基于共表达网络对氧化低密度脂蛋白受体1在头颈肿瘤发生发展及预后判断的生物信息学分析

mRNA基因芯片表达谱为头颈肿瘤(head and neck cancer,HNC)的分子生物学诊断及研究HNC的生物过程提供了诸多重要生物学信息。通过生物信息学技术研究HNC基因表达谱,从而发掘头颈癌新的分子标志物。对4个GSE数据集和癌症基因组图谱(cancer genome atlas,TCGA)头颈癌数据库进行了综合分析,鉴定出HNC和相邻正常组织(adjacent normal tissue,ANT)样本中3 639个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),然后应用加权基因共表达网络分析相关差异表达基因DEGs和HNC临床特征之间的关系。鉴定出15个共表达基因模块。其中蓝绿色基因模块所对应HNC患者的风险比(hazard ratio,HR)最高。通过对该模块的进一步研究,发现氧化低密度脂蛋白1(oxidized low density lipoprotein receptor 1,OLR1)的表达量与HNC患者的总体生存率呈显著负相关性。OLR1在mRNA水平的表达水平可作为判断HNC患者生存预后的潜在分子标志物。     

赤狐ESR1基因启动子的克隆及生物信息学分析

对赤狐ESR1基因启动子区转录因子结合位点进行了预测,为今后研究其转录调控机制提供参考依据.以赤狐基因组DNA为模板,通过PCR技术扩增克隆ESR1基因启动子序列,并构建至双荧光素酶报告基因载体;利用生物信息学方法对ESR1基因核心启动子区的关键转录因子结合位点进行预测.成功克隆出赤狐ESR1基因5'上游1880 bp...     

大鼠胰岛素增强子结合蛋白ISL1的生物信息学分析

以NCBI中收录的不同物种ISL1蛋白的相关序列信息为基础,进行生物信息学分析和功能预测。其中大鼠的ISL1基因长12307 bp,编码349个氨基酸。所编码蛋白质不含信号肽,可能是存在于内质网的亲水性蛋白。结构预测分析发现ISL1蛋白二级结构存在较多无规则卷曲和双锌指的空间结构,证实其发挥转录因子功能的结构基础。同源性比对分析显示,大鼠ISL1基因编码蛋白与人、奶牛、小鼠、金仓鼠、灰狼的ISL1蛋白高度同源,达到100%;与原鸡、斑马鱼、非洲爪蟾同源性也较高,分别达到99%、98%及97%,这说明了ISL1蛋白序列的稳定性和保守性。通过对大鼠ISL1蛋白的生物信息学分析和功能预测,为进一步探讨其分子调控机制提供重要的参考依据。     

羊草LVAP1基因的克隆及生物信息学分析

克隆羊草VHA-c基因并预测其编码蛋白质结构和功能.由羊草总RNA经RACE克隆获得VHA-c基因cDNA,采用生物信息学方法预测蛋白结构和功能.获得羊草VHA-c基因cDNA,命名为LVAP1基因(GenBank登录号为GQ397276),LVAP1基因开放阅读框为498 bp,编码165个氨基酸,有4个α-螺旋跨膜结构域,在第4个结构域上含有一个高度保守的G lu142残基,推测它是质子的结合位点.进化树分析显示,羊草LVAP1蛋白与小麦、碱蓬和冰叶日中花等植物的VHA-c蛋白具有高度的同源性,推测LVAP1亚基与其他VHA-c亚基执行相似的功能.     

基于生物信息学分析筛选人类胃癌预后生物标志物

为筛选胃癌临床诊断和预后的新型生物标志物,利用GEO2R工具分析胃癌基因芯片数据集GSE79973,筛选差异表达基因;采用FunRich、STRING和Cytoscape对差异表达基因进行GO、KEGG分析和蛋白互作网络构建;通过GEPIA比较候选基因在胃癌和正常组织中的表达水平;应用Kaplan-Meier Plotter和cBioPortal分析候选基因与临床胃癌的相关性及预后情况.通过数据分析,发现COL5A1、COL8A1和COL4A1的高表达对人类胃癌患者总生存期的危害最大,且在胃癌患者中这3个基因的突变可提高患者的总生存期.因此,COL5A1、COL8A1和COL4A1可作为人类胃癌临床预后潜在的生物标志物.     

基于生物信息学方法分析GABRD基因在结肠癌中的表达及预后情况

采用生物信息学方法探讨GABRD基因在结肠癌样本中的表达及预后情况。通过UCSC XENA下载33种肿瘤类型和正常组织的RNA序列数据和相关临床数据,使用R软件分析GABRD基因在结肠癌样本中的表达,并筛选共表达基因,对其进行富集分析;分析GABRD基因对结肠癌患者生存及预后的影响,并建立预后列线图;构建GABRD基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction, PPI)网络并筛选关键模块及枢纽基因,验证枢纽基因的生存及临床诊断价值。结果表明：GABRD基因在结肠癌样本中高表达并影响患者生存,筛选得到369个共表达基因,基因本体论(gene ontology, GO)功能富集发现其主要参与G蛋白偶联等生物学过程,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集显示其主要参与AMPK等信号通路;构建出由51个节点和523个连接组成的PPI网络,筛选枢纽基因5个,其中2个显著影响生存,5个具有临床诊断价值。综上,GABRD基因在结肠癌样本中高表达,影响结肠癌患者生存及预后,可能...     

人和非洲象AXIN1基因的鉴定与生物信息学分析

隐睾是男性生殖器最常见的先天性异常之一.正常状态下,人(Homo sapiens)在出生时睾丸就已经下降到阴囊,而非洲象(Loxodonta africana)的睾丸始终位于腹腔内却能维持正常的生殖.本文通过克隆测序鉴定了隐睾症相关的基因AXIN1在人和非洲象两个物种中的差异,并对其结构和理化性质进行生物信息学分析.结...     

人H NRN PA1基因及蛋白质的生物信息学分析

采用生物信息学的方法分析人HNRNPA1基因的启动子情况及蛋白质的理化性质、信号肽及NLS、亲疏水性、跨膜区域、蛋白质结构、相互作用的蛋白质及GO注释.选择合适软件对HNRNPA1相关信息进行分析.结果显示,预测的HNRNPA1基因存在1个启动子;HNRNPA1蛋白质是由372个氨基酸组成的具有NLS、无跨膜结构的亲水不稳定蛋白质,其等电点为9.17;哺乳动物中氨基酸序列高度保守;二级结构以无规卷曲为主,预测的三级结构经拉曼图分析可信度高;HNRNPA1多定位于细胞核,与RNA的选择性剪接及mRNA运输有关.此外,启动子的甲基化对HNRNPA1表达影响明显,其蛋白质具有NLS、无跨膜结构且不稳定,属于亲水蛋白质,分布于细胞核,对mRNA的成熟具有重要作用.     

中华按蚊AsAce1基因的鉴定及生物信息学分析

利用同源性搜索,在中华按蚊(Anopheles sinensis)基因组中鉴定出1条乙酰胆碱酯酶(Ace)家族序列,命名为AsAce1(GenBank登录号:KU900233)。该基因序列的全长为5592bp,编码区序列长度为2253bp,编码750个氨基酸。在理化性质、二级结构、三级结构、系统发生、基因结构等方面对该基因及所编码蛋白进行了预测和分析。结果表明AsAce1蛋白在按蚊中具有很高的保守性;该蛋白是亲水性蛋白,分子量、等电点分别为82.41kD,5.92,二级结构主要以不规则卷曲为主,无跨膜结构域和信号肽;亚细胞定位显示该蛋白位于细胞质中;基因结构为两种相位(1位和2位内含子)。研究结果为AsAce1基因生物学功能的挖掘奠定了理论基础。
     

绵羊MTNR1A基因SNPs筛选及生物信息学分析

目的 为了研究绵羊MTNR1A基因结构、多态性,以及其对繁殖功能的影响.方法 以高繁殖力的湖羊、多胎萨福克羊和繁殖力相对较低的中国美利奴羊(新疆军垦型)为研究对象,采用PCR方法扩增MTNR1A基因exon2,通过测序和序列比对发现新的SNPs,应用MassARRAY技术对SNPs进行基因分型,通过生物信息学初步分析M...     

头颈部鳞癌中p53-mdm2基因异常的研究

目的:检测头颈部鳞癌患者p53基因突变、mdm2基因扩增的状况,了解其与头颈部鳞癌患者的性别、鳞癌分级、淋巴结转移等的相关性及两异常基因的相关性。方法:收集50例行手术切除的头颈部鳞癌患者的新鲜肿瘤组织及其相应的癌旁正常组织,提取标本DNA;用PCR-SS-CP-银染法检测p53基因第5~8外显子的突变状况;用dPCR法检测mdm2基因扩增情况;采用SPSS 10.0统计软件包行2检验分析实验结果。结果:在50例头颈部鳞癌患者标本中,检测出17例存在p53基因突变,突变率为34%,所有的癌旁正常组织未发现p53基因突变;在50例鳞癌标本中检测出6例标本存在mdm2基因扩增,扩增率为12%,其中有一例同时存在p53基因突变;p53基因突变、mdm2基因扩增与患者的鳞癌分级、淋巴结转移、性别等相关性分析结果均无统计学意义(P>0.05)。结论:p53基因突变与mdm2基因扩增在头颈部鳞癌中较常见,可能是头颈部鳞癌发生发展的主要分子机制。     

FHIT抑癌基因在头颈部鳞癌中的研究进展(综述)

脆性组氨酸三联体基因(FHIT)是1996年新发现的一种定位于人类染色体3p14．2上的抑癌基因，其编码的蛋白质具有ApnA水解酶的特性，可通过水解ApnA(主要是Ap3A)而阻止细胞生长信号传导途径，从而抑制细胞的生长；另有观点认为FHIT可与Ap3A等结合成FHIT底物复合物，这种复合物可能是一种信号物质，其抑癌作用可能比其水解酶作用更重要。研究表明FHIT在肿瘤的发生中起着重要的作用，现就FHIT在头颈部鳞癌中的研究进展作一综述。     

大肠癌中MTA1和nm23 - H1蛋白的表达及其意义

目的：探讨大肠癌中MTA1、nm23-H1蛋白的表达及其意义。方法：用免疫组化留法检测84例大肠癌MTA1、nm23-H1蛋白的表达。结果：84例大肠癌中MTA1、nm23-H1阳性表达率分别为61．9％和51．2％;MTA1高表达与大肠癌组织分化程度、Duke’s分期和淋巴结转移关系密切（P〈0．05）;nm23-H1低表达与大肠癌组织分化程度、Duke’s分期和淋巴结转移关系密切（P〈0．05）;大肠癌中MTA1和nm23-H1蛋白表达呈负相关（P〈0．05）。结论：MTA1和nm23-H1蛋白表达与大肠癌分化程度、淋巴结转移和预后密切相关,可作为判断大肠癌患者转移复发的参考指标。     

水飞蓟宾通过上调P15~(INK4B)和P21~(WAF1/CIP1)活化JNK诱导人胰腺癌细胞G1期阻滞及细胞凋亡

目的:探讨水飞蓟宾对胰腺癌As PC-1细胞的增殖抑制作用及其作用机制.方法:MTT法和克隆形成抑制实验观察水飞蓟宾对人胰腺癌As PC-1细胞的增殖抑制作用,碘化丙锭(PI)单染色检测细胞周期改变,Annexin V-FITC/PI双染流式细胞术检测细胞凋亡水平,Western blotting检测细胞周期及细胞凋亡相关蛋白的表达.结果:不同浓度的水飞蓟宾对胰腺癌As PC-1细胞的生长均有抑制作用,且呈剂量-效应和时间-效应关系(P0.05),水飞蓟宾作用于As PC-1细胞48、72 h的IC50浓度分别为224.20、87.25μmol/L;克隆形成抑制实验显示,随着水飞蓟宾浓度增加,As PC-1细胞克隆形成逐渐减少.细胞周期检测结果显示,随着水飞蓟宾浓度的增加,胰腺癌As PC-1细胞出现明显G1期阻滞;水飞蓟宾处理组细胞的周期蛋白Cyclin D1、Cyclin E2、Cyclin A、Cyclin B1表达下降,细胞周期蛋白激酶CDK4、CDK6表达不变,细胞周期素依赖性蛋白激酶抑制蛋白P15INK4B、P21WAF1/CIP1表达升高,与流式检测的结果相一致.不同浓度水飞蓟宾作用48 h后,出现明显的凋亡细胞群;同时发现Caspase-9、Caspase-3活化降解,Caspase3下游效应蛋白PARP出现切割条带.JNK蛋白表达增加并磷酸化活化,Bcl-2蛋白家族中抗凋亡蛋白Bcl-2、Bcl-x L、Mcl-1表达明显降低,促凋亡蛋白Bax表达基本不变,BH3-only蛋白Bclxs、Bid、Bim表达增加.结论:水飞蓟宾明显抑制胰腺癌细胞增殖,通过诱导P15INK4B、P21WAF1/CIP1表达阻滞细胞周期在G1期,并通过诱导JNK活化激活线粒体细胞凋亡途径,进而诱导胰腺癌As PC-1细胞凋亡.     

血管内皮生长因子表达及微血管密度与头颈肿瘤发展和转移的关系

研究血管内皮细胞生因子(VBGV)的表达及微血管密度(MVD)与头颈肿瘤发展及转移的关系.应用免疫组织化学S-P法,检测32例头颈恶性肿瘤、20例头颈良性肿瘤、16例头颈部无瘤组织石蜡标本组织中的血管内皮细胞生长因子(VEGF)的表达、微血管密度(MVD).头颈恶性肿瘤组织VEGF的表达及MVD明显高于头颈良性肿瘤及头颈无瘤组织(P<0.05),转移组比较非转移组高(P<0.05).此外,在头颈肿瘤的发展及转移中VEGF的表达及MVD具有显著的正相关关系(r=0.398,<0.05).VEGF与头颈肿瘤血管生成有密切关系;VEGF的表达和MVD的增高对头颈肿瘤发展及转移有促进作用,其检测有可能作为头颈肿瘤预后的指标.     

FEZF1在结直肠癌组织和癌旁正常组织中的表达及临床意义

本文旨在探究FEZF1蛋白在结直肠癌组织和癌旁组织中的表达和其临床意义.通过免疫组化实验和Western Blot实验以及细胞实验,发现FEZF1在结直肠癌组织中低表达,并且其表达与肿瘤淋巴结转移(tumor node metastasis,TNM)分期具有显著相关性,在FEZF1低表达时,RKO细胞增殖和迁移能力提高,FEZF1高表达时RKO细胞增殖能力减弱.本研究证明了FEZF1是结直肠癌中的一个低表达蛋白,其表达与结直肠组织癌变的发生、发展相关,并且FEZF1会抑制结直肠癌细胞的增殖和迁移.     

趋化素样因子1对肾癌细胞ACHN生物活性的影响及其相关机制

多项研究发现,趋化素样因子1(chemokine-like factor 1,CKLF1)是人类多种肿瘤发生和进展的重要调节因子。然而,关于CKLF1对肾癌细胞生物活性的影响知之甚少。通过质粒转染实现CKLF1在肾癌细胞ACHN中过表达,探究CKLF1对肾癌细胞ACHN细胞增殖和凋亡的影响及其作用机制。将实验组pEGFP-N1-CKLF1和对照组pEGFP-N1真核细胞表达质粒分别转染肾癌ACHN细胞,实现趋化素样因子1在ACHN细胞中的过表达。利用荧光显微镜,镜下观察质粒转染效率。利用细胞计数试剂盒8(cell counting Kit-8,CCK8)观察肾癌细胞ACHN转染24、48、72 h后增殖情况;利用流式细胞术检测ACHN细胞转染24、48、72 h后细胞周期的变化情况;利用Hoechst33258染色法观察转染48 h后,ACHN细胞形态变化,利用流式细胞术检测各组细胞凋亡率。采用Western blot法检测CKLF1过表达后,细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)、Bcl-2样蛋白1(Bcl-2 like 1,Bcl-xL)、信号传导及转录激活因子3(signal t...     

替吉奥联合多西他赛方案治疗进展期胃癌的临床观察

目的观察替吉奥联合多西他赛治疗进展期胃癌的近期疗效和毒副反应。方法44例进展期胃癌患者采用以下方法化疗：替吉奥胶囊每天80mg／m^2,分2次,餐后口服,第1-14天;多西他赛75mg／m^2,第1天,静脉滴注2-3h,21d为1个周期,至少完成2个周期。评价客观疗效和不良反应。结果44例均可以评价疗效。CR3例（6．8％）,PR18例（40．9％）,SD14例（31．8％）,PD9例（20．5％）,RR47．7％,DCR79．5％。中位疾病进展时间为7．2月,中位生存期为11．3月。不良反应主要是骨髓抑制、胃肠道反应、脱发及口腔黏膜炎。结论替吉奥联合多西他赛方案治疗进展期胃癌的疗效较好,不良反应可以耐受,值得进一步研究应用。     

悬臂排桩支护结构桩顶最大水平位移计算分析

文章以矩形基坑悬臂式支护结构为研究对象,建立了整个支护系统的能量表达式,推导了基坑中部桩顶最大水平位移的解析解,在此基础上对各主要支护参数进行了正交试验设计研究,得出了开挖中各个参数对桩顶最大水平位移的影响程度和各个参数的灵敏度。分析结果表明,坡顶超载和比例系数“m”是控制桩顶最大水平位移的主要参数,与实测结果进行对比,表明该方法是可行的。     

CRTC1在食管癌中的表达及与临床病理的关系

探讨CREB转录共激活因子1（CRTC1）在食管癌组织与癌旁组织中的转录水平和翻译水平变化,及其变化与临床病理的关系。收集25例食管癌鳞癌患者的癌组织及与之配对的癌旁组织,通过qRT-PCR检测CRTC1的mRNA水平,western blot检测CRTC1的蛋白水平。在食管癌中,CRTC1蛋白表达低于癌旁组,而mRNA水平高于癌旁组;CRTC1在转录水平上与肿瘤位置和淋巴结转移有关。说明：CRTC1在食管癌中存在异常表达,CRTC1的mRNA有望用于食管癌诊断及淋巴结转移评估。