Calpain 10基因与新疆维吾尔族2型糖尿病遗传易感性研究

研究Calpain 10基因单核苷酸多态性（SNP）43G-A和63C-T两个位点与新疆地区维吾尔族人群2型糖尿病（Type 2 diabetes mellitus,T2DM）之间的关系。采用1∶1病例——对照研究方法,以聚合酶链式反应——限制性内切酶长度多态性（PCR-RFLP）技术,对120例T2DM患者和120例正常对照者Calpain 10基因SNP43、SNP63多态性位点进行基因分型。SNP43多态性位点的基因型和等位基因频率在病例组和正常对照组中的分布存在差异,T2DM组中GG基因型和等位基因频率均低于对照组,但是A等位基因频率高于对照组,差异有统计学意义（P〈0.005）;SNP63多态性位点的基因型频率和等位基因频率在病例组和正常对照组中的分布无显著差异,（P〉0.005）。结果表明：（1）Calpain 10基因SNP43多态性位点与新疆地区维吾尔族人群T2DM有明显相关性;（2）SNP63多态性位点与新疆地区维吾尔族人群T2DM无明显相关性。     

单核苷酸多态性及其在作物遗传育种中的应用

单核苷酸多态性（simple nucleotide polym orphism,SNP）是等位基因间序列差异最为普遍的类型,可以作为一种高通量的分子标记.本文主要介绍SNP的定义、几种植物学中常用的检测SNP方法及SNP标记在作物遗传育种中的应用.     

一种新的分子标记--单核苷酸多态(SNP)

单核苷酸多态(SNP)为同一物种不同个体间染色体上遗传密码单个碱基的变化，是继限制性片段长度多态性(RFLP)、微卫星标记(SSR)之后的又一种新的分子标记，通常呈双等位基因多态。在此从SNP的特点、SNP的搜寻、SNP的确认与检测、SNP数据库、SNP作图、SNP的研究前景等方面对其研究进展进行综述。     

应用SNaPshot技术对桉树SNP的检测

【目的】SNaPshot是一种单核苷酸多态性(SNP)检测的多重分析技术,具有检测速度快、准确性高、成本低廉等特点。利用多重PCR技术,结合SNaPshot分型方法,在桉树中构建SNP复合分型检测体系,促进SNP技术在桉树遗传图谱构建和无性系鉴定的应用。【方法】利用桉树已有的EST序列设计引物,通过PCR产物直接测序进行SNP标记位点的开发,利用多重PCR技术和SNaPshot分型方法建立SNP复合分型检测体系,并在尾叶桉和细叶桉作图群体的两亲本和6个F₁子代,以及16个国内常用的桉树无性系中进行分型检测。【结果】共设计合成12对SNP引物,分为3组(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)建立了SNP复合分型检测体系,SNP分型情况与测序结果一致。对桉树作图群体的两个亲本和6个F₁子代的分型结果进行统计,发现12个SNP标记在6个子代中均发生了分离; 对桉树无性系进行多态性的分析,期望杂合度(H_e)为0.11～0.51、观测杂合度(H_o)为0.11～0.56,多态性信息含量(PIC)为0.10～0.37,表现为中度或低度多态性。【结论】利用多重PCR和SNaPshot技术可以快速地对桉树进行基因分型,其结果准确可靠,可以用于桉树遗传图谱的构建以及桉树无性系的鉴定等方面研究。     

利用特异性寡聚核苷酸探针分析DNA单核苷酸多态性

基因突变的分析研究在人类后基因组技术中占有非常重要的位置.DNA单核苷酸多态性(SNP)是最常见的基因突变的存在形式,是研究基因图谱、遗传性疾病及其治疗的重要工具.所以SNP的分析研究近年来倍受关注,已有许多SNP的分析方法被报导[1].     

基于布谷鸟优化算法的全基因组关联分析

利用贝叶斯网络描述单核苷酸多态性(SNP)与疾病之间的关系,以SNP与疾病之间的贝叶斯评分作为评价SNP与疾病关联度的目标函数,在全基因数据中通过布谷鸟优化算法对SNP与疾病之间的关联进行启发式搜索来寻找致病SNP;通过布谷鸟算法寻找致病SNP可以在保留SNP与疾病相关信息的同时,又能在全基因组数据中高效准确地找出致病SNP。实验结果表明:与已有方法相比,本文基于布谷鸟优化算法的全基因组关联分析方法具有更好的检测SNP与疾病之间关联的能力。     

健康人外周血中A20基因3'UTR突变与多态性分析

目的:建立检测NF-κB负调控因子A20基因3'非编码区(3'UTR)单核苷酸多态性(SNP)和突变的方法和rs77191406的检测方法.方法:利用PCR扩增99名健康人外周血单个核细胞(PBMCs)DNA的A20基因3'UTR全长片段,并对PCR产物进行核苷酸序列分析.将所测A20 3'UTR序列与Gen Bank中的序列(NM_006290.3)通过BLAST程序对比,检出可能存在的基因突变.利用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)检测A20基因SNP rs77191406位点多态性.结果:在A20 3'UTR mRNA 3080位点检测出CT突变,该突变在基因库中已有作为SNP登记(rs77191406),该SNP在7例(7.07%)健康人样本中检测到,但并未发现其他突变和多态性.成功建立PCR-RFLP检测A20基因SNP(rs77191406)的方法.结论:首次报道中国健康人群中A20基因3'UTR存在rs77191406,其意义有待进一步明确.     

单核苷酸多态性在近交系小鼠遗传检测方面的研究进展

随着分子生物学技术的迅速发展,单核苷酸多态性(SNP)检测技术也得以不断的完善和发展。SNP作为第三代遗传标记,已经成为小鼠遗传检测的重要手段。SNP检测是在DNA水平进行的检测,依赖于完整的基因组信息注释。本文概述了小鼠基因组学的发展,以及SNP在近交系小鼠遗传检测方面的研究进展。     

新疆维吾尔族人TNFβ-804基因多态性与乙型肝炎易感性的相关性研究

目的：研究TNF-β基因单核苷酸多态性（SNP）804位点与新疆地区维吾尔族人乙型肝炎之间的关系。方法：用套式PCR（nested PCR）和等位基因特异性PCR（allele一speciicfic PCR,AS-PCR）法,对120例乙肝患者和120例正常对照者TNF-β基因SNP804多态性位点进行基因分型。结果：SNP804多态性位点C/C基因型和C/A＋AA基因型频率在病例组为77%和23%,正常对照组为88%和12%,两组间基因型和等位基因频率分布差异有显著性（p〈0.05）。结论：TNF-β804多态性位点与新疆维吾尔族人乙肝有明显相关性。     

新疆维吾尔族人TNFβ-804基因多态性与乙型肝炎易感性的相关性研究

目的:研究TNF-β基因单核苷酸多态性(SNP)804位点与新疆地区维吾尔族人乙型肝炎之间的关系。方法:用套式PCR(nested PCR)和等位基因特异性PCR(allele一speciicfic PCR,AS-PCR)法,对120例乙肝患者和120例正常对照者TNF-β基因SNP804多态性位点进行基因分型。结果:SNP804多态性位点C/C基因型和C/A+AA基因型频率在病例组为77%和23%,正常对照组为88%和12%,两组间基因型和等位基因频率分布差异有显著性(p<0.05)。结论:TNF-β804多态性位点与新疆维吾尔族人乙肝有明显相关性。     

RAD51基因135G/C单核苷酸多态性与男性不育的相关性研究

目的：研究RAD51基因135G／C单核苷酸多态性与男性不育的关系。方法：用PCR—RFLP技术，在255个正常生育男性和271例男性不育患者中，对RAD51基因135G／C单核苷酸多态位点的频率分布进行了分析。结果：在正常男性和男性不育患者组之间，RAD51基因135G／C的等位基因频率和基因型频率均无显著性差异（P值丝均大于0．05）。结论：RAD51基因135G／C单核苷酸多态性与男性不育的易感性不相关。     

Evaluation of the occurrence possibility of SNP in <Emphasis Type="Italic">Brassica napus</Emphasis> with sliding window features by using RBF networks

We extract some physical and chemical features re-lated to the occurrence of single nucleotide polymorphism (SNP) from three groups of sliding windows around SNP site,and then make the predictions about accuracy by using radial basis function (RBF) networks. The result of the forward sliding windows sug-gests that the accuracies and Matthews correlation coefficient (MCC values) ascend with the increasing of length of sliding windows. The accuracies range from 73.27 % to 80.69 %,and MCC values range from 0.465 to 0.614. The backward sliding windows and the sliding windows with fixed length three are de-signed to find the crucial sites related to SNP. The results imply that the occurrence possibility of SNP relies heavily on the above physical and chemical features of sites which are at a distance around 20 bases from the SNP site. Compared with the support vector machine (SVM),our RBF network approach has achieved more satisfactory results.     

Advances in genomic selection in domestic animals

Genomic selection (GS) is a marker-assisted selection method, in which high density markers covering the whole genome are used simultaneously for individual genetic evaluation via genomic estimated breeding values (GEBVs). GS can increase the accuracy of selection, shorten the generation interval by selecting individuals at the early stage of life, and accelerate genetic progress. With the availability of high density whole genome SNP (single nucleotide polymorphism) chips for livestock, GS is reshaping the conventional animal breeding systems. In many countries, GS is becoming the major genetic evaluation method for bull selection in dairy cattle and GS may soon completely replace the traditional genetic evaluation system. In recent years, GS has become an important research topic in animal, plant and aquiculture breeding and many exciting results have been reported. In this paper, the methods for obtaining GEBVs, factors affecting the accuracy of GEBVs, and the current status of implementation of GS in livestock are reviewed. Some unresolved issues related to GS in livestock are also discussed.     

慢性肾衰竭继发性甲旁亢患者中CaSR基因intron 5多态性的研究

为研究中国江苏汉族人中钙敏感受体(calcium-sensing receptor,CaSR)基因单核苷酸多态性与慢性肾衰竭(chronic renal failure,CRF)继发性甲旁亢(secondary hyperparathyroidism,SHPT)的关系．为此采集江苏省122例慢性肾衰竭继发性甲旁亢(CRF-SHFT)患者及25例正常人血液样本,通过PCR-RFLP的方法分析CaSR基因内含子5(intron5)BseR Ⅰ多态性;以标准方法测定血清钙、血清磷、血清全段甲状旁腺素(intact PTH,iPTH)3项生理指标;对检测的结果进行统计分析．结果发现,CRF-SHPT患者intron 5多态性频率与正常人没有明显差异;汉族人intron5多态性频率与其它种族有显著差异;TT基因型患者的Ca^2 、iPTH的血清浓度显著低于CC基因型的浓度,结论：CaSR基因intron5多态性频率具有种族差异性;intron5多态性与Ca^2 、iPTH的血清水平密切相关,影响CRF-SHFT病情的严重程度。     

用45个SNP位点组合对国家啮齿类实验动物种子中心3个封闭群小鼠群体的遗传状况分析

摘要：目的 利用单核苷酸多态性位点对国家啮齿类实验动物种子中心3个封闭群小鼠群体进行群体遗传结构分析。方法 选取文献中45个SNP位点,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术对来自国家啮齿类实验动物种子中心北京和上海分中心的ICR各1个群体,上海分中心的1个KM封闭群小鼠样本进行等位基因分型,分析群体遗传结构,并进行群体间遗传差异分析。结果 3个封闭群小鼠有效等位基因数(Ne)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、平均杂合度(Ha)、多态信息含量(PIC)、香隆信息指数等遗传参数各不相同。同一群体的结果与微卫星DNA和生化位点的结果相比,SNP检测的参数值较低。但将3个群体中单态的SNP位点去除后参数值有所上升,尤其香隆指数值与STR检测结果接近。结论 所选SNP位点可用于封闭群小鼠遗传质量检测,所检测的3个群体遗传多样性用杂合度评价为SKM >BICR >SICR。     

人类MMP3基因2号外显子Lys45Glu单核苷酸多态性与乳腺癌易感性的关系

讨论了基质金属蛋白酶3(MMP3)基因单核苷酸多态性(SNP)与湖北省武汉市人群乳腺癌易感性的关联关系.选择MMP3基因2号外显子Lys45Glu单核苷酸多态性rs679620作为研究对象,采用聚合酶链式反应限制性片段长度多态性分析方法(PCR-RFLP)对195例散发乳腺癌病人和289例正常人群进行了病例-对照分析,运用SHEsis软件和SPSS软件分别计算Hardy-Weinberg数值以及对基因分型数据进行统计分析后表明:MMP3 rs679620(A/G)单核苷酸多态性各个基因型在病例组和对照组分布符合Hardy-Weinberg平衡,A等位基因在病例组中频率(P=0.331)小于对照组(P=0.360),可能为保护因素,但病例和对照的差异不具有统计学意义.在中国武汉地区汉族女性中,MMP3多态性与乳腺癌没有明显关联,但呈现一定的趋势,需加大样本量和增加考察的SNP数量进行深入研究.     

GRTH基因SNPrs551373与严重少精症的相关性

目的：研究GRTH基因的单核苷酸多态位点（SNP）rs551373（G〉T）的多态性与严重少精症的关系。方法：用PCR—RFLP技术,在119例严重少精症患者和252个正常生育男性中,对SNPrs551373的基因频率和基因型频率的分布进行调查。结果：严重少精症患者中基因型GG的频率明显低于正常男性（72．3％vs．83．3％,降0．013,OR=0．503,95％CI0．299～0．848）;而等位基因T（13．7％vs．8．7％,P=0．021,OR=1．742,95％CI1．082～2．807）和基因型GT（26．9％vs．15．9％,P=0．012,OR=1．949,95％CI1．150～3．304）的频率则显著高于正常男性。结论：GRTH基因的SNPrS551373的多态性与严重少精症的易感性相关。