用离散量预测原核生物蛋白质的亚细胞位置

基于不同亚细胞位置中蛋白质的氨基酸组成及序列信息不同这一观点，以单个氨基酸含量及两两组合氨基酸含量为信息构成离散源，分别计算了原核生物蛋白质三类亚细胞位置的标准离散量D(Z)，D(Xp)，D(Xc)．利用离散增量的概念预测蛋白质的亚细胞位置，它是由这个蛋白质的离散量D(X)与三个标准离散量D(Xc)，D(Xp)，D(Xc)之间离散增量的最小值所决定的．采用Self—consistency检验和Jack—knife检验方法，给出了选择五组不同信息作为离散源中参数时的预测结果．与现有的方法比较，发现用Jack—knife检验法预测extracellular类蛋白质时，给出的离散量方法能够给出最好的预测性能，结果也表明提取更多有效的序列信息是提高预测精度的关键．     

血红蛋白分子氧合过程的构象变化特性

在分析血红蛋白分子与氧分子结合的相互作用特点的基础上，将氧分子与血红蛋白分子结合的过程看作为协同可逆吸附过程．根据协同吸附过程的特点，利用吸附动力学方法，得到了反映血红蛋白分子氧合过程的氧饱合分数与氧分压之间的关系式．从上述关系式得到了与之自洽的推论，在一定的氧分压条件下，血红蛋白分子处于确定的部分氧合构象态．当氧分压的值从小到大变化时，血红蛋白分子将从脱氧构象态经历一系列中间构象态到达完全氧合构象态．这表明s型的氧合曲线实际显示了单个血红蛋白分子的别构效应．     

拟南芥和线虫外显子/内含子剪切位点的研究

将拟南芥(A.tha liana)和线虫(C.eleg ans)的基因序列中的外显子按第一外显子,中间外显子和最后外显子划分成三类.分别将外显子/内含子剪切位点、翻译起始和终止位点附近的三联体的3个位点作为3条子链,以各条子链的不同碱基个数作为离散源参数,共12个离散源参数,计算各类外显子离散量.用离散增量实现了对三种序列类型的预测,预测成功率都达到80%以上;并且统计了剪切位点附近的碱基相对频数,结果比较了由于三联体所取位置及个数不同而造成的对预测结果的差异,说明了剪切位点附近碱基的保守性.     

基于位置关联性打分方程的人类转录因子结合位点的预测(英文)

转录因子结合位点的识别是阐明基因转录调控机制的重要环节,准确的转录因子结合位点的预测算法将有助于人们识别转录因子的目标基因,进而研究转录因子结合位点在上游调控区中的位置对转录调控的影响.然而,目前存在的预测转录因子结合位点的算法所得结果的特异性普遍较低,因此有必要提出一种新的有效的预测转录因子结合位点的算法.本文利用JASPAR数据库上的数据,在深入分析转录因子结合位点生物学特征的基础上,构建了考虑位点保守性和伪计数的位置关联性打分方程.预测结果表明,在最佳阈值之下,该算法对转录因子结合位点的假阳率低于0.01%.     

基于支持向量机方法预测神经毒素

神经毒素是一种应用非常广泛的毒素,因此有必要提出一种能够快速、准确预测神经毒素的算法.这里基于神经毒素蛋白质序列的n肽组分和序列的亲疏水性分布信息,提出了一种离散增量结合支持向量机的ID-SVM的算法,对神经毒素和细胞毒素进行了预测.为了将ID-SVM的预测算法和其它的预测算法进行比较,将ID-SVM算法应用到Saha和Raghava构建的神经毒素和非神经毒素的数据库上.预测结果显示,ID-SVM算法的预测结果高于Saha和Raghava所用的算法的预测结果.     

预测竞争性和非竞争性剪接位点对

基于剪接位点竞争机制,剪接位点对分成竞争性剪接位点对和非竞争性剪接位点对.并且竞争性和非竞争性剪接位点对的分类是一个很重要的工作.结合位置权重矩阵、离散量和支持向量机,提出了预测竞争性和非竞争性剪接位点对的新方法.独立检验集中90%以上的剪接位点对能被正确地分类成竞争性和非竞争性剪接位点对.此预测成功率高于其它方法.     

乳腺癌中hsa-miR-17-92基因簇及其旁系同源体的共调控作用

hsa-miR-17-92基因簇高度保守,可以作为抑癌基因抑制乳腺癌细胞的增殖.包括2个旁系同源体:miR-106a-363和miR-106b-25基因簇,其序列高度相似,可能通过调控共同靶基因而具有相似的功能.探讨3个基因簇转录的15条microRNA的序列特征,以及共调控靶基因在人类乳腺正常和癌细胞系中的表达;并进一步就显著差异表达基因进行GO和Pathway(KEGG)分析.结果表明,超过75%(178/236)的共调控靶基因表达具有显著差异性,这些基因可能与生物体的细胞代谢、转录后调控、生物合成等多种生物学过程有关,参与细胞周期,癌症等信号通路.分析发现乳腺特异基因PTPN4在乳腺癌中的低表达影响蛋白磷酸化水平和细胞周期,SMAD4、CCND1和E2F1作为与细胞周期相关基因在细胞的G1期起重要作用,它们的低表达阻止细胞从G1期进入S期,从而抑制癌细胞的生长,起到抑癌作用.特别是,一方面基因簇调控CCND1和E2F1使其低表达,另一方面它们作为转录因子结合到基因簇的启动子区诱导基因簇表达,从而形成负反馈调控循环调控下游基因表达.     

基于直接和间接PPI信息预测人类核蛋白亚核定位

构建了含有五个亚核区域共426条蛋白质的单定位人类核蛋白数据库.选取蛋白质相互作用信息分数为信息参数,提出通过引入蛋白质一级间接相互作用预测蛋白质亚核定位的新算法,对人类核蛋白亚核定位进行了预测.对染色质、核仁两区域351条蛋白质的Jackknife检验总预测成功率为91.04%.对染色质、核仁、核基质、核斑四区域413条蛋白质的Jackknife检验总预测成功率为79.75%.     

λ噬菌体阻遏蛋白与操纵基因相互作用的动力学研究

根据 λ噬菌体阻遏蛋白与操纵基因的相互作用特点 ,提出了他们相互作用的化学动力学模型 .用此模型计算各结合位点饱和分数与阻遏蛋白浓度的关系函数 ,并对λ噬菌体阻遏蛋白与操纵基因相互作用的本征自由能及各位点间的偶联自由能进行了估算 ,均得出了与实验结果符合较好的结论     

蛋白质超家族模体保守性及物理化学性质的分析

分析了全β类4个典型的蛋白质超家族中模体的功能,发现免疫球蛋白超家族和纤维结合蛋白类型Ⅲ超家族中的模体有相似的结构,但是它们行使不同的功能.血小板-白细胞C激酶底物的同源物结构域超家族和核酸结合超家族中的模体类型较多,虽然这些模体只是部分结构相似,然而它们却在各自的超家族中分别执行着相同的功能.文章进一步运用统计学方法研究了蛋白质超家族中保守模体的亲疏水特征、物理化学特征和结构特征.结果表明,模体差异有显著意义的残基存在于序列模体的保守位点上,相同的序列模体具有相似的二级结构.这些特征将对进一步识别超家族提供帮助.