基于网络药理学和分子对接技术探讨槐花止血的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨槐花止血的作用靶点及信号通路,明确其疗效机制。方法:从TCMSP中检索出槐花的有效活性成分,收集其靶点;通过GeneCards数据库收集止血相关的疾病靶点,取与药物靶点重复的靶点作为关键靶点,使用Cytoscape软件构建“药物-有效成分-靶点”网络,利用String数据库构建蛋白互作网络,应用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析,最后利用分子对接技术初步验证。结果:最终获得6个槐花活性成分,68个交集基因。蛋白互作分析发现JUN、TNF和MAPK1止血的作用,GO功能富集得到407个条目,KEGG通路富集分析得到151条信号通路,且发现槐花止血主要通过TNF signaling pathway、Hepatitis B等信号通路进行调控。分子对接显示isorhamnetin、beta-sitosterol等成分与MAPK1、TNF和JUN等靶点有较强亲和能力。结论:槐花可能通过isorhamnetin、quercetin-3’-methyl ether等化学成分调控TNF signaling pathway等信号通路上的MA...     

基于网络药理学探讨金荞麦抗呼吸道合胞病毒作用机制

基于网络药理学筛选金荞麦抗呼吸道合胞病毒的核心作用成分及靶点,并使用芯片数据挖掘和分子对接做初步验证。通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选核心作用成分,借助SwissTargetPrediction预测核心作用成分靶点,通过GeneCards、GenCLiP 3、NCBI获取呼吸道合胞病毒涉及肺炎靶点。经靶点映射生成交集靶点网络,并通过STRING、DAVID平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)关系及核心富集通路,获取核心靶点与通路。使用GEO芯片数据挖掘及AutoDock Vina分子对接初步验证核心靶点的有效性。最终通过TCMSP筛选到金荞麦15个成分,经靶点映射发现金荞麦通过45个靶点发挥作用,通过PPI和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes) 通路综合分析可得金荞麦发挥抗呼吸道合胞病毒的作用靶点为AKT1、VEGFA、PTGS2、SRC、EGFR、KDR、STAT3、BCL2等,数据挖掘和分子对接结果与预测基本一致,为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

复方血栓通胶囊基于血液循环和凝血过程相关靶点的网络药理学研究

利用基于计算机分子对接的网络药理学方法,研究复方血栓通胶囊化学成分对血液循环和凝血过程相关靶点的作用,并得到了成分对靶点的作用网络图。研究表明复方血栓通胶囊化学成分对ACE、PDE等多个靶点起作用。研究为在分子水平上揭示复方血栓通胶囊治疗视网膜静脉阻塞的多靶点调控机制提供了依据。     

基于网络药理学和分子对接预测豆蔻干预原发性肝癌的作用靶点

利用网络药理学和分子对接技术,预测豆蔻干预原发性肝癌的作用靶点。共得到豆蔻化学成分71个,潜在活性化合物12个,原发性肝癌相关靶点共185个。活性成分-靶点-疾病网络拓扑图提示豆蔻中12个化合物的59个靶点可能参与抗肝癌,影响频次最多的靶点是前列腺素内过氧化物合成酶。雌激素受体基因、过氧化物酶体增生激活受体γ以及雄激素受体的基因。靶点定位主要为细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶复合体、转录因子复合体以及RNA聚合酶II转录因子复合物等。分子功能为参与磷酸酶结合、RNA聚合酶II转录因子结合以及蛋白磷酸酶结合等,KEGG信号通路有膀胱癌、乙型肝炎以及肝癌等。分子对接结果显示,豆蔻抗肝癌的主要化合物及对应靶点形成构象能量低,结构稳定。其中,雌激素受体1(ESR1)在肝癌中显著低表达（P<0.01）。高表达JUN组中表达较低的病人存活期明显缩短（P<0.05）,而表达较低的ESR1组（P<0.01）则存在明显缩短（P<0.01）。豆蔻能通过多成分、多靶点、多途径干预肝癌,为后期的实验和临床组方用药提供了理论依据。     

基于网络药理学技术的肉苁蓉治疗便秘的分子机制研究

运用网络药理学探讨肉苁蓉治疗便秘的作用机制.通过TCMSP数据库和文献挖掘获取肉苁蓉潜在活性成分,并结合Pharmmapper数据库、OMIM和GeneCards数据库分析其治疗便秘的作用靶点.采用String数据库得到靶点蛋白互作网络关系,运用R软件包clusterProfiler对靶点进行GO功能富集分析和KEGG...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄花柳抗氧化作用机制研究

黄花柳（Salix caprea）具有较强的抗氧化作用,但目前关于黄花柳抗氧化作用机制的研究尚未详尽报道。文章通过网络药理学和分子对接技术筛选得到黄花柳活性成分21种,预测到靶点320个,抗氧化相关靶点1056个,取交集得到的黄花柳与抗氧化相关靶点118个,GO富集分析得到基因功能354条,KEGG通路富集分析得到通路146条。分子对接结果显示,核心成分柚皮素、二氢杨梅素、香叶木素等可与核心靶点AKT1、MAPK3、PIK3CA等均具有良好的结合活性。初步验证了黄花柳可通过多成分、多靶点、多途径发挥抗氧化作用,为下一步实验研究提供验证依据和方向。     

基于网络药理学和分子对接研究太子参抗心肌缺血的作用机制

为了探究太子参抗心肌缺血的潜在作用机制,采用网络药理学方法对太子参的活性成分及心肌缺血的相关靶点进行预测,构建太子参抗心肌缺血的关键靶点网络,对其进行基因本体(gene ontology,GO)功能及Pathway富集分析,并将太子参活性成分与关键靶点进行分子对接验证。筛选获得太子参活性成分8个,对应的抗心肌缺血关键靶点50个。GO功能及Pathway富集分析显示：太子参抗心肌缺血主要参与细胞凋亡、血管新生及炎症反应等生物过程,涉及MyD88-independent TLR4 cascade（非依赖MyD88的TLR4信号传导通路）、MyD88:Mal cascade initiated on plasma membrane（MyD88：质膜上启动的MAL级联）及Activated TLR4 signalling（激活的TLR4信号通路）等,其中主要的作用靶点包括JUN、MAPK1、IKBKG、PTPN11、RELA等;分子对接验证蒲公英萜醇与关键靶点AKT1、IL6、MAPK1、TP53的结合性最好。该研究揭示了太子参通过多途径、多靶点抗心肌缺血的作用机制,为进一步研究其抗心肌缺血作用提供了基础。     

基于网络药理学和分子对接技术研究艾叶对黑色素瘤的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探讨中药艾叶治疗黑色素瘤的作用机制.通过中药系统药理学数据库和分析平台筛选出艾叶的有效成分,通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库查找与黑色素瘤相关的靶点.采用Cytoscape3.7.1软件,构建药物-成分-靶点-疾病网络图,借助STRING数据库平台构建蛋白质相互作用网络.并采用分子对接技术将主要活性成分槲皮素与FOS、HIF1A、IL-6、JUN、MAPK1、RELA进行分子对接.最后利用皮肤黑素瘤A375细胞模型进行体外实验验证,结果表明艾叶可能主要是通过其活性成分槲皮素实现其抗黑色素瘤的作用.     

基于网络药理学的猫爪草治疗结核病作用机制研究

通过网络药理学方法探讨猫爪草治疗结核病的作用机制。运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选猫爪草的活性成分和相关作用靶点;借助GeneCards数据库检索疾病靶点,活性成分靶点与疾病靶点作交集得到猫爪草作用于结核病的预测靶点;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图;将交集基因进行基因本体分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;最后应用AutoDock软件进行活性成分及潜在靶点之间的分子对接验证。筛选得到猫爪草的活性化合物12个,其有效活性成分主要作用于结核病的关键靶点有CASP3、CASP8、CASP9、BCL2和BAX。KEGG结果表明,猫爪草可能通过调节细胞凋亡信号通路从而对结核病进行干预。分子对接得到猫爪草的主要成分是豆甾-4,6,8、维太菊苷、豆甾醇、豆甾醇葡萄糖苷、谷甾醇乙酸酯和β-谷甾醇,对BAX、CASP3和CASP9作用明显。本研究从分子水平探讨了猫爪草治疗结核病的活性成分与潜在靶点,初步验证了其作用机制。     

女贞子-黄芪治疗转移性去势抵抗性前列腺癌的网络药理学机制

本研究利用数据挖掘和网络药理学探讨女贞子(Ligustrum lucidum)-黄芪(Astragalus membranaceus)治疗转移性去势抵抗性前列腺癌(Metastatic Castration-Resistant Prostate Cancer,mCRPC)的作用机制。利用中药系统药理学(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP) 数据库与分析平台检索女贞子-黄芪的有效成分和作用靶点;利用R语言对芯片数据集GSE77930进行分析,筛选差异表达的基因;利用Cytoscape 3.8.0软件构建有效成分-靶点网络及蛋白互作网络;利用R语言对核心靶点进行GO富集分析和KEGG分析;采用Cytoscape 3.8.0软件构建女贞子-黄芪活性成分-靶点通路关系网络。结果表明女贞子-黄芪的关键活性成分共33个,包括槲皮素(Quercetin)、山奈酚(Kaempferol)、木犀草素(Luteolin)、异鼠李素(Isorhamnetin)、芒柄花黄素(Formononetin)等;核心作用靶点18个,其中AR、VCAM1、PCNA、NTRK1、TP53、EGFR和FBXO6等靶点可能是女贞子-黄芪治疗mCRPC的重要靶点。KEGG分析发现,女贞子-黄芪主要通过乙型肝炎(Hepatitis B)、前列腺癌(Prostate Cancer,PCa)、细胞周期(Cell cycle)、Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF)信号通路(VEGF signaling pathway)和细胞衰老(Cellular senescence)等通路发挥抗mCRPC的作用。本研究结果可为mCRPC的临床治疗提供参考。     

血小板体积及分布宽度与老年病血瘀证关系的临床研究

对２５６例老年病患者根据血瘀证诊断标准分属血瘀证和非血瘀证两组，同时设４０例健康体检者作为对照组，进行血小板计数（ＰＬＴ）、平均体积（ＭＰＶ）及分布宽度（ＰＤＷ）的测定．结果发现ＭＰＶ和ＰＤＷ在老年病组明显高于对照组，在血瘀证组明显高于非血瘀证组和对照组，差异均有显著性意义（Ｐ＜０．０５或０．０１），提示中医理论“老年多瘀”有其科学性，老年病血瘀证存在着ＭＰＶ和ＰＤＷ异常变化，为临床诊断此证提供微观参考指标．     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪-丹参配伍治疗糖尿病肾病作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接探讨黄芪-丹参配伍治疗糖尿病肾病作用机制研究。方法 通过中药系统药理学技术平台（TCMSP）获取黄芪、丹参有效成分和作用靶点,运用Cytoscape3.7.1构建成分-靶点-疾病靶点网络图,获取有效成分和DN交集基因,构建PPI网络,运用分子对接对筛选出的有效成分与核心靶基因进行分子对接验证。运用Bioconductor对靶基因进行GO生物学过程分析和KEGG通路分析。结果 通过分析黄芪、丹参共获得81个有效成分,获取交集基因22个,分子对接预测丹参酮ⅡA与MYC、VCAM1、CASP3有较强的结合活性,槲皮素和山奈酚与ADRB2有较强的结合活性。GO和KEGG富集分析显示,黄芪-丹参治疗DN主要参与糖尿病并发症AGE/RAGE、MAPK、HIF-1等多条信号通路等。结论 黄芪-丹参主要是通过活性成分槲皮素、山奈酚、木犀草素、丹参酮ⅡA等通过靶向ADRB2、CASP3、VCAM1、MYC等相关靶点,参与糖尿病并发症AGE/RAGE、MAPK、HIF-1等多条信号通路发挥治疗DN作用。     

基于网络药理与分子对接研究百合行治疗认知障碍的机制

为了研究百合治疗认知障碍的作用机制,采用网络药理学方法从TCMSP数据库中筛选出百合的7种主要活性成分及其潜在的465个作用靶点.在GeneCards,OMIM,PharmGkb,CTD,DrugBank数据库中获取认知障碍疾病靶点,然后取百合化学成分与认知障碍靶点两者交集,得到“药物成分—疾病”交集靶点44个.采用Metascape利用STRING数据库,构建交集靶点蛋白相互作用（PPI）网络图,筛选后得到核心靶点与核心成分,其中MAOB（单胺氧化酶B）、CASP3（半胱天冬氨酸蛋白酶3）、ESR1（雌激素受体）、JUN（1号染色体的基因）、CASP8（天冬氨酸蛋白水解酶8）、CASP9（天冬氨酸蛋白水解酶9）、PGR（类固醇受体基因）、AR（肾上腺素能受体）、SLC6A3（多巴胺转运蛋白基因）、PTGS2（环氧合酶-2）为百合药效成分抗认知障碍作用的关键靶点蛋白.利用DAVID和Metascape平台进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,采用AutodockVina平台实现分子对接.结果表明,百合的4个活性化合物与10个认知障碍关键核心靶标相关,参与调节的关键信号通路有30条.其中,度值较大的化学成分有豆甾醇、3-去甲秋水仙碱、β-谷甾醇、松香酸;度值较大的靶点蛋白有MAOB,PTGS2,CASP3,CASP9等;主要涉及的通路有神经活动配体—受体相互作用通路、钙离子信号通路、小细胞肺癌通路等.百合治疗认知障碍的作用机制可能是通过抑制单胺氧化酶B的活性,改善认知功能.     

基于网络药理学和分子对接探讨马兰对非酒精性 脂肪性肝病的作用机制

基于网络药理学与分子对接探讨马兰对非酒精性脂肪性肝病的作用机制,为后期研究 提供理论依据。通过文献检索马兰的化学成分,用 Swiss target prediction 进行靶点预测;利用 OMIM、Gene Card、Drug bank获取非酒精性脂肪性肝病的疾病靶点,再利用Cytoscape 3.9.1构建药 物-成分-靶点网络图;用 String 11.5 进行 PPI 分析,用 R 语言进行 GO 分析、KEGG 分析。筛选出 26个活性化合物,得到交集靶点55个,槲皮素、山柰酚和木犀草素可能是主要活性成分,关键靶点 涉及 ESR1、EGFR、AKT1 等;GO 分析和 KEGG 分析涉及多种生物途径以及 PPAR、PI3K 等信号通 路。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚和木犀草素与ESR1、EGFR、AKT1之间具有较好的结合能 力。马兰可能通过多成分、多靶点、多途径对非酒精性脂肪性肝病发挥治疗作用。     

广西前胡的活血化瘀药理作用研究

药理试验证实,广西前胡水提物具有体外抗凝作用;能显著抑制大鼠血小板聚集,抑制血栓形成;降低“血瘀”症模型大鼠的全血粘度和红细胞压积,缩短红细胞电泳时间;延长小鼠常压耐缺氧时间,表明广西前胡具有活血化瘀作用。     

黄连治疗新冠肺炎的作用机理——基于网络药理学方法和分子对接技术

基于网络药理学方法和分子对接技术,初步探索了黄连治疗新冠肺炎（COVID-19）的作用机理.使用中草药系统药理学平台筛选黄连的有效活性成分与作用靶点,GeneCards和OMIM数据库筛选COVID-19的疾病靶点,R软件筛选药物与疾病的共同靶点,并利用Cytoscape软件构建“药物—活性成分—靶点—疾病”互作网络,STRING数据库构建共同靶点蛋白互作网络,ClueGo软件对共同靶点进行基因功能分析,R软件对共同靶点进行KEGG通路富集分析,然后将黄连有效成分中的核心成分与其治疗COVID-19的主要靶点进行分子对接.结果表明,黄连的有效活性成分共14种,靶点共235个;COVID-19的相关基因共341个;黄连治疗COVID-19的关键靶点包括VEGFA,IL6,POR,PLAT.分子对接结果显示,黄连中核心化合物榭皮素与PLAT,VEGFA,IL6对接效果良好.     

糖尿病血瘀证与内皮素和心钠素的关系研究

目的 :探讨内皮素 (ET)、心钠素 (ANP)与糖尿病 (DM)血瘀证的关系。方法 :检测 44例 DM血瘀证患者和 2 0例正常对照组的 ET和 ANP含量。结果 :血瘀证组 ET、ANP含量明显高于正常对照组。结论 :ET、ANP共同参与了 DM血瘀证的病理过程     

牛蒡子炮制前后质量标志物的网络药理学研究

研究牛蒡子炮制前后质量标志物的药效作用靶点,构建“成分-靶点-疾病”作用网络,解释牛蒡子炮制机理。 通过PharmMapper数据库筛选牛蒡子炮制前后6个质量标志物成分的潜在作用靶点,通过STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络;采用Cytoscape软件构建“成分-靶点-疾病”网络图。牛蒡子炮制前后质量标志物成分可通过多靶点作用,在抗肿瘤、抗炎、心脏损伤保护、抗高血压等方面发挥作用,且各个成分的相关作用靶点相互交联,共同发挥多靶点药效作用。通过网络药理学方法揭示了牛蒡子炮制前后质量标志物的主要药效作用,为进一步深入揭示其炮制机理提供了科学依据。