蛋白乙酰化酶GNAT调控水稻细菌性条斑病菌的致病力

赖氨酸乙酰化是生物体内最广泛的翻译后修饰之一,负责乙酰化的乙酰转移酶在真核生物中有5类,但在原核生物中只发现了GNAT(Gcn5-related N-acetyltransferases)一类,其具体作用机制未明.本研究对细菌,特别是病原细菌的GNAT蛋白进行了系统的进化分析及结构预测,并就GNAT在致病过程中的作用进行了探讨. GNAT蛋白在进化上相对保守,可分为3个亚类(Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ),一个细菌可能编码1～3个GNAT蛋白,但多数只有1个,不同亚类的GNAT蛋白可能有不同的底物特异性,突变的GNAT可导致水稻细菌性条斑病的致病力降低,说明蛋白乙酰化影响了此病原菌的致病过程,这些发现为进一步研究细菌中GNAT蛋白及乙酰化的功能提供了理论基础.     

长江上游鲢群体遗传多样性和遗传分化

为了解三峡大坝、向家坝等水电工程建设后长江上游鲢群体的遗传多样性和遗传分化，利用线粒体细胞色素b（Cyt b）基因分析了长江上游向家坝库区（邵女坪）、三峡库区干流（巴南、丰都、万州、太平溪）及支流（箭滩河、嘉陵江、小江）等8个鲢群体的遗传多样性、历史动态及群体之间的遗传分化．结果表明:长江上游鲢群体的遗传多样性较高，单倍型多样性为0.770~0.876，核苷酸多样性为0.687%~1.967%；8个群体的错配分析图都呈双峰分布，中性检验Tajima’s D和Fu’s Fs值均为正值或统计上不显著的负值，表明长江上游鲢群体在历史上较为稳定；分子方差变异分析（AMOVA）显示，长江上游鲢群体的遗传变异主要来自群体内部（95.87%），仅有4.13%的变异来自群体之间；群体之间的遗传分化指数F_ST显示，箭滩河群体与太平溪、小江群体之间存在显著的遗传分化，其他群体之间遗传分化不显著；Mantel检验显示，群体之间的遗传分化程度与地理距离远近无相关性；单倍型网络图显示，长江上游鲢群体没有形成明显的系统地理格局．建议加强长江上游鲢遗传资源保护，将产生分化的群体作为不同的管理单元进行保护．      

青海省青稞鞘腐病菌遗传多样性分析

青稞鞘腐病是一种由禾生指葡孢霉(Dactylobotrys graminicola)引起的新真菌病害，目前已成为青稞主产区的重要有害生物之一。为了解青海地区青稞鞘腐病菌群体的遗传分化水平，本研究基于rDNA-ITS序列对青海青稞主产区鞘腐病菌群体的遗传多样性进行分析。结果表明：本研究分离、纯化得到89株鞘腐病菌，其群体单倍型划分为5种，单倍型H₁为优势单倍型，占全部菌株的95.50%,其他4个单倍型则各只有1株菌株。89株青稞鞘腐病菌群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.110和0.013 91,表明青海地区青稞鞘腐病菌群体的遗传多样性表现为低单倍型多样性与高核苷酸多样性的特征。通过邻接聚类分析得出青稞鞘腐病菌的不同单倍型未按地理来源聚类，不同地区混杂分布，表明群体遗传分化与地理来源无关。     

猕猴桃细菌性溃疡病菌的分离鉴定与致病性分析

溃疡病是猕猴桃主要细菌性病害,其病原为丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae,Psa)。文章利用不同猕猴桃种植园的溃疡病发病植株进行Psa菌株分离、鉴定及致病性分析;结果显示,获得了6个具有丁香假单胞菌形态特征的菌株,经聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)鉴定与序列同源比对,所分离菌株为Psa,该菌株在‘红阳’猕猴桃的接种检测中显示不同致病性,其中ScYbH2、ScDjyH2、ScYbH1接种植株出现溃疡病症状,而ScMbJ1、ScDjyH3、ScYaH2未表现显著致病性。烟草叶片超敏反应也显示它们具有不同的植物免疫系统激活能力。该研究获得了猕猴桃溃疡病分离菌株,其表型差异为后续的致病基因遗传分析奠定了基础。     

香蕉HOS15基因的鉴定及枯萎病菌胁迫下的表达分析

为了研究HOS15(HIGH EXPRESSION OF OSMOTICALLY RESPONSIVE GENES 15)是否参与香蕉抗性调控过程,利用拟南芥HOS15蛋白序列,采用多种生物信息学分析工具,对香蕉HOS15(MaHOS15)基因进行鉴定;以高抗品种‘南天黄’和易感品种‘威廉斯’为试验对象,研究MaHOS15在枯萎病菌胁迫下的表达分析及其调控植物病害的潜在机制。结果表明：MaHOS15蛋白中LisH结构域和WD40重复蛋白序列高度保守;MaHOS15蛋白二级结构具有α螺旋、β折叠、延伸链和无规卷曲结构,且以无规卷曲为主,占比为46.2%;亚细胞定位发现MaHOS15在细胞核内,推测MaHOS15可能在细胞核内参与香蕉枯萎病的调控;MaHOS15可能响应SA信号通路、MeJA信号通路和脱落酸反应;推测MaHOS15是在植物抗病过程中负调控植物对病原体防御的关键基因。     

南京椴群体遗传多样性和遗传结构分析

【目的】 南京椴(Tilia miqueliana)为江苏省重要的乡土树种,野外资源稀缺。南京椴野外群体遗传多样性和遗传结构的探索,可为资源保护、品种选育及遗传改良提供依据。【方法】 以南京椴5个天然群体[江苏宝华山(P1)、牛首山(P2)、安徽皇藏峪(P3)、安徽蜀山(P4)和浙江天台山(P5)]93个体为实验材料,选用15对多态性EST-SSR引物,进行遗传多样性及群体遗传结构分析。【结果】 ①用15对引物共检测等位基因数(A)总和为96,平均值为6.4,四倍体基因型(G)和四倍体特异基因型(G_i)总和分别为441和251,特异基因型比率(R₁)和种质鉴别率(R₂)均值分别为45.73%和17.99%。②在5个群体中,每个位点等位基因数(A_loc)和四倍体基因型丰富度均值(G_loc)分别为5.50±2.43和9.41±4.29;平均观测杂合度(H_o)和平均期望杂合度(H_e)为0.61±1.43和0.62±0.14。参考各群体G_loc和H_e值,确定遗传多样性较高的群体为P1和P3。③群体间遗传分化较小,遗传分化系数(G_st)仅为0.030;AMOVA分子变异分析显示,群体多样性水平变异来自于群体内(96%)。④聚类和遗传结构Structure分析显示,5个群体可划分为2组(组1包括P1、P2和P5;组2包括P3和P4)。Mental检验结果表明遗传距离与地理距离之间无显著相关。【结论】 南京椴群体均具有丰富的遗传多样性,其中宝华山群体和皇藏峪群体多样性较高,群体扩张可能是以这两个种群为中心,经人类活动迁移至其他区域。但南京椴群体间未形成明显分化,主要是由于植株寿命长,群体缺乏自然更新,加之群体间存在人为种子传播。因此,本研究提出通过建立隔离区,明确优先保护群体、加大植株异交,并采用人工繁育及种质回迁的方式保护南京椴野外群体。     

广金钱草根瘤菌抗逆性和遗传多样性分析

分析了14株广金钱草根瘤菌对不同盐度、温度、酸碱度和重金属耐受性,并采用BOX-PCR指纹图谱和recA基因序列分析技术研究其遗传多样性.结果表明,供试菌株对不同盐度和酸碱度表现出相似的耐受性;对不同温度和不同种类的重金属则表现出不同的耐受性.其中4株供试菌株能够耐受4℃的低温.几乎所有供试的广金钱草根瘤菌都能够在含有4 mmol/L 的Zn2+、Pb2+和含锌、铅双盐的YMA平板上生长,而仅有2株供试菌株能够在添加4 mmol/L Cu2+的YMA平板上生长.BOX-PCR指纹图谱分析表明,与广金钱草共生的根瘤菌在基因组水平上与已知的埃氏慢生根瘤菌相似,代表菌株的recA基因序列的系统发育分析与BOX-PCR聚类结果基本一致,供试的广金钱草根瘤菌除1株位于根瘤菌属外,其余根瘤菌均为慢生根瘤菌属.     

鸡公山和桐柏山连翘遗传多样性分析

利用核基因片段,对鸡公山和桐柏山连翘野生种群20个个体进行了遗传多样性分析.核基因数据得到6个单倍型(A～F),单倍型多样,性指数为0.479±0.083,核酸多样性指数为0.001 47±0.000 37.桐柏山种群遗传多样性水平较高,为0.516±0.132,核酸多样性指数为0.00205±0.00067,鸡公山种...     

高致病性PRRSV ORF6和ORF7基因的遗传变异分析

从GenBank中选取8株国内报道的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒株,应用DNAStar软件对其ORF6、ORF7基因序列进行分析,与VR-2332株、LV株、国内及周边国家分离株进行核苷酸和推导氨基酸同源性比较,并绘制系统进化树.结果表明,高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒株的ORF6、ORF7核苷酸与VR-2332株的同源性为95.1%-95.4%、93.8%-94.1%,与欧洲型（LV）的同源性为69.4%-69.6%、67.9%-68.5%;ORF6、ORF7推导氨基酸与VR-2332株的同源性为97.7%、94.4%-95.2%,与欧洲型（LV）的同源性为80.0%-80.6%、65.3%-66.1%.系统进化树表明,8株高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒株仍属于美洲型.说明猪繁殖与呼吸综合征病毒不断变异的现今,ORF6和ORF7基因依然高度保守.     

利用ISSR和SRAP标记分析油茶遗传多样性

利用ISSR和SRAP分子标记对192份油茶种质材料的遗传多样性进行了分析。其中,以ISSR标记筛选出10条引物,共扩增出118个位点,多态性位点104个,多态性百分率88.14%,相似系数为0.52～1.00;以SRAP标记挑选了12对引物,共扩增出284个位点,多态性位点244个,多态性百分率85.37%,相似系数为0.65～0.95。对ISSR、SRAP以及二者的混合数据形成的3个遗传相似矩阵进行相关性研究,得到ISSR和SRAP、ISSR和综合数据以及SRAP和综合数据之间均呈极显著相关,说明这两种分子标记对油茶种质材料的遗传多样性分析具有较高的一致性,且SRAP标记具有更高的可信度。聚类分析发现,以ISSR标记在相似系数为0.68时可划分为6个类群,以SRAP标记在相似系数为0.70时也划分为6个类群,且这些油茶种质材料间的亲缘关系较近。但由聚类分析划分的油茶类群来看,这些油茶种质材料遗传背景又比较复杂,具有丰富的遗传多样性。     

胡萝卜抽薹相关性状遗传多样性和关联度分析

胡萝卜(Daucus carota L.)早期种植易发生未熟抽薹现象，选育耐抽薹品种是胡萝卜育种的重要目标，为了探索抽薹性状遗传机理，获得耐抽薹育种材料，本研究对229份不同抽薹性胡萝卜种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：供试材料在抽薹性状上有较高的遗传多样性，4个抽薹性状中变异系数最大为抽薹率(231.36%),最小为现蕾期(120.38%),遗传多样性指数变化幅度不大，薹高、现蕾期、抽薹速度的遗传多样性指数均为1.21。聚类分析将229份抽薹性胡萝卜种质资源聚为4个类群(类群1为极耐抽薹品种；类群2为抽薹时间较长，且抽薹速度较低的品种；类群3的薹高与抽薹速度的变异系数最小，说明该类群种质资源在此性状上变异不大；类群4为极不耐抽薹品种)。灰色关联度分析表明，抽薹率与抽薹速度成正相关，薹高与现蕾期成正相关，并选择现蕾期作为快速评价胡萝卜耐抽薹的指标。     

日本对虾野生和养殖群体遗传多样性的RAPD分析

为加深和丰富对我国最为重要的经济虾类之一日本对虾(Penaeusjaponicus)遗传多样性的认识,分析了日本对虾一个野生地理种群(台湾海峡北部)及其移植到北方水域进行繁育的养殖群体各23个个体的随机扩增DNA多态性.实验选取OPK组20个10bp随机引物中的17个产生效果稳定的扩增结果用于群体遗传多样性分析,在两个群体中共检测出155个位点,野生种群和养殖群体的多态比例分别为85.14%和78.62%.用经修正的Shannon表型多样性指数量化两个群体的遗传多态度,野生种群和养殖群体的遗传多态度分别为0.214和0.201;两群体的遗传相似度为94.20%,遗传距离为0.058.     

银木和樟树遗传多样性与亲缘关系的RAPD分析

利用RAPD技术分析银木和樟树的遗传多样性与亲缘关系.用筛选出的12条引物从7株银木和7株樟树中共扩增得到91条DNA带,其中多态性条带48条,多态性条带比率为52.7%.根据Nei-Li方法进行的遗传相似性分析表明,银木植株间的遗传相似性系数在0.457～0.781,平均为0.564;樟树植株间的遗传相似性系数在0.646～0.862,平均为0.777;银木与樟树间的遗传相似性系数在0.318～0.531,平均为0.422.根据RAPD结果进行的聚类分析正确地将银木与樟树各聚为一类.这些数据说明银木植株间的遗传多样性大于樟树植株间的遗传多样性,银木与樟树之间的亲缘关系小于两种植物内部个体间的亲缘关系.     

云南和贵州玉米地方品种遗传多样性的比较分析

 结合田间试验,利用微卫星(SSR)标记技术对分别来自云南和贵州的各15个玉米地方品种群体进行了遗传多样性分析.t检验和变异系数的分析结果表明,云南和贵州玉米地方品种在个体形态水平上表现较高的遗传变异.SSR标记在云南和贵州的各15个玉米地方品种群体中分别检测到多态性位点数265和241个,其位点平均数分别为6.3和5.7个;42对相同的SSR引物分别在云南和贵州的玉米品种群体内检测到平均有效等位基因数各3.36个和2.92个,玉米地方品种在DNA分子水平均表现出较高的遗传变异,且云南较贵州玉米地方品种的遗传变异程度更高,各SSR位点遗传变异参数,均以前者高于后者.遗传结构分析结果表明,云南和贵州玉米地方品种群体的遗传结构均偏离了Hardy-Weinberg平衡;品种群体的遗传变异均以群体内遗传变异为主.     

ISSR在油茶品种鉴别和遗传多样性分析中的应用

分子标记技术是准确鉴别油茶品种的重要手段之一。以湖南、湖北两省主要油茶品种为试验材料,利用ISSR分子标记技术分析了66个油茶品种的遗传多样性,揭示了各品种间的亲缘关系并对其进行了有效鉴别。结果表明:从100条引物中筛选出6条引物对66个油茶品种的基因组DNA进行扩增,获得了121条可以统计的扩增产物,其中多态性条带数(NPB)为112条,多态位点百分率为92.56%(PPB),平均等位基因观察值为1.933 9,平均有效等位基因为1.650 9,基因多样性指数即平均期望杂合度为0.369 8,Shannon信息指数为0.541 7,说明油茶品种间的遗传多样性水平较高。根据扩增图谱条带的有无、多少和不同引物提供的谱带类型组合对供试油茶品种进行了鉴别。     

我国几种野鸭和家鸭遗传多样性的SSR分析

利用SSR技术分析我国几种野鸭和家鸭品种群体间及群体内的多样性.21对引物在群体间共扩增得到516条带,其中多态性条带410条.多态性位点比率在60%～96.7%之间.运用简单匹配系数法计算了品种(系)间的相似性系数和遗传距离,采用类间平均链锁法(Between-groups linkage method)构建了聚类图谱,并进行了系统发生分析.实验结果表明,群体间遗传多样性丰富,聚类图谱显示我国11个地方鸭品种(系)被划分为两大类,这与根据生产性能、经济性状划分的结果相一致.筛选12个多态性较好的微卫星标记,对群体内的遗传多样性水平进行检测.利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数(多态信息含量,平均杂合度以及有效等位基因数),结果表明:本实验所调查的鸭群体的平均杂合度在0.296至0.675之间,各品种(系)依照平均多态信息含量高低排列的次序与按群体平均杂合度排列的顺序基本一致,一些群体内的平均杂合度值较低,反映出群体内遗传多样性水平较低,这很可能与群体近交程度高有关.     

野生和人工选育黄河鲤遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对采集于长垣天然文岩渠(野生群体)、河南省水产科学研究院(黄河品系Ⅰ群体)、小浪底水库(野生群体)、河南黄河鲤鱼良种场(豫选黄河鲤群体)的4个群体黄河鲤的120个个体的遗传多样性进行了分析.8个ISSR引物共获得64个扩增位点,其中多态位点31个,多态位点比例为48.44%.4个群体的多态位点比例分别为14.06%,32.81%,34.38%和20.31%,遗传距离分别为0.0576、0.1657、0.1674和0.0800,Nei基因多样性分别为0.0538、0.1099、0.1308和0.0723,Shannon信息指数分别为0.0784、0.1669、0.1923和0.1072.文岩渠群体与黄河品系Ⅰ群体遗传距离最远(0.1717),与小浪底水库群体遗传距离最近(0.0558).表明这些群体间发生了较弱的遗传分化.UPGMA聚类结果为文岩渠群体与小浪底群体先聚在一起,其次是与豫选黄河鲤,最后与黄河鲤品系Ⅰ相聚.用AMOVA进行遗传变异方差分析得到遗传变异固定指数(Φst=0.0179,P0.05),显示黄河鲤大部分变异(98.21%)发生在群体内,群体间变异较小(1.79%).说明人工选育群体的遗传结构尚未发生明显变化.     

马尾松松材线虫病抗性无性系的筛选和遗传多样性分析

[目的]松材线虫病是松属致命性的世界检疫性森林病害.筛选和创新抗性遗传资源是马尾松抗松材线虫病育种的重要基础.松材线虫病重灾疫区自然淘汰存留下来的马尾松资源,可能是开展马尾松抗松材线虫病育种潜在的重要遗传基础,值得进一步深入挖掘、系统评价和开发利用.本研究通过对110个对松材线虫病具有抗性表型的无性系进行遗传多样性、生...     

24份普通白菜遗传多样性的形态特征和RAPD分析

利用形态特征与RAPD分析技术,分析了国内不同地区的24份普通白菜(Brassica campestris L.ssp.chinensis(L.)Makino var.communis Tsee et Lee.)种质的遗传多样性.结果表明,13个形态学性状的变异系数为12.4%~69.9%,其中叶柄变异最大,子叶变异最小.24份普通白菜材料在形态学聚类的距离5处聚为4类.利用筛选出的15条RAPD引物从24份普通白菜材料中共扩增出113条带,其中多态性条带83条,多态率73.4%,平均每条引物条带7.53条、多态性条带5.53条.RAPD数据聚类在相似系数0.77处,分为8类,与形态聚类间有重叠和细分.以形态聚类4个类别计算的Nei's基因多样性指标H和Shannon信息指数I,均为第Ⅳ大类第Ⅰ大类第Ⅲ大类第Ⅱ大类,第Ⅳ类的H和I分别为0.2395和0.3523.而不同地区则以江淮地区的Nei's基因多样性H和Shannon信息指数I最高,分别为0.2076和0.3098.这些结果与普通白菜种质资源多样性特征以及地区分布相吻合.     

陈山红心杉1.5代种子园遗传多样性和子代父本分析

[目的]陈山红心杉是江西特有的杉木优良种源,其近髓心的木质部为高比例的油亮栗褐色,是工艺建筑和室内装潢极为宝贵的天然材料.对陈山红心杉1.5代种子园进行遗传多样性和子代父本分析,为红心杉种子园的管理提供科学依据.[方法]以江西省青原区白云山林场陈山红心杉1.5代种子园及其子代测定林为研究材料,利用12对SSR引物,对种...