Markov Model Applied to Gene Evolution

IntroductionWith the development of molecular biology,thetheory of evolution is being developed andchanged,especially at the molecular level.Theobjective of this research was to try to understandthe force behind sequence evolution and the rulesof evolution.The development of bioinformaticshas made itpossible to study the sequences directlyinstead of relying on complicated experiments.In the end of the1 96 0 s,Kimura and Ohta,and King and Jukes proposed the neutral theory ofmolecular evolutio…     

乳酸生产菌的选育及发酵的研究

以分离到的一株德氏乳杆菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｃｋｉｉ） １－１为出发菌株，经紫外线、硫酸二乙酯、亚硝酸钠等诱变剂处理，筛选出一株产乳酸较高的突变株ＺＬ－５１３，乳酸钙产量由５．８％提高至９．４％。以正交试验为基础对发酵培养基进行优化，采用优化后的培养基发酵 ３ ｄ，残糖降至 ０．１％以下，乳酸钙产量达 １５％。比优化前产酸提高 ６０％，缩短发酵周期 １ｄ。以质量分数 ８％～１５％的玉米粉为原料进行发酵，乳酸钙产量分别为１０％～１８．５％。     

SARS-CoV蛋白质组的生物信息学及其进化关系

一种新的冠状病毒 SARS-CoV是引起严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome, SARS)的病原体. 对由SARS病毒全基因组序列推导出的所有蛋白质逐一进行分子量、等电点、分子消光系数等物理化学性质计算, 以及跨膜区和亚细胞定位预测, 辅以保守序列家族数据库搜索, 预测SARS-CoV功能未知蛋白质的功能. 同时, 通过SARS-CoV与其他冠状病毒蛋白质同源序列比较和进化距离计算, 分析SARS病毒的分类地位以及与其他冠状病毒的进化关系. 结果表明, 尽管SARS病毒是不同于其他3组冠状病毒的一种全新冠状病毒, 但在进化关系上更靠近牛冠状病毒BoCoV和鼠肝炎病毒MHV. 为实验测定SARS病毒蛋白质组以及抗SARS疫苗研制提供了参考和帮助.     

Electrostatic Interactions in Protein Molecules:A Novel Model for the Calculation of the Intrinsic pKa of Lysozyme

ＥｌｅｃｔｒｏｓｔａｔｉｃＩｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓｉｎＰｒｏｔｅｉｎＭｏｌｅｃｕｌｅｓ：ＡＮｏｖｅｌＭｏｄｅｌｆｏｒｔｈｅＣａｌｃｕｌａｔｉｏｎｏｆｔｈｅＩｎｔｒｉｎｓｉｃｐＫａｏｆＬｙｓｏｚｙｍｅＳｕｎＺｈｉｒｏｎｇ（孙之荣），ＨａｎＨａｏ（韩浩）...     

CCR5膜外二硫键Cys20-Cys269对其构象完整性以及功能行使起关键作用

人类化学趋化因子受体CCR5是HIV-1病毒进入人体细胞的主要辅助受体。实验表明,CCR5分子的N末端区域对化学趋化因子结合以及HIV病毒入侵起关键作用。用同源模建的方法构建CCR5结构模型,并对该模型的胞外结构域进行了1ns高温分子动力学和200ps常温分子动力学模拟。结果表明,CCR5的胞外结构域整体上表现为一个包装紧密的球形构象,二硫键Cys20-Cys269对这一构象的形成以及N末端区域的空间取向起关键作用,同时,二硫键的存在使N末端1-19区域定位在胞外结构域的顶部,并增加N末端构象柔性,使其有机会伸展到胞外空间去。根据这一结果和现有的实验证据,提出了HIV-CCR5两步结合机制。     

蛋白质超家族分子进化研究的一种新方法

选取丝氨酸蛋白酶超家族作为研究对象,采用ＳＳＡＰ算法从结构比较的层次上进行蛋白质超家庭分子进行化的研究,分子相同或相似物中酶和功能的演化,鼠类胰鼠白酶突变体结构的聚类关系以及不同抑制对牛β－胰蛋白酶天然结构的影响,探索了结构比较对于蛋白质工程中定点突变改造蛋白质结构与细胞以及蛋白质抑制剂设计等方面的指导作用,基于结构比较的方法是蛋白分子进化的一种新方法。