带脱氧反密码子的酵母丙氨酸tRNA类似物失去了它的掺入活力

在另一篇文章中,我们已经证明酵母丙氨酸tRNA接受茎中某些2′-羟基对于该tRNA与氨酰tRNA合成酶的识别是重要的。本文希望探讨酵母丙氨酸tRNA反密码子中的核糖的功能。我们以前的研究证明,酵母丙氨酸tRNA反密码环并不参与tRNA与合成酶的相互作用。因此可以用脱氧核糖核苷酸取代tRNA的反密码子而不用担心接受活力的丧失。我们的研究也证明了具有GGC(天然的为IGC)密码子的类似物具有非常高的将它携带     

蛋白质演化的新理论

剑桥的研究人员提出一个新理论:生命早期的脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)分子可能在没有核蛋白体(核蛋白体本身就是蛋白质)的帮助下就开始制造蛋白质了。转移核糖核酸(tRNA)可能通过假定具有两种构型的五个碱基对勾住信使核糖核酸(mRNA),而不是由三个碱基对勾住信使核糖核酸。     

自合成的A链与天然B链合成结晶牛胰岛素

本文扼要报导自合成的A链S-磺酸衍生物与天然B链S-磺酸衍生物给合而获得结晶牛胰岛素。前文报导后,我们在A链的合成以及最后半合成产物的纯化方面都作了改进。牛胰岛素A链羧端十二肽Ⅰ,即:N-苄氧羰基缬氨酰-S-苄基半胱氨酰-丝氨酰-亮氨酰-酪氨酰-谷氨酰胺酰-亮氨酰-谷氨酰-天门冬酰胺酰-酪氨酰-S-苄基半胱氨酰-天门冬酰胺,曾从下述两种合成途径获得:(1)已知的三肽酰肼     

二磷酸腺苷核糖转移酶抑制剂对匹莱霉素的抗癌协同作用

二磷酸腺苷核糖转移酶(ADPRT)催化辅酶I(NAD)分子上的ADP-核糖组分转移到蛋白质或另一个ADP-核糖分子上形成多聚体(ADP-R)_n。这一过程与细胞的多种生物学功能有关。近年来国外一些研究报道该酶的抑制剂在抑制DNA修复的同时还能加强某些抗癌药物如链脲霉素、博莱霉素、亚硝脲类化合物和顺铂的抗癌作用,引起人们的关注,为发展高效低毒的化疗途径提供了新的希望。我们曾在体外实验证明ADPRT抑制剂3MB     

含2’-脱氧-2’-氟-嘧啶核苷的二核苷单磷酸的RNase A催化合成

RNase A催化核糖核酸水解,产物为3′端嘧啶核糖核苷-3′-磷酸的片断.但这个反应是可逆的.Bernfield等曾报道RNase A催化U>p和U合成U_pU.汪猷等报道了用RNaseA和它的C端去四肽和去六肽修饰物催化U>P和C合成U_pC.由于氟的强电负性以及它介于H和OH之间的原子半径,许多氟取代的有机化合物产生特有的性质.核糖核苷的2′-OH被氟取代后产生的2′-脱氧-2′-氟核苷,其构象主要是2′-endo-3′-exo型,并且糖苷键的稳定性较天然核苷的高.已有研究证明,2′-脱氧-2′-氟核苷可以是     

α-氨基膦酸及次膦酸类化合物对水稻纹枯病菌的QSAR研究

多种α-氨基膦(次膦)酸类化合物均具有生物活性。近年来,从中开发出一些品种可作除草剂或杀菌剂使用。关于此类化合物的作用机制,曾有人认为α-氨基膦酸化合物具有与天然氨基酸相似的分子结构,在生物体内可能被有关酶误认为是氨基酸而参与了蛋白质的合成。但由于α-氨基膦酸毕竟不同于氨基酸,这样就有可能抑制了生物体蛋白质的合成或代谢。     

合成生物学策略发现新型核糖体肽Xenopeptide

S-腺苷甲硫氨酸自由基(rSAM)酶家族是目前已知的最大酶超家族之一,由22000多个成员组成.这些酶在大自然中广泛存在,被认为是地球上最早的生物催化剂之一.随着大量的微生物基因组信息被解析,分析显示,微生物中大量核糖体肽类天然产物的生物合成基因簇中含有rSAM酶;其中Xenorhabdus、Yersinia和Erwinia三个属的基因组中均含有一个高度保守的rSAM酶负责其相邻核糖体肽的前体修饰,此类前体肽和rSAM酶构成的XYE系统所合成的化合物鲜有报道.本研究合成一个来源于Xenorhabdus sp. KJ12.1的XYE系统的前体肽和rSAM修饰酶基因,在大肠杆菌中进行共表达,得到新型核糖体肽Xenopeptide,通过结构解析发现, rSAM酶XenB负责分子内2个碳碳键的形成.本研究为微生物中此类化合物的深度挖掘和合成生物学改造提供了理论支撑.     

最初的酶是蛋白质,还是核酸?

生命由三个要素构成。第一,生命同外界之间具有境界膜。生命存在于为这境界膜所隔离的微小环境下。现在的生物细胞膜组成以脂质和蛋白质为主。第二,生命具有自我复制能力,即具有产生的后代同自己相似的自我保存能力,这功能基于DNA携带的遗传信息。第三,生命具有自我维持功能,换句话说,就是能进行代谢活动。在现在的生物中,合成核酸和蛋白质的顺序是: DNA 转录 RNA 转译蛋白质这就是著名的中心法则。现有的生物都以这样的顺序从DNA生物合成(转录)RNA的,但最近有人认为在最初生命诞生时不用DNA、而是以RNA作为遗传信息体的。其根据有以下几个方面:1.各种RNA(如mRNA、rRNA、tRNA等)同蛋白质的生物合成关系密切,同DNA则无直接联系;2.DNA是RNA糖部分2’-OH的还原,就是说可以从RNA进行生物合成;3.DNA的生物合成过程中需要短链RNA引物;4.小病毒的遗传物质是RNA,大病毒是DNA;5.RNA病毒的逆转录酶也许是留有从RNA到DNA过渡期痕迹的化石;6.NAD和FAD那样的RNA诱导体作为辅酶参与酶作用;7.在前生物合成系统中,低聚核糖核苷酸比低聚脱氧核糖核苷酸更容易被合成;8.在RNA中有的具有酶作用,等等。     

基于恶性疟原虫全基因组蛋白信息预测青蒿素的潜在抗疟靶点

结合NCBI分类数据库和KEGG提供的恶性疟原虫3D7株相关蛋白质信号通路信息, 筛选出8个处于信号通路关键位置的蛋白酶, 分别与青蒿素进行分子对接研究. 通过分析它们之间的结合模式, 发现嘌呤核苷磷酸化酶(pfPNP)、肽脱甲酰基化酶(pfPDF)和核糖-5-磷酸异构酶(pfRpiA)等3种蛋白酶与青蒿素的抗疟作用有关, 而青蒿素可能通过干预嘌呤代谢、嘧啶代谢、蛋氨酸代谢、乙醛酸和二羧酸代谢及磷酸戊糖途径产生抗疟效应.     

带有丙氨酸側鏈的苯(月弟)酸

对磺酰氨基苯(月弟)酸(Ⅰ)对曼氏血吸虫病的疗效虽有文献記載,在我所比較带有各种不同取代基团的磺酰氨基苯(月弟)酸的疗效时,却發現它們的毒性很高,而且与临床应用磺胺药物的毒性相似。本工作中合成了一些带有氨基酸侧链的苯(月弟)酸,氨基酸与体內組     

应用STM观察tRNA三维倒L形结构

tRNA(transfer Ribonucleic Acid)是蛋白质合成过程中联系mRNA遗传密码和对应氨基酸的核酸分子,阐明它的三维结构对研究其结构与功能的关系具有重大意义。60年代末,利用X光晶体衍射方法确定tRNA的三维结构是倒置的大写的L形,此后许多电镜工作者也观察到了tRNA的倒L形象。但是,电镜工作制样的局限性是显而易见的,必须对tRNA进行     

固相法酶促合成寡聚核糖核苷酸的探讨

由于T_4 RNA连接酶的应用,酶促合成多核苷酸已取得很大进展。不过,这些反应都是在液相中进行的。在液相中反应为充分利用酶的活性是有利的,但它仍旧存在着分离周期长、操作损失大等缺陷,为了克服这些不足,我们尝试了用固相法酶促合成寡聚核苷酸。所用载体为Sepharose(4B),它预先被溴化氰活化,再与8-(6氨基己基)-氨基-3′腺苷酸     

酰缩氨基硫脲及其相关化合物

当我们研究酰异硫氰与胺类反应的过程中曾经注意到这类试剂也能与肼类或酰肼类化合物发生相类似的加成反应,产生相应的酰缩氨基硫脲。根据近年来文献报导,这类化合物具有一定程度的抗结核菌性能。因此利用这一个反应来合成一些新型的缩氨基碗脲及其相关化合物,探索其药理作用与分子结构的关系是具有实际意义的。     

水稻线粒体tRNATrp的种属特异性氨酰化

为了研究原核生物和真核生物（细胞质）色氨酰tRNA合成酶（TrpRS）对线粒体tRNA^Trp识别的种属特异性,构建了7个水稻线粒体tRNA^Trp三位点（G73,U72,A68）的单点或多点突变的突变体．这些突变基因,经体外转录后分别用枯草杆菌（B．subtilis）和人色氨酰tRNA合成酶（TrpRS）进行氨酰化反应,并测定它们的动力学常数．结果表明,与野生型水稻线粒体tRNA^Trp相比,7个突变体的转录产物被B．subtilis TrpRS氨酰化的活力分别降低了53．33％-99．79％,被人TrpRS氨酰化的活力却分别提高了4～330倍,其中以MPH7（水稻线粒体tRNA^Trp的三碱基（G73,U72和C68）全部突变为人tRNA^Trp的三碱基序列）的氨酰化活力改变最大．实验结果证明,与真核生物和原核生物细胞质tRNATrp的种族特异性类似,水稻线粒体tRNA^Trp的种属特异性元件也主要处于氨基酸接受茎的识别位碱基、第一和第五对碱基对,亦即识别位碱基G73,氨基酸接受茎上的两个碱基对G1／U72和U5／A68．本研究为线粒体tRNA^Trp起源于真细菌的推论提供了实验依据．     

抗原化的抗体

在对关系蛋白质的抗原性、体液及细胞反应的成功诱导所必须的分子机理和细胞活动的认识方面,业已取得了极大进展。已探索出了合成蛋白质抗原的新方法。但是,因为对在适当细胞受体水平上的氨基酸顺序、蛋白质折叠和功能之间的关系认识不够,所以影响了新方法的实际应用。过去10多年以来,把合成肽作为已知抗原结构短氨基酸顺序的方便人造复制物视为重点。虽然开始时热情很高,但合成肽方法的缺点,已慢慢暴露出来。其中,三级结构的可预见性很差,而且也缺乏免疫原性。肽很可能是以几种亚稳态构型存在于溶液中,而有些可能,另有些则不可能达到最佳受体     

家蚕细胞质多角体病毒复制机制的研究

家蚕细胞质多角体病毒(CPV)用凝胶柱层析的方法代替氯化铯密度梯度超离心可以方便的大量地进行纯化,这样制备的CPV表现较高的感染力和RNA多聚酶活力。CPV的mRNA在体外条件下用病毒粒子所带的RNA多聚酶转录合成可达毫克水平。CPV的mRNA可以方便的从反应液中分离出来,于聚丙烯酰胺凝胶电泳分为九条带。小麦胚无细胞系统在CPV mRNA的存在下翻译合成的蛋白质,在对流免疫电泳中与CPV抗血清交叉反应形成沉淀。这些     

两亲性的蝎毒毒素扰动脂双层促进脱血红素细胞色素c跨膜运送

细胞质中合成的线粒体蛋白质大部分在N-端有一段导肽,导肽的两亲性对引导该蛋白质进入线粒体是很重要的。导肽的作用可能是对膜脂进行扰动以便使牵引的蛋白质通过脂双层。细胞色素c的前体——脱血红素细胞色素c(Apocytochrome c简称apocy.c)是在细胞质中合成的,它本身没有导肽,但它能自发地插入或通过人工膜,不同来源的apocyt.c可能由于N-端序列形成的二级结构的两亲性的差异导致其转运能力不同。     

mRNA解折叠的链构象与相应新生肽链构象相关性的探索

在蛋白质翻译过程中,mRNA发夹依次解折叠成具有特定构象的单链,后者在核糖体上通过与A和P位点tRNA相互识别、取向和定位等,影响或决定肽基转移中心的新生肽链的构象。翻译过程是复杂的,但其机理可能是简单的。     

水稻线粒体tRNATrp的种属特异性氨酰化

为了研究原核生物和真核生物(细胞质)色氨酰tRNA合成酶(TrpRS)对线粒体tRNA^Trp识别的种属特异性, 构建了7个水稻线粒体tRNA^Trp三位点(G73, U72, A68)的单点或多点突变的突变体. 这些突变基因, 经体外转录后分别用枯草杆菌(B. subtilis)和人色氨酰tRNA合成酶(TrpRS)进行氨酰化反应, 并测定它们的动力学常数. 结果表明, 与野生型水稻线粒体tRNATrp相比, 7个突变体的转录产物被B. subtilis TrpRS氨酰化的活力分别降低了53.33%~99.79%, 被人TrpRS氨酰化的活力却分别提高了4~330倍, 其中以MPH7(水稻线粒体tRNATrp的三碱基(G73, U72 和C68)全部突变为人tRNA^Trp的三碱基序列)的氨酰化活力改变最大. 实验结果证明, 与真核生物和原核生物细胞质tRNA^Trp的种族特异性类似, 水稻线粒体 tRNA^Trp的种属特异性元件也主要处于氨基酸接受茎的识别位碱基、第一和第五对碱基对, 亦即识别位碱基G73, 氨基酸接受茎上的两个碱基对G1/U72和U5/A68. 本研究为线粒体 tRNATrp起源于真细菌的推论提供了实验依据.     

钯催化下N-亚硝基导向的芳环上氨基邻位C(sp~2)-H键的直接酰氧基化反应

以醋酸钯为催化剂,通过对芳环sp2碳氢键的活化,实现了一个高区域选择性的芳环上氨基邻位的直接酰氧基化反应.该反应具有良好的官能团兼容性,当苯环上有给电子基或一般吸电子基时反应均可发生.该方法具有反应条件温和、操作简单、条件易于控制、产率较高等优点.对可能的反应机理提出了建议.