论依据和数据支撑.     

天山雪莲叶绿体基因组密码子偏好性分析

分析天山雪莲叶绿体(cp)基因组密码子使用偏倚的一般模式和影响因素,为提高转基因植物外源基因的表达效率以及了解药用植物雪莲的基因功能研究提供了理论基础。利用生物信息学方法从雪莲叶绿体基因组中筛选出50条长度大于300 bp且以ATG为起始的蛋白编码基因为对象,找出导致密码子偏倚的影响因素。结果表明：第三位的GC平均含量为27.70%,有效密码子数(ENC)变化范围35.59～57.43之间;同义密码子相对使用度(RSCU)>1的密码子有30个,其中29个以A/U结尾;中性绘图显示GC₃和GC₁₂的相关系数为0.062,相关性不显著,回归曲线斜率为0.094 6;ENC-plot分析显示ENC比值位于-0.1～0.1区间的基因有37个,大部分基因沿抛物线轨迹分布,但也有几个低ENC的基因分布于曲线下方;奇偶偏好图(PR2-plot)分析显示,第3个碱基的密码子使用不平衡;对应分析结果表明,第1轴贡献率为17.61%,第2、3、4轴贡献率分别为11.59%、7.97%和5.8%,且第1轴与密码子适应指数(CAI)、密码子偏爱指数(CBI)呈...