势最优化分立交量表象法在双原子分子光解离计算中的应用

势最优化分立交量表象法在双原子分子光解离计算中的应用张德胜，张庆刚，张怿慈（山东师范大学物理系）合时量子力学的关键问题是求解含时ｓｃｎｒｏｏｉｎｅｒ方程，这是量子力学的基本方程．由于含时方法求解的是初值问题，初始波矢一经给出，即可传播，从而得到终态波...     

H+LiH及其同位素替代D+LiD反应的动力学研究

基于两个LiHH体系基态势能面,采用准经典轨线的方法对H + LiH → H₂ + Li及其同位素替代D+LiD → D₂ + Li反应进行了动力学研究,计算了基态反应几率、积分反应截面、产物矢量相关性质P(?_r)、极化微分反应截面以及不同振转态对积分反应截面的影响。通过对结果分析比较发现,Yuan-PES势能面具有小势垒,而Li-PES不存在势垒或势阱。基于Yuan-PES的积分反应截面略高于基于Li-PES的积分反应截面,此外还研究了振动激发对产物分子的转动角动量的取向特征和定向特征的影响,以及同位素替代对其的影响;H+LiH反应的前向散射趋势较D+LiD反应更明显,且Yuan-PES的前向散射程度更高。该研究丰富了该体系动力学性质,对以后该体系的实验研究具有一定的参考意义。     

副本交换分子动力学模拟方法计算Trp-cage熔解温度

副本交换分子动力学模拟方法用来计算Trp-cage小蛋白的熔解温度.此模拟采用的是AMBER03的分子力场,但是它的电荷用最近发展的极化的蛋白质专一性电荷来代替.隐式溶剂模型用来模拟溶剂影响,温度变化范围从247.7 K到645.6 K.计算的熔解温度是312 K,这一结果和实验值吻合的很好(315 K).     

原子-分子散射的GES理论

原子-分子散射的Sudden(Energy sudden and Infinite order sudden)理论在研究非弹散射及反应散射方面都已取得了一些令人满意的结果,但是Sudden理论在处理阈能散射时却遇到了困难,因此近几年不断有人提出了对Sudden理论的修正。本文从原子-分子散射的Lippmann-Schwinger方程出发,通过对全Green算子的恰当数学处理,导出了原子-分子散射的GES(Generalized Energy Sudden)理论的散射振幅的明确数学表达式,它不仅解决了阈能散射的困难,也适合于处理较低能量的散射问题,且具有明确的物理意义。     

半刚性振转靶模型在Cl＋CH4反应中的应用

基于新的势能面,运用半刚性振动转子靶(SVRT)模型和含时波包法对Cl CH4→HCI CH3反应体系进行了计算,给出了反应过程中体系的振动对该反应的反应几率和反应阈能的影响,并计算了基态的总散射截面和热速率常数.     

N_2－O碰撞体系转动激发的IOS方法研究

氧和氮是大气的主要成份，研究它们的活动规律具有十分重要的意义本文利用ＩＯＳ方法计算了０．０５ｅｖ－０．２５ｅｖ的能量范围内，基态Ｎ＿２被氧原子碰撞而导致的转动激发，许给出了其微分和积分散射截面．     

室温下的小蛋白折叠研究

目前,无论在实验还是理论研究方面,研究蛋白质的从头折叠即使是小蛋白的折叠也非常困难.在室温下研究蛋白质的折叠过程可以有效的阐述蛋白质折叠机制.笔者从2I9M的线性结构出发,在室温下运行了15 ns的分子动力学模拟,发现它在6.4 ns时成功折叠到了天然态结构,此时的结构与天然态结构的均方根偏差为1.17(A),模拟结构与天然态结构符合的非常好.折叠过程是首先在C端出现了螺旋,随后N端又出现了螺旋,然后螺旋从N端鱼贯式生成,最终形成天然态结构.     

H^-＋H2体系的从头算势能面及准经典轨线研究

采用多参考组态相互作用（MRCI）方法对H^-＋H2体系进行了构型优化及8116个构型能量点的扫描,运用多体展开法对能量进行了解析拟合得到了该体系的从头算势能面,拟合得到的均方根误差为0.27kcal/mol.基于新势能面,采用准经典轨线方法计算了D^-＋H2和H^-＋D2两个反应碰撞能在0-2.4eV范围内的积分反应截面,并且对计算结果与实验结果进行了比较.     

HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中桥接水分子作用的QM/MM研究

对HIV-1蛋白酶与抑制剂2AH和4AH结合的两个复合物体系进行了水溶液环境下量子力学分子力学混合方法(hybrid QM/MM)的1ns分子动力学模拟,用MM-GBSA方法得到桥接水分子W301与HIV-1蛋白酶和抑制剂结合体的结合自由能分别为-24.93 kJ/mol和-20.29 kJ/mol,表明W301在抑制剂和HIV-1蛋白酶结合的过程中起到了不能被忽略的作用。