PCR产物溶剂的选择对杂交信号的影响

在基因芯片技术中,提高杂交信号有利于增加基因表达变化比值的可信度.通过研究不同溶剂来溶解PCR产物后,点样对杂交信号的影响,使基因芯片的技术环节得到优化.     

开花生理及其基因和基因芯片的设计研究

选择矮牵牛为开花生理的实验材料 ,研究了开花过程中的生理指标变化 ;对花色基因序列进行比较 ,分析开花的基因蛋白 ,设计了低密度和高密度开花基因芯片的探针 ,并将基因芯片应用于基因表达研究中。把矮牵牛开花过程分为 5个时期 :未出现花芽 (第一期 )、出现花芽 (第二期 )、出现花蕾 (第三期 )、刚刚开花 (第四期 )和花盛期 (第五期 )。选择了 3种颜色的矮牵牛 :粉红色、杂色和红色。在刚刚出现花芽的第二期时 ,3种花的核酸含量明显升高 ,粉红色花在刚刚开花的第四期又出现一个核酸含量的高峰。红色花和杂色花中ＤＮａｓｅ比活力呈下降趋…     

线性判别分析和降维方法应用于基因芯片数据分析

主要采用偏最小二乘法和线性判别分析(LDA)有监督分类的方法来对基因芯片(微阵列)数据进行分析.PCA,PLS是一种提取海量数据有效特征的有效方法,而且可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果.比较PCA降维和PLS降维对LDA统计判别分类的效果.得出的结论可为工业应用提供科学依据.     

专家系统在基因芯片疾病诊断系统中的应用

基因芯片疾病诊断系统在医疗卫生、生物医学工程、生命科学研究等领域有着广阔的应用前景。对专家系统在基因芯片疾病诊断系统中的应用进行了初步的探讨,提出了一种用于基因芯片疾病诊断的基于产生式规则的专家系统框架,实现了利用基因芯片对特定疾病诊断的功能要求。     

基于基因芯片的水稻胚乳发育相关基因生物信息学分析

水稻(Oryza sativa L.)胚乳的发育状况直接影响着水稻的产量和品质,而胚乳发育过程中复杂的分子机制尚不明确.为揭示水稻胚乳发育过程基因的表达模式,挖掘胚乳发育过程不同时期可能的关键基因,以水稻日本晴开花后(0day after flower,0DAF)籽粒中的子房和开花后第3天、第9天、第16天(3DAF、9DAF、16DAF)籽粒中的胚乳细胞基因芯片表达谱数据为研究对象,筛选并分析了不同时期表达量存在显著差异的基因.结果表明:同处于乳熟期的胚乳细胞(开花后第3天和第9天)基因表达模式最相似,间隔的天数越多,基因表达模式的差异程度越大;开花后第0～3天胚乳细胞消耗大量的能量,且在第3天达到峰值;胚乳中营养物质的积累从开花后第3天开始,第9天时积累最盛,到第16天时物质积累基本完成.加权基因共表达网络分析(WGCNA)发现,不同时期可能的关键基因具有不同的功能,涉及的生物过程包括叶绿素合成、活性氧清除、激素调控和脂质代谢.旨在揭示水稻籽粒开花时到胚乳大体完成增长时胚乳发育相关基因的表达模式,为培育产量高、品质优的水稻品种奠定分子基础.     

利用基因表达谱芯片研究东方田鼠和小鼠感染日本血吸虫前后基因的差异性表达

利用大、小鼠基因表达谱芯片分别研究了Balb/c小鼠感染日本血吸虫7d时肺组织、东方田鼠感染日本血吸虫7d时肺组织、12d时的肺和肝组织基因差异表达方式.结果表明,小鼠感染日本血吸虫7d时肺丝氨酸蛋白酶抑制剂(Serine protease inhibitor) 基因表达上调,同时没有免疫相关基因的表达变化;与之相反,东方田鼠感染日本血吸虫7d 时肺丝氨酸蛋白酶抑制剂基因没有表达变化,非特异性免疫相关基因,如溶菌酶(Lysozym e) 和各类组织蛋白酶(Cathepsin)基因表达上调,而且肺内特异性免疫相关基因如CD74、MHC Ⅱ和MHC Ⅰ等表达上调.这一现象得到东方田鼠感染日本血吸虫12d时肺和肝中特异性免疫和非特异性免疫相关基因的上调表达的进一步证实.而且,东方田鼠感染日本血吸虫12d时肺中丝氨酸蛋白酶抑制剂基因表达下调,肝组织中胰岛素样生长因子-1(Insulin-like growth factor 1,IGF 1)基因表达下调.提示日本血吸虫适宜性宿主小鼠和非适宜性宿主东方田鼠感染日本血吸虫前后两者有相反的基因表达方式.东方田鼠抗日本血吸虫机制可能包括免疫防御机制和阻止虫体获得宿主源促生长发育物质机制.     

以新一代高效基因芯片辅助培育抗病、耐冷优良水稻品种

稻瘟病是最具毁灭性的水稻病害,大多数抗病品种推广应用1～3年后即丧失其稻瘟病抗性,提高水稻品种稻瘟病抗性、延长抗性寿命已成为水稻改良中急需解决的问题。另外,发生在2～4月间的低温常导致我国南方早稻烂秧率30％～40％,重者可达60％～70％,这是我国南方早造常规籼稻和杂交籼稻减产的主要因素之一。     

人E-钙粘素融合蛋白基质激活脐带间充质干细胞EGF受体及其功能的研究

上皮细胞钙粘素(E-cadherin)介导细胞间粘附连接,通过多级信号转导调控细胞粘附、增殖、迁移等多种细胞行为.本实验室前期研究中成功构建了基于E-cadherin胞外域的E-cad-Fc融合蛋白作为人间充质干细胞(hMSCs)的培养基质,其能够激活上皮细胞生长因子受体(Epidermal growth factor receptor,EGFR)信号通路,促进hMSCs增殖,但目前为止尚不明确E-cad-Fc基质能否替代EGF在hMSCs培养过程中发挥特异性功能.因此,本研究首先利用基因芯片技术分析了E-cad-Fc对EGF相关信号通路的影响,并筛选出显著差异表达的基因.利用western blot评价了E-cad-Fc和EGF在短时间内对hMSCs中EGFR的激活,并初步评价了两者对hMSCs定向诱导分化的影响.研究结果表明,E-cad-Fc基质可替代EGF持续性激活EGFR的磷酸化,并在定向诱导分化过程中促进hMSCs的转胚层进程.该研究为探讨钙粘素基质对hMSCs细胞行为的调控作用及其信号转导机制奠定了基础.     

基于回归分析的基因芯片图像倾斜校正方法

基因芯片图像的倾斜校正对图像分析有着重要意义。利用投影信号对图像进行行列分割,对仅包括单行（列）样点的子图像运用回归分析完成初步倾斜校正,利用样点的质心进行直线拟合,完成精确校正。实验表明,对基因芯片图像的倾斜校正有很高的准确性,且算法简单易行。