静电场对表面等离子体子共振DNA传感器灵敏度的影响

利用电场改变金膜表面固定化探针DNA的方位，从而影响了DNA杂交效率，进而影响了表面等离子体子共振DNA传感器的灵敏度。结果表明不同极性的电场对DNA传感器的作用不同：当金膜表面带负电荷时，探针DNA在电场的作用下直立在金膜上，空间位阻减小，提高杂交效率，从而使传感器的灵敏度提高，反之亦然。     

运用交流阻抗技术直接监测DNA杂交

介绍了基于交流阻抗技术构建非标记型脱氧核糖核酸（DNA）杂交传感器的方法.以24个碱基长度的寡聚DNA作为实验对象,将5′端巯基化的单链寡聚DNA（SH-ssDNA）探针与巯基乙酸（RSH）同时自组装到金电极表面,形成杂交识别层,利用交流阻抗技术测量出杂交前后金电极表面电子传递电阻R_et的增量作为杂交信号.实验中对DNA探针的自组装时间、杂交温度、杂交时间和阻抗测量液等实验条件进行了观察和优化;通过选择自组装液中SH-ssDNA探针和RSH的浓度,减少DNA在金电极表面的非特异性吸附,同时保证金电极表面自组装的SH-ssDNA探针有合适的疏密度,提高了杂交效率.在各优化条件下,无需扩增杂交信号,此非标记型DNA杂交传感器的检测下限为3.0×10^-14mol/L;和完全互补序列相比,一个和三个碱基错配序列分别产生55.6%和1.3%的杂交信号.     

杂交鲍染色体GISH的优化

基因组荧光原位杂交(GISH)是分析远缘杂交染色体组结构的有力工具。为了提高杂交鲍GISH的信号强度,以皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)和杂色鲍(H.diversicolor)杂交子代为研究对象,研究了杂交缓冲液中探针质量浓度、封阻DNA质量浓度,以及去离子甲酰胺、硫酸葡聚糖或聚乙二醇6000的含量对GISH信号强度的影响。结果表明,杂交缓冲液中,探针质量浓度应大于6.25 ng/μL,封阻DNA(鲑精DNA)的适宜质量浓度约为探针的10倍,去离子甲酰胺的适宜体积分数约为30%,硫酸葡聚糖的适宜体积分数为12.5%～17.5%。此外,用7.5%的聚乙二醇6000替代硫酸葡聚糖可以提高杂交信号,但存在信号噪点多等问题。     

核酸分子杂交检测黄瓜花叶病毒

为检测黄瓜花叶病毒的存在,应用Northernblot,将提取的黄瓜花叶病毒RNA样品,经甲醛变性凝胶电泳分离,使RNA解离成单链,然后用上行毛细管转移法,将凝胶上的单链RNA片段转移到尼龙膜上.经适当洗涤、干燥后,在烤箱中80℃保温2h,用于杂交.以带有黄瓜花叶病毒目的片段的细菌质粒制备DNA探针,用放射性同位素32P标记探针DNA,100℃变性处理用于杂交的探针,然后进行杂交.结果表明,在杂交膜上显示与特异性探针结合的阳性RNA条带,检测到了黄瓜花叶病毒的存在.     

RecA介导的特异性DNA片段捕获

外显子捕获联合高通量测序技术在检测新的致病基因,特别是罕见的基因变异时,表现出很高的检测效率.但在具体使用过程中,探针易出现非特异性杂交,设计探针时需考虑Tm值均一性、所需初始样品量较大等问题.RecA是原核生物同源重组的中心分子,参与DNA损伤的重组修复.通过在体外模拟RecA蛋白在原核生物体内重组寻找同源序列的途径,用以捕获目标DNA分子,以期提高外显子捕获过程中的探针杂交效率和特异性.根据RecA在体内同源重组中的作用模式,先将基因组染色质片段化,再纯化DNA,设计生物素标记的特异性探针,在RecA蛋白的介导下以捕获基因组中的目的同源片段.结果显示:设计的和目标片段互补的探针高效而特异地捕获了目标DNA片段,ATP和水能够破坏RecA介导形成的三链复合体的稳定性,可以作为很好的杂交后洗脱试剂,而且水直接作为洗脱试剂可以提高洗脱目的 DNA片段的效率和纯度.     

无标记生物检测中微悬臂层合梁的纳米热机变形

以无标记生物检测引起的探针挠度为未知量,放弃单向受力假设,建立了在杂交表面应力和热载荷作用下生物探针纳米力学行为的连续介质力学层合梁模型.分别采用线性和均匀温度场模拟了生物探针在生物化学反应中的瞬态和稳态温度分布,从而解释了Fritz有关DNA分子杂交实验中的双金属效应.     

通过DNA聚合剪切放大体系提高RNA的检测灵敏度

基于循环的DNA剪切循环放大分子机器构建了一个RNA传感器。该分子机器以RNA为输入,产生大量的DNA片段,并替换报告探针上的荧光DNA从而产生荧光信号,实现对靶RNA浓度的放大检测。本分子机器分为两部分,反应部分和报告部分。在反应部分,以靶RNA为输入条件,以一个特殊设计的探针为反应模板引发一个自发连续的DNA聚合-剪切反应网络,重复产生大量信号DNA链;这些信号DNA链进入报告部分,通过杂交替换反应从一个报告探针上替换下带有荧光DNA序列,释放到溶液中。这样通过剪切产生的大量DNA适体序列被释放到溶液中,并替换报告探针上的荧光DNA,实现信号的放大。     

用生物素标记核酸探针检测鼠金黄色葡萄球菌的研究

利用聚合酶链反应技术从金黄色葡萄球菌基因组DNA中扩增出 6 78bp耐热核酸酶nuc基因特异性片段 ,经生物素标记后作为核酸斑点杂交试验的探针 ,对实验动物的金黄色葡萄球菌及其临床样品进行了检测。结果显示 ,标记探针与金黄色葡萄球菌DNA呈杂交阳性 ,而与链球菌、大肠埃希氏菌和巴氏杆菌DNA呈杂交阴性 ,斑点杂交的检测灵敏度为 1pg基因组DNA。用斑点杂交试验和PCR对 2 4 0份临床样品进行了检测 ,检出率为 2 9% (7 2 4 0 ) ,符合率为 10 0 %。这些试验结果表明 ,研究制备的核酸探针及建立的斑点杂交试验具有较高的特异性和敏感性 ,可用于实验动物金黄色葡萄球菌的快速检测     

LZF-Ⅰ探针及草鱼等三种鱼类的DNA指纹图的初步研究(英文)

研究鲤鱼,草鱼和鲢鱼等三种鱼类DNA指纹图的结果是;在大于4kb的谱带中,草鱼为15条,鲤鱼11条,鲢鱼仅3条.我们自己制备的LZF—I探针,能与鱼类基因组DNA中的简单重复序列杂交形成杂交分子.据分子杂交原理知,三种鱼类基因组DNA中存在同源DNA片段,同时,草鱼和鲤鱼间的亲缘关系较草鱼和鲢鱼间的关系近.     

生物素标记的PSTV互补DNA探针分子杂交的研究

用~(32)P标记的互补DNA探针进行分子杂交是基因重组和分子克隆中常用技术,然而由于~(32)P的半衰期短,从而为供应和保存带来不便,致使这一技术的应用受到一定限制。近年来国内外均十分重视研究应用非同位素标记DNA探针的技术。我们用Biotin—11—dUTP(Bethesda Research Laboratories)以缺口平移(Nick translation)标记了pST-B14和pST-B5 DNA中的PSTV cDNA插入顺序,制备出生物素标记的DNA     

基于自组装纳米颗粒探针的全错位排列问题的DNA计算模型

全错位排列问题是组合数学中的一类重要问题,可转化为范式的形式,利用自组装纳米颗粒探针对满足性问题进行求解。将纳米金颗粒和DNA序列进行结合,形成纳米金颗粒探针的识别区,并且成拱形结构。当识别区与其补链发生杂交反应时,拱形结构打开并发出荧光,从而给出了全错位排列问题的一种新的DNA计算模型。与传统的DNA计算模型不同,本文将纳米技术和DNA计算理论相结合。     

Pichia酵母宿主细胞DNA残留量检测方法的建立

为检测重组人血白蛋白中外源性DNA残留量,以宿主酵母工程菌基因组DNA为模板,使用地高辛标记探针进行点杂交.结果证明:该方法检测灵敏度较好,特异性较强,操作安全简便,可用于重组人血白蛋白的检测.     

北京鸭核DNA中β-珠蛋白基因的初步鉴定

以鸡β-珠蛋白基因为探针、用Southern blot杂交方法和蔗糖密度梯度超速离心——点膜杂交的方法、鉴定出北京鸭β-珠蛋白基因位于核DNA的EcoRI限制性内切酶酶切片段中大小约为20～23kb部分。     

0-1整数规划问题的巨磁电阻型DNA计算模型

给出了基于GMR(巨磁电阻)型DNA芯片技术的0-1整数规划问题的DNA计算模型。将问题的变量编码成DNA链,在GMR型芯片表面固定DNA探针,然后将被生物素标记的待分析目标DNA链与探针进行充分杂交,通过芯片上的GMR传感器对芯片上纳米磁珠的检测,以电信号方式输出,得到问题的解,避免了荧光分析中的信号转换而引起的失真。该模型具有较高灵敏度,信号检测和分析较为简单,对信号检测设备要求较低。     

基于恒温指数扩增反应高灵敏度检测端粒酶活性

端粒酶延伸产物是具有(ggttag)n重复序列的DNA.设计1条与2个重复序列相匹配的特异性的DNA探针-(ctaacc)2使其与端粒酶延伸产物杂交,形成双链DNA.过量的DNA探针被磁性石墨烯吸附,通过磁分离去除.利用恒温指数扩增反应(IEXPAR)对端粒酶延伸产物捕捉的DNA探针进行快速的扩增.用与双链DNA特异性结合的SYBR Green I染料对扩增产物进行实时荧光检测.在优化条件下,可以检测到低至50个癌细胞中的端粒酶活性.实现了恒温扩增条件下端粒酶活性的高灵敏度检测.     

绵羊MHC区段BAC克隆探针的制备

为了摸索适用于高通量核酸杂交筛选的探针的制备方法,采用GeneQuest软件分析并选取限制性内切酶BseDⅠ酶切MHC区段BAC克隆374N21,对酶切产物32P末端标记,并采用Omega E.Z.N.A DNA Probe Purifi-cation Kit纯化后放射自显影检测的方法。结果显示:酶切结果与软件分析一致,纯化后探针分布为0.5～2.0kb,纯化回收效率为60%。探针的分布合理,质量较高,可满足高通量杂交筛选的需要。     

DNA序列分析

综述了DNA测序技术。对DNA序列分析方法,包括毛细管电泳、阵列毛细管电泳、芯片毛细管电泳、超薄层毛细管电泳、质谱法、原子探针法、杂交法、流动式单分子荧光检测法,作了详细评述。     

磁性荧光复合粒子的合成、表征及DNA检测应用研究

以NaOH作为沉淀剂,在水相中合成了直径约为10nm的Fe3O4磁性纳米粒子,以Fe3O4为核层原料以CdTe量子点为壳层原料合成了Fe3O4／CdTe磁性荧光复合粒子。合成的Fe3O4／CdTe磁性荧光复合粒子经测试具有良好的磁性核荧光性能。以Fe3O4／CdTe作为能量供体3,端修饰有淬灭剂BHQ-2的单链DNA作为能量受体合成分子灯塔探针,成功构建了荧光共振能量转移体系,所合成的探针可利用磁铁与游离的5,-DNA-3．-BHQ-2进行快速分离。该探针在和与探针DNA序列完全互补的目标弓形虫DNA杂交后,荧光强度得到了恢复,实现了对弓形虫DNA的高灵敏度检测。     

4种鱼中DFF基因的检测

根据人类DFF基因的DNA序列，设计了一对引物，通过PCR扩增得到了该基因的一个片断，经地高辛标记作为探针对4种鱼基因组DNA（经过限制酶消化）进行了Southern杂交检测，结果表明：在鲤鱼和鲫鱼中存在一个大小为3.7Kb杂交带，在泥鳅和大鳞副泥鳅中存在的杂交带为4.5Kb，明DFF基因在进化过程中具有保守性，本研究为鱼类DFF基因的克隆奠定了基础。     

黑曲霉基因文库的构建及葡萄糖淀粉酶基因的克隆

用噬菌体λEMBL3 DNA为载体成功地构建了黑曲霉3758的完整的基因文库。供体黑曲霉染色体DNA经EcoRI部份酶切和蔗糖密度梯度离心,回收15—20kb片段,以一定的比例与经EcoRI处理的载体λEMBL3 DNA连接,连接产物用大肠杆菌SMR10单菌系统提取的包装蛋白进行体外包装,包装物感染宿主大肠杆菌Q359,获得2.5×10~5重组噬菌体/μgDNA的包装效率,比Clarke-Carbon公式对构建黑曲霉染色体基因文库要求的重组克隆数高10倍。以编码葡萄糖淀粉酶第329—481位氨基酸的DNA作为探针,用原位噬菌斑杂交的方法,从10~5个重组噬菌斑中筛选出2个杂交阳性噬菌斑。复筛以后,用快速法提取DNA,经EcoRI和EcoR V双酶切以后,走电泳,用Southern印迹法将DNA转移至硝酸纤维素膜上,与~(32)p-标记的探针杂交,证实葡萄淀粉酶基因位于2.5kb的EcoRI、EcoR V片段上,该片段已亚克隆至ρBR322。