基于高分片段对的双序列比对分治算法SPDCA

针对传统双序列比对算法的高时空复杂性,在动态规划比对算法的基础上,引入了片段对和分治思想,提出了一个新型的基于高分片段对的分治算法.模拟结果表明:该算法在降低了双序列比对算法的时空需求的同时,还能发现双序列之间微弱的相似关系,可适用于序列数据库相似性的搜索.     

生物信息学中的双序列比对算法

生物信息学是生物技术的核心,序列比较是生物信息学中最基本、最重要的操作,通过序列比较可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息,序列比较的基本操作是比对。描述了常用的各类双序列比对算法,并结合实例进行了详细的解释,最后指出了序列比对算法目前存在的问题。     

生物DNA序列比对算法研究

基于典型CLUSTALW序列比对算法,研究一种局部优化的多序列比对算法,用减少序列比对过程中总评分的方法来达到优化算法的目的,并对基因库中的序列进行了测试．     

基于动态算法的序列分析

为了获得2009年新型甲型H1N1流感病毒与2008流感病毒的基因序列及氨基酸序列的一致性，以便对一个基因家族的生物学特征有一个简明扼要的了解，针对目前流行的新型甲型H1N1流感病毒的基因序列及其所编码的氨基酸序列，采用动态规划算法对其一级序列进行序列相似度分析，获得了2009年新型甲型H1N1流感病毒的NA和M基因片段以及2008年猪源性甲型H1N1流感病毒的相应基因片段同源性高、在有些位点发生了基因突变增添和突变缺失等重要基因信息。为此次新型甲型H1N1流感病毒的研究提供了依据。     

两种带约束的序列比对算法

通过理论证明,得出了当距离函数中惩罚因子φ=0时的解应满足的条件,并在此基础上改进两种最长公共子序列的优化算法,使之能够求解出带约束的序列比对问题.这两种改进算法的时间复杂度分别为O(nmr)和O(nm(r+1)),空间复杂度分别为O(nmr)和O((n+m)(r+1)).推导出算法应满足在两序列中插入的空位符数目分别为(m-l)和(n-l),使比对结果中不会出现错配,保证了比对的质量.实现了基于回溯的改进算法,验证了其求解带约束的序列比对问题的有效性.     

一种基于局部灰度匹配的无人机图像拼接算法

结合无人机图像的特点,开发了一种基于局部灰度匹配的图像拼接算法.根据无人机的飞行数据,对无人机图像进行预处理,缩小了特征点的搜索范围.然后利用图像的局部灰度算法,对提取的角特征点进行快速匹配.最后在运行速度以及特征点的匹配准确率等方面对算法进行了评价.试验结果表明,该算法较大幅度地提高了程序的运行速度,能够达到无人机图像处理的实时性的要求.该算法对无人机图像的工业化处理有帮助.     

用互关联后继树模型实现一个局部相似性比对算法

对基因数据库的一种常见操作是找到与待查询序列相似的序列.目前常使用的是BLAST算法,但是这种启发式算法有时会漏解.如果使用精确匹配算法,例如Smith-Waterman(S-W)算法,计算代价又会太大.OASIS算法是一种高效并且精确的生物序列局部相似性比对算法,而且互关联后继树模型的空间效率很高,因此使用互关联后继树实现了OASIS,并命名为OASISirst算法,其比对结果和OASIS一样按照得分降序排列,并且当目标序列和查询序列均较长时,时间优势明显.     

DNA序列拼接中重复序列屏蔽的一种新方法

针对序列拼接中的重复序列问题,提出了一种基于快速沃尔什变换的重复序列屏蔽方法．根据快速沃尔什变换的特点,快速给出重复序列所在的可能位置信息,从而快速识别重复序列且加以屏蔽．该方法不仅识别重复序列的错误率低而且大大降低了cPu运行时间,计算也简单易行,最后给出了模拟分析．     

生物序列比对算法分析与比较

序列比对是生物信息学的一个非常重要的操作．它可以预测生物序列的功能、结构和进化过程等．文中首先介绍双序列比对的基本算法;接着分析和比较多序列比对的四个常用模型和三类算法以及并行比对算法;最后,给出一些研究问题．     

LTSA-LE: A Local Tangent Space Alignment Label Enhancement Algorithm

According to smoothness assumption, local topological structure can be shared between feature and label manifolds. This study proposes a new algorithm based on Local Tangent Space Alignment(LTSA) to implement the label enhancement process. In general, we first establish a learning model for feature extraction in label space and use a feature extraction method of LTSA to guide the reconstruction of label manifolds. Then, we establish an unconstrained optimization model based on the optimal theory presented in this paper. The model is suitable for solving problems with a large number of sample points. Finally, the experiment results show that the algorithm can effectively improve the training speed and multilabel dataset prediction accuracy.     

一种新的基于FSM的UIO序列生成算法

在一致性测试中,如何有效地生成UIO序列一直为人们所关注.针对此,提出一种新的基于FSM的UIO序列生成算法,进而由C语言编写实现.该思想采用栈和结构体相结合的思路来保存UIO序列的完整路径,实验结果表明能够正确生成FSM图中各个状态的最短UIO序列.     

两两NQD列的一个弱大数定律

研究一类广泛的随机变量序列NQD列的收敛性质,获得与独立情形一样的弱大数定律,而且得到了同分布NQD列的相应结果.     

两两NQD列的一个弱大数定律注记

研究了一类广泛的随机变量序列NQD列的收敛性质,得到了与独立情形一样的弱大数定律和同分布NQD列的相应结果.     

基于混沌序列的DWT数字水印算法

为保证数字水印的安全性,提出了一种基于混沌序列的DWT水印嵌入算法,在嵌入前用混沌序列对水印图像进行预处理,首先由密钥生成混沌序列,然后将其映射为相应的置换矩阵,并在DCT域完成对水印图像的加密;根据宿主图像小波变换后,高、低频分量的特点,由高频分量的系数控制水印的嵌入强度,在低频部分嵌入加密的水印信息,实现了水印的自...     

两两NQD列的一类强大数律

得到两两NQD列服从一类强大数律的充要条件．     

线段二维裁剪的新算法

本文提出了一种参数线段对矩形窗口裁剪的新算法,并且证明了算法的正确性.这种算法用参数表示线段上的点,根据文中提出的两个准则即可迅速判断线段是否有可见部份及可见部份的端点位置.本算法的主要优点是简化了现行方法中的繁琐计算与判断过程、性能可靠,可适用于对任何状态的线段的裁剪.