基于实验数据集对常用蛋白抗原空间表位预测工具的测评

抗体分子对蛋白抗原的结合主要通过表位区域进行, 而表位区域的氨基酸残基通常形成不连续的、构象的或者空间的表位区域, 而不是抗原表面上的线性连续片段. 已有许多算法可以用来预测构象表位, 并且基于各自的测试集, 各种工具对空间表位的预测都声称取得了杰出的效果. 本文收集了由实验方法确定的空间表位数据并建立了一套独立的测试集. 基于这套测试集, 采用灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和接受者操作特性曲线下面积(AUC)等参数对常用蛋白抗原空间表位预测工具进行了评估, 工具包括SEPPA, CEP, DiscoTope, ElliPro, PEPOP和BEpro等. 测试集评估结果表明, 6种蛋白抗原空间表位预测工具预测性能仍有待提高. 其中, SEPPA预测性能相对较好, 然而计算得到的灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和平均AUC值也并不理想. 评估结果还表明, 预测工具采用的空间表位训练和测试数据集以及预测算法对预测结果的准确性有较大影响. 以上分析结果为改进B细胞蛋白抗原空间表位预测方法和为免疫原性多肽和新型疫苗分子的设计提供新的启示.     

基于灰度共生矩阵的新疆地方性肝包虫CT图像特征提取方法

 特征提取是图像理解与分析的关键。为提取表征新疆地方性肝包虫病的CT影像特征,提出一种基于灰度共生矩阵对肝脏和包虫病灶进行特征提取的方法。首先,对肝脏CT切片图像进行归一化,利用中值滤波和直方图均衡化对肝脏及病灶区同时进行去噪和增强,从而得到更清晰的灰度图像;然后进行灰度级压缩,利用基于灰度共生矩阵的纹理特征提取方法分别提取新疆地方性单囊型、多囊型肝包虫和正常肝脏CT图像的角二阶矩、熵、惯性矩、逆差分矩及相关性的均值和标准差作为纹理特征。统计分析发现,单囊型和多囊型肝包虫CT图像在角二阶矩、熵和逆差分矩等方面存在显著差异,具有统计学意义。最后,采用Bayes判别分类,分类正确率达到93.33%。结果表明,研究采用的纹理提取方法对描述肝包虫CT图像特征具有较理想的效果,一定程度上有助于对肝包虫CT图像进行分类和检索。     

基于逗号的汉语子句识别研究

根据篇章分析的任务和实践, 结合传统研究, 提出汉语的基本篇章单位为子句, 并从结构、功能、形式等方面给出其定义。分析了逗号与子句的关系, 并在标注语料上进行了基于逗号的汉语子句识别研究。首先手工标注了CTB6.0中前100篇文档的逗号是否为子句边界的信息, 在标注结果中抽取句法、词汇、长度等特征进行实验, 子句识别准确率为90%。然后利用信息增益选出贡献最大的9个特征, 使用它们也可获得较高的子句识别准确率。最后仅使用词法信息, 子句识别准确率可达84.5%。实验证明子句的定义合理, 基于逗号的子句识别在理论上和实验上均可行。     

汉语篇章连接词识别与分类

基于自建的汉语篇章结构语料库以及语料库中连接词和连接词关系类别的标注, 抽取自动句法树和标准句法树的句法、词法和位置特征, 利用有监督的方法进行连接词识别和分类。实验结果表明, 连接词识别的F1值为69.2%, 连接词自动识别并分类的总正确率为89.1%。     

香菇多糖联合依地酸钙钠对铅中毒小鼠学习记忆功能及海马NO,nNOS的影响

将50只小鼠随机分成空白对照组、模型对照组、阳性对照组、香菇多糖低剂量组、香菇多糖高剂量组5个组,用Morris水迷宫检测小鼠学习记忆功能,微分电位溶出法测定血铅含量,硝酸还原酶法检测NO含量,免疫组化方法观察nNOS阳性细胞表达.结果表明,香菇多糖高剂量组能显著改善铅中毒小鼠的学习记忆功能.与模型对照组相比,香菇多糖高剂量组能显著降低血铅浓度(P＜0.01),提高海马NO含量(P＜0.01),且增强nNOS阳性神经元表达CA1(P＜ 0.05),CA3(P＜0.01).这提示香菇多糖联合依地酸钙钠能改善铅中毒小鼠的学习记忆功能,其作用机制可能与海马NO含量增高及nNOS神经元表达增强有关.     

微管结合蛋白tau互作蛋白的筛选

Tau作为微管相关蛋白,对微管的稳定具有重要作用。为了在体内找到与tau互作的基因,我们以具有粗糙眼的tau高表达果蝇为模型,进行遗传学筛选。以具有粗糙眼的tau高表达果蝇为背景,采用RNA干扰手段来下调前期肌肉系统筛选出具有微管异常表型的基因,观察粗糙眼的变化,从而找出与tau互作的候选基因。发现雌雄果蝇有粗糙眼表型的有11株。为了研究粗糙眼表型是否对发育造成影响,通过免疫染色观察眼睛的成虫盘凋亡。发现在11株粗糙眼表型中有5株凋亡细胞数量增加,1株凋亡细胞数量减少,其他无变化。同时,我们对粗糙眼增强的基因型进行睡眠监测,发现有一株RNAi对于光线改变不敏感。因此,我们猜测该基因可能与tau有互作,这对我们找出新的微管调控因子提供了依据。     

自相关过程的采样间隔与控制效果

化工行业中,一些过程数据存在明显的自相关,不满足统计过程控制理论中观测值相互独立的假定。该文以化工行业中的常见设备——储液罐为例,对采样间隔与控制图的控制效果之间的关系进行探讨。以平均运行时间为新的评价标准,得出结论:在满足稳态平均运行时间不变的情况下,采样间隔越短,控制图越能较快地检测出过程均值的异常,即缩短采样间隔可以改进控制效果。     

碳纤维布和玻璃纤维布加固柱的特性分析

通过实验对比，分析了玻璃纤维布加固柱和碳纤维布加固柱的受压性能。实验结果表明，经纤维布包裹加固后，柱的承载力和极限压应变均有提高，提高的量值随纤维布约束能力的增加而增大；碳纤维布的加固效果优于玻璃纤维布的加固效果，但在承载力提高相同的条件下，采用碳纤维布加固所需的费用高，性价比相对较低。     

基于ASP网上考试系统的设计与实现

随着通信技术、网络技术和多媒体技术的不断发展，各种交互式多媒体远程教育系统已成为一个研究热点。本考试系统采用基于Browser/Server模式的三层体系结构，对基于ASP的网上考试系统的基本原理和系统结构作了阐述，并简要探讨了该系统的设计思想、实现方法和关键技术。     

蚁群算法的改进及其应用

为对上海市的内河航道提供科学合理的规划，解决集装箱集散问题，同时，也为推广蚁群算法的应用，在介绍蚁群算法解决旅行商（TSP）问题的模型上，对蚁群算法做了相应的改进，配合随机分布技术，以上海市整个内河航道和集装箱运输为研究对象，对内河航道进行规划，得出上海市内河集装箱集散系统合理的分配方案，并提出为满足该合理系统所须进行的相应的河道改造。