水生动物双RNA病毒的研究进展

水生动物双RNA病毒（ Aquabirnavirus,ABV）隶属双RNA病毒科Birnaviridae,是一类可引起水生动物爆发传染性病毒病的病原,在世界范围内给水产养殖业造成了巨大损失,其代表种为传染性胰脏坏死病毒（ Infectious Pancreatic Necrosis Virus,IPNV）。ABV的基因组包括两段分节的RNA,以负链RNA为模板进行病毒基因组复制,编码5种成熟的蛋白;本文结合ABV的功能基因、致病机理、诊断检测及免疫防治等近年研究的热点做一综述,以期为研究者提供参考。     

传染性法氏囊病病毒结构的分子生物学研究进展

传染性法氏囊病是一种严重危害雏鸡的免疫抑制性、高度接触性传染病.传染性法氏囊病病毒为双RNA病毒,有A、B两个片断.A片断编码4种蛋白VP2,VP3,VP4和VP5,B片断编码VP1蛋白.其中的VP2和VP3是主要的宿主保护性抗原,在病毒的结构、变异、毒力和免疫原性方面有着重要的作用.     

植物病毒RNA提取方法的研究

病毒RNA提取技术是分子生物学中经常应用的重要技术,是对RNA病毒在分子水平进行研究的必要手段.介绍了一种从染病植物组织中提取病毒RNA的方法,利用此方法提取了马铃薯x病毒(PVX)的RNA基因组,并通过RT-PCR得到其外壳蛋白基因,提取的病毒RNA在纯度和产量上都可满足反转录和PCR扩增等基本分子生物学操作.     

正链RNA病毒基因组的复制

许多正链RNA病毒是严重危害人类健康的病原体,是造成经济植物动物死亡的致病因子.正链RNA病毒的基因组为正链RNA,其复制酶是依赖RNA的RNA聚合酶,非编码区是病毒基因组复制的主要调控位点,3’非编码区是复制酶的第一结合位点,正链RNA病毒基因组大多可能按copy-back模型进行复制.瘟病毒基因组的复制过程出现正链复制本的数量大于负链复制本的数量,这可能是以RF中间体的负链RNA为模板、正链RNA被置换的形式进行复制的结果.本文概述了HCV细胞培养系统的研究进展.     

斜带石斑鱼神经坏死病毒基因组RNA1和RNA2序列测定及分析

根据GenBank数据库公布的鱼类神经坏死病毒(nervous necrosis virus,NNV)同源序列设计了7对特异性引物,采用RT-PCR方法扩增出目的片断,将PCR产物测序和分析.斜带石斑鱼Epinephelus coioides神经坏死病毒(orange-spotted NNV,OGNNV)基因组由两个片断(RNA1和RNA2)组成,RNA1由3 103个核苷酸组成,含有一个开放阅读框,编码982个氨基酸;RNA2由1 433个核苷酸组成,含有一个开放阅读框,编码338个氨基酸.OGNNV基因组与新加坡GGNNV(greasy grouper NNV)的基因组有高度的相似性.分析病毒的RNA2序列发现:OGNNV与DGNNV(dragon grouper NNV)、RGNNV(redspotted NNV)和GGNNV的亲缘关系很近,并且具有相同的中和位点;分析病毒的RNA1序列,发现在OGNNV的RNA1序列中同样可以找到依赖RNA的RNA聚合酶的6个模序(motif).根据同源性比较和系统进化分析,OGNNV属于RGNNV血清型的成员.     

石河子一串红花叶病病原的分子鉴定

为了防治石河子一串红花叶病,采用提取dsRNA/RNA、RT-PCR、克隆和序列分析对病原进行了检测鉴定。结果表明:从表现花叶的S4分离物中提取dsRNA,得到大小约4700和6300 bp的片段,以此dsRNA为模板,用蚕豆病毒属(Fabavirus)的兼并引物进行RT-PCR,扩增得到1条约390 bp片段特异性条带,序列测定该片段大小为391nt,blast比对分析与蚕豆萎蔫病毒2号(BBWV2)的同源性最高,表明S4分离物为BBWV2。RNA1基因组全序列测定及分析结果表明,基因组大小为5957nt(不含poly A),仅编码1个开放阅读框(ORF),与已报道BBWV2的RNA1序列同源性为78.4%-100.0%。     

SARS及其它冠状病毒基因组组织结构和序列的初步比较分析

严重急性呼吸综合症(Severeacuterespiratorysydrome,SARS)是一种全新的传染性疾病,它可能主要是由冠状病毒的一个变种引起的.本文比较SARS及其它冠状病毒基因组组织结构和序列变异的情况,初步的结果表明:①尽管SARS病毒与冠状病毒属的另外6种病毒基因组序列上有较大的差异,但是它们具有较相似的基因组组织结构;②SARS病毒与牛冠状病毒、鼠肝炎病毒具有较近的系统发育关系;③虽然SARS病毒扩散的时间极短,但来自不同地区SARS病毒的DNA序列却存在一些突变,且这些突变又大多是改变氨基酸序列的非同义突变.     

HIV-1RNA基因组二级结构被确定

单链病毒RNA基因组内的二级结构具有几种功能和调控作用。最近科研究人员从感染性病毒颗粒分析提取出的真实HIVRNA,已确定出一个完整HIV-1RNA基因组的二级结构。他们应用SHAPE技术（由引物延伸催化的高通量选择性2’-羟基酰化）对由HIV-1RNA基因组形成的所有结构进行定性,从而发现了无数高结构性主题,其中很多主题的功能也可以被推断出来。     

两个新非典型轮状病毒组的确定

<正> 两株分别从鸡(D/132)和猪(E/DC—9)分离的新非典型轮状病毒进行了抗原性比较和核酸分析。间接免疫荧光显示每株病毒皆有其不同的组抗原,而且这些组抗原与原有的轮状病毒组抗原也有区别。通过基因组剖析,这两株病毒的基因组RNA型和其他轮状病毒都有明显的区别。比较这两株病毒相应基因片段末端指纹图,可看出这两者间有很大差别;在染色体RNA序列上,不仅这二株病毒之间有明显差别,而且与     

鸡六种病毒多重PCR检测方法的建立和应用

禽流感(Avian influenza,AI)、鸡新城疫(Newcastle disease,ND)、鸡传染性支气管炎(Infectious bronchitis,IB)、鸡传染性喉气管炎(Infectious laryngotracheitis,ILT)、鸡传染性法氏囊病(Infectious bursal disease,IBD)和鸡减蛋综合症(Egg drop syndrome 76,EDS-76)是6种常见的禽类病毒性传染病,给养鸡业造成重大经济损失。依据NCBI核酸数据库中禽流感病毒(Aiv)、新城疫病毒(Ndv)、鸡传染性支气管炎病毒(Ibv)、传染性法氏囊病(Ibdv)、鸡传染性喉气管炎病毒(Iltv)及减蛋综合征病毒(Edsv)基因序列,设计了6对特异性引物,建立并优化针对鸡Aiv、Ndv、Ibv、Ibdv、Iltv和Edsv的多重PCR鉴别诊断方法,同时进行现场检测应用。结果显示该多重PCR体系检测限为100fg,与其他常见病原体无交叉反应。研究表明鸡六种病毒多重PCR方法具有较高敏感性与特异性,在禽类常见病毒现场诊断方面具有广阔的应用前景。     

质型多角体病毒侵染、转录调节机制的研究进展

质型多角体病毒(Cytoplasmicpolyhedrosisvirus,CPV)隶属呼肠孤病毒科Reoviridae质型多角体病毒属Cypovirus,通常基因组由10个节段双链RNA构成。根据病毒基因组dsRNA片段在聚丙烯酰胺或琼脂糖凝胶中电泳图谱的差异,目前CPV已被分为20个电泳型。依据已有的研究结果,综述了质型多角体病毒(Cypovirus,简称CPV)侵染、转录调节机制的最新研究进展。重点分析了CPV入侵过程;转录过程中CPV衣壳蛋白VP1和塔状蛋白VP3构象变化,促进mRNA起始转录和加帽的作用;大突起蛋白VP5,作为夹状蛋白起到稳定CPV病毒粒子结构的作用;另外,VP5作为mRNA分子伴侣,促进RNA链的解旋和加速链的退火。这些研究结果将为下一步深入研究CPV入侵、转录机制,提供了重要的理论依据和研究线索。     

一种马铃薯病毒RT-PCR诊断新方法

对传统的植物病毒RNA苯酚提取法进行改进;同时设计并优化单管RT-PCR(O ne-tube RT-PCR)方法,使传统的RT-PCR两步反应在一个反应体系中同时进行,依据马铃薯Y病毒和马铃薯S病毒的基因组RNA保守序列设计2套特异性引物,采用上述新建立的检测方法对染病的马铃薯叶片组织进行病毒检测,结果与G eneB ank中报道的这两种马铃薯病毒核苷酸序列进行B last比较,同源性达到96%以上,用这种新型诊断方法对马铃薯病毒核酸进行了浓度检测,实验结果证明,这种新型马铃薯病毒诊断方法具有可靠、快速、简便等特点.     

鸡传染性支气管炎病毒分子生物学的研究进展

叙述了国内外对传染性支气管炎病毒(IBV)的基因组结构及转录过程；IBV的结构蛋白及生物学功能；IBV诊断的现代生物技术手段；IBV基因工程疫苗与免疫预防等。     

蚕豆萎蔫病毒中国分离物RNA2全序列及多聚蛋白切割位点

对蚕豆萎蔫病毒2(BBWV2)分离物B935 RNA2全序列进行了测定,全长由3 601个核苷酸组成(不包括3'端Poly(A)).RNA2包含一个长的开读框,该开读框起始于231位,终止于3 428位,编码一个分子量为119 ku的多聚蛋白.对外壳蛋白亚基N端氨基酸序列测定表明外壳蛋白大亚基(LCP)和小亚基(SCP)是由119 ku多聚蛋白中谷酰胺与甘氨酸及谷酰胺与丙氨酸之间的切割产生的,LCP含有402个氨基酸,SCP含有197个氨基酸.与蚕豆病毒属(Fabavirus)病毒基因组核苷酸及编码的蛋白质氨基酸序列比较表明,B935与BBWV2分离物及广藿香轻花叶病毒具有很高的同源性,而与BBWV1分离物的同源性较低.B935与豇豆花叶病毒属(Comovirus)和线虫传多面体病毒属(Nepovirus)的基因组结构相似,但序列同源性很低.B935与豇豆病毒属病毒的LCP和SCP氨基酸具有共同的保守序列.用4株单克隆抗体进行TAS-ELISA测定表明B935与BBWV1分离物(NRS和PH3)抗原上有差异.     

应用二温式多重PCR技术鉴别鸡传染性支气管炎病毒和鸡传染性喉气管炎病毒

为了简化聚链反应（PCR）程序和加快检测速度,将二温式PCR与多重PCR结合起来,建立一种同是检测鸡传染性支气管炎病毒（IBV）和鸡传染性喉气炎病毒（ILTV）的二温式重PCR技术,试验根据IBV和ILTV的基因文库,设计2对分别与IBV和ILTV某段基因序列互补的引物。用这2对引物同一样品中的IBV、ILTV核酸模板进行二温式多重PCR扩增,结果均同时得到2条特异性大小与实验设计相符的1720bp(IBV)和647bp(ILTV）的扩增带,而对其他6种禽病病原的扩增结果均为阴性,敏感性测定结果表明明,该二温式多重PCR技术检出10pg的IBV RNA模板和10pg的ILTV DNA模板。     

植物AGO蛋白的结构预测分析

AGO蛋白家族(Argonaute protein family)是RNA诱导沉默复合物(RISC)的功能核心,参与小RNA介导的基因沉默.AGO蛋白由N末端、PAZ、MID和PIWI四个结构域组成.它和小RNA在植物中共同参与维持基因组的稳定、调控组织发育、DNA修复、对逆境的适应性应答以及在RNA层面对入侵核酸(转基因和植物病毒)的免疫.植物AGO蛋白在胚胎发育,细胞分化和转座子的沉默中具有重要作用.本文运用生物信息学的方法,结合生物信息学两大门户网站,对植物AGO蛋白的分类、平均疏水性、净电荷、不稳定系数等进行预测.     

植物病毒的反RNA干扰机制

RNA干扰(RNAi)是个古老而保守的机制,其作用如同“基因组的免疫系统”,广泛存在于真核生物真菌、植物、动物中,是天然的抵御病毒侵袭的系统.植物病毒在和植物长期而复杂的协同进化中,为了生存繁殖,提高自身复制、运动、感染寄主的能力,也演化出了对付宿主沉默反应的机制,即反干扰机制.目前的研究表明,病毒编码沉默抑制子是反干扰机制的最主要方式.本文主要就病毒编码的沉默抑制子作用特点和功能进行了概述.并介绍了缺损干扰RNA及卫星RNA的特殊复杂二级结构、快速复制与运动躲避沉默信号等反干扰机制,以及探讨了病毒反干扰的研究应用前景.     

对虾桃拉病毒(TSV)RT-PCR快速诊断技术的研究

对虾桃拉病毒(Taura Syndrome Virus，TSV)最早于1992年在凡纳对虾(Penaeus vannamei)体内发现，此病毒是对虾养殖业危害较严重的病毒之一．将该病毒基因组的一段序列克隆至转录载体pSP64(PolyA)上。经体外转录、磁珠法分离、纯化获得了人工的TSV-RNA模板；用定量的TSV-RNA阳性对照模板进行RT-PCR条件优化。灵敏度检测以及样品制备方法等试验，结果表明：RT-PCR检测的灵敏度可达到0．1fg，相当于100个病毒粒子；所制备的样品对病毒RNA的逆转录及扩增无抑制，适合于对虾桃拉病毒快速检测．     

马铃薯卷叶病毒基因组保守序列片段的RT—PCR扩增

从感染马铃薯卷叶病毒的植株中提取马铃薯卷叶病毒总RNA,针对马铃薯卷叶病毒基因组,其中的2个保守序列分别设计并合成了1对寡聚核苷酸引物,用反转录-聚合酶链式反应方法从提取的病毒RNA材料中扩增出符合设计大小的240bp、400bp的特异性产物,对照的健康植株中未扩增出相应产物。     

HCV RNA复制过程中5'UTR与3'UTR 作用的初步探讨

构建具有不同类型和长度的5'非编码区(UTR)及3'UTR的丙型肝炎病毒(HCV)全长cDNA克隆,体外转录制备RNA,转染肝癌细胞HepG2,研究不同RNA转录体在细胞内的复制情况。通过RT-PCR与Westernblot等方法证明:蛋白编码区来源于1a基因型并具有1b型5'UTR及3'UTR(全长或缺失98nt保守区)的2种嵌合型HCVRNA,都可以在病毒易感细胞中复制和表达;而以脑心肌炎病毒(EMCV)内核糖体进入位点(IRES)替代HCV5'UTR的嵌合型RNA转染细胞,检测不到病毒正、负链RNA与蛋白表达。以上结果说明HCV1b型5'UTR与3'UTR可以支持1a型病毒RNA的正常复制,3'UTR保守区的存在与否,对病毒复制影响不大。