以mRNA差异显示法分离牙鲆白化相关基因的初步研究

以正常和白化牙鲆表皮组织总RNA为模板,用Oligo d(T)13M(M分别为A、C、G)3种锚定引物和26种差异显示随机引物组合进行差异显示,PAGE凝胶电泳后,用新型高灵敏度核酸荧光染料SYBR GREEN I显示差异DNA条带,得到区分度较好的差异表达图谱,共分离49条牙鲆白化相关DNA片段,片段长度260～800bp左右,经克隆测序后将可作为新的ESTs进行同源序列比较.     

用差异显示技术分离空心莲子草抗旱相关基因

采用mRNA差异显示技术,分离空心莲子草在干旱胁迫1 d后差异表达的基因,获得139个基因片段.经过Reverse Northern检测,初步证实有两个片段受干旱诱导表达上调.对其中一个片断克隆测序并进行核甘酸序列比对,显示与其他基因同源性都很低,表明可能是新的基因.半定量PCR技术证实该基因受干旱诱导表达上调.     

利用mRNA差异显示技术筛选绵羊毛性状相关基因

利用mRNA差异显示技术（DD-PCR）,比较绵羊肩、腹、腿三部位皮肤中mRNA的差异表达,共获得差异表达的cDNA片段16条,其中肩部、腹部与腿部之间的差异较大;对所有16条差异片段进行测序并在GENBANK中进行检索,未发现有同源序列.提示16条cDNA片段可能为未发现的基因片段,也可能存在假阳性片段.     

用mRNA差异显示技术分离盐胁迫下小麦耐盐相关cDNA

目的用mRNA差异显示技术分离小麦盐胁迫应答cDNA,为进一步研究小麦耐盐机理奠定基础。方法将小麦(Triticum aesticum L.)耐盐品系宝丰7228r种子分别置于含NaC l 0‰和12‰的Hoagland培养液中生长,7d后分别取叶片,提取总RNA并分离出其中的mRNA,通过锚锭引物O ligo dT10GC反转录和9个10核苷酸随机引物进行PCR扩增。结果DDRT-PCR结果显示,有4个差异DNA片段只在盐胁迫的小麦耐盐品系基因组中表达,而在对照中没有出现。这4个差异cDNA片段分别命名为ts01(260 bp),ts02(330 bp),ts03(420 bp),ts04(600 bp)。4个差异cD-NA片段的RNA杂交结果显示,只有ts04存在明显差异,在盐胁迫条件下有杂交斑点而在对照中没有杂交斑点,其余3个cDNA片段在盐胁迫和对照中都没有杂交斑点。进一步将ts04克隆并进行DNA序列测定及同源性分析。结论ts04可能是耐盐相关cDNA片段,该片段核酸序列与麦属抗性相关的肌动蛋白基因有23%同源。     

银染mRNA差异显示法的建立及其应用

以银染mRNA差异显示方法对原发及转移灶胃癌标本总RNA为研究对象进行银染差示分析和回收差异条带,从中获得系列差异表达片段。随机选取5个从原发性胃癌样品回收的表达条带,以取自体外培养胃癌细胞株的RNA进行点杂交验证,均被证实为真实带。对2个差异表达片段进行分析、测序和GenBank同源比较结果表明：MGD1片段与肿瘤转移相关基因MTA1完全同源,属胃癌转移相关基因;PGD2与胃癌转移抑制相关,并与细胞周期抑制蛋白p27／Kip1具99％的同源性。结果表明,银染差异显示法具有快速、直观、假阳性率低等优点,同时也为进一步研究胃癌转移的相关基因提供了新线索。     

棉花耐旱相关基因的cDNA-AFLP差异显示

为鉴定棉花干旱胁迫响应基因,应用cDNA-AFLP技术,以棉花耐旱品种晋棉13号幼苗为研究对象,对干旱胁迫早期叶片基因表达进行了mRNA指纹分析。通过64对引物组合的筛选,共分离得到232个差异表达的转录衍生片段(TDFs),对其中102个TDFs进行了克隆、测序和序列分析。结果表明:45个TDFs与NCBI中已有序列同源,功能涉及信号传导、转录调控以及逆境诱导蛋白等,另有57个TDFs无同源序列或同源性低,预测其为是一些未知功能基因。     

mRNA差异显示PCR技术在水稻研究中的应用

mRNA差异显示PCR技术是在基因转录水平上研究基因差异表达和性状差异的有效方法之一,该方法在生物的发育、分化和对各种生物、理化因子作用时应答过程基因表达的研究中应用十分广泛。就mRNA差异显示PCR技术的基本原理、优点与不足、改进与完善等作了简要归纳,综述了该方法在水稻的发育分化、激素调控、抗逆性和抗病性等方面所取得的研究成果,并对该方法在水稻方面的应用前景作了简单分析。     

筛选差异表达基因的方法进展

植入前胚胎差异表达基因的筛选是分离、鉴定发育相关基因的关键 ,是克隆动物发育分子机理研究的基础 .哺乳动物植入前胚胎和克隆胚胎材料的获得十分不易 ,使得筛选差异表达基因的方法在该领域的应用均受到较大的限制 .以DDRT -PCR为基础的单胚mRNA差异表达技术的建立 ,为克隆植入前胚胎发育相关基因及哺乳动物克隆胚胎发育分子机理研究提供有力的工具 ,本文将在多年研究基础上对该技术及目前筛选差异表达基因的方法进行综述 .     

mRNA差异显示法筛选和克隆东亚飞蝗抗药性相关基因

筛选和克隆东亚飞蝗抗药性相关基因.采用mRNA差异显示法(mRNA diffFerential display PCR,DD-PCR),对比了东亚飞蝗在受到氯氰菊酯杀虫剂的诱导前后,基因表达发生的变化.对差异片段进行了回收,克隆、测序,Northern点杂交验证以及序列分析和同源性比较.东亚飞蝗在受到氯氰菊酯杀虫剂的诱导前后,存在明显的基因表达差异,发现差异表达条带9条,对9条差异表达条带进行克隆、测序,经序列分析和同源性比较和RNA点杂交验证,表明确认其中1条带与东亚飞蝗的抗药性有关.东亚飞蝗的mRNA差异显示证明,该EST序列可能在抗药的发生发展中具有一定的作用.     

mRNA差异显示技术研究低温条件下深黄被孢霉基因的表达差异

mRNA差异显示技术已经广泛应用于研究植物、动物和微生物在各种环境条件下基因的差异表达研究.研究以15℃和30℃培养的深黄被孢霉M6-22菌体为材料,利用mRNA差异显示技术研究两种培养条件下基因的表达差异.经实时荧光定量PCR验证,共获得7条差异片段,相似性搜索结果表明它们是6-磷酸葡萄糖异构酶、单糖核苷酸转运蛋白、Ras1鸟苷酸转移因子、依赖于NAD的苹果酸脱氢酶、Δ12-脂肪酸脱氢酶、CLK4关联的丝氨酸/精氨酸丰富蛋白和假定蛋白,涉及糖酵解、蛋白质修饰、信号传导、脂肪酸合成和mRNA加工等生命过程,表明深黄被孢霉M6-22低温适应性是多种途径协同调控的结果.     

HSP70与ACP在小鼠前胃癌及大鼠胃癌癌变过程中表达的比较研究

目的:本实验分别用NSEE(N-Nitrososarcosineethylester)和MNNG(N-Methyl-N-nitro-ni-trosoguanidine)作为诱变剂建立NIH小鼠前胃癌动物模型和Wistar大鼠胃癌早期动物模型,探讨HSP70和酸性磷酸酶在小鼠前胃癌及大鼠胃癌癌变过程中的表达和意义.方法:在癌变过程中的不同时期处死实验动物,分别取小鼠前胃及大鼠的胃,并将两种材料各分为2部分,一部分作病理切片和免疫组化;一部分作电泳和免疫印迹.对小鼠前胃癌及大鼠胃癌癌变过程中细胞形态的改变,HSP70和ACP的表达进行跟踪研究.结果:(1)在小鼠前胃癌癌变过程中,HSP70的表达在给药后14 d,28 d增强,42 d虽然有所下降,但仍然高于对照组,此后HSP70表达依次增强,且总变化趋势为增强;ACP活性随癌变进程也呈递增趋势.(2)在大鼠胃癌癌变过程中,HSP70在21 d表达较高,然后恢复至正常,在105 d以后逐渐增高;ACP的表达与HSP70一致.细胞形态的变化与HSP70、ACP的表达呈现出一定的对应关系.结论:在诱发NIH小鼠前胃癌及Wistar大鼠胃癌的过程中,HSP70、ACP的表达均呈升高趋势,同时与组织细胞形态的改变相对应.     

利用PLS-VIP方法筛选差异表达基因

提出一种基于变量权重寻找差异表达基因的新方法。该方法的最终目的是从微阵列数据中抽取出核心变量（基因）。将该种方法抽取出的差异表达基因判别样本的能力和普通的PLS方法以及判别最小二乘方法进行比较,结果表明该方法的错误率明显低于其他两种传统方法。因此,PLS-VIP方法是一种较为合适的抽取差异表达基因并判别样本的方法。     

利用DGE技术筛选雌雄鹌鹑胚胎发育至第3天与性别分化相关的差异表达基因

为了研究鹌鹑早期性别分化时期基因的表达情况,本研究利用数字表达谱技术(DGE)对发育至第3天的雌性鹌鹑胚胎和雄性鹌鹑胚胎进行研究。结果显示:建立了雌性鹌鹑胚胎和雄性鹌鹑胚胎2个DGE文库,对比分析后得到了34个差异表达的基因,其中雌性胚胎相对于雄性胚胎10个为上调基因,24个为下调基因,通过对这些差异基因进行GO/KO富集性分析,筛选出了4个跟性别分化相关的基因,分别为HINT1、ASW、HSD17B4基因和未知功能的ID为ENSGALG00000013312的基因。     

碱性磷酸酶与酸性磷酸酶在小鼠前胃癌癌变过程中的表达及意义

目的:用NSEE作为诱变剂建立NIH小鼠前胃癌癌变过程中不同时期的模型,探讨碱性磷酸酶(ALP)和酸性磷酸酶(ACP)在小鼠前胃癌癌变过程中的表达及意义.方法:从灌胃之日起,分别在14d、28d、42d、56d、70d、84d处死小鼠,均取其前胃,采用病理切片和聚丙烯酰胺凝胶电泳对小鼠前胃癌癌变进程中细胞形态的改变、ALP和ACP的表达进行了跟踪研究.结果:ALP活性随着癌变进程呈递增趋势,给药后14d、28d、42d、56d,与对照组相比呈显著性差异(P<0.05),而70d、84d,与对照组相比呈极显著性差异(P<0.01);ACP活性在给药后14d、28d、42d、56d随着小鼠前胃癌癌变进程也呈递增趋势,而给药后70d,与对照组相比呈显著性差异(P<0.05),84d,与对照组相比呈极显著性差异(P<0.01);ALP和ACP表达存在正相关关系(r=0.907,P<0.01).结论:在诱发NIH小鼠前胃癌癌变过程中,ALP、ACP的表达均呈现升高趋势,两者成正相关关系,同时均与组织细胞形态的改变相对应.     

顺铂对卵巢癌细胞几种生长和凋亡相关基因表达的影响

顺铂是治疗卵巢癌的一线药物,它与癌细胞内的DNA结合是产生细胞毒性的主要原因.在用基因表达谱芯片筛选顺铂处理IGROV-1细胞产生的差异表达基因基础上,选取其中与细胞生长、凋亡有关的部分重要基因,用实时定量PCR方法进行了差异表达验证.结果表明,顺铂可引起CEACAM1、KLF6、JUN、TP53INP1、MAP2K4...     

32例肿瘤组织中p53基因突变的PCR-SSCP、银染色检测

目的　检测肿瘤组织中 p5 3基因的突变率 ,探索其在肿瘤发展过程中的作用 .建立PCR SSCP检测 p5 3突变的常规方法 .方法　检测 32例癌组织和癌旁组织 .用盐沉淀制备样品DNA ,以p5 3基因exon7设计引物 ,用PCR SSCP结合银染色显示结果 .结果　 32例肿瘤标本检出阳性 9例 ,阳性率 2 8.1% .4例癌组织和癌旁组织均为阳性 .其中 2 2例胃癌 ,检出 4例阳性 (占 18.2 % ) ,双阳性者 2例 .结论　p5 3基因突变在肿瘤中具有普遍性 ,癌组织和癌旁组织双阳性者 ,与肿瘤的扩散有关 .该检测方法简便易行 ,有助于对 p5 3基因突变的扫描检测 .     

乳腺癌脑转移差异表达基因的生物学功能分析

乳腺癌脑转移(breast cancer brain metastasis,BCBM)的发病机制尚未明确。为了探究BCBM的发病机制,对BCBM差异表达基因的生物学功能进行研究并筛选关键调控基因。从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)下载4个BCBM基因表达谱数据(GSE12237、GSE100534、GSE125989以及GSE43837),采用R语言筛选差异表达基因,采用富集分析包括基因本体分析(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书分析(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)进行生物学功能分析,采用STRING和Cytoscape分析蛋白质相互作用网络,采用Kaplan-Meier进行生存分析。结果表明,同时存在于2个及以上基因表达谱数据中的差异表达基因261个,GO分析主要涉及细胞外基质组织、细胞外结构组织等生物过程,细胞外基质结构组成、胶原结合等分子功能,含有胶原的细胞外基质、胶原蛋白三聚物等细胞组分;KEGG分析主要涉及蛋白质消化和吸收、局部黏附等通路。蛋白质相互作用网络分析得到9个关键调控基因,其中,DCN、COL6A1与BCBM的生存率显著相关,可作为潜在的BCBM关键调控基因,并为BCBM分子机制的研究提供思路。     

基于转录组学的绿豆改善肥胖小鼠肝脂肪变性的潜在机制

基于绿豆对高脂饲养肥胖小鼠肝脂肪变性的有效缓解作用,通过转录组学技术分析了其改善肝脂肪变性的潜在机制。结果表明,绿豆显著改善了肥胖小鼠的肝脏基因表达图谱。与模型组相比,全绿豆和去皮绿豆干预后的小鼠肝脏分别有306和461个表达量差异基因显著上调,596和1132个表达量差异基因显著下调。经KEGG功能注释分析显示,绿豆干预后引起的表达量差异基因显著注释到脂质代谢相关的通路上。KEGG通路富集分析结果表明,绿豆干预发生了以NOD样受体信号通路和Toll样受体信号通路激活为特征的功能转变,其中NOD样受体信号通路是最为显著富集的信号通路,涉及12个显著下调的表达量差异基因以反馈绿豆对小鼠肝脂肪变性的调控作用。绿豆干预后,小鼠血清中炎症因子TNF-α和IL-6水平的显著降低以及肝脏中TNF-α mRNA表达水平的显著下降也很好地支持了转录组学测序的结果。本研究旨在为阐释绿豆缓解肥胖小鼠肝脂肪变性的作用机制奠定数据基础,从而为绿豆基功能食品的开发和应用提供理论支撑。     

应用cDNA微阵列芯片筛选胃癌转移相关基因的初步研究

采用cDNA微阵列技术建立胃癌原发灶和淋巴结转移灶基因表达谱,识别和克隆胃癌转移相关基因。用含10000个已知基因和7000个EST的cDNA微阵列分析胃癌原发灶和淋巴结转移灶表达谱的变化,利用生物信息学分析差异表达基因, RT-PCR和反向Northern点杂交验证cDNA微阵列结果。发现2倍以上的差异表达基因601个,其中淋巴结转移灶中表达上调527个,表达下调74个;2倍以上的差异EST 71个,其中淋巴转移灶中表达上调62个,表达下调9个。在胃癌原发灶中,与细胞免疫、发育、信号转导功能相关基因存在高表达;而在淋巴结转移灶中,与细胞生长、细胞周期、细胞运动和粘附功能相关基因存在高表达。RT-PCR和反向Northern点杂交结果进一步证实carbonic anhydraseⅡ、IGFBP-4基因高表达与胃癌转移相关。通过分析胃癌原发灶和淋巴结转移灶表达谱的变化,发现一些与胃癌转移相关的基因和EST,为进一步寻找和克隆胃癌转移相关基因提供研究线索。