乳腺宁治疗急性乳腺炎的网络药理学研究

目的:分析乳腺宁搽剂对急性乳腺炎的药效物质基础及其靶点的作用机制.方法:通过查询TCMSP、CNKI等相关数据库,筛选出乳腺宁组方药物木芙蓉和穿心莲的潜在化学活性物质,通过SWISS TARGET预测相关靶点蛋白,采用疾病数据库OMIM、Gene cards预测炎症的作用靶点,并获取药物与疾病交集靶点,通过Cytoscape(3.7.2)软件,构建"活性成分与疾病靶点"的可视化网络图.通过String数据库平台构建蛋白互作网络,再利用David平台和R语言进行GO富集分析和KEGG富集分析.结果:经数据库筛选出乳腺宁主要活性成分35个,其中关键化学成分为5-羟基-7,8,2'-三甲氧基黄酮(Andro-graphin)和新穿心莲内酯(3-[2-[(1R,4aS,5R,8aS)-5,8a-dimethyl-2-methylene-5-methylol-decalin-1-yl]ethyl]-5H-furan-2-one),乳腺宁与急性乳腺炎的共同靶点共32个,获得ALB、EGFR、AKT1、IL1B、MPO等17个核心基因;获得140条GO生物学过程包括血管收缩调节、氧化应激反应、炎症反应、脂氧合酶途径、蛋白质磷酸化的正调控等,26条KEGG相关信号通路,涉及癌症信号通路、急性髓系白血病、NF-κB信号通路等.结论:乳腺宁搽剂治疗急性乳腺炎具有多成分、多靶点、多通路的特点;乳腺宁搽剂中的穿心莲黄酮等主要活性成分基于NF-κB等信号通路调控机体炎症反应而发挥治疗急性乳腺炎的作用.     

黄连治疗新冠肺炎的作用机理——基于网络药理学方法和分子对接技术

基于网络药理学方法和分子对接技术,初步探索了黄连治疗新冠肺炎（COVID-19）的作用机理.使用中草药系统药理学平台筛选黄连的有效活性成分与作用靶点,GeneCards和OMIM数据库筛选COVID-19的疾病靶点,R软件筛选药物与疾病的共同靶点,并利用Cytoscape软件构建“药物—活性成分—靶点—疾病”互作网络,STRING数据库构建共同靶点蛋白互作网络,ClueGo软件对共同靶点进行基因功能分析,R软件对共同靶点进行KEGG通路富集分析,然后将黄连有效成分中的核心成分与其治疗COVID-19的主要靶点进行分子对接.结果表明,黄连的有效活性成分共14种,靶点共235个;COVID-19的相关基因共341个;黄连治疗COVID-19的关键靶点包括VEGFA,IL6,POR,PLAT.分子对接结果显示,黄连中核心化合物榭皮素与PLAT,VEGFA,IL6对接效果良好.     

基于网络药理学研究槐花丸治疗结肠炎机制

通过网络药理学的方法对槐花丸治疗结肠炎的作用机制进行探索和研究.通过TCMSP和ETCM数据库找到槐花丸的主要成分,通过Swiss Target Prediction对成分靶点进行预测;使用OMIM、GeneCards、TTD Database和MalaCards数据库以"colitis"为关键词进行检索,获得结肠炎相关的疾病靶点;将疾病靶点与主要成分靶点进行交集得出药物作用成分;使用Cytoscape软件绘制出药物的主要作用成分-靶点相互关系网络图;使用STRING平台导出药物的蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络图.应用DAVID数据库对核心靶点进行GO分析及KEGG相关通路分析,并对KEGG信号通路进行可视化.得到槐花丸共有54个主要作用成分,其中26个成分活性较好,可能作用于STAT3、TP53、MAPK3、AKT1、TNF、VEGFA等关键靶点,参与91条信号通路.通过绘制药物成分-疾病靶点网络、药物蛋白与蛋白相互作用网络等多条途径,对槐花丸治疗结肠炎的作用机制进行了初探和研究,为其他相关研究提供了依据,为其后续临床疗效评价指标的筛选提供了研究方向.     

网络药理学与分子对接研究黄芪治疗阿尔兹海默病的作用机制

为了研究黄芪中活性成分治疗阿尔兹海默病的作用机制,采用网络药理学与分子对接模拟方法,利用相关数据库确定疾病靶点,构建靶点相互作用和药物-成分-靶蛋白-疾病网络,在DAVID数据库进行基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书数据库通路富集分析,并对靶点进行分子对接模拟验证。结果表明：筛选到20种黄芪抗阿尔兹海默病的活性成分,其中槲皮素、山奈酚、异鼠李素、刺芒柄花素、 7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇为关键成分;筛选出118个交集靶点,含6个关键靶点,各靶点富集于炎症反应细胞凋亡等生物过程;分析得到180条信号通路,作用机制主要与TNF、 PI3K-Akt、 IL-17等通路相关。     

基于网络药理学和分子对接探讨三黄泻心汤治疗阿尔茨海默病的机制

运用网络药理学方法探讨三黄泻心汤治疗阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease, AD)的作用机制。利用中药系统药理学数据库与分析平台检索并筛选出三黄泻心汤的有效成分及作用靶点。通过GeneCards数据库检索并筛选出AD相关靶点，维恩图获取药物与疾病交集靶点。使用STRING数据库得到蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络信息。使用Cytoscape构建药物-有效成分-靶点-疾病网络与PPI网络图，通过DAVID数据库对共同靶点进行GO(gene ontology)和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)分析。使用SYBYL-X 2.1.1软件进行分子对接验证。筛选出三黄泻心汤47个有效成分，71个药物与疾病交集靶点，主要活性成分为槲皮素、β-谷甾醇、汉黄芩黄素、黄芩新素、半枝莲种素、苏荠苎黄酮，核心靶点为IL-6、TNF、IL-1β、VEGFA、TP53。GO功能分析主要涉及药物反应、缺氧反应、细胞迁移的正向调节、一氧化氮生物合成过程的正调控等生物过程，KEGG分...     

香连片抗细菌性痢疾相关疾病的网络药理学研究

通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选香连片的主要活性成分;通过TCMSP及Swiss Target Prediction数据库查找筛选其活性成分的对应靶点.收集有关细菌性痢疾相关疾病的靶点,映射至香连片活性成分靶点基因,构建活性成分-靶点网络及共同靶点蛋白相互作用网络(PPI).将共同靶基因进行GO功能富集与K...     

基于网络药理学和分子对接探讨蛇床子治疗乳腺癌的作用机制

利用网络药理学和分子对接探讨蛇床子抗乳腺癌的分子机制。采用中药系统药理学数据库与分析平台获取中药蛇床子的化学成分及其相关靶点,借助Uniprot数据库进行基因转换;在GeneCards、OMIM数据库中检索乳腺癌疾病的相关靶点;利用Venn在线软件获取药物与疾病的共同靶点;由Cytoscape 3.7.2绘制药物-成分-靶点-疾病网络;STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;基于DAVID数据库对靶点进行基因本体功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析,运用AutoDock软件对蛇床子的关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果表明, 蛇床子的17个有效成分通过调控19个靶点和56条通路对乳腺癌产生作用,4个关键的化合物分别为β-谷甾醇、(E)-2,3-bis(2-keto-7-methoxy-chromen-8-yl)acrolein、豆甾醇、蛇床子素,可通过HSP90AA1、JUN、PRKACA、KDR等关键靶点介导癌症通路、癌症的蛋白聚糖、粘着斑、PI3K-Akt等信号通路发挥抗乳腺癌作用。该研究初步揭示了蛇床子抗乳腺癌的作用机制,为蛇床子的临床应用及其治疗乳腺癌的相关研究提供了理论依据。     

补骨脂乙素治疗溃疡性结肠炎的分子作用机制

利用网络药理学方法联合GEO基因芯片及分子对接探索补骨脂乙素治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的潜在作用机制.通过PubChem等数据库预测补骨脂乙素靶点;在GeneCards、DisGeNET等数据库检索UC作用靶点合并GEO芯片提取的差异基因去重后得到UC靶点,对药物与疾病交集基因进行富集分析;构建交集基因蛋白互作网络筛选出核心靶点,分子对接初步验证药物与核心靶点的结合活性.结果:筛选出交集基因107个;富集分析显示基因功能多与炎症相关;筛选得到核心靶点AKT1、MMP9、EGFR、IGF1、SRC;分子对接模拟验证显示药物与核心靶点之间有较好的结合活性.提示补骨脂乙素可能通过作用于核心靶点调节炎症相关信号通路进而发挥抗UC的作用,可为后续深入研究提供数据支持.     

基于网络药理学和分子对接探讨智脑胶囊改善阿尔茨海默病的作用机制

借助网络药理学和分子对接技术,探讨智脑胶囊改善阿尔茨海默病的干预机制。通过TCMSP、TCMID等多个数据库寻找与智脑胶囊相关的化学成分及其作用靶点;利用GeneCard等数据库获取阿尔茨海默病的作用靶点;运用Venny2.1网站筛选出药物与疾病的交集靶点;使用STRING平台和Cytoscape软件进行拓扑分析得到智脑胶囊治疗阿尔茨海默病的核心作用靶点;采用Metaspace数据库对潜在核心作用靶点进行GO(gene ontology)及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析;利用AutoDock软件使用分子对接验证活性化合物与核心靶点的结合能力。结果表明：在智脑胶囊中共筛选出44个活性成分和292个有效靶点,智脑胶囊与阿尔茨海默病共同靶点58个;蛋白质-蛋白质相互作用得出关键靶点包括AKT1、IL-6、TNF等;GO分析共包含1 419条,KEGG得到175条代谢通路,主要包括脂质与动脉硬化、TNF信号通路;分子对接显示关键成分与靶点具有良好的结合能力。研究表示智脑胶囊可能通过脂质与动脉硬化和TNF信号通路等途径来减轻...     

三七-白及药对作用机制的网络药理学分析

通过网络药理学的方法,研究三七-白及药对在疾病治疗过程中潜在的药理作用机制.采用TCMSP数据库筛选三七-白及药对的活性成分和作用靶点,并用Uniprot数据库校正靶点信息得到靶点基因,利用CTD数据库获得靶点基因相关的疾病类型,通过STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络,分析得到核心蛋白,运用DAVID数据库富集分析靶点基因参与的基因本体论(GO)生物学过程及京都基因与基因百科全书(KEGG)通路.共筛选得到17个活性成分,涉及193个作用靶点.结果表明:槲皮素、β-谷甾醇和豆甾醇的作用靶点数目最多;靶点基因与35类疾病相关,主要包括癌症、神经系统疾病、心血管疾病等;蛋白相互作用网络分析得到核心蛋白AKT1,MAPK1,c-Jun,P53,TNF等;靶点基因主要涉及药物反应,RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等91条GO生物学过程,KEGG通路显著富集到癌症通路、乙型肝炎等66条通路,与前述疾病分析结果相符.     

高粱泡叶治疗Ⅱ型糖尿病的分子作用机制的网络药理学研究

目的:通过网络药理学方法研究,预测高粱泡叶治疗Ⅱ型糖尿病的潜在分子作用机制。方法:通过Gene Cards数据库检索Ⅱ型糖尿病相关靶点;建立“高粱泡叶-化学成分-靶点”作用网络,通过Metascape数据库对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,运用AutoDock及Pymol对度值靠前的靶点与对应活性成分进行分子对接验证。结果:筛选出高粱泡叶12个成分和169个预测靶点,2026个疾病靶点;通过Venny2.1在线分析,得到73个共同靶点。GO富集分析得到蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性、成纤维细胞增殖的正调控、胰岛素结合、血管内皮生长因子激活受体活性等多种生物学过程和癌症的途径、PI3K-Akt信号通路、ErbB信号通路等21条信号通路。分子对接结果显示筛选的主要活性成分与其对应靶蛋白均具有较好的结合活性。结论:高粱泡叶通过众多靶点、多途径、多通路治疗Ⅱ糖尿病。该研究为高粱泡叶的后期开发利用奠定了相关理论基础。     

基于网络药理学探讨头花蓼治疗泌尿系统感染的作用机制

目的:利用网络药理学的方法探究头花蓼治疗泌尿系统感染的作用机制。方法:在知网上收集和整理头花蓼的有效成分；通过TCMSP数据库找到头花蓼活性化合物对应的靶标，并用Uniprot数据库添加基因的Symbol;通过GeneCards网站检索泌尿系统感染相关的靶标；利用R软件提取出头花蓼有效成分和疾病共同的靶基因，将共同基因用Cytoscape3.7.2软件构建药物-疾病-有效成分-基因的调控网络；利用STRING数据库构建蛋白互作网络；用R语言进行GO和KEGG富集分析。结果:得到头花蓼的化学成分42个；342个靶蛋白；与疾病的交集靶蛋白共254个；GO分析得到条目186条；KEGG分析得到194条。头花蓼的活性成分可以通过调控SRC、AKT1、STAT3、JUN、MAPK1、RELA等靶标，AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、脂质和动脉粥样硬化通路、人类巨细胞病毒感染等通路发挥治疗泌尿系统感染的作用。结论:头花蓼可以治疗泌尿系统感染，其治疗机制与降低细胞通透性、激活自噬蛋白与PI3K-Akt通路有关。     

基于网络药理与分子对接技术的乌梅清润茶防治咽喉疾病作用机制研究

采用网络药理学与分子对接技术筛选乌梅清润茶防治咽喉疾病的主要活性成分并研究其作用机制.利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)及文献挖掘的方式筛选乌梅清润茶活性成分及作用靶点,与OMIM和GeneCards数据库筛选咽喉疾病靶基因取交集获取潜在作用靶点.采用Cytoscape(3.7.1)软件建立"化合物-靶点网络"并...     

基于网络药理学探讨尪痹方治疗类风湿性关节炎的机制

基于网络药理学方法探讨尪痹方治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的潜在机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台筛选出尪痹方的化学成分及作用靶点,GeneCards数据库检索RA相关靶点,维恩图获取药物与疾病交集靶点,利用STRING数据库得到蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络信息,使用Cytoscape构建药物-有效成分-靶点-疾病网络与PPI网络图,通过DAVID数据库对共同靶点进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析。使用SYBYL-X 2.1.1软件进行分子对接验证。经过筛选得到32个有效成分及99个相关靶点,核心靶点为IL-6、TNF、AKT1、VEGFA、PTGS2等。GO功能富集分析主要涉及RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程,KEGG通路富集分析主要涉及TNF信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等信号通路。分子...     

基于网络药理学探讨连花清瘟胶囊防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制

目的 基于网络药理学方法研究连花清瘟胶囊活性成分防治新型冠状病毒肺炎的作用机制.方法 通过文献挖掘确定连花清瘟胶囊活性成分,依托TCMSP、Swiss Target Prediction数据库检索活性成分靶点,利用Cytoscape3.6.1软件绘制连花清瘟胶囊活性成分-靶点网络;运用GeneCards数据库查询新型冠...     

基于网络药理学和分子对接的催乳丸调治缺乳作用机制

通过网络药理学方法筛选催乳丸调治缺乳的主要活性成分和潜在靶点蛋白,构建有效成分-蛋白相互作用网络,采用计算机模拟方法开展分子对接验证,探讨催乳丸调治缺乳的潜在分子机制。经筛选,催乳丸中主要包括槲皮素、木犀草素、山奈酚、香叶木素、叶酸、β-谷甾醇等12个活性成分;药物与疾病靶点的交集包括STAT3、MAPK1、JAK2、EGFR、ESR1、STAT5A等16个关键蛋白靶点;经过富集分析和筛选,发现与催乳丸活性成分作用的靶点蛋白富集在催乳素信号通路、雌激素信号通路、AMPK信号通路、cAMP信号通路等多种生物学过程。分子对接结果显示,槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素与关键靶点STAT3、MAPK1、ESR1、EGFR的结合能力较强,其通过调控转录因子、激酶、雌激素受体蛋白和表皮生长因子受体蛋白,影响乳腺上皮细胞生长,发挥调治缺乳作用。研究结果初步揭示了催乳丸治疗缺乳的多组分、多靶点、多途径机制,为缺乳症状的治疗研究提供了参考。     

牛蒡子炮制前后质量标志物的网络药理学研究

研究牛蒡子炮制前后质量标志物的药效作用靶点,构建“成分-靶点-疾病”作用网络,解释牛蒡子炮制机理。 通过PharmMapper数据库筛选牛蒡子炮制前后6个质量标志物成分的潜在作用靶点,通过STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络;采用Cytoscape软件构建“成分-靶点-疾病”网络图。牛蒡子炮制前后质量标志物成分可通过多靶点作用,在抗肿瘤、抗炎、心脏损伤保护、抗高血压等方面发挥作用,且各个成分的相关作用靶点相互交联,共同发挥多靶点药效作用。通过网络药理学方法揭示了牛蒡子炮制前后质量标志物的主要药效作用,为进一步深入揭示其炮制机理提供了科学依据。     

含苍耳类药材复方的数据挖掘及抗肿瘤机制探讨

为挖掘复方中苍耳类药材抗肿瘤的用药规律,并探讨核心药物抗肿瘤的分子机制,通过检索《肿瘤方剂大辞典》等资料,筛选治疗肿瘤的含苍耳类药材的复方制剂,基于关联规则和系统聚类,分析用药规律并获取核心药物组。基于中药系统药理学分析平台筛选核心药物组的化学成分及对应靶点;检索GeneCards等数据库获取肿瘤疾病靶点;二者取交集后获得药物、疾病交集靶点。构建核心药物组抗肿瘤的“中药-成分-靶点”网络及交集靶点的蛋白互作网络。基于R语言行GO功能与KEGG通路富集分析,基于AutoDock Vina软件行分子对接验证。结果表明：共筛选出相关复方118首。基于数据挖掘结果综合分析,将苍耳子等10味中药作为核心药物组。网络药理学分析共获得交集靶点144个,筛选出β-谷甾醇等5种核心成分,TP53等5个关键靶点,涉及通路174条,主要包括PI3K-Akt、p53、肿瘤坏死因子等信号通路。分子对接提示核心成分与关键靶点结合活性强烈。可见,数据挖掘初步揭示了含苍耳类药材复方抗肿瘤的用药规律,获取了核心药物组;其核心成分β-谷甾醇等可通过作用于TP53等靶点,调控PI3K-Akt等信号通路,发挥抗肿瘤作用。     

基于网络药理学探讨自拟黄芪首乌酊方对治疗雄激素性脱发的作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨自拟黄芪首乌酊方治疗雄激素性脱发的作用机制。方法:通过TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库中收集黄芪首乌酊8味中药的有效活性成分和靶点。通过DisGeNET和OMIM疾病数据库中收集AGA相关疾病靶点。利用Bioinformatics对药物靶点-疾病靶点进行交集分析并制作Venn图。将交集靶点导入String数据库进行蛋白互作拓扑分析,将得到的初步PPI图导入Cytoscape3.7.2进行PPI网络图的可视化。取度值前20的核心靶点导入Metascape数据库进行GO和KEGG分析。结果:得到活性成分53个、药物靶点360个、AGA靶点428个、最终获得黄芪首乌酊治疗AGA共同靶点35个,提取核心靶点20个。黄芪首乌酊治疗AGA的主要成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素、β-谷甾醇、7-O-甲基异鼠李糖醇、芒柄花素等,核心靶点有VEGFA、EGFR、IL6、AKT1、AR等,关键生物学过程及信号通路有上皮细胞增殖、对生长因子反应、蛋白质磷酸化的正调控、Fas/Fas L细胞凋亡信号通路、PI3K-Akt信号通路等。结论:基于网络药理学挖掘黄芪首乌酊对AG...     

鸦胆子治疗卵巢癌作用机制的网络药理学研究

目的:通过网络药理学方法分析鸦胆子作用于卵巢癌的潜在基因靶点及信号通路,探讨其治疗卵巢癌潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索出鸦胆子的有效成分并预测其潜在基因靶点,利用DRUGBANK、DisGeNET、OMIM等数据库检索出与卵巢癌相关的基因靶点,Cytoscape软件构建出成分-基因靶点-信号通路的网络关系图,应用DAVID及KEGG分析出鸦胆子治疗卵巢癌的潜在作用机制.结果:最终检索出鸦胆子有效成分12个,预测相关的基因靶点有124个;与卵巢癌作用机制有关的基因靶点有622个,其中二者有交集的关键基因靶点有33个;主要富集在mTOR、VEGF等14个信号通路,涉及细胞信号转导、基因表达调控及转录、翻译的调节等多个生物学过程.结论:应用生物信息学技术初步预测出鸦胆子治疗卵巢癌的潜在作用机制,为进一步深入研究提供了参考和依据.