Frequent mutations of chromatin remodeling genes in transitional cell carcinoma of the bladder

Transitional cell carcinoma (TCC) is the most common type of bladder cancer. Here we sequenced the exomes of nine individuals with TCC and screened all the somatically mutated genes in a prevalence set of 88 additional individuals with TCC with different tumor stages and grades. In our study, we discovered a variety of genes previously unknown to be mutated in TCC. Notably, we identified genetic aberrations of the chromatin remodeling genes (UTX, MLL-MLL3, CREBBP-EP300, NCOR1, ARID1A and CHD6) in 59% of our 97 subjects with TCC. Of these genes, we showed UTX to be altered substantially more frequently in tumors of low stages and grades, highlighting its potential role in the classification and diagnosis of bladder cancer. Our results provide an overview of the genetic basis of TCC and suggest that aberration of chromatin regulation might be a hallmark of bladder cancer.     

Genome-wide association study of leaf architecture in the maize nested association mapping population

US maize yield has increased eight-fold in the past 80 years, with half of the gain attributed to selection by breeders. During this time, changes in maize leaf angle and size have altered plant architecture, allowing more efficient light capture as planting density has increased. Through a genome-wide association study (GWAS) of the maize nested association mapping panel, we determined the genetic basis of important leaf architecture traits and identified some of the key genes. Overall, we demonstrate that the genetic architecture of the leaf traits is dominated by small effects, with little epistasis, environmental interaction or pleiotropy. In particular, GWAS results show that variations at the liguleless genes have contributed to more upright leaves. These results demonstrate that the use of GWAS with specially designed mapping populations is effective in uncovering the basis of key agronomic traits.     

激光作用生成的网孔硅结构

作者结合量子受限效应,提出纳硅晶与氧化硅界面态发光模型来解释激光作用生成的纳米网孔壁结构的强荧光效应。将功率为50W、波长为1064nm的YAG激光束(束斑直径0.05mm)照射在硅样品表面打出小孔,在孔内的侧壁上,有很特殊的网孔形结构,其中的网孔壁厚为纳米尺度,这里有很强的受激荧光发光效应,发光峰中心约在700nm处。我们将激光与硅样品的作用隔离于无氧化的环境里,分别比较了将硅样品浸入酒精、氢氟酸和水中的激光加工结果,其发光情况证实了该发光模型的真实性。优化激光加工的条件,我们获得了较强发光的样品。     

现代网络业务流的几个基本定律

为了采用有物理意义的参数,在多个时间尺度下对现代网络业务流进行建模,考察了网络流量长相关(LRD)的基本特征,提出了业务流中满足的几个基本定律,揭示了在流量中描述LRD定量关系的参数cγ(或cf)、流量聚集级m、平均到达率l之间的基本关系,并通过实际测量的数据加以验证.所提出的定律表明:(1)流量确实存在LRD行为;(2)平均到达率(TCP和IP流等)与参数cγ(或cf)存在一定的统计定量关系.     

离子强度对牛磺酸离子交换平衡的影响

采用静态吸附法研究离子强度对牛磺酸/OH-体系在阴离子树脂D290上离子交换平衡的影响,测定了不同离子强度下牛磺酸在碱式阴离子交换树脂上的交换平衡等温线.研究结果表明:(1)随着溶液离子强度的升高,阴离子树脂对牛磺酸的平衡交换吸附容量逐渐降低,牛磺酸在树脂上的分配系数λTau逐渐下降;(2)随着溶液离子强度增大,达到平衡时液相的pH值升高,溶液中牛磺酸阴离子Tau±含量迅速增加,而牛磺酸两性离子Tau±含量迅速降低;(3)在一定的牛磺酸浓度范围内,溶液离子强度增大,有利于提高离子交换树脂对牛磺酸的选择性.     

受水区生态系统对南水北调工程的响应

南水北调工程的运行将引起受水区河流水生维管束植物的数量减少、东线洪泽湖的水质复杂化、受水区降水增多和温度降低以及受水区植被面积增加,从而改变流域的生态结构.因此,在实施南水北调工程的同时,应保持河流形态的异质性和生境的多样性,充分认识生态系统过程的非线性和结果的不确定性,并实施相应的环境监测以便及时发现和解决问题;确保受水区生态在自主性基础上进行恢复,努力使南水北调工程对受水区的生态起最大积极作用,使南水北调工程成为可持续发展的生态南水北调工程.     

基于Beta过程的高分辨ISAR成像

对于高信噪比、完整回波、目标平稳运动等理想观测环境,现有成像技术已经较为成熟,可以获得聚焦良好的高分辨逆合成孔径雷达(inverse synthetic aperture radar, ISAR)像。但在实际中的方位回波缺损与低信噪比观测情况下,随机相位误差等因素会降低现有成像算法的性能甚至使其失效。本文首先建立了ISAR稀疏观测模型,并基于稀疏贝叶斯学习理论,通过引入Beta过程非参数先验构建层级概率模型,进而交替利用Gibbs采样及最大似然方法对ISAR像及随机相位误差进行估计。实验结果表明,所提方法在低信噪比、回波缺损等复杂观测环境下能够获得聚焦良好的ISAR图像。     

人工智能应用中基于区间代数的时态推理

时态表示和推理是人工智能领域的重要研究内容之一,它的应用范围分布很广,从逻辑基础研究到知识系统的应用.区间代数是一种独立的与领域无关的时态理论.用区间代数能表示不确定的时态关系,可以很方便地用于时态推理,表达能力强;时态关系的区间表示比较直观,可理解性强;同时区间代数可以进一步扩展到二维空间领域,即将区间代数拓展为矩阵代数,实现二维空间推理.在一维时态推理中,将时态的区间表示和矩阵表示相结合,在提高计算效率的同时,保持了形象直观的时态表示.     

人丝氨酸蛋白酶抑制剂B3基因的生物信息学分析

人丝氨酸蛋白酶抑制剂B3 SERPINB3能抑制半胱氨酸蛋白酶,具有抗细胞调亡、促进细胞增殖和迁移作用,且与许多肿瘤的发生与发展密切相关.通过基因电子克隆(in silico cloning)获得SERPINB3基因全长cDNA序列(1779 bp),编码由390个氨基酸组成的蛋白质.核酸序列分析表明:SERPINB3...     

汉语科技术语中的潜在歧义(续)

六、联谓—状中歧义：仅有VP+VP这种PT结构存在联谓—状中歧义例如,“四舍/五入”的字面含义,可以解释为“四舍并且五入”,是联谓式;“非破坏/读出”的字面含义,可以解释为“按非破坏的方式来读出”,是状中式。这样,VP+VP这个结构,既可以为联谓式,又可以为状中式,故有联谓—状中潜在歧义,是异焦歧义结构。当这个PT结构为“四舍/五入”时,只能解释为联谓式,不能解释为状中式,潜在歧义消失了;当这个PT结构为“非破坏/读出”时,只能解释为状中式,不能解释为联谓式,潜在歧义也消失了。七、联体—定中歧义：仅有N+N这种PT结构存在联体—定中歧义例如,“字母/数字”的字面含义,可以解释为“字母和数字”,是联谓式;“磁/头”的字面含义,可以解释为“有磁性的读写头”,是定中式;因此,PT结构N+N就有联体—定中歧义,当这个PT结构为“字母/数字”时,只能解释为联体式,不能解释为定中式,潜在歧义消失了;当这个PT结构为“磁/头”时,只能解释为定中式,不能解释为联体式,潜在歧义也消失了。八、主谓—定中—状中歧义：下面的PT结构会产生主谓—定中—状中歧义(1)N+NV：例如,“条件/转换”的字面含义,可以解释为“条件被转换了”(主谓式),又可以解释为“条件的转换”(定中式),还可以解释为“按条件来转换”(状中式),都是后焦型结构,所以,它们是同焦歧义结构。“信息/处理”的字面含义,可以解释为“信息被处理了”(主谓式),又可以解释为“信息的处理”(定中式),也是同焦歧义结构,但状中式的潜在歧义消失了。“消息/宿”的字面含义,只能解释为消息的所宿,即通讯系统中接收消息的那一部分,只能是定中式,变成了无歧义结构,主谓式和状中式的潜在歧义都消失了。(2)N+NVP：例如,“条件/转移指令”的字面含义,可以解释为“由条件来转移指令”(主谓式,“条件”是施事主语),也可以解释为“条件的转移指令”(定中式),还可以解释为“按条件来转移指令”(状中式),是同焦歧义结构。“光学/字符识别”的字面含义,可以解释为“光学的字符识别”(定中式),也可以解释为“按光学的方式来进行字符识别”(状中式),但主谓式的潜在歧义消失了。(3)NVP+NV：例如,“组传输/结束”的字面含义,可以解释为“组传输被结束了”(主谓式,“组传输”是施事),也可以解释为“组传输的结束”(定中式),还可以解释为“按组传输的方式结束”(状中式),是同焦歧义结构。“多数决定/运算”的字面含义,可以解释为“多数决定的运算”(定中式),也可以解释为“按多数决定的方式来运算”(状中式),但主谓式的潜在歧义消失了。九、述宾—定中—状中歧义：下面的PT结构会产生述宾—定中—状中歧义(1)V+NV：例如,“延迟/编址”的字面含义,可以解释为“延迟这种编址”(述宾式),也可以解释为“延迟的编址”(定中式),还可以解释为“按延迟的方式来编址”(状中式),其中,定中式和状中式是后焦型结构,述宾式是前焦型结构,因此,这是一种异焦歧义结构。“迭代/运算”的字面含义,可以解释为“迭代的运算”(定中式),也可以解释为“按迭代的方式来运算”(状中式),但述宾式的潜在歧义消失了。(2)AV+NV：例如,“重复/运算”的字面含义,可以解释为“重复这种运算”(述宾式),也可以解释为“重复的运算”(定中式),还可以解释为“按重复的方式来运算”(状中式),这是一种异焦歧义结构,潜在歧义都转化为现实的歧义。(3)V+NVP：例如,“链接/编辑程序”的字面含义,可以解释为“链接这种编辑程序”(述宾式),也可以解释为“链接的编辑程序”(定中式),还可以解释为“按链接的方式来编辑程序”(状中式),这是一种异焦歧义结构,潜在歧义都转化成了现实的歧义。(4)AV+NVP：例如,“集中/数据处理”的字面含义,可以解释为“集中这种数据处理”(述宾式),也可以解释为“集中的数据处理”(定中式),还可以解释为“按集中的方式进行数据处理”(状中式),这是一种异焦歧义结构,潜在歧义转化成了现实的歧义。十、联谓—状中—述宾—述补歧义：仅有V+V这种PT结构存在联谓—状中—述宾—述补歧义例如,“改变/转储”的字面含义,可以解释为“按改变的方式进行转储”(状中式),也可以解释为“改变这种转储”(述宾式),是状中—述宾的歧义结构。“译/印”的字面含义只可以解释为“又译又印”或“译而且印”,是联谓式结构。“读/出”的字面含义,只可以解释为“读得出来”,是述补式结构。这样,V+V这个PT结构就具有联谓—状中—述宾—述补的潜在歧义,这是异焦结构,这种潜在歧义,在具体的词组型术语中,有的保持了一部分,有的消失了。十一、联谓—联体—述宾—定中—状中—主谓歧义：仅有NV+NV这种PT结构存在联谓—联体—述宾—定中—状中—主谓歧义例如,“输出/输入”的字面含义,可以解释为“输出并且输入”(联谓式),又可以解释为“输出和输入”(联体式),是联谓—联体的歧义结构。“控制/操作”的字面含义,可以解释为“控制这种操作”(述宾式),又可以解释为“控制的操作”(定中式)是述宾—定中歧义结构。“存储/分配”的字面含义,可以解释为“存储的分配”(定中式),又可以解释为“按存储的方式来分配”(状中式),还可以解释为“存储被分配了”(主谓式,“存储”是受事),是定中—状中—主谓的歧义结构。这样,NV+NV这个PT结构就具有联谓—联体—述宾—定中—状中—主谓潜在歧义,这是异焦歧义结构。上面我们讨论的“潜在歧义”是由于汉语术语的PT结构与FS结构之间不存在一一对应关系而产生的,而这种不一一对应的情况,正是汉语语法的真正特点之所在。著名语言学家朱德熙教授在《语法答问》一书中谈到汉语语法的“真正的特点”时指出：汉语语法的特点,“要是细大不捐的话,可以举出许多条来。要是拣关系全局的重要方面来说,主要只有两条。一条是汉语词类跟句法成分(就是通常所说的句子成分)之间不存在一一对应关系;二是汉语句子的构造原则跟词组的构造原则基本上是一致的。”朱德熙教授这里所说的汉语语法的第一个真正的特点,即“汉语词类跟句法成分之间不存在一一对应关系”,就是汉语术语中存在潜在歧义的根本原因。正因为这是汉语语法的真正特点,所以,“潜在歧义论”(Potential Ambiguity Theory,简称PA论)的研究,就必定是汉语术语结构分析的关键之所在,在汉语术语的计算机处理中,这是我们必须加以认真研究的问题,绝不能对这个问题掉以轻心。朱德熙教授指出的汉语语法的第二个真正的特点,即“汉语句子的构造原则跟词组的构造原则基本上是一致的”,这个特点对于汉语词组型术语的结构研究也有指导意义。因为这个特点意味着,汉语词组型术语的结构研究,将会大大有助于汉语句子结构的研究,以汉语词组型术语结构的自动分析为目的而提出的“潜在歧义论”,将会在汉语句子结构的自动分析中大显身手,从而有力地推动我们中文信息处理技术的发展。近年来,从事中文信息处理的一些学者使用“潜在歧义论”来对汉语句子进行自动分析,已经取得了一定的成绩。事实证明,“潜在歧义论”不仅可以用于术语的自动分析,也可以用于日常汉语的自动分析。这是一种具有普遍意义的术语学理论。* 冯志伟研究员是全国科学技术名词审定委员会委员。