The clonal and mutational evolution spectrum of primary triple-negative breast cancers

Primary triple-negative breast cancers (TNBCs), a tumour type defined by lack of oestrogen receptor, progesterone receptor and ERBB2 gene amplification, represent approximately 16% of all breast cancers. Here we show in 104 TNBC cases that at the time of diagnosis these cancers exhibit a wide and continuous spectrum of genomic evolution, with some having only a handful of coding somatic aberrations in a few pathways, whereas others contain hundreds of coding somatic mutations. High-throughput RNA sequencing (RNA-seq) revealed that only approximately 36% of mutations are expressed. Using deep re-sequencing measurements of allelic abundance for 2,414 somatic mutations, we determine for the first time-to our knowledge-in an epithelial tumour subtype, the relative abundance of clonal frequencies among cases representative of the population. We show that TNBCs vary widely in their clonal frequencies at the time of diagnosis, with the basal subtype of TNBC showing more variation than non-basal TNBC. Although p53 (also known as TP53), PIK3CA and PTEN somatic mutations seem to be clonally dominant compared to other genes, in some tumours their clonal frequencies are incompatible with founder status. Mutations in cytoskeletal, cell shape and motility proteins occurred at lower clonal frequencies, suggesting that they occurred later during tumour progression. Taken together, our results show that understanding the biology and therapeutic responses of patients with TNBC will require the determination of individual tumour clonal genotypes.     

蓝藻水华显著影响因子识别模型

根据蓝藻水华反演图判断蓝藻水华发生与否,进而构建了直接以蓝藻水华发生与否的指标为因变量,同时以水质、水文和气象3类共19个指标为自变量的蓝藻水华环境影响因子识别模型(Probit模型),并将该模型应用到太湖.经模型分析,识别出太湖蓝藻水华暴发的显著环境影响因子:气温和硝酸盐浓度与蓝藻水华暴发的概率正相关;风速、湿度和电导率则与水华暴发的概率负相关.将离散因变量模型(二元选择模型)引入蓝藻水华研究领域,对湖泊(水库)蓝藻水华暴发的预测和预防具有参考价值.     

DNA modular subtraction algorithm based on linear self-assembly

This paper presents a DNA algorithm based on linear self-assembly which gives the result of the modular subtraction operation of two nonnegative integers. For two n-bit nonnegative integers A and B, the algorithm gives the result of A-B mod 2 ⁿ . An extended borrow tag which indicates the relation of the minuend and the subtrahend is included in the resulting strand so that the pre-classification based on A>B or B>A is not required before the experiment. From the resulting strand, we can draw the information of operation result, operands, borrow, and the tag of the relation between the minuend and the subtrahend. The algorithm takes advantage of the parallelism characteristic of DNA computing: while given two sets of operands (one the minuend set and the other subtrahend set), the modular subtraction operation of these two sets can be achieved by a parallel processing procedure. The feasibility of the algorithm is based on a known experiment. The algorithm is of spontaneous characteristic which prevents the scale of the experimental procedures from growing with the length of the operands. As for the length of the operands n, there are O(n) kinds of strands required in the experiment, and the biochemical experimental procedures can be accomplished in constant number of steps.     

Ti和Nb对18Cr-2Mo铁素体不锈钢韧脆转变温度的影响

通过真空冶炼、锻造、热轧和退火试验制备出18Cr-2Mo铁素体不锈钢,结合其冲击试验和透射电子显微镜、扫描电子显微镜及电子背散射衍射等分析结果探讨了Ti和Nb微合金化对其韧脆转变温度的影响.结果表明：在C和N含量较低的条件下,添加微量元素Ti和Nb可以显著降低18Cr 2Mo铁素体不锈钢的韧脆转变温度（降低约40 °C）,并改变热轧后的织构类型而形成(001)和(111)复合织构;通过合适的退火工艺处理,可进一步提高其冲击韧性;在热轧过程中,产生细小弥散的Ti（N, C）和Nb（C, N）相是复合织构形成的主要原因.     

能源植物高粱基因组研究进展

 回顾了高粱基因组学研究的发展进程, 概述了初期组学数据的积累、参考基因组的破译及新一代测序技术和数据分析方法引领下的组学研究进展;介绍了高粱基因组的结构, 从比较基因组学的角度, 分析了高粱基因组的进化及其特性;探讨了高粱功能基因组的研究方法和研究进展, 总结了已经发掘的高粱关键基因和遗传位点, 对高粱组学数据资源进行了归纳。对高粱基因组学的发展方向进行了展望。     

基于超级电容的有轨电车无线供电可行性

传统的超级电容有轨电车一般采用接触轨或第三轨的方式进行供电,这两种方法普遍存在电刷磨损、断轨产生电弧、摩擦发热量大等问题。为此,本文研究了一种针对超级电容有轨电车的无线电能传输装置。首先,通过对该装置的系统构成和电路拓扑结构的分析;其次,根据超级电容有轨电车功能、输出输入特性要求,采用仿真分析的方法获取了该装置的系统传输效率与空间磁场矢量;最后,通过试验验证了该装置的系统效率和传输最优距离。结果表明：本文提出的无线传能装置的系统效率达到80%左右,可用于超级电容有轨电车的实际供电,为超级电容有轨电车采用无线传能技术替代接触轨供电提供依据。     

回转状态下导管螺旋桨水动力特性实用数值模拟方法

以数值模拟手段研究作为水下机器人主要姿态与轨迹控制机构的导管螺旋桨在回转状态下的水动力特性。首先根据所要计算的导管螺旋桨的几何要素构造导管和螺旋桨的三维几何模型,在此基础上采用动网格技术以计算流体力学方法借助计算流体力学软件Fluent,采用有限体积法在导管和螺旋桨所在的流域内求解其N-S方程以此对在作回转运动的水下机器人流场作用下导管螺旋桨以一定转速和一定来流方向下所产生的推力特性进行数值模拟分析,观察在水下机器人主体流场干扰下螺旋桨推进器的水动力现象。为验证所采用的预测导管螺旋桨水动力特性数值方法的有效性,在Ka 4-70/19A标准导管螺旋桨已有实验数据的基础上,将数值模拟结果与试验结果进行比较,对比结果表明本文所采用的数值方法是可靠的。     

薜荔叶化学成分及其活性研究

采用硅胶柱层析、ODS反相柱层析、Sephadex LH-20凝胶柱层析、半制备高效液相HPLC等色谱分离方法对薜荔（Ficus pumila）叶80%乙醇提取物进行分离纯化,得到7个化合物。根据化合物的理化性质和核磁共振波谱数据比对文献,分别鉴定为：3-hydroxy-damascone (1),月桂酸乙酯（2）,马桑酸（3）,13-hydroxy-(9Z,11E,15E)-octadecatrienoic acid (4),乙基-β-D-吡喃葡萄糖苷（5）,苄醇-β-D-葡萄糖苷（6）和2-[4-(3-hydroxypropyl)-2-methoxyphenoxy]-propane-1,3-diol (7)。其中化合物7为首次从该属植物中分离得到,化合物1为首次从该植物中分离得到。抗肿瘤活性测试结果表明,化合物1对A549细胞显示出一定的抑制活性,IC50值为32.21μg/mL。抗菌活性测试结果表明,所有化合物对测试的4株人体致病菌和2株弧菌均无明显抗菌活性。     

基于松散耦合方法的弃土场边坡三维建模及稳定性分析: 以福州市闽清县白樟池埔建筑弃土场为例

近年来大规模的旧房拆迁改造及道路建设导致弃土方量剧增,弃土场已成为城市建设的重要附属工程。由于弃土场边坡结构松散、密实性差,较天然边坡更易发生变形破坏,弃土场的安全管理备受关注。为实现复杂工况下弃土场稳定性的快速分析,通过搭建ArcGIS和GeoStudio的松散耦合方法,构建了一套集可视化建模和模拟计算为一体的技术框架。为改良模型可视化效果,配合虚拟钻孔和空间插值方法改良地层曲面精度,完善了弃土场的三维建模技术。采用Python语言为程序接口完成跨平台模型数据交换,实现全时空全方位的多工况弃土场边坡稳定性快速预测。闽清白樟池埔建筑弃土场的应用实例表明,此方案能够实现弃土场任意断面的高质量识别和复杂工况下稳定性变化规律的快速预测,可见松散耦合方法在弃土场稳定性分析过程中具有显著的适用性和实用价值。     

金沙江中游沿江高速公路地质灾害差异性分布特征与成因机制

金沙江位于青藏高原东南缘,跨越我国第一、二地貌阶梯过渡带,流域内地质灾害频发。四川沿江高速是“一带一路”、“长江经济带”的重要支撑项目,对凉山州发展具有重大战略意义。针对金沙江中游沿江高速屏山-金阳段地质灾害的差异性分布这一特殊现象,本文通过遥感解译、实地调查和数据分析,对研究区地质灾害发育的背景条件与特征进行了系统梳理,分析了地质灾害差异性分布的成因机制,提出了研究区不同灾害类型的防治对策。研究表明:(1)沿江高速屏山-金阳段地质灾害表现为年降雨量大的屏山县泥石流灾害发育的比例远远低于年降雨量小的雷波县和金阳县;(2)地形地貌、地质构造以及地质构造与地震活动是差异性分布的内部影响因素;(3)临界降雨量和人类工程活动则是差异性分布的外部因素。内外因素共同主导着研究区内地质灾害的差异性分布。根据灾害类型的不同,给出针对的防治对策。