舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用8个微卫星多态标记分析舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体共90个体的遗传多样性。结果显示,8个微卫星位点共检测到等位基因64个,各位点等位基因数(A)范围为5~10个,观测杂合度(Ho)的平均值为0.9111,期望杂合度(He)的平均值为0.8108,多态信息含量(PIC)平均值为0.7800,表明所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性。群体的遗传多样性分析结果显示,3个群体的平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.891 7、0.900 0、0.941 7和0.738 4、0.743 2、0.821 3,Shannon多样性指数分别为1.467 0、1.449 0、1.800 9,表明3个群体的遗传多样性处于较高水平。HardyWeinberg平衡检验发现只有LYC0015和LYC0009位点处于平衡状态(PHW0.05),其余6个位点都不同程度地偏离了平衡。3个群体的聚类分析表明,岱山和朱家尖西岙网箱2个养殖群体亲缘关系较近,而与舟山市水产所耐低温F2代群体亲缘关系较远。     

封闭群比格犬微卫星的筛选及初步应用

摘要:目的 筛选可用于比格犬遗传检测的微卫星位点,并对小型比格犬群体进行了遗传结构分析。 方法 选取来自文献的微卫星位点 120 个,包括比格犬位点 23 个和其他犬类遗传检测的位点 97 个。 用 DNA 池对这些位点进行 PCR 条件优化后,挑选扩增效果优良的位点对常用比格犬群体进行荧光标记 STR 扫描和群体遗传结构分析,依据期望杂合度( He)和香农指数挑选符合要求微卫星位点计算群体遗传参数。 结果 在候选的 120 个位点中共有73 个位点扩增效果优良,STR 扫描后选用 49 个位点进行遗传分析,结果显示该群体有效等位基因数、期望杂合度、平均杂合度、香农指数、多态性信息含量分别为 4. 9230、0. 7574、0. 7375、1. 6625、0. 7038,证明该群体遗传多态信息丰富,群体遗传多样性高。 结论 所选 49 个微卫星位点可用于比格犬遗传检测,这些位点还需用更多群体进行验证和优化。     

Hartley 豚鼠生物净化群体建立及微卫星遗传质量分析

摘要:目的 对现有 Hartley 豚鼠种群进行剖腹产净化,通过遗传检测,确认净化后的种群符合封闭群遗传特征。方法 生产群中不同繁殖单元广泛选择雌、雄个体,按 1 ∶ 1 比例合笼交配,于合笼后 70 d 实施剖腹产手术,仔鼠人工乳饲喂。 用循环交配法繁殖一代,从 F1 代中选取 30 个个体采集耳部组织样本,提取 DNA,应用 18 个豚鼠基因组微卫星位点进行 遗 传 检 测。 结 果 剖 腹 产 共 获 得 85 只 仔 鼠,成 活 56 只,离 乳 47 只 ( 23 雄、24 雌) ,成 活 率65. 9% ,离乳率 83. 9 % ;18 个豚鼠微卫星位点共检测到 81 个等位基因,平均杂合度 0. 5747,平均多态信息含量( PIC)0. 5216。 Hardy-Weinberg 遗传平衡检测,14 个位点符合 H-W 遗传平衡,3 个位点显著偏离 H-W 遗传平衡,1个位点呈现纯合状态。 结论 通过剖腹产对豚鼠种群进行了净化,净化后的群体具备较理想杂合度,属高度多态性群体,符合封闭群实验动物遗传特征。     

自发性先天性白内障大鼠遗传状况分析

目的 了解自发性先天性白内障(TSC)大鼠的遗传状况，评价遗传质量分析方法。方法 对TSC大鼠、BN大鼠、F344大鼠下颌骨11项变量进行测量，使用SPSS18.0统计软件进行数据分析；选取近交系大鼠常用的6个微卫星位点，通过PCR扩增和琼脂糖电泳鉴定，进行遗传质量检测。结果 TSC大鼠与BN大鼠相比较，下颌骨参数有9个差异有统计学意义(P<0.01);TSC大鼠与F344大鼠相比较，下颌骨参数有5个差异有统计学意义(P<0.01)。TSC大鼠不同个体在6个微卫星位点上的扩增产物均只出现一个条带，4个位点可以将TSC大鼠与BN大鼠区别，4个位点可以将TSC大鼠与F344大鼠区别，1个位点可以将3种近交系大鼠区分。结论 TSC大鼠下颌骨变量与BN大鼠和F344大鼠有明显的差异；TSC大鼠符合近交系要求，包含6个微卫星位点组合，可用于TSC大鼠与常用近交系大鼠品系BN和F344的遗传背景监测。     

桂花品种SSR荧光指纹图谱的构建

利用SSR荧光标记技术筛选出的11对SSR荧光标记引物,构建了64个桂花品种的SSR指纹图谱。11对SSR引物共扩增出143个等位基因,平均每个位点13个等位基因。群体平均的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Shannon's信息指数(I)、观察等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为0.619 7、0.848 3、2.323 7、17.833 3和8.228 2。四季桂与秋桂(金桂、银桂和丹桂)的遗传距离较远。利用引物OF002、OF019、OSM63和OSM63中的任意2对可区分所有供试品种。64个桂花品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种特定的图谱,为品种鉴别提供依据。     

应用T载体连接PCR技术分离黄嘴白鹭微卫星位点

传统的微卫星分离策略对于低丰度的物种如鸟类而言,通常是低效的.探讨了一种改良的T载体PCR序列获取法用于黄嘴白鹭(Egretta eulophotes)微卫星DNA的分离,称为T载体连接PCR(T-vector-ligation PCR,TVL-PCR).在获取第一侧微卫星序列的71个阳性克隆中,59个克隆含有重复序列,设计了48对位点特异巢式引物.经过两轮TVL-PCR后,31个位点的扩增产物为预期大小,经测序后获得21个完整的微卫星位点.除去侧翼序列过短和小卫星位点外,设计16个微卫星位点进行多态信息检测,其中7个位点显示出多态性,平均等位基因数为2～20,观察杂合度(HO)和期望杂合度(HE)分别为0.375～0.958和0.477～0.956,所有位点都符合哈迪-温伯格平衡(HWE)和连锁平衡.说明TVL-PCR技术对低丰度微卫星物种的位点分离具有一定的应用价值.     

雌核发育棕点石斑鱼EST-SSR的开发验证

通过人工雌核发育棕点石斑鱼(Epinephelus fuscogutatus)的转录组序列,共获得了24 359个微卫星位点,棕点石斑鱼转录组的微卫星重复基序具有不同的分布特征,其中以单碱基(34.05%)、二碱基(37.58%)和三碱基(22.75%)为主要的EST-SSR基序重复类型.根据微卫星引物设计原则,随机筛选了93个EST-SSR位点来进行引物合成和多态性检测,最终开发了48个具有多态性的微卫星标记,并在不同棕点石斑鱼群体中进行了初步的验证.结果显示:每个位点等位基因数(Na)为2～22,平均等位基因数为9;观测杂合度(H_0)为0.111～1.000,期望杂合度(He)为0.636～0.940;多态信息含量(PIC)为0.538～0.922个,表明48个EST-SSR位点均表现出高多态性(PIC 0.5).结果表明:基于雌核发育棕点石斑鱼转录组数据,开发微卫星标记是可行的.本研究所开发的具有多态性的微卫星标记可应用于棕点石斑鱼及其近缘种的遗传多样性分析和分子标记辅助育种研究.     

应用24个微卫星标记分析SD和Wistar大鼠的遗传多样性

目的 通过SD和Wistar大鼠群体遗传多样性分析,为其质量控制提供基础数据。方法 采用微卫星DNA标记技术,选取分布于21条染色体上的24个微卫星位点分别对12对SD大鼠和Wistar大鼠的DNA样本进行PCR扩增,所得扩增产物经二代测序分型,再利用PopGen32软件、Littleprogram0.6和GenePop分别进行等位基因、平均杂合度、多态信息含量及遗传平衡检验参数的计算。结果 SD和Wistar大鼠群体分别在24个微卫星位点检测到平均等位基因数3、2.95个,平均杂合度为0.434 4、0.426 1,平均多态信息含量分别为0.38、0.37,分别有10、9个位点偏离了Hardy-Weinberg遗传平衡,其中7、4个位点表现为杂合子缺失。结论 SD和Wistar大鼠封闭群遗传多样性略低于理想封闭群水平,需要在种群繁育中注重科学管理监测,避免近交。     

应用微卫星DNA标记对广西食蟹猴的遗传学研究

目的 对广西食蟹猴不同生产繁殖群进行遗传检测,分析广西不同繁殖群食蟹猴的遗传背景,为建立广西食蟹猴遗传质量检测方法和种群资源库提供基础资料。方法 应用20个微卫星基因位点和毛细管电泳技术对广西3个不同生产群食蟹猴进行遗传检测,并计算群体内和群体间的遗传变异参数。结果 共检测到等位基因237个,其观察等位基因数(Na)为5～19个,平均11.85个;平均期望杂合度(He)为0.85;平均多态信息含量(PIC)为0.817。3个不同生产群(F、N和W)分别检测到等位基因158、158和173个,平均期望杂合度(He)分别为0.8371、0.8318和0.8642;平均多态信息含量(PIC)分别为0.7692、0.7653和0.8001,3个不同生产群存在较高的遗传多态性。3个生产群Hardy-Weinberg平衡检验多数位点处于H-W平衡。群内近交系数Fis均值为0.0235,总群体近交系数Fit均值为0.0628,遗传分化系数Fst均值为0.0402,基因流Nm均值为5.9616,表明3个生产群基本处于随机交配状态,群体间遗传分化很小。3个生产群遗传距离为0.2556～0.3223,遗传相似度为0.7245～0.7745,聚类分析显示F群体和N群体先聚为一类,再和W群体聚为一类,符合3个繁殖猴场各自关联引种历史特征。结论 本研究有效分析了广西食蟹猴的遗传多态性和群体间的遗传关系,所选的20个微卫星基因位点可用于食蟹猴遗传质量检测。     

西藏石榴野生群体的SSR遗传多样性分析

【目的】调查西藏地区野生石榴种质资源,分析西藏野生石榴群体的遗传多样性和遗传结构,为野生石榴资源的保护和利用提供理论依据。【方法】使用13对SSR引物对3个自然群体共42份西藏地区野生石榴种质资源材料DNA进行PCR扩增,毛细管电泳检测扩增片段长度,使用GenAlEx和Arlequin等软件对SSR数据进行分析。【结果】13对引物共检测到44个等位基因,平均3.385个,引物的平均有效等位基因数(N_e)、香农信息指数(I)、期望杂合度(H_e)和多态信息量(PIC)分别为1.971、0.771、0.481和0.393。3个野生群体的平均有效等位基因数(N_e)、平均香农信息指数(I)和平均期望杂合度(H_e)分别为1.867、0.646和0.421,林芝b(LZb)群体的遗传多样性水平高于其他2个群体。AMOVA分析表明,群体内遗传变异高达88.43%,3个群体间的遗传分化系数(F_st)为0.116。种质聚类分析将供试种质划分为3个亚群,结果与种质地理来源具有一定关联性。遗传结构分析显示西藏野生石榴有4个可能的基因库来源。【结论】13对SSR引物可用于西藏野生石榴种质的遗传多样性等研究。西藏野生石榴种质的遗传变异主要存在于群体内;林芝b(LZb)群体遗传多样性最高,遗传结构复杂,且含有最多的野生种质采样点,可予以优先保护。     

息半夏种质资源遗传多样性的ISSR分析

对信阳息县道地药材息半夏种质资源遗传多样性进行研究，利用ISSR技术对24份半夏进行扩增。共挑选出了8条扩增条带清晰的引物，并检测到117条明显的条带，多态性条带为110条，平均多态性信息指数(PIC)为0.850 8,平均观测等位基因数(N_a)为1.927 9,平均有效等位基因数(N_e)为1.481 1,平均Nei氏基因多样性(H)为0.292 7,平均香农信息指数(I)为0.448 1。利用UPGMA方法进行聚类分析，24份半夏在遗传相似系数0.590 1处被分为3个类群。结果表明，24份半夏种质资源具有较高的遗传多样性。     

新疆3个地方品种绵羊微卫星遗传分析

利用10个微卫星标记对新疆北疆地区3个品种绵羊品种遗传多样性进行了检测。统计了各品种的等位基因组成、平均有效等位基因数(E)和平均基因纯合率(Ph),利用等位基因频率计算出各品种的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和品种间的遗传距离。结果表明：10个微卫星位点在3个绵羊品种中的多态信息含量除BM1824、MAF65、OarAE101、OarFCB48为低、中度多态外,其余6个微卫星均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于绵羊品种之间遗传多样性和系统发生关系的分析;各品种绵羊总的平均PIC、h和E均低于、Rh高于国外其他品种的绵羊,其基因多态性和遗传多样性相对贫乏;各品种的分子系统发生关系与其来源、育成史、分化及地理分布基本一致。     

玫瑰冠鸡资源群的微卫星多态性分析

利用8个微卫星DNA标记分析了玫瑰冠鸡(50只)及其杂交鸡(40只)的群体遗传变异。计算了各群体在各位点上的等位基因频率,并据此计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和有效等位基因数。结果表明:2个鸡群在8个微卫星座位上的基因频率存在明显的差异。所选的8个微卫星座位均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡群体遗传多样性的分析。     

凡纳滨对虾八个地理群体遗传多样性的微卫星分析

选用15对多态性较高的微卫星引物,对8个地理群体的凡纳滨对虾的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,结果显示:8个群体的平均有效等位基因数(Ne)为2.26~2.86;平均观测杂合度(Ho)为0.59~0.71;平均多态信息含量(Pic)为0.42~0.55.厄瓜多尔、新加坡、海南和泰国正大一群体的遗传变异度大,为高多态性群体.新加坡群体和海南本地群体的遗传距离最大(0.2154),海南本地群体和泰国正大一群体的遗传距离最小(0.0214),即海南本地群体与泰国正大一群体的亲缘关系最近,与新加坡群体的亲缘关系最远.     

应用微卫星技术分析评价虎皮猫群体的遗传质量

目的应用微卫星DNA标记检测法评价虎皮猫群体的遗传结构。方法应用37个微卫星位点对25只虎皮猫的DNA样本进行PCR扩增,利用软件POPGEN1. 32,对扩增产物的测序结果进行统计分析,获得虎皮猫群体的遗传结构参数。结果该虎皮猫群体的平均观测等位基因数是4. 702 7,平均有效等位基因数是2. 690 7,平均有效杂合度是0. 602 1,平均多态性信息含量是0. 552 0。结论微卫星DNA标记检测法能够应用于虎皮猫群体的遗传质量检测,该虎皮猫群体的遗传结构符合封闭群实验动物的结构特征。     

基于微卫星标记的中华蜜蜂5个自然群体遗传多样性分析

【目的】分析中国四川阿坝、黄土高原、海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地的中华蜜蜂(Apis cerana cerana)自然群体遗传多样性。【方法】提取样品基因组DNA后进行PCR扩增,并用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。通过计算15对微卫星标记在5个中华蜜蜂自然群体中的等位基因数、多态信息含量、期望杂合度、观测杂合度、遗传距离、遗传相似系数和遗传分化系数,进而评估各中华蜜蜂种群遗传多样性和各种群间遗传分化。【结果】15个微卫星位点共检测到64个等位基因,每个位点的等位基因数平均为4.266 7个,单个位点的等位基因数为2～6个。各群体平均等位基因数为2.6～3.066 7个,平均观测杂合度为0.550 3～0.664 3,平均期望杂合度为0.524 4～0.566 7,平均多态信息量为0.410 3～0.492 7。四川阿坝群体与黄土高原、海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地群体在Acc001,Acc096,Acc131等3个位点上存在明显分化;黄土高原群体与海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地群体在Acc114,Acc121,Acc132等3个位点上表现出一定程度的遗传分化;海南岛群体与浙闽丘陵、滇南地区两地群体在Acc001,Acc002,Acc004,Acc131,Acc132等5个位点上均表现出较强的遗传分化;浙闽丘陵与滇南地区群体间在Acc002,Acc121,Acc131等3个位点上遗传分化极明显。5个中华蜜蜂自然群体之间的遗传距离在0.160 1～0.491 0之间。【结论】5个中华蜜蜂群体遗传多样性丰富,群体间遗传分化明显。     

湖北省油茶资源遗传多样性的SRAP分析

采用SRAP标记对湖北省油茶5个居群的遗传多样性进行了研究.用11对引物对48个个体进行扩增,获得清晰的扩增条带64条,其中多态性条带60条,占93.75％;各材料间的遗传相似性系数(GS)在0.469～0.906之间,平均GS值为0.653;居群平均有效等位基因数(Ne)、平均Nei's遗传多样性(H)、平均Shan...     

6个绵羊品种微卫星多态性分析

为了研究5个新疆当地绵羊品种与藏羊的遗传多样性及进化关系,本研究采用8个微卫星标记对策勒黑羊、多浪羊、巴音布鲁克羊、巴什拜羊、阿勒泰羊和藏羊6个群体共计263个血液DNA样品进行检测,通过计算基因频率、多态性分析含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)和杂合度(He),分析以上绵羊品种群体的遗传多样性。同时采用Mega5.2分析软件对其遗传距离进行聚类分析。结果表明:8个微卫星位点在6个绵羊品种中共检测到130个等位基因,每个座位平均16.25个等位基因;6个群体的平均Ne为7.6882-9.8722。6个群体中藏羊的He与PIC最高值分别为0.8922和0.8715,其次是巴什拜羊,而巴音布鲁克的He和PIC都最低分别为0.8629和0.8350,但是6个群体均属于多态信息含量较高的遗传群体。由遗传距离构建的系统进化树也符合地理分布与育种历史。结果提示,6个群体都存在丰富的遗传多态性,而遗传距离有助于诠释品种之间的亲缘关系,预测杂交优势。     

用微卫星技术研究珠江流域三个野生大眼鳜群体的遗传多样性

采用微卫星标记技术,探讨了广西右江、左江及红水河三江段野生大眼鳜群体的遗传多样性。采用生物信息学方法,自主开发了4对大眼鳜微卫星DNA引物,此外,还从28对鳜属微卫星通用引物中筛选出15对,19对标记均表现为高度多态性。对32尾右江(YJ)、35尾左江(ZJ)及36尾红水河(HSH)三地理群体野生大眼鳜进行遗传多样性分析,总群体的固定指数Fix范围为0.001 4~1.000,表明19个位点在总群体内表现为杂合子缺失,其对环境的应对能力有所下降。遗传参数统计结果表明,总群体观测等位基因数(Na=19.4737)、香农指数(I=2.399 8)、平均杂合度(Ave Het=0.720 6)、多态信息含量(0.447PIC0.947)均显示:在哈温平衡下,大眼鳜3群体遗传多样性丰富;但3群体遗传多样性存在差异,红水河群体的遗传多样性比左江群体、右江群体的遗传多样性丰富,左江和右江群体的遗传多样性水平较为接近。群体间遗传分化水平较大(0.15群体间近交系数Fst=0.153 90.25),15.39%的遗传变异来自于群体间,84.61%的遗传变异来自于群体内,群体内近交系数Fis为0.576 1,各座位的基因流Nm分布范围较广(0.147 4~8.909 1),平均Nm值为1.374 5,表明3群体间属于中等遗传分化水平,基因流基本顺畅,群体内的近交系数较高,容易引起遗传结构的变化。基于Nei's遗传距离的聚类分析显示左江群体与右江群体首先聚为一支,再与红水河聚为一支,符合其在地理位置上的关系。     

凡纳滨对虾选育系间杂交的生长性状及遗传多样性分析

对2个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)选育系(A和B)的自繁与杂交后代的生长性状及遗传多样性进行了分析.养殖对比实验结果表明,杂交组合AB生长性状优于其他各组,表现出较好的杂种优势.使用11对荧光标记的微卫星引物对4个凡纳滨对虾自繁与杂交群体以及1个从美国引进的初代亲本SIS群体的基因组DNA进行扩增,结果显示除AA群体外,其余4个群体均表现出较丰富的遗传多样性,观测到的平均等位基因数(Na)为4.273~5.636,平均期望杂合度(He)为0.586~0.629,平均多态信息含量(PIC)为0.512~0.556.遗传距离分析结果显示,SIS群体和AA群体的遗传距离最远(0.670 4),而与AB群体的最近(0.131 4).研究结果表明,引自美国的凡纳滨对虾群体经多代自繁后,其遗传多样性水平降低;而选育系间杂交则可使杂交后代的生长性状和遗传多样性水平得到改善.