敏捷气热菌密码子及AUG侧翼序列保守性分析

比较敏捷气热菌和大肠杆菌等9种编码GC含量．以及各异生物的密码子使用情况．结果表明,与敏捷气热菌编码区GC含量比较接近的果蝇．在密码子使用上与之相差最小．它们在分类学上分别属于不同的域,与敏捷气热菌同属古菌．但GC含量相差较大的强烈炽热球菌．则相差较大．说明编码区GC含量对密码子使用偏好．比生物分类学(系统发育)地位更重要．碱基A．C在高、低表达基因中出现的概率差别较大．尤其在-1,-3,-4和7位点;碱基A,C在调控翻译起始效率中的作用．可能大于碱基G,U。因为碱基G,U在高表达和低表达基因中．其出现的概率差别不大．高表达和低表达基因起始密码子侧翼序列中．某些位点保守性存在差异．其中高表达基因-1位和-3全可能与其高表达特性有关．     

杀虫晶体蛋白对小菜蛾杀虫活性的识别预测

考察对小菜蛾具有杀虫活性和无杀虫活性的晶体蛋白二肽组成的差异.结果发现,对小菜蛾具有杀虫活性的晶体蛋白中,SG,LS,SN,NI,GS,SV,SL,TV,EF,NQ二肽分数较高;而对小菜蛾无杀虫活性的晶体蛋白中,AN,LQ,DA,AQ,TF,SY,EI,LE,PT,RA二肽分数较高,总体分数上存在差异最大的是S*型二肽.在此基础上,发展一种识别杀虫晶体蛋白(ICP)对小菜蛾杀虫活性的统计学方法,通过对两组共27条杀虫晶体蛋白进行有无杀虫活性的初步识别,该方法识别平均正确率分别是71.4%和100%.     

阿魏酸酯酶O42807在毕赤酵母GS115中的表达

研究阿魏酸酯酶O42807基因(fae)在巴斯德毕赤酵母GS115中的表达及重组阿魏酸酯酶的酶学特性.化学合成fae基因序列,构建分泌型重组质粒pPIC9K-fae,经线性化后电转化至毕赤酵母GS115,对筛选出的高活性转化子进行诱导表达.SDS-PAGE分析显示:发酵上清液为单一条带,表观相对分子质量为42 ku,酶活为78.49 nkat·mL^-1,比活力为524.38 nkat·mg^-1,最适反应温度为50 ℃,在40~45 ℃温度范围内较稳定,最适反应p     

木聚糖酶氨基酸组成与最适温度的模型

运用基于均匀设计(UD)的神经网络(NNs)构造法,构建F／10家族木聚糖酶氨基酸组成和最适温度的数学模型．当学习速率为0．1、动态参数为0．6、Sigmoid参数为0．9,隐含层结点数为7时,该模型对最适温度的拟合和预测的平均绝对百分比误差分别为6．61％和1．78％,均方根误差分别为5．43℃和2．00℃,平均绝对误差分别为4．13℃和1．46℃．     

一种预测木聚糖酶最适温度的PCANN模型

采用主成分分析法对样本数据集进行预处理,将得到的新样本数据集输入神经网络,构建F/10家族木聚糖酶氨基酸组成和最适温度的主成分分析神经网络(PCANN)模型.结果表明,当学习速率为0.07、动态参数为0.8、Sigmoid参数为0.96,隐含层结点数为5时,模型对温度拟合的平均绝对百分比误差为4.97%,绝对误差为3.03℃.同时,方法具有良好的预测效果,预测的平均绝对百分比误差为4.68%,平均绝对误差为3.55℃.     

两种超嗜热菌基因组中同义密码子使用的分析

对两种超嗜热菌敏捷气热菌(Aeropyrum pernix)和风产液菌(Aqui fex aeolicus)的密码子使用进行分析．相对密码子使用值(RSCU)的计算表明,它们在密码子使用上具有一定的相似性,但也有不同的使用模式,导致这一现象的机制可能存在差异．密码子RSCU值对应分析表明,两种菌中高表达基因均具有相对较高的GC含量,但基因表达水平对密码子使用偏好的影响程度却不一样．在A．pernix中,它是造成整个基因组密码子使用偏好的最主要因素,而在A．aeolicus中却不是．     

1,3-丙二醇脱氢酶三级结构的模建

利用生物大分子数据库及生物信息学技术,对来源于Klebsiella pneumoniae的1,3-丙二醇脱氢酶分子进行二级结构预测、多序列联配．实验发现,其具有较保守的铁离子结合位点,而未发现常见的NAD(H)结合位点．在此基础上,利用同源建模法和穿线法模建该酶的三级结构,进一步发现铁离子结合位点在空间上形成一口袋状结构．探讨对其作用机制,同时发现该序列中存在2个含铁元素的乙醇脱氢酶信号．     

不同嗜盐机制微生物蛋白质组特性及其识别

选取两种不同嗜盐机制微生物蛋白质组,并将其同非嗜盐微生物蛋白质组进行比较.研究结果发现:积累无机盐的蛋白质氨基酸组成与非嗜盐相差明显,而积累细胞相容性物质的嗜盐蛋白则差异较小,后者分子中His和分子量较小的氨基酸均显著多于非嗜盐蛋白,而Ala则相反;两种类型蛋白质中酸性氨基酸和碱性氨基酸的差值均显著高于非嗜盐蛋白.基于此,使用一种新型Person通用核函数的支持向量机对3种类型蛋白进行识别,其精度可达84.1%,优于其他核函数的支持向量机及其他机器学习算法.     

巴西被动大陆边缘盆地群大油气田形成条件

基于板块构造演化与岩相古地理特征,确定了巴西东海岸被动大陆边缘盆地群经历了早白垩世巴雷姆期陆内裂谷、阿普特期陆间裂谷、阿尔比期以来的被动大陆边缘3 个原型阶段,分别充填了湖相及河流三角洲、过渡相碳酸盐岩与蒸发岩、海相碎屑岩为主的沉积体系。其中,陆内裂谷阶段湖相烃源岩为大油气田形成奠定了丰富的资源基础;陆间裂谷期碳酸盐岩及被动陆缘阶段海相浊积砂体形成两类优质储集层;陆间裂谷期蒸发岩及被动陆缘阶段海相页岩分别为碳酸盐岩及浊积砂体形成高效区域盖层。裂谷期湖相烃源岩始新世—中新世开始生排烃,油气首先沿裂谷期断层及砂砾岩体进入盐下储集层中,如果不发育盐窗,油气直接被盐岩高效封盖在下伏的以碳酸盐岩为主的地层中,形成盐下碳酸盐岩成藏组合;否则油气则会沿盐运动形成的断层运移至盐上被海相页岩“包裹”的浊积砂体之中富集,形成了“双保险”型大油气田成藏模式。搞清该盆地群大油气田的主控因素与成藏模式,不但深化了被动大陆边缘盆地油气富集规律,而且能为中国石油公司制定南美油气发展战略奠定地质基础。     

木聚糖酶特征序列与最适pH定量关系

研究G/11家族木聚糖酶特征序列与其最适pH的定量构效关系,建立逐步回归方程,模型的相关系数为0.975,显著水平p<0.000 1.利用该方程,计算各木聚糖酶的pH值,结果表明,仅有2个木聚糖酶的最适合pH计算值与实测值相差大于0.6,而有6个木聚糖酶最适pH计算值与测定值相差小于0.1,平均绝对百分比误差为5.91%,平均绝对误差为0.26个pH单位,所得结果优于用二肽进行逐步回归所得模型的结果.通过对计算结果和已知晶体结构的木聚糖酶的比较发现,在1YNA中,这6个氨基酸分别是Pro,Leu,Val,Val,Val和Tyr,前3个氨基酸残基位于第7个转角处,更适合作为突变的位点.