基于线粒体基因组全序列的鳅科(Cobitidae)鱼类进化关系分析

为了解鳅科(Cobitidae)鱼类线粒体全基因组序列的结构特征和系统发育信息,利用生物信息学方法对已知的40种鳅科鱼类线粒体全基因组进行比对分析,用邻接法(NJ)构建系统发育树。结果显示：(1)鳅科鱼类线粒体基因组全序列长度在16 553～16 937 bp之间,基因组的结构特征及基因排列顺序与其他硬骨鱼类一致。(2)鳅科鱼类线粒体全基因组一致序列长度为17 483 bp,变异位点数为8039(45.9%),Kimura双参数平均遗传距离为0.19。在13个蛋白质编码基因中,ND2的变异程度(58.9%)和平均遗传距离(0.28)最大,变异程度最小的是12S rRNA(30.5%),tRNA拼接序列的平均遗传距离最小(0.07)。(3)Cox1、ND5、Cytb基因是进行鳅科鱼类系统发育分析较为理想的分子标记,NJ系统发育树显示,条鳅亚科(Noemacheilinae)是最早分化出来的一枝群系,位于祖先位置,沙鳅亚科(Botiinae)和花鳅亚科(Cobitinae)亲缘关系更近,互为姐妹群系。本研究为鳅科鱼类进化学研究和分子标记的选取提供参考依据。     

线粒体DNA d-loop序列变异与鳅鮀亚科鱼类系统发育

对鳅鮀亚科(Gobiobotinae)2个属8个种10个个体线粒体控制区d-loop全序列进行了测定.以鮀亚科斑马鱼为外类群,对鳅鮀及鲤科(Cyprinidae)一些亚科代表种鱼类进行了系统发育分析.结果显示,鳅鮀鱼类是一个单系类群,与鮀和细鲫有较近的亲缘关系.从系统发育的角度看,鳅鮀亚科应归属于鮀亚科(Gobioninae).研究结果支持鳅鮀亚科分为异鳔鳅鮀属(Xenophysogobio)和鳅鮀属(Gobiobtia).     

线粒体DNA d-loop序列变异与鳅鮀亚科鱼类系统发育

对鳅鮀亚科(Gobiobotinae)2个属8个种10个个体线粒体控制区d-loop全序列进行了测定.以鮀亚科斑马鱼为外类群,对鳅鮀及鲤科(Cyprinidae)一些亚科代表种鱼类进行了系统发育分析.结果显示,鳅鮀鱼类是一个单系类群,与鮀和细鲫有较近的亲缘关系.从系统发育的角度看,鳅鮀亚科应归属于鮀亚科(Gobioninae).研究结果支持鳅鮀亚科分为异鳔鳅鮀属(Xenophysogobio)和鳅鮀属(Gobiobtia).     

贵州南部及西南部典型洞穴鱼类物种多样性研究

对贵州南部及西南部地区11个县(市)的地下河进行野外调查工作,共采集到典型洞穴鱼类标本488尾。通过形态学和分子系统发育学方法对采集标本进行物种鉴定及分析,结合实验室馆藏标本的检视,共确定典型洞穴鱼类34种,其中:金线鲃属(Sinocyclocheilus)有20种;高原鳅属(Triplophysa)有8种;岭鳅属(Oreonectes)有5种;副鳅属(Paracobitis)有1种。发现待定种13种,其中:金线鲃属7种,高原鳅属5种,岭鳅属1种。利用辛普森多样性指数对贵州省南部和西南部物种多样性分析结果表明,贵州南部地区为0. 825 8,高于西南部地区的0. 570 8。根据线粒体基因测序结果及Gen Bank下载的线粒体基因序列,基于线粒体基因ND4、ND5和Cytb,使用最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建系统发育树对发现物种进行分析,结果显示:长须盲高原鳅(Triplophysa longibarbatus)和佳荣盲高原鳅(Triplophysa jiarongensis)应为岭鳅属物种,建议变更为长须岭鳅(Oreonectes longibarbatus)和佳荣岭鳅(Oreonectes jiarongensis);长江流域及珠江流域的洞穴型高原鳅单独聚为1支,与非洞穴型高原鳅具有不同的演化方向,贵州采集的高原鳅属鱼类均为洞穴类群;贵州的金线鲃分属于3个不同种组,分别为"驼背"组、"角"组和"抚仙"组。     

线粒体DNA d—loop序列变异与鳅Tuo亚科鱼类系统发育

对鳅Tuo亚科（Gobiobotinae)2个属8个种10个个体线粒体控制区d-loop全序列进行了测定。以Dan亚科斑马鱼为外类群，对鳅Tuo及鲤科（Cyprinidae)一些亚科代表种鱼类进行了系统发育分析。结果显示，鳅Tuo鱼类是一个单系类群，与Ju和细鲁鲫有较近的亲缘关系。从系统发育的角度看，鳅Tuo亚科应归属于Ju亚科(Gobioniae)。研究结果支持鳅Tuo亚科分为异镖鳅Tuo属（Xenophysogobio)和鳅Tuo属（Gobiobtia)。     

高原鳅属Triplophysa鱼类的分子系统发育和生物地理学研究

高原鳅属Triplophysa鱼类广泛分布于亚洲中部的高原地区，是青藏高原鱼类区系重要的组成部分.它们对高原环境表现出极强的适应性,是已知世界上分布海拔最高的鱼类. 采用线粒体DNA细胞色素b基因序列分析了青藏高原及其邻近地区13个水系30个地点22种高原鳅属鱼类的分子系统发育关系.结果表明高原鳅属鱼类不是一个单系群，赫氏鳅亚属Hedinichthys的种类嵌入到其他条鳅亚科鱼类分支中，而依据第二性征划分的高原鳅亚属Triplophysa是一个单系群.在高原鳅亚属中，最先发生分歧的是分布于黄河上游的似鲶高原鳅T.(T.) siluroides, 其次是分布于南盘江上游的抚仙高原鳅T.(T.) fuxianensis. 将骨质鳔囊和鳔后室的形态特征图解到分子系统发育树中时，并没有呈现出共近离征的改变.高原鳅亚属内种间系统发育关系在一定程度上反映了地理关系的远近，即相同和相邻水系的物种之间通常具有更近的亲缘关系；进而在生物地理过程中反映了青藏高原东部和西北部水系与青藏高原主体及东南部水系在9.5—7.2Ma出现分离，这一事件可能与晚新生代青藏高原在8Ma左右发生的地质构造事件及气候重大转型相关.     

高原鳅属Triplophysa鱼类的分子系统发育和生物地理学研究

高原鳅属Triplophysa鱼类广泛分布于亚洲中部的高原地区,是青藏高原鱼类区系重要的组成部分.它们对高原环境表现出极强的适应性,是已知世界上分布海拔最高的鱼类.采用线粒体DNA细胞色素b基因序列分析了青藏高原及其邻近地区13个水系30个地点22种高原鳅属鱼类的分子系统发育关系.结果表明高原鳅属鱼类不是一个单系群,赫氏鳅亚属Hedinichthys的种类嵌入到其他条鳅亚科鱼类分支中,而依据第二性征划分的高原鳅亚属Triplophysa是一个单系群.在高原鳅亚属中,最先发生分歧的是分布于黄河上游的似鲶高原鳅T.(T.)siluroides,其次是分布于南盘江上游的抚仙高原鳅T.(T.)fuxianensis.将骨质鳔囊和鳔后室的形态特征图解到分子系统发育树中时,并没有呈现出共近离征的改变.高原鳅亚属内种间系统发育关系在一定程度上反映了地理关系的远近,即相同和相邻水系的物种之间通常具有更近的亲缘关系;进而在生物地理过程中反映了青藏高原东部和西北部水系与青藏高原主体及东南部水系在9.5-7.2 Ma出现分离,这一事件可能与晚新生代青藏高原在8 Ma左右发生的地质构造事件及气候重大转型相关.     

鱼类线粒体基因组研究进展

线粒体基因组(mitochondrial genome DNA,mtDNA)具有严格的母系遗传且能进行自我复制,并且在世代传递过程中不易发生重组、进化速率较快等优点.因此mtDNA广泛应用于系统进化、种群遗传、适应性进化等领域中.本文对鱼类mtDNA研究做了详细阐述,系统总结了近年来鱼类mtDNA结构与特征、线粒体的起源与演化、种群遗传、适应性进化、鱼类条形码物种识别等研究进展,以期对相关研究有一定参考价值.     

河南省高原鳅属鱼类分类厘定

高原鳅属鱼类广泛分布于青藏高原及其邻近地区,由于种间形态差异较小,高原鳅属鱼类一直是物种鉴定的难点类群.早期相关鱼类志和本课题组近期研究显示河南省分布有赛丽高原鳅、贝氏高原鳅、达里湖高原鳅和粗壮高原鳅,但早期文献野外调查范围较小,所用标本较少,描述也较为简单.在前期详细野外调查的基础上,通过形态学和分子系统学相结合的方法,对河南省以上4种高原鳅属鱼类进行鉴定和整理,补充详细的形态描述,明确该属四种鱼类在我省的分布情况.     

鲑科鱼类线粒体全基因组序列结构特征及其系统发育信息分析

为了深入开展鲑科鱼类的线粒体全基因组序列的结构特征和系统发育信息的研究,利用生物信息学的方法分析了已获得的40种鲑科鱼类的线粒体全基因组序列.通过软件Clustal X进行对比,然后用软件MEGA5.05分析DNA的序列差异,并用邻接法生成系统进化树.结果发现:1)鲑科鱼类线粒体基因组的结构和基因排列顺序和其他硬骨鱼类的相同,其全长为16 526~16 997 bp.2)从系统进化树可以看出白鲑亚科(Coregonidaeinae)位于祖先的位置,是最早出现分化的一枝,鲑亚科(Salmoninae)和茴鱼亚科(Thymallinae)亲缘关系较近,互为姐妹群.3)在所有编码基因中,序列变异程度最大的是ND2基因(47.6%),最小的是16S rRNA基因(11.0);Kimura双参数遗传距离最大的是ND2基因(0.203),最小的是12S rRNA基因(0.037).