Computational prediction of MHC Ⅱ-peptide ligands binding specificities by AUC Optimized Gibbs

在以短肽定义的或以抗原定义的疫苗设计中,识别哪个来自病原体的蛋白质片段会结合MHCⅡ分子是个重要问题.多数MHCⅡ表位预测的研究很少给出结合特异性的定量分析,所以这些模型的精确度仍然需要进一步提高.AUC Optimized Gibbs(AOG)使用约化同源性的AUC值而不是相对熵来引导采样,使得正样本和负样本的信息都被用于模型的训练.在10个HLA-DR4(B1*0401)原测试集和约化同源性测试集的测试中,AOG得到的平均AUC值分别是0.771和0.713,优于Gibbs的0.744和0.673.在定量IEDB的MHCⅡ测试集中,AOG得到的平均AUC值是0.766,而TEPITOPE得到的平均AUC值是0.718.从HLA-DR4(B1*0401)数据提取的信息可以识别某些有明显特异性的位置,即P1、P4、P6和P9位置,其对MHC-短肽结合有明显的影响.     

提高激光切割精度的试验研究

分析了焦数比、聚焦光斑直径、辅助氧压和切割速度对 CO2 激光切割切缝宽度、切缝粗糙度等的影响 ,并用试验加以验证     

应用气浮涡轮主轴的微小孔钻削试验研究

为验证气浮涡轮主轴的加工性能,并优化工艺条件来提高钻孔质量,应用小型气浮涡轮主轴在镁合金AZ31B板材上进行?0.5mm微小孔钻削试验.通过全因子试验设计,考察了转速和进给速度对微小孔出口处毛刺高度、入口处孔径偏差及圆度误差的影响,其中孔径偏差和圆度误差采用图像处理结合最小二乘法计算获得.对试验结果进行分析,并对工艺参数进行了综合优化.结果表明:空气主轴的加工性能良好,且当转速为20 000r/min,进给速度为0.4mm/s时,微小孔钻削的综合质量最好.     

基于条件关联互补基因的乳腺癌预后分析

为了提高乳腺癌患者的生存率,改善病人的临床治疗效果,从分子机制上研究了乳腺癌的致病基因。首先对113个正常组织和1 109个癌症组织的表达量进行差异分析,然后对差异表达的基因采用条件联合分析方式对互补基因进行分组,并用逐步Cox回归挑选出一组基因拟合预后模型。研究结果显示:VWCE,SPDYC,CRYBG3,DEFB1,SEL1L2,NMNAT2 6个基因对患者生存率是有害的,AMZ1,GJB2,CXCL2,ALDOC 4个基因对患者生存率是有利的,最终确定10个基因的预后模型能够显著地将样本分为高风险组和低风险组,并且对乳腺癌患者5年和10年的生存率进行了预测,依赖时间的AUC值均可达0.7以上。所提方法能够利用基因与基因之间的关联性,很好地对高维数据进行降维,消除基因与基因之间的共线性问题,10个基因的预后模型可以对患者的临床预测提供帮助。     

潜望镜照相窗口光学系统二级光谱校正分析

潜艇潜望镜光学系统的二级光谱非常大,严重影响潜望镜照相窗口照片的清晰度和分辨率.根据二级光谱像差理论,将多光谱CVD硫化锌光学材料应用于潜望镜照相窗口光学系统.采用光学设计软件ZEMAX进行优化设计,结果表明这种材料在潜望镜照相窗口光学系统中具有良好的消像差作用,成像质量优良,能满足较高的使用要求.最后进行了环境变化对光学系统的影响分析,确定了该光学系统的环境自适应区间.     

昆虫几丁质酶的进化与保守性质的比较基因组学研究

昆虫几丁质酶家族属于第18家族糖苷键水解酶,主要参与昆虫蜕皮、细胞增殖和免疫等生理过程。在7个物种基因组数据中通过BLASTP和PSI-BLAST的方法获得131条chitinase和chitinase-like的同源蛋白质,利用隐马尔科夫算法,找到了几丁质蛋白的保守模体区域。通过进化树分析,将所选的蛋白分为9组,与糖苷水解酶18催化结构域和几丁质结合结构域的特性一致。通过PAML软件计算出几丁质酶的正向选择位点,发现了豌豆蚜虫中的A.pisum xp003243674.1为一条新的几丁质酶蛋白。对深入研究昆虫几丁质酶结构与功能很有帮助。     

基于混合元胞遗传算法的柔性车间调度问题研究

针对柔性作业车间调度问题,建立了以最大完工时间最小、机器最大负荷最小、总机器负荷最小为优化目标的多目标优化模型.引入多色集合理论,建立了柔性车间调度问题的多色集合约束模型,提出了基于多色集合约束模型的元胞遗传算法(apolychromatic collection based cellular genetic algorithm,PCGA),以解决遗传算法在求解柔性车间调度问题时表现出的早熟和收敛性不足等问题.用改进的元胞遗传算法求解柔性车间调度的多目标优化算例,并与其它遗传算法进行比较,实验结果表明,基于多色集合的改进元胞遗传算法在求解此问题时更为高效.     

水稻S5-ORF3蛋白质的进化分析

生殖隔离在形成新物种和物种同一性的保持中有重要作用,因而在水稻优化育种中有重要的意义。S5位点是一个已克隆的控制水稻生殖隔离的基因,它产生的S5-ORF3,ORF4和ORF5蛋白质共同调控着indica-japonica杂交后代的育性,特别是S5-ORF3蛋白质在打破水稻亚种indica-japonica之间的生殖隔离与促进物种间的基因交流中发挥重要作用。针对S5-ORF3的进化分析对于研究它的功能和起源很重要,但目前尚无报道。本文基于序列和进化分析,提出S5-ORF3为一种定位在内质网中的新的HSP70家族蛋白,但缺乏HSP70的C端的多肽结合结构域,推测S5-ORF3可能通过影响alpha-淀粉酶的合成来作用于内质网压力;找到了ORF3的19条同源蛋白,并用极大似然算法构建了可靠的进化树,发现水稻的S5-ORF3与节节麦的luminal-binding蛋白进化关系最为密切;作了置信度100%的S5-ORF3蛋白质的三维结构预测,预测了居中的配体绑定位点;发现了水稻的S5-ORF3与其他HSP70蛋白相比独特的基序,为进一步研究S5-ORF3的作用机理和演化历史提供了线索和数据支持。     

基于XML技术的Web Service

Web Service是一个应用程序,它能通过网络,特别是互联网来描述、发布、定位及调用的服务,其体系结构包含三种角色：服务提供商、注册器和服务请求者。这些角色之间有相互存在着一些操作,它们分别是：发布、查找和绑定。基于XML的Web Service,在internet上一般使用SOAP进行传输,用WSDL来描述Web Service,客户端程序经常通过WSDL来使用Web Service。     

基于模糊控制的超精密隔振平台优化设计与仿真

为了提高超精密隔振平台隔振效果,对隔振系统进行模糊控制器设计和结构优化设计.在ADAMS/view环境下创建平台参数化模型,以隔振平台加速度、系统动挠度和底座动位移作为性能目标函数进行结构优化.对模糊控制下的主动隔振系统采用ADAMS与Matlab联合仿真的方法.仿真结果表明,经过ADAMS优化之后的主动隔振系统能有效提高主动隔振平台的隔振效果,联合仿真方法为隔振系统动力学仿真提供了一条新的思路.