Heritable germline epimutation of MSH2 in a family with hereditary nonpolyposis colorectal cancer

Epimutations in the germline, such as methylation of the MLH1 gene, may contribute to hereditary cancer syndrome in human, but their transmission to offspring has never been documented. Here we report a family with inheritance, in three successive generations, of germline allele-specific and mosaic hypermethylation of the MSH2 gene, without evidence of DNA mismatch repair gene mutation. Three siblings carrying the germline methylation developed early-onset colorectal or endometrial cancers, all with microsatellite instability and MSH2 protein loss. Clonal bisulfite sequencing and pyrosequencing showed different methylation levels in different somatic tissues, with the highest level recorded in rectal mucosa and colon cancer tissue, and the lowest in blood leukocytes. This mosaic state of germline methylation with different tissue distribution could act as the first hit and provide a mechanism for genetic disease inheritance that may deviate from the mendelian pattern and be overlooked in conventional leukocyte-based genetic diagnosis strategy.     

Abnormal cerebellar development and axonal decussation due to mutations in AHI1 in Joubert syndrome

Joubert syndrome is a congenital brain malformation of the cerebellar vermis and brainstem with abnormalities of axonal decussation (crossing in the brain) affecting the corticospinal tract and superior cerebellar peduncles. Individuals with Joubert syndrome have motor and behavioral abnormalities, including an inability to walk due to severe clumsiness and 'mirror' movements, and cognitive and behavioral disturbances. Here we identified a locus associated with Joubert syndrome, JBTS3, on chromosome 6q23.2-q23.3 and found three deleterious mutations in AHI1, the first gene to be associated with Joubert syndrome. AHI1 is most highly expressed in brain, particularly in neurons that give rise to the crossing axons of the corticospinal tract and superior cerebellar peduncles. Comparative genetic analysis of AHI1 indicates that it has undergone positive evolutionary selection along the human lineage. Therefore, changes in AHI1 may have been important in the evolution of human-specific motor behaviors.     

Frequent mutations of chromatin remodeling genes in transitional cell carcinoma of the bladder

Transitional cell carcinoma (TCC) is the most common type of bladder cancer. Here we sequenced the exomes of nine individuals with TCC and screened all the somatically mutated genes in a prevalence set of 88 additional individuals with TCC with different tumor stages and grades. In our study, we discovered a variety of genes previously unknown to be mutated in TCC. Notably, we identified genetic aberrations of the chromatin remodeling genes (UTX, MLL-MLL3, CREBBP-EP300, NCOR1, ARID1A and CHD6) in 59% of our 97 subjects with TCC. Of these genes, we showed UTX to be altered substantially more frequently in tumors of low stages and grades, highlighting its potential role in the classification and diagnosis of bladder cancer. Our results provide an overview of the genetic basis of TCC and suggest that aberration of chromatin regulation might be a hallmark of bladder cancer.     

Drosophila Piwi functions in Hsp90-mediated suppression of phenotypic variation

Canalization, also known as developmental robustness, describes an organism's ability to produce the same phenotype despite genotypic variations and environmental influences. In Drosophila, Hsp90, the trithorax-group proteins and transposon silencing have been previously implicated in canalization. Despite this, the molecular mechanism underlying canalization remains elusive. Here using a Drosophila eye-outgrowth assay sensitized by the dominant Kr(irregular facets-1)(Kr(If-1)) allele, we show that the Piwi-interacting RNA (piRNA) pathway, but not the short interfering RNA or micro RNA pathway, is involved in canalization. Furthermore, we isolated a protein complex composed of Hsp90, Piwi and Hop, the Hsp70/Hsp90 organizing protein homolog, and we demonstrated the function of this complex in canalization. Our data indicate that Hsp90 and Hop regulate the piRNA pathway through Piwi to mediate canalization. Moreover, they point to epigenetic silencing of the expression of existing genetic variants and the suppression of transposon-induced new genetic variation as two major mechanisms underlying piRNA pathway-mediated canalization.     

妖婆曲线

学过解析几何或者微积分的同志,可能遇见过三次曲线X²Y=a²(a－Y),它的图象如下图所示。这种曲线在我国数学教科书上叫做“箕舌线”,大概是以其形状来命名的。有趣的是,它的英文名字却叫做witch,译出来就是“妖婆”。为什么会取了这么一个古里古怪的名字呢？说来话长,它和文艺复兴时期著名的一位女数学家Agnesi有些关系。Agnesi于1718年生于意大利的米兰。她自小就有“神童”之称,少年时期就学会了拉丁、希腊、希伯来、法语等9种语言,并且无师自通地阅读了Newton、Leibniz、Fermat、Descartes、Euler、Bernoulli兄弟等著名数学家的著作。Agnesi共有21个弟妹,她是大姐,于是自然地当上了弟妹们的义务家庭教师。大概从她20岁开始,就立志准备编写一本数学分析的巨著。于是日以继夜,广泛收集材料,刻苦钻研,有时碰上一个难题从白天想到晚上,在梦游中才获得解答。通过10年艰苦努力,终于把书写成,于1748年在意大利出版。出版后立刻轰动了学术界,全书共四大卷,被誉为当时微积分学最全面、最精辟之著作。Agnesi因此也受到了意大利女王Maria Theresa的赞尝和特别奖励,后来还担任过Bologna大学的荣誉讲师、自然哲学和数学会主席等职务。Agnesi写这部书的最初目的只不过是给弟妹们当教材用,没想到出版后竟产生了世界性的影响。这部书先后被译成法文、英文,广泛地用作大学教材。Agnesi在这本书中对上面提到的三次曲线X²Y=a²(a－Y)作了极为精辟的研究,并称这种曲线为“正矢曲线”。1801年(Agnesi去世后两年)英国Cambridge大学教授John Colson翻译此书为英文。因为“正矢”一词的意大利文versiera又有“魔鬼的妻子”的意思,这位教授先生未加深究,信笔一挥,竟把它译成了英文的witch(妖婆)。于是以讹传讹,“妖婆曲线”的名称一直沿用到现在。连Agnesi也不明不白地获得了“妖婆”的称号。     

网络用语中的“新贵”之二：威客

继“黑客”“博客”“播客”之后,网络又来了一位新客人——“威客”。 威客一族现身网络的时日虽不长,但却发展迅猛,人数现已达60万之众(威客网2006年10月6日)。先说说威客与witkey的关系。与黑客、博客、播客等外来词不同,威客不是witkey的译词,而是出自witkey的谐音。witkey是因文章,特别是涉及英语的论文中表达的需要而起的英语代号(新浪博客2006年10月6日)。换句话说,威客和witkey是为了命名同一概念而同时出现的中英文单词,并且都是“中国造”。而把wit(意为智慧) 和key(意为钥匙)复合起来构词,则是为了通过表达“智慧钥匙”或“关键智慧”的意思,来表明“威客”指人时所指的是一群具有关键智慧、能够解决问题、具有威力的人。再看看威客(witkey)的具体意义和用法。威客可用作名词,也可用作动词。作为名词时,威客可以指人,也可用来指物。指人时,用来称名那些根据自身的知识、技能和经验,在网络中针对具体问题进行解答的人,如例(1)、(2)、(3)：^①(1)在网络上,能够凭借自己的能力通过互联网帮助别人,获得报酬的人,就是威客。(2)现在绝大多数“威客”都是设计人员以“兼职、私活”的方式工作,做“威客”每个月的收入能拿到三千元左右,但更重要的是机会更多,而且可以从中得到乐趣。(3)并不是每个人天然就是威客。一、威客必须是能够熟练使用互联网和网络互动问答平台的人,二、威客必须是那些知识、智慧、经验较高的人,他们才能在威客网站上把知识、智慧、经验转化为财富。威客(witkey)指物时,一方面可以指具体的事物——一类网站或网页,见例(4)、(5);另一方面还可指抽象的事物,表示一种网络互动回答的交流模式,在这一模式中用户通过网络互动问答平台将个人的技能、知识、智慧转变成财富,请见例(6)、(7)、(8)。(4)威客网/中国威客/威客网站/中国威客网/猪八戒威客网(5)威客设计/威客平台/威客网站。(6)威客是职业也是一种生存方式。(7)威客模式不是简单的在线工作。只有那些技术水平高的人才可以通过威客网站获巨额收益并作为生活工具。(8)威客和博客同为被称为“第四类互联网交互模式”,分别继承了其“先祖”BBS的部分功能,即博客继承了发布信息、自我表达的功能;威客继承了资源共享,互动互助的功能。除用作名词外,威客(witkey)还可用作动词,指撰写、管理威客网站(或网页)或通过威客网站(或网页)进行网络互动问答的行为,如：(9) 陈阳：一起威客。最后,再综观一下队伍日渐壮大的 “×客”类语词借以管窥网络新词产生、流行的过程。黑客得自hacker,博客源于 blog/blogger,播客译自podcast和podcasting,它们都是来自英语的意译或音义兼译外来词。这些外来词一方面和原词发音有雷同之处;另一方面它们还符合中国人文化审美心理(我们多以 “博”、“威”为美,“黑”常让人联想到“偷偷摸摸”、“侵入”)。这些语词的字面意义和其所要表达的词汇意义之间还暗含一定的理据性,如“博客”这一“能指”合乎“博客”这一“所指”所具有的内容广博这一特征,“威客”则暗含智慧的巨大价值和力量等。这些都可归因于汉字的表意性。表意性使得外来词“本土化”之后其整体和组成语素都常含有一定的概念义和文化义。概念义是表现这些语词“所指”的核心意义,文化义则反映汉民族的文化心理和审美情趣。换句话说,这些外来词的汉语形式的出现缘于人们指称新事物、表达新概念的需要;而其被接受的过程则反映汉民族人民文化心理上的审美选择。 ① 本文所引语料均出自笔者2006年10月8日在百度网 (www.baidu.com)上以“威客”为关键词检索得出的结果。     

知道分子

属于一定阶级、阶层、集团或具有某种特征的人常习惯性地被称为“某某分子”,如“知识分子”“资产阶级分子”“积极分子”“好战分子”等。这类用来指称社会群体中某一类成员的语词带有很强的时代性,值得关注。“知道分子”就是如此。“今天,知识分子自身的生活正在经历一场意味深长的变化——被冠以‘知道分子’之名的意见领袖正成为这个古老群体的新身份”。     

议一个重要新词

一种21世纪极为重要的新技术已经形成,并快速发展,这就是在某些文献中称之为“虚拟现实(virtual reality)”的技术。其内容可以概括为：利用现代技术,特别是电子技术,按预定目的,连续产生视觉、听觉、触觉、嗅觉、动觉等信息,以创造出与预期的实际场合极相似的人造环境,使人有身临其境的感觉,并可实现人与仿真环境之间的交流和互动,从而达到训练、学习、娱乐、侦查、演示等目的的一种技术。其核心内容是一种头盔式眼罩,利用电子光学技术可产生三维、动态、彩色、全景的仿真图象,再配以音响、姿态、位置、触觉等效果控制,使人恍若置身于真实世界,并且可按当事人的意愿对此一仿真世界加以控制和改变,实现双向交流。目前这种技术发展伊始,还没有一个成熟的名词,各种译法已日趋混乱,亟需及早订立规范词。目前主要的译法有：1.虚拟现实、虚拟实景、虚拟实境、虚拟实在等。而以第一种叫法最多。我认为这类叫法不太恰当,主要是：①“现实”二字不论作为哲学名词,还是日常用语,通常指抽象存在的客观事物,用作科技名词,过于空泛,使人费解。倒是实景、实境比较贴切,但也存在下述缺点。②突出了“虚拟”二字：拟是模仿之意,本身就有非真的含意,再用“虚”这个表示非真的副词形容它不但累赘,也是不合逻辑的。“拟”就是“拟”,是不能分“虚拟”或“实拟”的。③以上词汇都是四个字的动宾词组,作为术语不够简练,不易派生新词。而且每词中都含有相反含义的虚、实两字,表面上加重强调“实”和“景”的不同,实际上是用字不够精练。2.灵境(技术)。这种叫法属于意译,接近了概念的实质,较前一类叫法进了一步,但也存在问题,按《汉语大词典》,“灵境”意为：①庄严妙土,吉祥福地。②泛指风景名胜之地。无论那一个解释都与这里的意思相去甚远。实际上灵境,特别是“灵”字主要是宗教或文学用语,在科技文献中甚少应用,用它作术语会产生混淆或误导。我建议此词定为“拟境”或“临境”。因为①两者都表达了概念的本质内容。②都比较简练,易于派生新词。③都符合术语学的各项其它构词要求。相比之下临境可以和“身临其境”的成语联系起来,通俗易懂。而且“临境”是从受试人出发的,因而不排除和环境的双向交流和互动。缺点是读音不太顺口;而拟境是从研制人出发的,更直接一些,而且与虚拟现实等叫法相似,容易改过来。缺点是含意排除了人和环境相交流互动的含义,较片面一些。     

我国省部共建实验室的现状、特点与完善建议

省部共建实验室可分为省部共建国家重点实验室培育基地和省部共建教育部重点实验室2类.与国家级实验室相比,省部共建实验室有其独特发展定位,布局分布呈现区域特色.可以通过建立竞争、淘汰机制,不断完善科技评估体系,加强共建项目的过程管理评估以及健全科技投入管理机制,优化投入结构等5方面进行完善.