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Genome-wide association studies of 14 agronomic traits in rice landraces 总被引:20,自引:0,他引:20
Huang X Wei X Sang T Zhao Q Feng Q Zhao Y Li C Zhu C Lu T Zhang Z Li M Fan D Guo Y Wang A Wang L Deng L Li W Lu Y Weng Q Liu K Huang T Zhou T Jing Y Li W Lin Z Buckler ES Qian Q Zhang QF Li J Han B 《Nature genetics》2010,42(11):961-967
Uncovering the genetic basis of agronomic traits in crop landraces that have adapted to various agro-climatic conditions is important to world food security. Here we have identified ~ 3.6 million SNPs by sequencing 517 rice landraces and constructed a high-density haplotype map of the rice genome using a novel data-imputation method. We performed genome-wide association studies (GWAS) for 14 agronomic traits in the population of Oryza sativa indica subspecies. The loci identified through GWAS explained ~ 36% of the phenotypic variance, on average. The peak signals at six loci were tied closely to previously identified genes. This study provides a fundamental resource for rice genetics research and breeding, and demonstrates that an approach integrating second-generation genome sequencing and GWAS can be used as a powerful complementary strategy to classical biparental cross-mapping for dissecting complex traits in rice. 相似文献
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物联网以互联网为基础,通过多种信息传感装置实现物物互联,是信息科技领域发展的必然趋势.本文就物联网的基本概念、技术体系、关键技术等方面对物联网进行介绍,并根据一些事实对近年来国内外物联网的发展现状进行阐述,提出现阶段物联网发展存在的问题,最后对其未来发展进行了展望. 相似文献
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Genome-wide association study of flowering time and grain yield traits in a worldwide collection of rice germplasm 总被引:9,自引:0,他引:9
Huang X Zhao Y Wei X Li C Wang A Zhao Q Li W Guo Y Deng L Zhu C Fan D Lu Y Weng Q Liu K Zhou T Jing Y Si L Dong G Huang T Lu T Feng Q Qian Q Li J Han B 《Nature genetics》2012,44(1):32-39
A high-density haplotype map recently enabled a genome-wide association study (GWAS) in a population of indica subspecies of Chinese rice landraces. Here we extend this methodology to a larger and more diverse sample of 950 worldwide rice varieties, including the Oryza sativa indica and Oryza sativa japonica subspecies, to perform an additional GWAS. We identified a total of 32 new loci associated with flowering time and with ten grain-related traits, indicating that the larger sample increased the power to detect trait-associated variants using GWAS. To characterize various alleles and complex genetic variation, we developed an analytical framework for haplotype-based de novo assembly of the low-coverage sequencing data in rice. We identified candidate genes for 18 associated loci through detailed annotation. This study shows that the integrated approach of sequence-based GWAS and functional genome annotation has the potential to match complex traits to their causal polymorphisms in rice. 相似文献
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Lin Z Bei JX Shen M Li Q Liao Z Zhang Y Lv Q Wei Q Low HQ Guo YM Cao S Yang M Hu Z Xu M Wang X Wei Y Li L Li C Li T Huang J Pan Y Jin O Wu Y Wu J Guo Z He P Hu S Wu H Song H Zhan F Liu S Gao G Liu Z Li Y Xiao C Li J Ye Z He W Liu D Shen L Huang A Wu H Tao Y Pan X Yu B Tai ES Zeng YX Ren EC Shen Y Liu J Gu J 《Nature genetics》2012,44(1):73-77
To identify susceptibility loci for ankylosing spondylitis, we performed a two-stage genome-wide association study in Han Chinese. In the discovery stage, we analyzed 1,356,350 autosomal SNPs in 1,837 individuals with ankylosing spondylitis and 4,231 controls; in the validation stage, we analyzed 30 suggestive SNPs in an additional 2,100 affected individuals and 3,496 controls. We identified two new susceptibility loci between EDIL3 and HAPLN1 at 5q14.3 (rs4552569; P = 8.77 × 10(-10)) and within ANO6 at 12q12 (rs17095830; P = 1.63 × 10(-8)). We also confirmed previously reported associations in Europeans within the major histocompatibility complex (MHC) region (top SNP, rs13202464; P < 5 × 10(-324)) and at 2p15 (rs10865331; P = 1.98 × 10(-8)). We show that rs13202464 within the MHC region mainly represents the risk effect of HLA-B*27 variants (including HLA-B*2704, HLA-B*2705 and HLA-B*2715) in Chinese. The two newly discovered loci implicate genes related to bone formation and cartilage development, suggesting their potential involvement in the etiology of ankylosing spondylitis. 相似文献
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网络流量自相似性产生原因的分析 总被引:1,自引:0,他引:1
网络业务自相似性已经引起了人们广泛关注,一些研究表明自相似性是网络业务中的一个普遍特性,网络自相似性表现出了与传统模型不同的特征。对网络业务自相似的相关理论作了阐述,对网络业务自相似相关研究工作进行了细致研究,在此基础上初步分析了网络业务自相似产生的原因。 相似文献
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随着高容量储能锂电池材料的大规模应用,使得低成本、高效环保地从含锂矿物中提取锂技术需求越来越迫切,着重阐述硫酸焙烧法、硫酸盐焙烧法、氯化焙烧法、石灰石焙烧法和压煮法等从锂云母和锂辉石两种典型含锂矿石中提锂技术的最新研究进展.通过对不同提锂方法的分析,得出单一提锂方法均存在其优势和不足.多种方法协同利用,多种有价金属协同提取,是今后提锂工艺研究的重要方向.同时,应加大锂渣资源化利用力度,促进锂行业绿色可持续发展. 相似文献
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