高致病性PRRSV ORF6和ORF7基因的遗传变异分析

从GenBank中选取8株国内报道的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒株,应用DNAStar软件对其ORF6、ORF7基因序列进行分析,与VR-2332株、LV株、国内及周边国家分离株进行核苷酸和推导氨基酸同源性比较,并绘制系统进化树.结果表明,高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒株的ORF6、ORF7核苷酸与VR-2332株的同源性为95.1%-95.4%、93.8%-94.1%,与欧洲型（LV）的同源性为69.4%-69.6%、67.9%-68.5%;ORF6、ORF7推导氨基酸与VR-2332株的同源性为97.7%、94.4%-95.2%,与欧洲型（LV）的同源性为80.0%-80.6%、65.3%-66.1%.系统进化树表明,8株高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒株仍属于美洲型.说明猪繁殖与呼吸综合征病毒不断变异的现今,ORF6和ORF7基因依然高度保守.     

猪繁殖与呼吸障碍综合征的RT-PCR诊断

根据猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）的全基因组序列,设计合成一对特异性引物,建立检测PRRSV的RT-PCR方法。对两份疑似病料进行检测,结果两份均为猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒阳性。结合流行病学,临床症状以及病理解剖变化,诊断为猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒感染。     

金银花枝叶抗猪蓝耳病毒有效活性部位化学成分的分离与鉴定

通过测定金银花枝叶提取物对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染的Marc-145细胞的最小保护浓度和对病毒感染滴度的影响来评价其体外抗猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的活性.结果显示,金银花枝叶95%乙醇提取物经D101型大孔树脂吸附后,得到的60%乙醇/水洗脱部位对PRRSV感染细胞的最小保护浓度为6.25μg/mL,6.25μg/mL 60%乙醇/水洗脱部位使PRRSV病毒滴度从105.8 TCID50降低至100.3 TCID50左右,即60%乙醇/水洗脱部位具有良好的体外抗PRRSV活性.利用溶剂提取法、正相硅胶柱层析、Sephadex LH-20和RP-HPLC等色谱法,从该有效活性部位中分离得到了5个化合物,通过理化性质和1 H NMR、13 C NMR等光谱数据鉴定化合物分别为Dihydrodehydrodiconiferyl alcohol 4′-O-β-D-glucoside(1),Apigenin 5-O-β-D-glu-copyranoside(2),Secoxyloganin(3),Benzyl alcohol O-(6′-O-β-D-xylopyranosyl)-β-D-glucopyr-anoside(4)和Sweroside(5).     

猪繁殖与呼吸综合征病毒SCM株ORF5基因抗原表位克隆表达及其免疫性研究

为鉴定猪繁殖与呼吸综合征病毒SCM株(PRRSV-SCM)囊膜糖蛋白GP5的免疫原性,利用RT-PCR方法从PRRSVSCM株ORF5中扩增大小为231bp的目的基因并构建表达载体PET32-GP5,将其转入大肠埃希菌Rosetta,运用IPTG通过条件优化诱导其表达.检测结果表明:最佳诱导条件为IPTG浓度1mmol/L在37℃下作用5h,表达大小约28kU的融合蛋白.通过Western-blot和间接酶联免疫吸附试验检测表达蛋白,结果显示该原核表达的融合蛋白可与PRRSV阳性血清发生反应,证明该蛋白具有免疫反应性.这为将来研制检测试剂盒以及后续研究PRRSV亚单位疫苗提供了重要依据.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒N蛋白的表达与纯化

根据GenBank报道的PRRSV VR2332基因序列设计引物,经RT - PCR扩增,得到大小约为390 bp的阳性产物;利用Bam H Ⅰ,EcoR Ⅰ位点将N蛋白基因片段克隆到pET-28a载体,构建原核重组表达质粒pET-N,转化BL21(DE3)并进行SDS-PAGE,Western blot分析.结果表明:克隆的N蛋白基因与GenBank报道的VR2332基因同源性为93.83％;重组菌株经IPTG诱导后,N蛋白基因得到了高效表达;经筛选得到最佳诱导条件,即1 mmol/L IPTG诱导6h,蛋白表达量可达菌体蛋白总量的52.635％,SDS-PAGE后切胶回收可得到纯化的N蛋白,为进一步制备免疫胶体金试纸条或ELISA试剂盒提供基础.     

猪繁殖和呼吸综合征病毒福建毒株ORF5的序列分析及原核表达

根据猪繁殖和呼吸综合征病毒(PRRSV)已发表的核苷酸序列,设计了一对特异性引物(p1/p2),用RT-PCR扩增PRRSV福建毒株FJ-1的全长糖基化囊膜蛋白基因(ORF5),将扩增产物连接到pUCm-T载体并转化大肠杆菌DH10B,筛选阳性重组质粒进行序列测定与分析.再设计另一条引物(p3)与p2从重组载体pUCm-T-ORF5中扩增出缺失了N端30个氨基酸残基的tGP5的编码序列tORF5,克隆入表达载体pGEX-4T-3后在大肠杆菌中表达.结果表明,FJ-1毒株ORF5基因为603 bp,编码200个氨基酸,与北美型参考毒株VR-2332、CH-1a及欧洲型参考毒株LV的氨基酸同源性分别为87%、89%和53%,推定福建毒株FJ-1属于北美型毒株.原核表达产物经过SDS-PAGE及Western Blot分析,证实为GP5与谷胱甘肽转移酶(GST)的融合蛋白.分子量为41 kDa.表达量约占菌体蛋白的15%,主要以包涵体形式存在.     

猪繁殖和呼吸综合征病毒ORF7基因的克隆与序列分析

根据猪繁殖和呼吸综合征病毒（PRRSV）已发表的核苷酸序列,设计了1对特异性引物P1／P2,用RT-PCR扩增了PRRSV福建毒株FJ-1和FJ-2的全长核衣壳蛋白基因（ORF7）,将扩增产物连接到pUCm-T载体并转化大肠杆菌DH10B,提取阳性重组质粒进行序列测定与分析．结果表明：FJ-1和FJ-2毒株ORF7基因均为372bp,编码123个氨基酸,与美洲型参考毒株VR-2332及欧洲型参考毒株LV的核苷酸同源性分别为95．16％,94．35％和61．40％,60．65％,其推导的氨基酸同源性分别为95．93％,95．12％和56．49％,55．73％．研究表明,福建流行的FJ-1和FJ-2属于美洲型PRRSV毒株．     

毛叶山桐子性别相关ISSR分子标记的筛选与分析

为筛选与毛叶山桐子性别相关的分子标记,本研究优化了毛叶山桐子ISSR-PCR反应体系,并利用优化后的体系逐一筛选100条ISSR引物,然后通过聚丙烯酰胺凝胶电泳进行多态性检测.实验确立出最佳的25μL反应体系为:55ng DNA模板,1 U Taq酶,2μL dNTPs(2.5mmol/L),2μL引物(10μmol/L),2.5μL 10×Taq Buffer(含Mg2+),超纯水补足总25μL.利用该体系逐一筛选ISSR引物,在多次重复后只有UBC841引物扩增出的差异性条带可以稳定存在.PAGE电泳结果显示,UBC841扩增产生一条差异性条带,大小在250~300bp之间,存在于毛叶山桐子雌株中,但后期的测序发现该条带可能是由大小相近的条带组成的混合条带.虽然如此,引物UBC841仍可以作为毛叶山桐子性别相关的分子标记.     

滚环扩增阳离子共轭聚合物均相检测microRNA

结合恒温滚环扩增(rolling circle amlification,RCA)、单链特异性核酸外切酶Ⅰ(exonucleaseⅠ,ExoⅠ)和阳离子共轭聚合物(Cationic conjugated polymer,CCP)荧光共振能量转移(fluorescence reso-nance energy transfer,FRET)技术,建立了一种特异、灵敏的均相检测microRNA(miRNA)的新方法.该方法应用荧光标记探针与RCA扩增的长链DNA产物杂交,当加入CCP时,其与杂交的标记探针通过静电力结合,发生高效的FRET.未杂交的标记探针利用ExoⅠ水解成单核苷酸,其与CCP相互作用力弱,不能发生有效的FRET.基于此,无需分离和洗涤步骤,实现了RCA扩增miRNA的均相检测.方法特异性好,灵敏度高,线性为0.5～20pmol/L,检出限为0.2pmol/L.方法为miRNA均相检测和原位成像分析以及临床诊断提供了新策略.     

卵形鲳鲹主要致病链球菌多重PCR诊断技术的建立

【目的】快速、准确地检测卵形鲳鲹(Trachinoms ovatus)感染无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)、停乳链球菌(Streptococcus dysgalactiae)、海豚链球菌(Streptococcus iniae)和格式乳球菌(Lactococcus garvieae)4种主要的致病菌,为卵形鲳鲹的健康养殖提供依据。【方法】针对4种致病菌的特异基因设计特异性引物cfb-F/cfb-R,tuf-F/tuf-R,Si-F/Si-R,PLG-F/PLG-R,建立多重PCR反应体系,通过调试各引物对之间的最佳比例以及最适退火温度,对反应体系进行优化及灵敏度测试。2014年6~8月,应用该体系对北海及湛江各养殖场的发病卵形鲳鲹进行检测,然后用通用引物扩增16SrRNA基因,经测序、比对检测体系的准确性。【结果】反应体系中cfb-F/cfb-R,tuf-F/tuf-R,Si-F/Si-R,PLG-F/PLG-R的最适浓度分别为0.2μmol/L,0.08μmol/L,1.6μmol/L和0.4μmol/L;最优退火温度为54.3℃;4种目标菌的检测灵敏度为5×10~(-2) ng/μL;11份病原样品检测中,2份出现海豚链球菌的目的条带,4份出现无乳链球菌的目的条带,5份未见目的条带,和测序分析结果一致。【结论】多重PCR方法能代替传统的微生物检测方法特异、快速、灵敏地检测4种致病菌。     

Marc-145细胞库的建立及其生物学特性研究

从中国典型培养物保藏中心(CCTCC)引进Marc-145细胞,建立了原始细胞库、主细胞库和工作细胞库,并对工作细胞库的细胞复苏后进行了活力、形态、生长特性、微生物污染、核型、乳酸脱氢酶同工酶和对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)敏感性等特性进行了鉴定.结果显示,Marc-145细胞为上皮型细胞,生长状态良好,生长曲线呈"S"型,最大增殖浓度为4.71×105/mL,倍增时间为26.1h,细菌、真菌、支原体和红细胞吸附检测均为阴性,染色体核型为2n=60,对PRRSV敏感.建立的细胞,为开展猪繁殖与呼吸综合征病毒及其疫苗研究提供了细胞资源.     

扬子鳄SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选

以扬子鳄总DNA为材料,对影响SRAP-PCR的Mg2 、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物浓度等因素进行了优化,分析了TaqDNA聚合酶、样本浓度、Mg2 浓度、dNTPs浓度以及引物浓度对SRAP-PCR扩增结果的影响.筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物l3对,建立了稳定的、可重复的扬子鳄SRAP-PCR最佳反应体系及PCR扩增参数.研究结果表明:在30μlSRAP-PCR反应体系中,样本最适宜为1μl(30ng/μl),Mg2 的最适为2μl(2.5mmol/L),dNTPs最适为2μl(2.5mmol/L),单引物的最适均为1μl(10pmol/μl);聚合酶在30μl反应体系中宜加入1U.SRAP-PCR引物筛选及其反应体系的建立,为今后利用SRAP标记技术开展扬子鳄种群的分子生物学研究提供了一个标准化程序和强有力的工具.     

均匀设计在樟树RAPD反应体系优化中的应用

以樟树[Cinnamomun camphora(L.)Presl]为材料,运用均匀试验设计,对影响RAPD标记的多个因素,包括Mg2 、dNTP、引物、模板DNA和Taq DNA聚合酶浓度等,优化得到适合于樟树RAPD标记的反应体系为:20μL反应体系中,含1. 5 mmol/L MgCl2,0.2 mmol/L dNTP,0.2 μmol/L 引物,8 ng/μL模板DNA,1 U Taq DNA聚合酶.研究结果表明:均匀试验设计可以应用于RAPD反应体系的优化.     

蚕豆SSR-PCR体系建立及优化

为了建立适宜蚕豆的SSR-PCR反应体系,用于蚕豆的SSR分子标记研究。以青海12号、透心绿为材料,通过正交设计L16(45)对蚕豆SSR-PCR反应体系中的Taq酶,Mg~(2+),dNTPs,引物和模板DNA 5个因素的4个水平进行优化试验。结果表明:各因素不同水平对PCR反应均有影响,各因素对PCR扩增结果的影响大小分别为:Taq酶dNTPs模板DNA引物Mg2+。最终筛选出蚕豆最佳SSR-PCR反应体系(20μL):1U Taq酶,0.75 mmol/L d NTPs,100 ng模板DNA,2μmol/L引物和1.5 mmol/L Mg~(2+)。     

利用AFLP技术筛选与银杏性别相关的分析标记

利用amplified fragment length polymorphism(AFLP)技术,应用48个引物组合,检测了雌雄银杏基因组DNA的多态性,筛选与银可性别相关的分子标记,其中3个引物组合各提供了1个与雌性相关的分子标记。经Southern点杂交证实有两个标记为银杏雌性基因组所特有。这些分子标记的获得,为寻找性别特异的探针或PCR引物,用于银杏的性别鉴定奠定了基础。     

应用RAPD技术构建绞股蓝DNA指纹图谱

以不同类型绞股蓝(Gynostemma Pentaphyllum,(Thunb)Makino)DNA为模板,进行RAPD反应条件的优化及RAPD结果分析.最终筛选的RAPD反应条件为:20μL PCR反应体系中包括了10×buffer2.0μL,Mg2 2.0 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,引物0.5 mmol/L,Taq酶1U,模板DNA 50 ng.反应程序为94℃3 min→(94℃30 s→38℃40 s→72℃1 min)45个循环→72℃10min→4℃保持,并从66条随机引物中筛选出5条带型丰富、适合于绞股蓝分析的随机引物.以这5条随机引物对不同类型绞股蓝进行RAPD扩增,识别其特征性多态位点,建立分子标记检索表.     

朱鹮RAPD反应体系优化研究

目的研究朱鹮RAPD反应中Mg2 浓度、复性温度、引物浓度、Tag酶浓度和DNA模板量等几种因素对扩增结果的影响,并探讨反应的最优条件。方法以朱鹮DNA为材料进行RAPD试验,对Mg2 浓度、复性温度、引物浓度、Tag酶浓度和DNA模板量进行梯度设置,每次仅改变一个参数,并保持其他条件不变。结果建立了一套适用于朱鹮的RAPD反应体系。结论优化后的朱鹮RAPD反应条件为:反应总体积25μL,其中含Mg2 (25 mM)2.5μL,10×Buffer2.5μL,dNTPs(10mM)0.5μL,引物(8μmol/L)1.0μL,Tag酶(3 U/μL)0.4μL,DNA模板(10 ng/μL)3.0μL;PCR循环中复性温度为37℃。     

新疆早熟棉品种SSR分子标记体系的建立

为探索适宜新疆早熟棉的SSR-PCR反应体系,采用L9(34)正交实验设计,研究了SSR-PCR反应体系的主要成分对扩增结果的影响。结果表明,棉花SSR-PCR最适反应体系为:在10μL的反应体系中,Taq DNA聚合酶用量为0.1 U、dNTP浓度0.2 mmol/L、引物浓度0.4μmol/L、Mg2+浓度2.5 mmol/L和模板DNA 20 ng;在此基础上,从2300对SSR引物中筛选出多态性高的引物52条,分别构建了新疆已经审定的42个早熟棉品种的DNA指纹图谱。该研究为早熟棉品种鉴定、遗传多样性分析,分子标记辅助育种和种子质量综合评价等奠定了基础。     

苔藓植物RAPD应体系的建立及遗传多样性分析

以多枝青藓为材料优化RAPD反应条件,在此基础上对11种苔藓植物进行遗传多样性分析.结果表明:苔藓植物RAPD反应(25μl体系)的最佳条件为,Taq酶,1.0U;Mg2+浓度,2.0 mmol/L;dNTP浓度,0.2 mmol/L;模板DNA,60 ng;引物浓度,10 pmol.用40条引物进行扩增筛选,有6条引物扩增条带清晰,重复性好,共扩增出77条带.通过SPSS11.5分析软件对扩增结果进行聚类分析,结果与形态学分类基本一致,说明RAPD技术可用于苔藓植物的遗传多样性研究.     

三角梅ISSR反应体系的建立和优化

对影响三角梅ISSR-PCR扩增反应的各个参数进行优化,建立适合三角梅的ISSR反应体系:PCR反应体积为20μL,其中10×buffer(含Mg2+)2.0μL,dNTP250μmol/L,Taq酶1.0U,引物0.3μmol/L,模板DNA20ng。扩增程序为:94℃预变性5min;94℃变性1min,51.6℃退火1min,72℃延伸2min,34个循环;最后72℃延伸7min。该反应体系标记点位清晰、稳定、重复性好,适宜三角梅ISSR分析,为应用ISSR技术鉴定三角梅种质资源、分子标记辅助选择育种及其遗传多样性研究奠定了基础。