利用Benford定理分析固有无序蛋白

目的 利用Benford定理分析固有无序蛋白(Intrinsically Disordered Proteins,IDPs).方法 利用本福特定律在生物通路动力学速率常数的成功运用所受到的启发来分析固有无序蛋白.结果与结论 首次系统地调查固有无序蛋白,并发现所有固有无序蛋白及固有无序蛋白的结构域长度首位数的分布都很好地符合本福特定律.因此,固有无序蛋白能做为一个理想的组合来研究实际生活得到的数据的首位数分布,此外,这些观察值还能用来全局地约束固有无序蛋白的行为,这也许能够为固有无序蛋白更加精确的预测提供有用的信息,也将对很多疾病的治疗提供新的思路.     

利用Benford定理分析固有无序蛋白（英文）

目的利用Benford定理分析固有无序蛋白(Intrinsically Disordered Proteins,IDPs)。方法利用本福特定律在生物通路动力学速率常数的成功运用所受到的启发来分析固有无序蛋白。结果与结论首次系统地调查固有无序蛋白,并发现所有固有无序蛋白及固有无序蛋白的结构域长度首位数的分布都很好地符合本福特定律。因此,固有无序蛋白能做为一个理想的组合来研究实际生活得到的数据的首位数分布,此外,这些观察值还能用来全局地约束固有无序蛋白的行为,这也许能够为固有无序蛋白更加精确的预测提供有用的信息,也将对很多疾病的治疗提供新的思路。     

固有无序蛋白与结合配体作用位点的分析与预测

固有无序蛋白(简称IDPs)在生理条件下不具有稳定的二级或三级结构，但是在生物体内通过与结合配体相互作用来发挥重要的生物学功能，故研究固有无序蛋白与配体的相互作用，对理解这些蛋白的功能具有重要的生物学意义。本文基于IDPsBind数据库，获得固有无序蛋白与5类配体分子(DNA,RNA,金属离子，肽，小分子)结合的结合位点，然后对这些结合位点处残基出现在5类结合位点的倾向性进行分析，结果发现：5类配体分子的结合位点处氨基酸的分布是不一样的。然后，利用滑动窗口中心残基的结合配体类型，建立5类结合配体的结合位点数据集，并提取四种特征参数：位置特异性矩阵(PSSM),20种氨基酸组分(AAC),以及残基的疏水性(HP)和溶剂可及表面积(SASA)特征，结合机器学习算法对5类结合位点进行分类识别，在5折交叉检验结果中预测准确率(Acc)最高达到87%,当特征融合后，预测准确率(Acc)达到88.3%。该研究结果对固有无序蛋白与结合配体相互作用的分析提供了很好的参考。     

利用盖亚卫星数据验证本福特定律

将盖亚卫星数据中视星等数据转换为流量后,整体和分六组对首位有效数字出现概率进行统计,并与本福特定律进行对比,发现视星等数据与本福特定律基本吻合.     

基于本福特定律的桥梁健康监测数据审计方法

结构检监测数据是确保结构运营状态良好、提供维护决策的基础。结构数据通常以人工检测、传感器采集为主,核实难度大、获取成本高。由于缺少有效数据审计方法,健康监测数据精度、可靠性无法检验,影响基础设施管养与结构运营。提出了基于本福特定律的桥梁健康监测数据审计方法,以人工检测裂纹长度、桥梁加速度数据为例开展实例分析,分析结果表明本福特定律对于结构检监测场景中自然形成数据具有较好适应性,可有效识别数据特征、反映数据异常。     

分位数回归在时间序列中的应用

文章利用分位数回归和时间序列相结合的方法对澳大利亚月度红酒销售量数据进行建模和预测,得出的模型能很好地描述出月份对于红酒销量变化范围的影响.当自变量时间对因变量红酒销量的分布产生不同的影响时,相对于最小二乘回归系数得到单一结果来说,利用分位数回归得到的时间序列模型能更好地利用数据里的信息,得到比较全面的预测结果.     

首位数规律在物理学中的应用

 自然世界数据库中的首位非零数字并不以1~9的等概率出现,而是符合一个对数分布,即Benford定理。在研究该定理在粒子物理与天体物理中的表现时发现,粒子物理中的强子宽度与寿命、脉冲星中的功率与运动等多类物理量均符合Benford分布;统计物理中的三大正则统计——玻尔兹曼-吉布斯统计、费米-狄拉克统计和玻色-爱因斯坦统计均解析满足首位数规律。本文简介了首位数定理,阐述了其在粒子物理、脉冲星中的应用,讨论其标度不变性、整数幂次不变性、基数不变性等性质,最后分析了三大物理统计中的首位数规律。如何更好地理解Benford定理这个“百年难题”,探讨首位数分布的自然规律,还需要更多的后续研究。     

缺失数据假设下的灵活贝叶斯分位数回归分析

考虑缺失数据假设下,响应变量为有序分类变量的灵活贝叶斯分位数回归分析.对有序分类变量添加一潜在变量,并假设潜在变量服从广义偏斜拉普拉斯分布,由此建立起有效的贝叶斯后验推断程序.与传统的贝叶斯分位数回归方法相比,本方法的主要优势在于广义非对称拉普拉斯分布的尾部灵活,具有高度的适应性.最终,以云南省某医院生殖遗传中心的试管婴儿数据为例来说明本方法的有效性和适用性.     

Disprot无序蛋白数据库分析与统计

无序蛋白是一种在天然条件下没有稳定的三维结构但却能正常行使重要生物学功能的一类蛋白质.实验以Disport无序蛋白数据库为基础,经过CD-HIT去重处理建立数据集.分别选择20种氨基酸在无序区与有序区中的分布和无序倾向性两个方面对该数据集进行对比分析.结果表明,氨基酸Ala、Asp、Glu、Gly、Lys、Pro、Gln、Ser具有形成无序区的倾向.氨基酸Leu、Thr、Val虽然在无序区和有序区中都具有倾向性,但在由DP值得到的分析中,Leu、Thr、Val不易于形成无序区;氨基酸Gln虽然在无序区和有序区中都不具有倾向性,但在DP值分析中却易于形成无序区.氨基酸Ala、Glu、Ser在二元组氨基酸对中使用最频繁.     

含杂质一维原子链热导Monte Carlo模拟

在弹性碰撞模型基础上,采用Monte Carlo随机抽样计算方法,并考虑局部温度控制局部碰撞顺序,我们研究掺杂对一维原子链热导的影响.对等质量一维原子链的热导模拟结果显示出一个非常稳定的平衡态,呈现出一个近似的温度梯度分布,满足Fourier定律.当链中含单个杂质时,杂质质量和位置都会使整个链的温度分布发生改变,杂质附近的温度振荡幅度最大,而且杂质质量相差越大,杂质附近的温度振荡幅度越大,杂质原子附近因巨大的热运动差异会导致断裂发生.链上原子质量无序分布时,无序度越大,高温端的端口处温度差越大,越容易发生断裂,而且无序度δ＞1.0,链的中部虽有较大振荡,但仍呈现线性分布,满足Fourier定律.     

Markedness and its Interpretation in Language Use

Language markedness is a common phenomenon in languages, and is reflected from hearing, vision and sense, i.e. the variation in the three aspects such as phonology, morphology and semantics. This paper focuses on the interpretation of markedness in language use following the three perspectives, i.e. pragmatic interpretation, psychological interpretation and cognitive interpretation, with an aim to define the function of markedness.     

Features of Women's language

Language is a means of verbal communication. People use language to communicate with each other. In the society, no two speakers are exactly alike in the way of speaking. Some differences are due to age, gender, statue and personality. Above all, gender is one of the obvious reasons. The writer of this paper tries to describe the features of women＇s language from these perspectives： pronunciation, intonation, diction, subjects, grammar and discourse. From the discussion of the features of women＇s language, more attention should be paid to language use in social context. What＇s more, the linguistic phenomena in a speaking community can be understood more thoroughly.     

低渗透非均质砂岩油藏启动压力梯度研究

理论推导与室内实验相结合,建立了低渗透非均质砂岩油藏启动压力梯度确定方法。首先借助油藏流场与电场相似的原理,推导了非均质砂岩油藏启动压力梯度计算公式。其次基于稳定流实验方法,建立了非均质砂岩油藏启动压力梯度测试方法。结果表明:低渗透非均质砂岩油藏的启动压力梯度确定遵循两个等效原则。平面非均质油藏的启动压力梯度等于各级渗透率段的启动压力梯度关于长度的加权平均;纵向非均质油藏的启动压力梯度等于各渗透率层的启动压力梯度关于渗透率与渗流面积乘积的加权平均。研究成果可用于有效指导低渗透非均质砂岩油藏的合理井距确定,促进该类油藏的高效开发。     

On Tragic Consciousness In The Works By Ernest Hemingway

As an American modern novelist who were famous in the literary world, Hemingway was not a person who always followed the trend but a sharp observer. At the same time, he was a tragedy maestro, he paid great attention on existence, fate and end-result. The dramatis personae's tragedy of his works was an extreme limit by all means tragedy on the meaning of fearless challenge that failed. The beauty of tragedy was not produced on the destruction of life, but now this kind of value was in the impact activity. They performed for the reader about the tragedy on challenging for the limit and the death.     

Achieving Unusual States of Matter Under High Pressure

正The periodicity of the elements and the non-reactivity of the inner-shell electrons are two related principles of chemistry,rooted in the atomic shell structure.Within compounds,Group I elements,for example,invariably assume the+1 oxidation state,and their chemical properties differ completely from those of the p-block elements.These general rules govern our understanding of chemical structures and reactions.Using first principles calcula-     

Exchange-Correlation and Electronic Excitation Energies from Pairing Matrix Fluctuations

We have developed an adiabatic connection to formulate the ground-state exchange-correlation energy in terms of pairing matrix linear fluctuations.This formulation of the exchange-correlation energy opens a new channel for density functional approximations based on the many-body perturbation theory.We illustrate the potential of such approaches with an approximation based on the particle-particle Random Phase Approximation(pp-RPA).This re-     

Density Functional Theory for the Response of Periodic Systems to Electric Fields Based on the Vector Potential Approach

正The electronic and nuclear(structural/vibrational)response of 1D-3D nanoscale systems to electric fields gives rise to a host of optical,mechanical,spectral,etc.properties that are of high theoretical and applied interest.Due to the computational difficulty of treating such large systems it is convenient to model them as infinite and periodic(at least,in first approximation).The fundamental theoretical/computational problem in doing so is that     

On the Thermodynamic Limit for Responses to Static Electromagnetic Fields

For molecular systems,the quantum-mechanical treatment of their responses to static electromagnetic fields usually employs a scalar-potential treatment of the electric field and a vector-potential treatment of the magnetic field.Although the potential for each field separately is associated with the choice of an(unphysical)origin,the precise choice of the origin for the electrostatic field has little consequences for the results.This is different for the     

Call for Papers

<正>"The Journal of Shanghai Normal University:Mathematics"is published by Shanghai Normal University as regular issues of The Journal of Shanghai Normal University each year from 2014 in English.The editors-in-chief of the issues are professors Yuhao Cong and Maoan Han.The Journal of Shanghai Normal University was started in 1958 with     

Journal of Donghua University ( English Edition) Contents of Volume 31

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