基于TCGA数据库构建肺腺癌相关免疫基因预后模型

从TCGA公共数据库中下载535个肺腺癌(lung adenocarcinoma, LUAD)肿瘤组织样品及59个正常组织样品及其相配的临床病例资料，提取样本全转录组测序结果.利用wilcox检验对两组样品进行差异表达分析，利用网址https://www.immport.org/下载免疫基因与肺腺癌转录组差异表达基因取交集，提取与肺腺癌相关的差异表达免疫基因.基于差异表达免疫基因，采用单因素和多因素Cox回归分析构建模型，并根据风险评分，将患者分为高风险组和低风险组；采用生存分析(K-M)和受试者工作特征(ROC)曲线分析检验模型预测效能.结果显示，共提取490个与肺腺癌相关的差异表达免疫基因，其中表达上调基因328个，表达下调基因162个，采用Cox单因素回归分析获得53个与生存时间相关的预后免疫基因，多因素Cox回归分析最终得到一个由15个预后免疫基因构建的风险评估模型.ROC曲线结果证实该模型对LUAD患者5 a内生存率的分析准确性较高(AUC=0.721),单因素和多因素Cox独立分析提示risk score(RS)能作为一个独立的预后指标(P<0.001).临床变量相关...     

血管内皮生长因子936^＊T／C基因多态性与胃癌的关系

研究血管内皮生长因子（VEGF）936^＊T／C基因多态性与胃癌之间的关系,了解该基因多态性对胃癌生成及发展的影响。采用聚合酶链反应一限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法检测胃癌患者和健康者外周血的VEGF936。T／C基因型。结果,胃癌患者外周血中VEGF936。T／C基因型或等位基因与健康者相比无差异（精确概率法计算基因型P=0．226;卡方检验等位基因x^2=2．934,P=0．087）。Ⅲ、Ⅳ期病理分期患者C／C基因型和c等位基因比例（66．7％和82．0％）明显大于Ⅰ、Ⅱ期（12．9％和1．2％）,两者差异有统计学意义（基因型：x^2：14．215,P=0．000;等位基因：X2=28．430,P=0．000）。结果表明,VEGF9360C／C基因多态性与胃癌的生成无关,而与胃癌的进展相关。     

基于随机矩阵理论分析乳腺癌基因网络

利用随机矩阵理论分析乳腺癌基因微阵列数据,得到乳腺癌基因共表达网络,找出乳腺癌基因共表达网络中重要的增殖模块和免疫模块,并预测基因PMSCL1与乳腺癌细胞的增殖、侵袭及迁移有关,基因CCAN2与乳腺癌细胞的有丝分裂有关,基因SCYA5与乳腺癌细胞的免疫应答有关,基因PRC1、RAB31、INHBA可作为乳腺癌的靶向基因.     

基于生物信息学分析EDIL3基因在宫颈癌中的表达及临床意义

目的 探讨表皮生长因子样重复序列和盘状蛋白I样结构域3(EDIL3基因)在宫颈癌中表达及其对宫颈癌细胞SiHa、HeLa迁移的作用。方法 运用GEPIA、UALCAN、OncoLnc数据库分析EDIL3基因mRNA在宫颈癌组织中的表达水平、基因启动子甲基化状态和预后的意义；采用免疫组织化学染色、Western blot、qRT-PCR分别检测宫颈癌组织和细胞中EDIL3蛋白及EDIL3基因mRNA表达水平；构建EDIL3-pcDNA3.1过表达质粒，转染分为实验组(转染过表达EDIL3-pcDNA3.1质粒)和对照组NC(转染空质粒),transwell实验检测宫颈癌细胞SiHa、HeLa的迁移。结果 生物信息学数据库分析显示EDIL3基因mRNA在宫颈癌组织中低表达并且存在启动子高甲基化(P<0.05),在宫颈癌不同分期中EDIL3基因的表达无差异(P>0.05),EDIL3高表达与宫颈癌患者不良预后相关(P<0.05);免疫组织化学染色、Western blot、qRT-PCR与数据库分析结果一致，在宫颈癌组织和细胞中EDIL3基因均低表达(P<0.05),...     

肿瘤转移相关基因CD44v6与p53在胃癌组织中的表达和预后

目的探讨肿瘤转移促进基因CD44v6和肿瘤转移抑制基因p53在胃癌组织中的表达与预后.方法45例浸润性胃癌组织来自哈尔滨医科大学附属第二医院病理科.采用sABC方法进行CD44v6和p53免疫组织化学检测.结果CD44v6在胃癌组织中表达率为53.3%(24/45).其中低分化腺癌伴印戒细胞癌的表达率高(16/24,66 7%).p53在胃癌组织中的表达率为75.6%(34/45),而在组织学的分型方面无明显差别.结论p53是最先参与肿癌侵袭和转移的抑癌基因.CD44v6具有在不同组织学类型的胃癌中表达率不同的特点,结果表示CD4v6的表达率可判断不同组织学类型胃癌的预后.     

IL-17rs763780基因多态性与胃癌易感性的关系

系统评价IL-17 rs763780基因多态性与胃癌易感性的关系。通过检索索PubMed、EMbase、Cochrane Library、CNKI、WanFang Data数据库、维普网(VIP),筛选多项IL-17rs763780基因TC多态性位点与胃癌的易感性相关病例-对照研究,检索时限均为建库截至2017年6月。通过筛选文献、从中提取数据和并进行文献质量评价后,采用Review Manager5.3软件进行Meta分析。最终纳入11个病例-对照研究,合计病例组3923例,对照组4389例。Meta分析后结果显示如下,IL-17基因rs763780位点多态性等位基因模型CvsT (OR=1.06,95%CI:0.81～1.38,P0.05),显性模型TTvsCT+CC(OR=0.95,95%CI:0.72～1.25,P0.05),隐性模型CCvsCT+TT(OR=1,21,95%CI:0.87～1.70,P0.05),加性模型TTvsCC(OR=1.11,95%CI:0.69～1.78,P0.05),该位点上述基因型均与罹患胃癌的风险无相关性(P0.05),而共显性模型TCvsTT+CC (OR=1.22,95%CI:1.09～1.37,P0.05),增加胃癌的患病风险。IL-17基因rs763780多态性共显性模型TCvsTT+CC增加胃癌的易感性,而其余基因模型与胃癌的发病无明显相关。     

一种有效的算法在胃癌特征基因选取中的应用研究

基于基因表达谱运用信息科学的方法和技术建立胃癌的分类模型,关键在于准确找出决定样本类别的一组特征基因。针对该问题在分析胃癌的基因表达谱基础上研究了胃癌特征基因选取问题。本文在借鉴递归特征排除策略的基础上,将RFE_Relief方法应用到胃癌特征基因选取上,并用支持向量机作为分类器,以分类错误率为标准进行了胃癌的分类预测实验,实验结果表明了该方法的可行性和有效性。     

基于生物信息学方法分析GABRD基因在结肠癌中的表达及预后情况

采用生物信息学方法探讨GABRD基因在结肠癌样本中的表达及预后情况。通过UCSC XENA下载33种肿瘤类型和正常组织的RNA序列数据和相关临床数据,使用R软件分析GABRD基因在结肠癌样本中的表达,并筛选共表达基因,对其进行富集分析;分析GABRD基因对结肠癌患者生存及预后的影响,并建立预后列线图;构建GABRD基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction, PPI)网络并筛选关键模块及枢纽基因,验证枢纽基因的生存及临床诊断价值。结果表明：GABRD基因在结肠癌样本中高表达并影响患者生存,筛选得到369个共表达基因,基因本体论(gene ontology, GO)功能富集发现其主要参与G蛋白偶联等生物学过程,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集显示其主要参与AMPK等信号通路;构建出由51个节点和523个连接组成的PPI网络,筛选枢纽基因5个,其中2个显著影响生存,5个具有临床诊断价值。综上,GABRD基因在结肠癌样本中高表达,影响结肠癌患者生存及预后,可能...     

用差异显示反转录PCR银染技术研究小鼠前胃癌相关基因

目的:以N-亚硝基-肌氨酸乙酯(NSEE)作为诱变剂建立NIH小鼠前胃癌动物模型,研究小鼠前胃癌差异表达基因,探索细胞癌变的分子机理.方法:采用mRNA差异显示(DDRT-PCR)、反向Northern点杂交、克隆、测序和生物信息学分析等方法,对其癌变组织中差异表达的基因进行系统的研究分析.结果:得到5条在小鼠前胃正常对照组织、癌变组织之间差异表达的cDNA片段.筛选后,对其中3个差异条带进行DNA序列测定,有1个与已知基因Tpt1高度同源,2个与同1基因片段AK085193.1高度同源.提示这2个基因与小鼠前胃癌的形成有关.     

NFATc3敲除对肝癌细胞转录组的影响及其潜在靶基因的初步筛选

目的 探究NFATc3基因敲除对肝癌细胞转录组的影响，并对NFATc3调控的靶基因进行初步筛选，以期为明确NFATc3靶基因及寻找新的抗肝癌治疗靶点提供依据。方法 利用敲除NFATc3的SMMC7721细胞，在有或无仙台病毒(Sendai virus, SeV)感染时进行转录组测序(RNA sequencing, RNA-Seq)检测，并对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析。对两组测序数据差异基因交集中的免疫相关基因进行PPI蛋白网络互作分析，并利用qRT-PCR实验验证敲减或过表达NFATc3对肝癌细胞内S100A8和S100A9表达水平的影响。利用数据库数据，分析肝癌中S100A8和S100A9 mRNA表达水平及预后。结果 经RNA-seq分析发现，肝癌细胞中NFATc3敲除后差异表达基因主要富集在发育、代谢、细胞外基质和血管生成等通路。PPI蛋白网络分析发现S100A8和S100A9可能是NFATc3的重要靶基因。qRT-PCR实验结果显示敲除或敲减NFATc3均可上调S100A8和S100A9的表达，而表达外源NFATc3则可下调S100A8/S100A9的表达。数据库分...     

铁死亡相关lncRNA在神经胶质瘤的预后价值分析

通过分析癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库的神经胶质瘤患者的转录组数据与临床数据,应用基因共表达法、单因素Cox回归法筛选与预后有关的铁死亡相关长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),根据LASSO Cox回归分析与筛选出的lncRNA在样本中的表达情况,将样本分为高、低风险两组,通过单因素及多因素独立预后分析、受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic Curve, ROC Curve)、Kaplan-Meier生存曲线、风险曲线、基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)等方法评估铁死亡相关lncRNA在神经胶质瘤预后中的价值及临床意义,通过TIMER、CIBERSORT、CIBERSORT-ABS等方法分析免疫浸润情况,进一步对免疫功能、免疫检查点以及N6-甲基腺苷(m⁶A)甲基化差异进行分析。结果获得预后相关的铁死亡相关lncRNA共14个。单因素及多因素独立预后分析、ROC曲线结果表明,铁死...     

基于条件关联互补基因的乳腺癌预后分析

为了提高乳腺癌患者的生存率,改善病人的临床治疗效果,从分子机制上研究了乳腺癌的致病基因。首先对113个正常组织和1 109个癌症组织的表达量进行差异分析,然后对差异表达的基因采用条件联合分析方式对互补基因进行分组,并用逐步Cox回归挑选出一组基因拟合预后模型。研究结果显示:VWCE,SPDYC,CRYBG3,DEFB1,SEL1L2,NMNAT2 6个基因对患者生存率是有害的,AMZ1,GJB2,CXCL2,ALDOC 4个基因对患者生存率是有利的,最终确定10个基因的预后模型能够显著地将样本分为高风险组和低风险组,并且对乳腺癌患者5年和10年的生存率进行了预测,依赖时间的AUC值均可达0.7以上。所提方法能够利用基因与基因之间的关联性,很好地对高维数据进行降维,消除基因与基因之间的共线性问题,10个基因的预后模型可以对患者的临床预测提供帮助。     

基于低氧-免疫DNA甲基化标记在肺腺癌预后中的开发

为了探究缺氧和免疫联合分析DNA甲基化位点在肺癌预后中的作用，提高肺癌免疫治疗的有效性，本研究基于甲基化和转录组二维数据，构建了一个用于预后评估的风险评分模型．从TCGA数据库中下载了247个与缺氧、免疫状态相关的去冗余肺癌样本作为训练集．然后对低缺氧-强免疫状态的样本、高缺氧-弱免疫状态的样本进行了差异基因表达、甲基化位点和临床生存率分析．生存曲线分析显示，低缺氧状态-强免疫状态组中的肺腺癌患者的1、3、5年生存率均优于高缺氧状态-弱免疫状态组（log-rank检验，P<0.05、P<0.001、P<0.001）．使用LASSO回归构建的多基因预后模型包含9个甲基化位点，在肺腺癌测试数据集和验证数据集中均显示出良好的预后预测能力（AUC=0.83,0.80,0.82）．这9个甲基化位点分别分布在PEBP4、FLI1、HLA-DMB、MYO1F、ABCC2、AKNA、ETS1、CCR7和TXNRD1基因上．此外，我们从5年生存曲线中发现，在低缺氧-强免疫状态组中高表达的PEBP4、CCR7、FLI1、AKNA、HLA-DMB、MYO1F和低表达的ABCC2基因也可作为...     

结、直肠癌患者抑癌基因的甲基化检测

目的：评价特异性甲基化PCR（MSP）分析法检测抑癌基因高甲基化对结、直肠癌的诊疗价值。方法：应用MSP法检测36例结、直肠癌患者血清、术中癌旁组织及癌组织中的抑癌基因hMIM1、p15、p16甲基化的发生率。另选择36例健康体检者血清样品作正常对照。结果：36例结、直肠癌患者术前血清及术中癌组织的hMIM1、p15、p16甲基化发生率为59％-97％,癌旁组织略低;术后1周血清中hMIM1、p15、p16与术前比较明显下降（P〈0．01）,而正常对照组抑癌基因甲基化发生率均为0。结论：MSP法的建立,直接检测结、直肠癌患者的抑癌基因的高甲基化状态,有助于临床判断和动态观察治疗的效果。     

Introns in higher plant genes

The intron is an important component of eukaryotic gene. Extensive studies have been conducted to get a better understanding of its structure and function. This paper presents a brief review of the structure and function of introns in higher plant genes. It is shown that higher plant introns possess structural properties shared by all eukaryotic introns, however, they also exhibit a striking degree of diversity. The process of intron splicing in higher plant genes involves interaction between multiple cis-acting elements and trans-acting factors, such as 5′ splicing site, 3′ splicing site and many protein factors. The process of intron splicing is an important level at which gene expression is regulated. Especially alternative splicing of intron can regulate time and space of gene expression. In addition, some introns in higher plant genes also regulate gene expression by affecting the pattern of gene expression, enhancing the level of gene expression and driving the gene expression.     

基于必需基因数据库的微生物必需基因的分析

维持某种生物细胞生长所必需的基因被称为是这个物种的必需基因．这些基因组成了该物种生存所需要的最小基因集合．本文构建了必需基因数据库（DEG）以及探索必需基因数据库的可能应用，应用Z曲线方法分析了枯草杆菌（Bacillus subtilis）中必需基因和非必需基因的核苷酸分布，并且通过蛋白质序列比对的方法对大肠杆菌（E．coli K12）的必需基因进行理论预测，同时分析了大肠杆菌基因组当中必需基因的功能分类，探讨了通过序列比对的方法确定微生物必需基因的可行性．     

体重指数在肺心病预后预测中的应用

目的 :探索体重和肺心病预后的关系 ,我国肺心病患者中实际体重和理想体重之比 (IBW% )和体重指数 (BMI)的关系 ,为在我国肺心病患者预后预测中应用 BMI提供依据。方法 :19例肺心病患者 ,记录确诊时的身高和体重 ,随访 6 3个月 ,比较生存组和死亡组的体重指标 (IBW%、BMI)及生存时间的差异 ,对19例患者作生存分析 ,对死亡组作生存时间和体重之间的相关和回归并比较两回归方程的差异。结果 :生存组和死亡组之间的体重指标差异显著 ,两组生存时间差异显蓍 ,19例患者 5年生存率为 0 .474,BMI<2 1kg/m2 者 5年中死亡的相对危险度为 3.2 5 ,死亡组的生存时间和体重指显著相关 ,体重指标中 IBW%和 BMI均可反映这种相关性 ,但 BMI的 t值、F值和 r值均大于 IBW% ,两者的直线回归方程比较有显蓍差异。结论 :肺心病患者预后和体重相关 ;BIM<2 1kg/ m2 者 ,相对死亡危险度较大 ;BIM在我国肺心病患者预后预测中有重要应用价值。     

Nitrates, nitrites and gastric cancer in Great Britain

Nitrate and nitrite were measured in the saliva of two populations who differed in their risk of developing gastric cancer. Surprisingly, the levels of both ions were significantly higher in the low-risk group.