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Finding finer functions for partially characterized proteins by protein-protein interaction networks
LI YanHui GUO Zheng MA WenCai YANG Da WANG Dong ZHANG Min ZHU ding ZHONG GuoCai LI YongJin YAO Chen WANG Jing 《科学通报(英文版)》2007,52(24):3363-3370
Based on high-throughput data, numerous algorithms have been designed to find functions of novel proteins. However, the effectiveness of such algorithms is currently limited by some fundamental factors, including (1) the low a-priori probability of novel proteins participating in a detailed function; (2) the huge false data present in high-throughput datasets; (3) the incomplete data coverage of functional classes; (4) the abundant but heterogeneous negative samples for training the algorithms; and (5) the lack of detailed functional knowledge for training algorithms. Here, for partially characterized proteins, we suggest an approach to finding their finer functions based on protein interaction sub-networks or gene expression patterns, defined in function-specific subspaces. The proposed approach can lessen the above-mentioned problems by properly defining the prediction range and functionally filtering the noisy data, and thus can efficiently find proteins’ novel functions. For thousands of yeast and human proteins partially characterized, it is able to reliably find their finer functions (e.g., the translational functions) with more than 90% precision. The predicted finer functions are highly valuable both for guiding the follow-up wet-lab validation and for providing the necessary data for training algorithms to learn other proteins. 相似文献
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孟郊和贾岛是唐代两位著名的苦吟诗人,两人分别在五古和五律方面有着独特的建树,但贾岛的古体诗明显受到了孟郊诗歌的影响。具体来说,贾岛的古体诗只用五言的形式,呈现出奇而硬的风格,有着乐府化的倾向,这三方面都可以看出与孟郊诗歌的渊源关系。 相似文献
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本文详细地叙述了“医院门诊部为门诊病人服务的CGPSS-F仿真系统”数据采集与分析的方法.利用CGPSS-F仿真系统的驻留在队列中的实体数和资源处于繁忙状态的单元数,合理调整实体在系统的时间.根据资源容量的利用,实体排队的长度和实体在系统的时间,确定实用的系统参数. 相似文献
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汪火云 《江西师范大学学报(自然科学版)》1993,17(2):131-132
本文引进了θ-聚点,II-列闭空间与II-序列闭空间的概念,并对II-可数闭空间、II-列闭空间、II-序列闭空间建立了一些关系. 相似文献
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文[1]曾报道将蓖麻油提取物精制品制成乳剂和多相脂质体,进行动物体内外抗癌活性实验,结果表明该提取物具有较强的抗癌活性,但其抗癌活性成分的组成和含量尚不清楚.本实验就蓖麻油提取物的组成和含量进行气相色谱分析. 相似文献
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本文在调查研究的基础上,指出了山东省载货汽车运力发展中存在的问题,提出了相应的运力结构调整对策。这对省府有关部门制定交通政策具有参考价值。 相似文献
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以MnCl_2和NaOH为原料,采用胶溶法,制备了超微粒MnO_2制得的MnO_2超微粒为非晶态,直径6.0~10.0 nm,呈球状,在有机溶剂中具有良好的分散性和透明性,考察了影响氧化锰溶胶调制的因素,获得了最佳制胶条件,研究了表面活性剂用量与Mn迁移率的关系;通过X-光粉末衍射、红外光谱、热重及差热分析,研究了产品的结构性能。 相似文献