高良姜与混淆品rDNA ITS序列的分析与鉴别

用PCR直接测序法测定和分析不同产地野生和种植品种的高良姜(Alpinia officinarum Hance),以及山姜（A. japonica（Thunb.） Miq.）、华山姜（A. chinensis (Retz.) Rosc.）和大高良姜(A. galanga (L.) Willd )等三种混淆品的rDNA ITS区序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据。经测序、比对和排序得到812bp序列,包括18S3’端部分序列,ITS1、5.8S、ITS2全部序列和26S5’端部分序列。序列分析结果显示,高良姜种内序列高度一致,同源性达100%,测序结果中发现杂合位点,而广西样品杂合位点的两个碱基各占的比例与其它地方样品的不同,显示了高良姜种内rDNA ITS序列的细微差异。高良姜和混淆品的812bp序列中共有61个变异位点,60个是信息位点,同源性达96.32%,其中ITS1和ITS2中的11个位点在高良姜和混淆品中差别明显,可以鉴别高良姜和混淆品,因此rDNA ITS序列是高良姜真伪辨别的有效标记。基于DNA序列的高良姜和混淆品的系统分类结果与形态学的分类结果不完全一致,有待进一步的研究探讨。     

新疆羊肚菌rDNA的ITS序列分析

根据生境和形态学特征与大型真菌图鉴对照,从形体上挑选了4个羊肚菌子实体（其中3个来自哈密巴里坤,1个来自乌鲁木齐南山）,同时从四川绵阳某研究所购得一株高羊肚菌菌种做为实验阳性对照,为了确定收集的羊肚菌分类学地位,采用PCR技术,以rDNA—ITS为分子指标,对子实体和菌丝进行了ITS序列测定与分析,结合系统进化树确定品种归属。     

两株产人参皂苷糖苷酶酵母菌株的18S rDNA和ITS序列分析

对两株产人参皂苷糖苷酶的酵母菌株进行核糖体18S rDNA和ITS序列克隆测定,获得了长度分别为1 477和1 478 bp的18S rDNA序列和长度分别为791和727 bp的ITS序列,对获得的基因序列进行比对及同源性分析,结果显示,两株酵母菌的18S rDNA序列的相似性达100%,而ITS序列的相似性则为66%,均与NCBI数据库中登录的啤酒酵母的相应序列同源性最高.从GenBank中选取部分不同种属的酵母菌ITS序列,以ITS为对象构建系统发育树,从分子生物学角度确定了两株酵母菌为酵母菌属的不同种类.     

5株枣果实采后病原真菌分离鉴定及rDNA ITS区序列分析

枣果实皮薄肉厚、细嫩多汁,不仅在采后运输中易损坏,也极易受微生物侵染而腐烂变质。对造成枣果实采后腐烂变质的病原真菌进行分离筛选,结合形态学观察、真菌rDNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)的序列分析构建进化树,同时进行菌株的回接及病斑病症的验证,最终从采后贮藏过程中自然发病的冬枣和骏枣果实上分别分离到3株(221^# 、227^# 、232^# )和2株(229^# 和230^# )丝状病原真菌。经形态学初步鉴定菌株221^# 和227^# 为镰孢菌,229^# 和232^# 为葡柄霉,230^# 为短柄霉属真菌,通过rDNA ITS区序列分析,鉴定221^# 为木贼镰孢菌(Fusarium equiseti),227^# 为变红镰孢菌(Fusarium incarnatum),229^# 为番茄匍柄霉(Stemphylium lycopersici),230^# 为产酶短梗霉(Aureobasidium proteae),232^# 为葡柄霉(Stemphylium armeriae)。目前这5种病原真菌均未发现可导致枣果实采后病害发生的报道,其中Stemphylium armeriae未见引起植物病害的报道。通过挖掘出更多的引起枣果实病害的病原真菌种类,希望为枣果实病害生物防治措施的研究提供参考依据。     

广西红菇子实体及分离株的rDNA ITS序列分析

为了研究广西食用红菇rDNA ITS片段遗传多样性,鉴别红菇组织分离株的真伪,用一对通用引物对采自广西浦北县、容县和上思县的18个红菇子实体样本及3个组织分离株的rDNA ITS片段进行PCR扩增,扩增产物纯化后测序,运用相关序列分析软件对ITS区全序列进行分析,并和GenBank／EMBL／DDBJ三大核酸序列数据库进行同源性检索。结果获得12个红菇子实体和3个分离株的ITS和5．8S rDNA区段的完整序列,3个分离株的ITs序列全长明显小于子实体样本的ITS序列全长;3个组织分离株与红菇属真菌的遗传距离大;除2个采自浦北龙门的子实体与其它子实体的同源性小于0．95外,来自不同区域的其余子实体样本间rDNA ITS序列同源性都达到0．98以上;12个子实体的ITS区段与GenBank中已知的红菇属真菌的相似率都不大于0．90。由此推断3个组织分离株均不是红菇的分离株而可能是子实体的寄生菌或污染菌;广西浦北县、容县和上思的食用红菇样本没有地理类群差异,但在浦北产区可能存在多种食用红菇共同生长。     

rDNA ITS序列分析在中药材白花蛇舌草鉴定中的应用

通过测定茜草科Rubiaceae 4种耳草属Hedyotis植物的rDNA ITS序列并比对,为鉴定中药材白花蛇舌草提供分子依据.     

基于rDNA ITS序列的何首乌PCR-RFLP分子鉴别

为建立何首乌(Fallopia multiflora)DNA分子鉴别技术,对何首乌及其常见混淆品的rDNA ITS（核糖体DNA内转录间隔区）序列进行了扩增和测序,运用CLUSTAL X、MEGA软件对该区进行序列分析.结果表明：何首乌与毛脉蓼（F. multiflora var.cilliinervis）、翼蓼（Pteroxygonum giraldii）及耳叶牛皮消（Cynanchum auriculatum）在ITS1区的差异率分别为6.9%、18.1%、42.0%,在ITS2 区的差异率分别为10.0%、19.4%、43.9%,而何首乌种内各居群间ITS1 和ITS2 区的差异分别为0%～2.13% 和0%～1.03%．进一步利用premer premier 5 找出了一个位于ITS2间区的何首乌特征性NsbI酶切位点,将何首乌rDNA ITS 序列PCR扩增产物用NsbI酶切后可得到得一个含约531 bp和109bp的二片段PCR－RFLP图谱, 而其混淆品rDNA ITS 序列PCR扩增产物不能被NsbI酶切,图谱呈单一条带.建立的PCR－RFLP方法简单易行,可用于何首乌原植物的鉴别．     

泽泻rDNA ITS区序列特征及其居群鉴别研究

运用PCR产物直接测序法对川泽泻、建泽泻和江泽泻的rDNA ITS区（包括ITS1,5.8S,ITS2）碱基序列进行了序列测定和分析.泽泻rDNA ITS区的碱基序列总长度确定为640 bp,江泽泻和建泽泻的ITS区碱基序列完全一致,川泽泻与建泽泻（江泽泻）在rDNA ITS区碱基序列有2个稳定的变异位点,分别位于ITS1和ITS2区段.我国的泽泻与意大利泽泻在5.8S保守区（第289位）有一个碱基差异.依据泽泻rDNA ITS区的序列特征可以进一步鉴别川泽泻和建泽泻,为泽泻居群的鉴别提供可靠的分子标记.     

4株水果采后链格孢属真菌的rDNA ITS区序列与碳源代谢指纹图谱差异性分析

从采后贮藏过程中发病的冬枣、樱桃、杏及蓝莓果实中分离到4株丝状病原真菌231#、320#、322#和333#。由形态学特征观察可确定4株病原菌均为链格孢属真菌(Alternaria Nees),rDNA ITS区序列进化树分析结果表明樱桃320#和杏322#与A. alternata (AY625056.1)处于同一分枝,置信度达100%;而蓝莓333#与A. tenuissima (KP324980.1)处于同一分枝,冬枣231#与蓝莓333#和A. tenuissima (KP324980.1)的亲缘性很近,在同一分支上的置信度达100%。对95种碳源的代谢指纹图谱分析的结果表明,4株链格孢属真菌对吐温80、N-乙酰-D-葡萄糖胺、N-乙酰-β-D-甘露糖胺等86种碳源的代谢特征相同,包括78种最适碳源和8种不可利用碳源,其中冬枣231#与A. alternata (Fr.) Keissl的代谢指纹图谱最为相近。4株链格孢属真菌的ITS区序列系统进化树分类与碳源代谢聚类分析结果存在一定差异。     

3株果实采后葡萄孢属真菌ITS区rDNA序列与碳源代谢指纹图谱分析

从采后贮藏过程中发病的草莓、蓝莓和樱桃果实中分离到3株丝状真菌138#、233#和366#。综合形态学特征观察与ITS区rDNA序列分析结果,可确定3株真菌均为葡萄孢属病原菌(Botrytis)。分子鉴定进化树和碳源代谢聚类分析结果,都得到菌株138#与366#在一个大的分支上,而菌株233#在一个分支上。菌株138#鉴定结果与Botrytis cinerea (KJ937044.1)在同一分支上亲缘性达100%,且与366#亲缘性达99%;菌株233#鉴定结果与Botrytis elliptica(EU519207.1) 在同一分支上且亲缘性达100%。95种碳源代谢指纹图谱分析的结果表明,3株葡萄孢属病原菌对吐温80、N-乙酰-D-半乳糖胺、N-乙酰-D-葡萄糖胺和苦杏仁苷等67种碳源的代谢能力相同,包括56种最适碳源、1种可利用碳源和10种不可利用碳源,Biolog系统中鉴定出3株丝状真菌均与B. cinerea Pers.BGA相近,其中菌株233#与B. cinerea的代谢指纹图谱最为相近。     

菌草工厂化栽培杏鲍菇研究

利用菌草替代木屑和棉籽壳作栽培配料,进行工厂化栽培杏鲍菇(Pleurotus eryngii)研究.试验以金针菇(Flammulina velutipes)工厂化栽培配方作对照,设置含菌草不同比例的配方3组,每组配方配制栽培50袋.结果表明,不同比例菌草配方菌丝满袋时间比对照缩短1～4d,生长周期比对照缩短3～9d,菌草可以促进杏鲍菇生长.不同比例菌草配方栽培杏鲍菇的生物率为73%～83%,单朵菇重72～91g,而对照的仅为71%和65g,菌草工厂化栽培杏鲍菇的商品率较高.     

设施栽培杏鲍菇不同菌株抗杂能力及产量比较

在福建省农业科学院南通食用菌设施栽培基地进行设施栽培杏鲍菇（Pleurotuseryngii）试验,比较Pel、Pe2、Pe3、Pe4、Pe5、Pe6一共6种杏鲍菇菌株对绿色木霉（Trichodermaviride）和假单孢杆菌（Pseudomonadicbacilus）的拮抗能力、菌株栽培袋污染率及菌株产量。结果显示,不同菌株对绿色木霉的拮抗作用从大到小依次为Pe5〉Pe3〉Pe2〉Pel〉Pe6〉Pe4,对假单孢杆菌的拮抗作用从大到小依次为Pe5〉Pel〉Pe3〉Pe2〉Pe6〉Pe4;不同菌株栽培袋污染率从小到大依次为Pe5〈Pe3〈Pe2〈Pel〈Pe6〈Pe4;不同菌株单袋产量以Pe5菌株最高（180g）,与其它5菌株相比均达到显著或极显著差异。Pe5是适宜设施栽培的优良菌株。     

金针菇rDNA-ITS序列分析

为研究金针菇rDNA-ITS序列特征,提取了不同来源金针菇子实体的基因组DNA,对其rDNA的内转录间隔区进行PCR扩增和序列测定,并提交NCBI获得登录号;将不同产地的金针菇ITS序列与本研究获得的金针菇ITS序列进行对比分析,利用ITS序列分析技术研究其遗传多样性,并构建了NJ系统发育树。结果表明,所有供试材料的ITS全长在710～719　bp范围内,G+C含量在49.3　%～49.9　%,所有序列共有34个变异位点,16个信息位点,ITS区遗传距离变化范围为0～0.016,即不同产地的金针菇ITS序列在进化过程中存在差异。此结果可为真菌分类鉴定等研究提供重要的资料和依据。     

两株丝状真菌N3、N9的分类鉴定

从一酸奶样品中分离到两株丝状真菌N3、N9,通过形态学观察、ITS序列测定及其系统发育分析,初步确定了N3、N9菌株的分类地位以及与其近缘种之间的生物系统学关系.实验结果表明N3、N9菌株在PDA培养基上形成典型绒状茵落,菌丝体上具有担子茵所特有的锁状联合结构.ITS序列测定及系统发育分析表明N3菌株与灰白侧耳(Pleurotus spodoleucus)同源性最高,N9菌株与佛罗里达侧耳(Pleurotus floridanus)同源性最高.     

响应面法优化杏鲍菇粗多糖提取工艺的研究

为了研究杏鲍菇粗多糖提取的最佳工艺,以杏鲍菇新鲜子实体为试验材料,采用传统的水浴加热法从提取时间、料液比、提取温度等方面分析影响杏鲍菇粗多糖提取效率的因素,并利用中心组合试验设计(box-behnken design,BBD)进行了响应面分析,得到其最佳工艺条件:提取温度为47℃,提取时间为4.9h,料液比为1∶19(g/mL),其中提取温度对粗多糖提取率的影响最大,其次是料液比,最后是提取时间。在该条件下,杏鲍菇粗多糖得率达到极大值5.66%,与实际验证值接近。由此可知,利用响应面法优化杏鲍菇粗多糖的提取工艺合理可行,可为水提杏鲍菇粗多糖的工业化应用提供理论依据。     

曲腿龟甲轮虫和热带龟甲轮虫的mtDNA COI基因和rDNA ITS序列差异以及几种龟甲轮虫的系统发生关系

从芜湖市镜湖和汀棠湖中分别采得曲腿龟甲轮虫(Keratella valga)和热带龟甲轮虫(K.tropica)个体,实验室内对其进行克隆培养.运用常规的分子生物学技术,对各30个曲腿龟甲轮虫克隆和热带龟甲轮虫克隆分别进行了mtDNA COI基因和rDNA ITS的扩增、测序和序列分析.以萼花臂尾轮虫轮虫(Brachionus calyciflorus)为外群,结合Genbank上已登录的几条其它龟甲轮虫COI基因和ITS序列,以及测序所得的60个COI基因和ITS序列构建系统发生树(ML、MP、NJ和贝叶斯树).结果表明,曲腿龟甲轮虫和热带龟甲轮虫间COI基因序列差异百分比为24.9%-26.5%,平均为25.7%.曲腿龟甲轮虫个体间序列差异百分比为0-2%,热带龟甲轮虫个体间序列差异百分比为0-1.5%.两种轮虫间ITS序列差异百分比为6.1%-7.6%,平均为7.25%.曲腿龟甲轮虫个体间序列差异百分比为0-1.1%,热带龟甲轮虫个体间序列差异百分比为0-0.7%.基于COI基因序列和ITS序列构建的四个系统树均支持曲腿龟甲轮虫单倍型和热带龟甲轮虫单倍型各自成支.