RNA-蛋白质复合物结构预测研究进展

RNA-蛋白质复合物是生命体中参与细胞活动的重要生物大分子,相关复合物三级结构的测定对理解细胞活动过程和相关疾病的治疗有重要帮助.然而,实验测定RNA-蛋白质复合物分子结构需要大量的时间和财力,高分辨率的复合物结构测定依然面临重大挑战. RNA-蛋白质复合物结构预测是目前软物质物理和生物物理学领域最具挑战性和影响力的研究方向之一.本文首先综述了RNA-蛋白质复合物结构预测的研究进展与挑战,随后讨论了如何优化复合物结构采样和结构评估,最后对如何利用生物分子大数据和深度学习模型进一步优化RNA-蛋白质复合物预测方法做了展望.     

同源建模预测蛋白高级结构

蛋白质同源建模对于高级结构未知蛋白的功能预测具有重要意义。同源模型的构建是基于特定的程序进行的,大量及时更新的序列和丰富的蛋白结构数据库是基础。将需要的工具、程序及数据库整合而成一个基于互联网的工作站,有利于广大科研工作者借助     

小波筛选蛋白质二/三级复合结构中的三级结构

蛋白质的三级结构与生物功能是密切相关的.但是,在蛋白质结构研究中很难将二级结构与三级结构定量地区分开来.这里,以小波分析方法对α碳链进行高频去噪,只剩余蛋白质链的低频折叠.这就相当于将二级结构从蛋白质结构中剥离了出去,只保留较为纯粹的三级结构.该方法突出了长程结构的特征,为蛋白质结构的重新预测和分类提供了一条途径.     

基于改进BP神经网络预测蛋白质二级结构

蛋白质结构预测在生物信息学研究中占有重要地位,而蛋白质二级结构预测是蛋白质结构预测的关键步骤。针对标准BP算法存在的缺点,讨论采用几种不同的改进BP神经网络来实现蛋白质二级结构的预测,运用MATLAB语言实现各种改进算法的初始化和训练。并分析比较了它们对蛋白质二级结构预测精度的影响。实验表明,遗传算法结合动量法与学习率自适应调整策略的BP算法可获得较高的预测精度。     

遗传算法在蛋白质结构预测中的应用

蛋白质结构预测在生物信息学研究中占有重要地位,此文对遗传算法（GAs)在蛋白质结构预测中的应用作一评述,首先,简要地介绍了遗传算法和一般的蛋白质构象搜索问题,然后对近年来用遗传算法解决蛋白质结构预测的研究作了回顾,并分析了算法的效果和特点,最后,展望了用遗传算法解决蛋白质结构预测问题的前景。     

同源建模方法预测蛋白质突变结构的适用性分析

通过从Protein Data Bank(PDB)结构数据库中提取单氨基酸突变的晶体结构,构建了一组无冗余的测试数据集,对目前应用最广泛的两款同源建模预测软件(SWISS-MODEL和MODELLER)进行了测试分析,发现它们对蛋白质的整体结构预测效果良好,均方根偏差小于0.5埃(RMSD0.5),但在突变导致结构显著变化(RMSD1.5)的情况下却均不能得到准确结果.分类统计显示,发生在蛋白质结构内部和极性氨基酸之间的突变结构变化小,两款软件预测效果较好(RMSD1.0).突变导致结构显著变化的可能性不高(5%),但它对蛋白质功能的影响不可忽视,因此应用同源建模方法对于蛋白质突变的模拟并不完全适用,还需要开发新方法来提高准确性.     

神经网络预测蛋白质二级结构的编码技术

考虑不同残基的物理化学性质,将其融入蛋白质二级结构的神经网络预测中,提出了一种新的归一化二进制编码技术,将各种残基不同的疏水值与体积大小归一化结果作为神经网络的二进制输入序列．与其他蛋白质二级结构预测的方法进行了比较,结果表明,该方法能充分利用蛋白质的一级结构信息,获得了很好的预测效果。     

由氨基酸序列预测蛋白质二级结构的进一步研究

本文在工作[1][2]的基础上进一步研究了蛋白质二级结构的经验预测,着重讨论了如何制定预测规则的问题,并将预测工作计算机化.在蛋白质资料库中随机选取了21个蛋白质(3296残基)进行预测,正确率对α螺旋和β折迭分别为84.4%和81.9%.     

水稻蛋白质二级结构预测

针对水稻蛋白质二级结构预测研究,查阅了国家水稻数据中心文献资源,基于国际蛋白质数据库(protein data bank, PDB),选择具有代表性的蛋白质(5XQI)作为样本,应用BP神经网络建模技术,对水稻蛋白质二级结构进行预测研究。结果表明：先用氨基酸描述子量化一级结构,再用主成分分析综合描述子,能简化模型结构,提高模拟预测准确度和运行速度;构建标量型的人工神经网络模型和仿真函数预测式,简捷直观,应用方便;适宜的模型结构为21∶20∶3,即21个输入层节点、20个隐含层神经元、3个输出层神元的BP神经网络模型结构;模型的整体拟合准确度为0.85,H、E、C三种二级结构的拟合准确度分别为0.92、0.79、0.81;整体预测准确度为0.72,三种二级结构的预测准确度分别为0.79、0.65、0.71。基于BP神经网络的水稻蛋白质二级结构预测模型的拟合、预测准确度比以往同类研究高,为水稻蛋白质二级结构预测提供了一种新的研究方法。     

网格环境下蛋白质多重结构比对的架构及其实现

针对蛋白质多重结构比对需要大量运算的问题,基于渐进式成对结构比对策略,设计了并行化的蛋白质多重结构比对架构及其在网格计算环境下的实现机制.实验结果表明并行算法大大提高了比对效率,减少了比对时间,提高了重用性.该并行蛋白质多重结构比对架构及实现方法可应用于其他的多重结构比对.     

辛三代数的结构群和结构代数

在文献[1]中,FAULKNER J R和FERRAR J C引入了辛三代数的定义,建立了它与李三系、李代数的联系,并且讨论了它的半单性、迹型和可解性.在文献[2]中,MEYBERG K定义了Jordan三系的结构群和结构代数.本文给出了辛三代数的结构群和结构代数的定义,并得到了几个重要结果:1)辛三代数y的结构群和与y相关联的李三系的自同构群的一个子群同构;2)辛三代数y的结构代数的一个子代数和与y相关联的李三系的导子代数的一个子代数同构;3)辛三代数y的结构代数的一个σ-不动点集与y的导子代数同构;4)辛三代数y的结构群对其内结构代数的一个作用是稳定的.     

融资结构与治理结构中的代理问题

研究企业融资行为以及资本结构和公司治理之间的关系成为近年来西方资本结构理论发展的新动向。文章通过回顾融资结构理论，发现其具有与代理理论相融合的取向，说明两者不是对立而是互补的。通过对影响融资结构因素的分析，探讨了我国上市公司治理结构中所有权安排存在的代理问题。     

钢筋混凝土双重网格楼盖结构构造特点的研究

钢筋混凝土双重网格结构在钢筋混凝土空腹夹层板基础上发展而来,但它的网格组成形式、结构构造发生了改变,对其构造特点进行研究分析,说明该结构结构型式合理,建筑造型新颖美观,适用于跨度和空间较大的公共建筑.     

不同结合剂对熔融石英窑具性能与析晶结构的影响

主要对熔融石英结构、不同结合剂结合的窑具性能和高温析晶结构进行研究．通过不同结合剂含量的性能比较,确定最佳配方（高铝结合剂最佳含量为３０％,粘土结合剂最佳含量为２０％）,高温烧成析晶结构（α－石英,α－方石英,莫来石）及其含量．     

光子的夸克-胶子结构与结构函数分析

给出光子的夸克uF＋2/3（或dF＋1/3）和它的超对称性伴子ye,B^-2/3（或ye,B^＋1/3）由胶子弦粘合在一起的夸克-胶子结构,分析光子的结构函数．所得光子结构与实验观测事实相符;光子结构函数在动量分数x=2．5×10^-3时没有出现象质子结构函数那样的上升迹象,其原因可能是uF^＋2/3的超对称性伴子ye,B^-2/3质量标度很高所致．     

基础隔震结构与层间隔震结构隔震效果对比

隔震结构通过延长结构白振周期，能够减少结构的水平地震作用．通过对基础隔震结构、层间隔震结构的时域反应最大值的分析，对比两的隔震效果，总结了基础隔震结构的隔震效果好于层闻隔震结构，应优先采用。     

论农民专业合作社法人治理结构的冲突与完善

我国农民专业合作社特殊的产权结构使其在治理结构上存在着社员民主控制与管理层专业化经营的冲突、平权式治理结构与少数人控制的冲突、劳动控制资本与成员利益诉求异质性的冲突。这些冲突实质上是农民专业合作社发展过程中守成与创新的冲突。如何权衡合作社发展过程的守成与创新是解决农民专业合作社治理结构冲突的突破口。     

含均三嗪结构苯并噻唑类化合物的合成和晶体结构

以三聚氯氰等为原料合成了一种含均三嗪结构苯并噻唑类化合物（HY），并通过X射线单晶衍射对其结构进行了表征。结果表明：HY属于单斜晶体，空间群为P2（1）／”。晶胞参数为：Z=4，a=1．4278（17）nm，b=1．6690（2）nm，c=1．44842（17）nm，α=90°，β=102．707（2）°，），γ=90°，V=3．3655（7）nm^3；R1=0．0755；wR2=0．2161。     

广东产业结构与就业结构的关系分析

分析了发达国家产业结构与就业结构的关系,并探讨了广东产业结构和就业     

浅谈企业资本结构的最优化问题

由于内部条件和外部环境经常发生变化,要想寻找企业资本结构的最佳点是十分困难的.但我们可以参照理想的资本结构、行业平均的资本结构和企业以往的资本结构,修正企业最优资本结构的基准值和上下浮动的合理区域,并在筹资分析和决策过程中,遵循筹资成本最低、筹资时机适宜、筹资组合优化等基本原则,着力分析企业未来偿债能力和盈利能力,进而确保资本结构的最优化.