An efficient way of finding good indel seeds for local homology search

Designing good or optimal seeds is a key factor for local homology search in bioinformatics. Continuous seeds have existed for nearly 20 years used by BLAST series programs. Recently, spaced seeds, which were introduced by PattenHunter program, were shown to be more sensitive and faster than continuous seeds under the same similarity level. However, there are 2 main disadvantages for space seeds： （i） It assumes that only matches and mismatches occur within seed alignments, but not insertions and deletions （indels）; （ii） calculating optimal spaced seeds is an NP-hard problem. Introduction for indel seeds solved the first problem, but the second is getting much harder because of its higher exponential level. In this paper, we introduce an efficient way of designing good （even optimal） indel seeds under ＂indel overlap complexity＂ model, and it can be calculated in polynomial time. We calculate indel seeds from weight of 11 to 15. The result shows that indel seeds have higher sensitivities than spaced ones and our algorithm finds good indel seeds very quickly.     

规则计算——探索复杂性的有力模式

自然界中存在着许许多多的复杂系统，这些系统的每一部分的结构可以非常简单，但由于各部分之间存在一定的耦合，最终表现出系统的整体性态极其复杂．基于规则计算的元胞自动机为模拟自然现象和生命现象提供了新的思路和方法，成为探索复杂系统的一种有力模式论文介绍了规则计算的产生和发展，着重阐述了规则计算的本质，并对自下而上的基于规则的建模方法中存在的一些问题进行了总结与展望．     

高校房产管理复杂性及其原因探析

高校房产管理制度与我国经济制度密切相关.伴随着经济制度的调整和发展,高校房产管理制度具有一定的复杂性.探讨其历史成因,分析其利弊,对于调整和完善我国高校房产管理制度不但在理论上有必要,对实践也具有指导意义.     

灾害研究与复杂性科学

讨论了四个问题:灾害研究属于复杂性科学,深化灾害系统论,灾害系统的复杂性,灾害系统中自组织与他组织的关系。     

应用相关技术提高离合器式飞剪的剪切精度

为提高离合器式飞剪的剪切精度，采用相关测速技术，对热轧线材的运行速度进行在线测量，并综合运用可编程序控制器及其高速计数模块，完成了系统控制软件的设计，使剪切误差控制在+200?mm以内，达到了国内先进水平.     

语言学术语翻译及相关问题探讨

通过对语言学中两个术语bleaching和gradience翻译的研究,指出术语翻译的复杂性,进而提出要重视译者和翻译过程,以促使术语翻译走向成熟。     

周期二元序列线性复杂度及其最小错误之间的关系

密码学意义上强的序列不仅应该具有足够高的线性复杂度,而且少量比特发生变化时不会引起线性复杂度的急剧下降,即线性复杂度必须稳定.本文通过分析x2npm-1在有限域F2上的不可约分解式,给出了2npm-周期二元序列线性复杂度LC(S)的表达式,研究了使得2npm-周期序列线性复杂度下降的条件以及使得线性复杂度下降所必须最少要改变的比特数(min_error(S))的上界,这里p为奇素数,2是一个模p2的本原根.     

基于节点属性的社群结构探测算法改进

对Vincent D. Blondel等提出的B算法的特点及机理进行了分析, 讨论了节点属性对社群结构探测的可能影响. 进而通过重构初始化网络, 控制节点(社群)合并过程两个方面, 对B算法进行了改进, 获得更优的模块性指标及对应的社群划分. 经计算机模拟网络与实际网络的社群结构探测, 结果表明所提改进算法有效可用, 能在获得较大模块性指标的同时, 获得较好的社群划分结果, 且拥有更低的运算时间.     

复杂性:对经济和管理领域中理论认知误区的一个解读

提出复杂性的普遍性，并基于复杂性思维对经济领域和管理领域中理论认识的误区进行了分析。并指出：传统理论在面对复杂性时往往采用忽视与回避、解构、修补、多元化的模式进行处理，从而造成这些理论的传统化。