TCP11基因在宫颈癌中表达的意义

目的 探讨TCP11基因在宫颈癌组织和细胞中的表达水平以及与HPV感染、患者临床特征和预后之间的关系。方法 运用UALCAN数据库及GEPIA数据库分析TCP11基因在宫颈癌中的表达及其与宫颈癌患者年龄和肿瘤分级的关系;运用The Human Protein Atlas(HPA)数据库、UALCAN数据库及Gene Expression Profiling Interactive Analysis(GEPIA)数据库分析TCP11基因的表达与宫颈癌患者生存率的关系;运用UALCAN数据库分析在宫颈癌中TCP11基因启动子甲基化状态。运用组织芯片分析TCP11基因在正常宫颈及宫颈癌组织中表达水平。利用第二代杂交捕获技术(HC-2)检测所收集样本HPV感染情况。体外培养HaCaT细胞(一种永生化的上皮细胞)及宫颈癌SiHa、HeLa、C33A细胞,利用Western blot、qRT-PCR分别检测宫颈癌细胞中TCP11蛋白和mRNA表达水平。结果 运用HPA、UALCAN、GEPIA数据库分析发现TCP11基因在宫颈癌组织中高表达,且与宫颈癌患者生存率显著相关(P<0.05);TC...     

基于数据挖掘分析GABPA基因在肾上腺皮质癌的表达及预后意义

利用Oncomine数据库、cBioportal数据库、GEPIA数据库探索GABPA基因在肾上腺皮质癌（Adrenocortical carcinoma,ACC）及正常肾组织中的表达情况、GABPA基因突变情况及其对肾上腺皮质癌患者预后的影响。结果显示,与正常肾组织相比,GABPA mRNA在ACC组织中呈高表达。该基因编码的蛋白质在ACC组织中没有发生突变。预后分析表明,GABPA mRNA高表达组患者的无疾病进展生存时间显著低于GABPA mRNA低表达组。利用String-DB数据库分析与GABPA基因相互作用的蛋白质,包括NRF1、TFAM、TFB1M、TFB2M、GABPB1、GABPB2、PPRC1、PPARGC1A、HCFC1、SSBP1。本研究通过数据挖掘迅速获取分析肾上腺皮质癌组织GABPA基因表达的相关信息,为深入研究GABPA基因在肾上腺皮质癌发生发展中的作用机制奠定基础。     

MAL2在乳腺癌中的差异表达及预后分析

目的:通过数据挖掘分析T细胞分化蛋白2(MAL2)在乳腺癌(BC)中的表达及意义.方法:通过Oncomine、基因表达谱交互分析(GEPIA)及人类蛋白质表达图谱(HPA)数据库分析MAL2在正常乳腺组织和BC组织中的表达情况;应用GEPIA分析MAL2表达与BC预后的相关性;应用STRING分析MAL2表达与上下游蛋...     

肾透明细胞癌关键枢纽基因的筛选及生物信息学分析

目的:旨在通过生物信息学方法筛选与肾透明细胞癌(ccRCC)发生、发展相关的关键枢纽基因.方法:从公共基因数据库下载ccRCC基因芯片数据集(GSE66270)并筛选ccRCC组织与正常癌旁组织样本间的差异表达基因.R软件的clusterProfiler程序包用于差异表达基因的基因本体(GO)功能注释、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.使用STRING数据库、Cytoscape软件构建蛋白互作网络(PPI)并筛选关键枢纽基因.通过GEPIA数据库对关键枢纽基因进行验证和预后分析.结果:共筛选出280个差异表达基因.GO分析结果显示差异表达基因在离子的稳态、跨膜转运和离子跨膜转运蛋白活性中显著富集.KEGG富集分析结果显示,差异表达基因主要参与PPAR信号通路、补体和凝血级联反应以及胆固醇代谢等相关肿瘤信号通路.从差异表达基因中筛选出7个关键枢纽基因,包括3个上调基因C3、CXCR4、CXCL9和4个下调基因EGF、ALB、KNG1、CASR.生存分析结果显示,关键枢纽基因C3和CASR与ccRCC患者的预后不良相关.结论:通过生物信息学方法筛选了与ccRCC发生、发展相关的差异表达基因,筛选出的关键枢纽基因可为后续找到用于ccRCC临床诊断与治疗的靶点提供了理论依据.     

基于生物信息学分析EDIL3基因在宫颈癌中的表达及临床意义

目的 探讨表皮生长因子样重复序列和盘状蛋白I样结构域3(EDIL3基因)在宫颈癌中表达及其对宫颈癌细胞SiHa、HeLa迁移的作用。方法 运用GEPIA、UALCAN、OncoLnc数据库分析EDIL3基因mRNA在宫颈癌组织中的表达水平、基因启动子甲基化状态和预后的意义；采用免疫组织化学染色、Western blot、qRT-PCR分别检测宫颈癌组织和细胞中EDIL3蛋白及EDIL3基因mRNA表达水平；构建EDIL3-pcDNA3.1过表达质粒，转染分为实验组(转染过表达EDIL3-pcDNA3.1质粒)和对照组NC(转染空质粒),transwell实验检测宫颈癌细胞SiHa、HeLa的迁移。结果 生物信息学数据库分析显示EDIL3基因mRNA在宫颈癌组织中低表达并且存在启动子高甲基化(P<0.05),在宫颈癌不同分期中EDIL3基因的表达无差异(P>0.05),EDIL3高表达与宫颈癌患者不良预后相关(P<0.05);免疫组织化学染色、Western blot、qRT-PCR与数据库分析结果一致，在宫颈癌组织和细胞中EDIL3基因均低表达(P<0.05),...     

CCNB2在肾透明细胞癌中的表达意义与功能网络关系分析

分析细胞周期蛋白B2(CCNB2)在肾透明细胞癌中的表达及与临床预后的关系,建立CCNB2共表达网络并探讨其潜在的作用机制。采用GEPIA和UALCAN数据库分析CCNB2在肾透明细胞癌临床样本中的表达情况,获得CCNB2与肾透明细胞癌的病理分期及预后的关系,同时检测肾透明细胞癌及癌旁临床组织中目的 m RNA的表达;通过c Bioportal和String数据库分析CCNB2在肾透明细胞癌的功能作用,建立CCNB2共表达网络;DVIAD和KEGG数据库在线分析共表达网络功能及富集的信号通路。结果表明：CCNB2在肾透明细胞癌组织中高表达,并且与肾透明细胞癌的病理分期及预后呈现正相关性。从c Bioportal数据库获得肾透明细胞癌患者数据,挖掘得到CCNB2表达关系密切的83个基因,建立CCNB2功能网络。进一步采用DVIAD和KEGG数据库在线分析发现富集的基因主要参与细胞周期、卵母细胞减数分裂和卵细胞成熟通路等信号通路,共表达基因功能显示为微管结合、微管运动活性和微管蛋白结合等。因此,CCNB2在肾透明细胞癌组织中显著高表达,并与患者预后、临床病理分期呈正相关,这些预示着CCNB...     

长链非编码RNA NONHSAT068183在肾透明细胞癌组织中的表达及其临床意义

通过研究长链非编码RNA NONHSAT068183(lnc068183)在肾透明细胞癌(ccRCC)患者组织中表达水平的变化,分析其表达水平与ccRCC临床指标间的相关性。实验收集55例ccRCC肿瘤组织及其对应的癌旁正常组织,分别设为ccRCC组和对照组;采用qRT-PCR方法检测lnc068183在ccRCC组及对照组组织中的表达水平,用t检验分析其水平变化与ccRCC患者临床指标间的相关性及意义。与对照组相比,lnc068183在ccRCC组肿瘤组织中的表达水平显著降低(P0.000 1)。在临床诊断指标中,ccRCC肿瘤组织中lnc068183的表达水平与ccRCC患者的TNM分期(P=0.005)及Fuhrman分级(P=0.015)呈负相关;ROC分析显示lnc068183对ccRCC有较明确的辅助诊断意义。作为抑癌基因,lnc068183在ccRCC中表达下调,可能与ccRCC的发生和发展相关,为肾癌诊治及研究提供了潜在的新线索。     

应用数据集GSE63514和GSE67522对宫颈癌关键基因的筛选研究

通过DAVID网站进行上调基因的GO分析,借助STRING工具建立上调基因的蛋白-蛋白相互作用网络图(PPI),使用Cytoscape软件里的MCODE插件筛选出宫颈癌关键基因;借助基因表达谱交互分析数据库(GEPIA)和人蛋白质数据库(HPA)探讨宫颈癌关键基因在宫颈癌组织的表达及预后情况.通过两个数据集获取12个共...     

MGLL在前列腺癌组织中的表达及其对癌细胞生长的调控作用

目的:探索单酰甘油脂酶(MGLL)在前列腺癌(PCa)中的表达及其临床预后.方法:利用基因表达谱交互分析(GEPIA),Oncomine及人类蛋白质图谱(THPA)生物信息学工具,分析癌症公共数据库TCGA及GEO中PCa及对照样本中MGLL的mRNA及蛋白表达情况,基于TCGA数据库中的PCa病人样本信息进行生存分析...     

CA2、CA9蛋白在舌鳞状细胞癌的表达及预后价值

目的 探讨CA2、CA9蛋白在舌鳞状细胞癌(TSCC)中的表达及生存意义，并分析两者表达相关性及在癌症中的潜在机制。方法 UCSC Xena在线分析CA2、CA9 mRNA在TSCC和对应正常组织中的表达，免疫组化验证CA2、CA9蛋白在89例TSCC及29例癌旁正常组织中的表达，并分析CA2、CA9蛋白表达相关性及其与临床因素相关性，同时研究了CA2、CA9对TSCC的诊断及生存意义。最后用STRING和Metascape数据库进一步探索了CA2和CA9蛋白潜在作用机制。结果 与癌旁正常组织相比，UCSC Xena数据库显示CA2、CA9 mRNA在TSCC中均高表达(均P<0.05),同时免疫组化实验表明CA2、CA9蛋白在TSCC中也显著高表达(均P<0.05)。其中，CA2蛋白在TSCC中高表达率为21.35%,CA9高表达率达61.80%。CA2蛋白高表达与TSCC更好的分化程度相关(P<0.05),CA9过度表达与更差的T分期明显相关(P<0.05),且CA2与CA9蛋白表达呈正相关(r=0.240,P<0.05)。CA2、CA9蛋白在TSCC...     

Six4蛋白在结肠癌中的表达及临床意义

目的:探索Six4蛋白在结肠癌中的表达及其与临床特征的关联性.方法:通过医学癌症数据库分析Six4表达与结肠癌患者生存时间的相关性;利用组织芯片,通过免疫组化检测结肠癌组织及癌旁组织中Six4蛋白的表达情况,统计分析其表达差异,分析Six4蛋白表达与结肠癌患者的临床特征及预后的关系.结果:Six4高表达结肠癌患者生存期较低表达患者明显缩短(P=0.002).在结肠癌组织中Six4蛋白表达显著高于癌旁组织(P0.001).Six4表达水平与结肠癌患者病理分期(P=0.020)、肿瘤大小(P=0.034)、MSH6表达水平(P=0.035)有相关性,而与性别、年龄、淋巴结转移、是否远处转移、TNM分期、Ki67、P53、MSH2蛋白表达水平无明显相关性.Six4蛋白的表达水平(P=0.029)可以作为结肠癌患者的独立预后因素.结论:Six4蛋白高表达与不良预后相关;Six4蛋白在结肠癌组织较癌旁组织高表达;Six4蛋白与病理分期、肿瘤大小、MSH6表达水平相关.     

肾透明细胞癌组织和细胞系趋化素样因子1的表达及其临床意义

趋化素样因子1(chemokine-like factor 1, CKLF1)在多种恶性肿瘤中发挥了不同的生物学作用,为探讨CKLF1在肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma, ccRCC)组织及细胞系中表达水平并分析其临床意义。利用免疫组化法、蛋白质印迹和实时定量PCR法,检测CKLF1在肾透明细胞癌组织和肾癌细胞系中的表达水平,并分析肾透明细胞癌组织中CKLF1表达水平与临床病理Fuhrman分级之间的相关性。免疫组化结果显示:CKLF1在肾透明细胞癌组织和癌旁组织中的表达,差异有显著性(P0.05); CKLF1表达水平的高低在临床病理各分级之间无明显差异(P0.05)。Western blot结果显示:CKLF1蛋白在3种细胞系ACHN、Caki、HKC中的表达差异有统计学意义(P0.05);qRT-PCR结果显示,CKLF1 mRNA在3种细胞系ACHN、Caki、HKC中的表达差异有统计学意义(P0.05)。CKLF1的表达在肾透明细胞癌组织中和肾癌细胞系ACHN、Caki中明显上调,CKLF1是一个潜在的肾透明细胞癌分子标志物。     

Smad2基因在肺癌组织和细胞中的表达特点

目的 探讨Smad2基因在肺癌组织和细胞中的表达特点.方法 分析Smad2的mRNA和蛋白在肺癌组织和癌旁正常组织中的表达情况;收集患者的临床病理指标,并进行5 a随访,记录患者生存情况,分析与Smad2基因表达的关系.培养人正常肺上皮细胞BEAS-2B、人肺癌细胞A549,检测Smad2的mRNA和蛋白表达水平;使用10μg/L的3-甲基胆蒽连续染毒培养至第10代、第20代、第30代、第40代,检测Smad2基因表达变化;使用Smad2过表达质粒、Anti-Smad2质粒分别转染A549细胞,比较细胞增殖、迁移和侵袭能力.结果 肺癌组织中Smad2的mRNA和蛋白表达水平明显高于癌旁正常组织(P<0.01).人肺癌细胞A549中Smad2的mRNA和蛋白表达水平明显高于人正常肺上皮细胞BEAS-2B(P<0.05).随着3-甲基胆蒽诱导人正常肺上皮细胞BEAS-2B恶性转化传代数的增加,Smad2的mRNA和蛋白表达水平逐渐降低(P<0.05).N2～N3期的肺癌患者Smad2基因低表达率明显高于N0～N1期的患者,肿瘤分期Ⅲ～Ⅳ期的肺癌患者Smad2基因低表达率明...     

丙酮酸激酶M2在骨肉瘤中的表达及其生物学功能

目的:研究丙酮酸激酶M2(PKM2)在骨肉瘤组织中的表达水平及其临床各指标的关联性,并初步探讨其中可能的分子机制.方法:通过免疫组化检测PKM2在骨肉瘤组织中的表达水平,SPSS统计软件分析其表达水平与患者临床特征及预后的关系;利用数据库分析骨肉瘤组织中PKM2 mRNA水平与患者生存预后的关系.再通过细胞增殖、克隆形成、Transwell迁移以及小鼠体内成瘤等实验方法观察抑制PKM2对骨肉瘤细胞的增殖、克隆形成、迁移及体内成瘤能力等生物学行为的影响.利用流式细胞术检测PKM2的表达水平与骨肉瘤细胞周期的关系.结果:在骨肉瘤组织中PKM2的蛋白表达水平与肿瘤直径、远处转移、临床分期、患者预后均有较强的相关性(P0.05),即高表达PKM2的肿瘤直径较大(χ~2=5.79,P=0.016)、容易发生远处转移(χ~2=7.30 P=0.007)、临床分期较高(χ~2=8.44,P=0.004),患者预后较差(P0.05).且数据库分析结果也显示,骨肉瘤组织中高表达PKM2 mRNA的患者预后较差(P0.05).在骨肉瘤细胞系中沉默PKM2或应用PKM2的抑制剂均可以显著抑制细胞的增殖、克隆形成及迁移能力(P0.05),以及抑制体内的肿瘤生长速度(P0.05);此外,抑制PKM2可以使CyclinD1表达水平下调进而使细胞周期阻滞.结论:PKM2与骨肉瘤的恶性进展密切相关,可作为骨肉瘤患者独立的预后因子;PKM2可通过调控细胞周期蛋白CyclinD1的表达促进骨肉瘤细胞的增殖.     

基于TCGA分析GALNT14在肾透明细胞癌中的表达及预后意义

本研究拟探索N-acetylgalactosaminyltransferase 14 ( GALNT14)的表达水平对肾透明细胞癌(Kidney Renal Clear Cell Carcinoma, KIRC)的临床预后意义及其在疾病进展中的功能。从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库获取肾透明细胞癌的临床信息和相应的mRNA表达数据,使用R语言进行差异表达分析和配对差异表达分析,检测 GALNT14在肾透明细胞癌的表达;通过Logistic回归分析、Kaplan-Meier生存分析和COX回归分析探究 GALNT14的表达量与肾透明细胞癌临床特征的相关性;从STRING数据库中获得GALNT14相互作用的蛋白质,通过Linkedomics和GeneMANIA数据库分析GALNT14的蛋白质-蛋白质相互关系;通过基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)探索 GALNT14在肾透明细胞癌中介导的生物信号通路。结果表明,肾透明细胞癌组织中 GALNT14的mRNA相对表达量显著高于癌旁组织;肾透明细胞癌 GALNT...     

EphB1在结直肠癌中的差异表达及其临床病理学意义

通过检测结肠癌细胞系和结直肠癌组织中EphB1表达及其与临床病理特征之间的关系和启动子区域CpG岛的甲基化情况,探讨EphB1在结直肠癌中的作用及其机制,为结直肠癌的基因治疗寻找新的靶基因.取5株结肠癌细胞系和61例配对液氮冻存及对应石蜡包埋组织,运用实时定量RT-PCR和免疫组织化学方法分别检测EphB1 mRNA和蛋白质表达;同时对mRNA表达下调标本进行启动子区域CpG岛甲基化检测.结果显示,5株结肠癌细胞系中EphB1 mRNA均有表达,并且表达存在差异;61例结直肠癌组织与癌旁正常黏膜相比,EphB1 mRNA和蛋白质表达均存在差异.EphB1 mRNA在31.1%(19/61)的癌组织中下调,52.5%(32/61)上调,EphB1 mRNA低表达和组织分化差异有统计学意义(P=0.008).EphB1蛋白在正常肠黏膜和部分肿瘤细胞中呈阳性表达,下调表达62.3%(38/61),上调表达24.6%(15/61);EphB1蛋白的低表达和组织分化(P=0.033)、浸润深度(P=0.038)、性别(P=0.028)以及部位(P=0.039)间差异都有统计学意义.甲基化特异性PCR检测发现EphB1m...     

基于生物信息学对肝细胞癌潜在枢纽基因的筛选及验证

目的:筛选网络数据库中肝细胞癌组织与非癌性肝组织中差异表达的基因,并探讨其中适合作为早期筛查肝癌及治疗晚期肝细胞癌(HCC)的分子标记.方法:从GEO数据库中下载3个数据集GSE121248、GSE101685和GSE14520,筛选差异表达显著的基因(DEGs),并对其进行基因功能富集和信号通路富集分析,利用STRING网站构建对应蛋白的相互作用网络,导入Cytoscape软件后用CytoHubb插件筛选处于关键位置前10位的枢纽基因.利用Kaplan-Meier生存分析比较枢纽基因表达差异对肝癌患者平均生存率的影响,并通过GEPIA验证枢纽基因在肝癌组织中的表达变化情况,进一步分析各枢纽基因所涉及的信号通路.结果:数据集GSE121248、GSE101685和GSE14520分别筛选出为187、536和253个DEGs(|log_2FC|2, adj.P0.01).Venn图显示3个数据集中共同包含的DEGs有87个,其所涉及的细胞功能为类固醇代谢和氧化还原酶活性,所涉及的通路为视黄醇代谢及p53信号通路.87个DEGs对应的69个蛋白的相互作用网络中,筛选最大团中心性(maximal clique centrality, MCC)前10位的枢纽基因为CDK1、CCNB1、TOP2A、PRC1、ECT2、RACGAP1、DTL、RRM2、ASPM和ESR1.Kaplan-Meier生存分析提示9个基因(CDK1、CCNB1、TOP2A、PRC1、ECT2、RACGAP1、DTL、RRM2和ASPM)高表达可能导致HCC患者的总生存期(OS)较差,而ESR1基因高表达时患者OS延长(P0.05).GEPIA分析369例HCC组织和160例正常肝组织的结果显示,CDK1、CCNB1、TOP2A、PRC1、ECT2、RACGAP1、DTL、RRM2和ASPM表达升高,而ESR1表达下调(|log_2FC|1,P0.05).这10个枢纽基因所涉及的信号通路主要为p53信号通路、细胞周期和孕酮介导的卵母细胞成熟.结论:9个枢纽基因CDK1、CCNB1、TOP2A、PRC1、ECT2、RACGAP1、DTL、RRM2和ASPM的高表达以及ESR1的低表达与肝癌患者的不良生存率密切相关,提示它们作为检测对象预测肝癌预后及作为干预靶点改善肝癌预后的可能.     

山茱萸作用鼠IgA肾病的肾组织差异蛋白质谱

通过小鼠肾组织的双向电泳(2DE),发现单味中药山茱萸醇提物(FCE)作用鼠IgA肾病的肾组织差异蛋白质表达谱发生显著变化.比较IgA肾病和正常小鼠肾组织的2DE图,在1267个蛋白点中有664个匹配蛋白点,其中表达量差异在2倍以上的有263个,另有3种蛋白在IgA肾病肾组织中未被表达和1种蛋白特异表达.比较FCE服用前后鼠IgA肾病肾组织的2DE图发现,在原先差异表达的263个蛋白质中,用药后有147个显著地恢复正常表达,在IgA肾病3种未表达和1种特异表达的蛋白都恢复了正常表达,同时用药后新出现1种特异表达蛋白.该方法提示,这些差异和特异表达的蛋白质可能是IgA肾病和FCE药物作用的靶蛋白,FCE能有效地纠正小鼠IgA肾病可能是通过影响这些靶蛋白而起作用的.     

MCM6促进食管癌细胞增殖进而导致预后不良（英文）

食管癌是一种常见的致死率高的恶性肿瘤.为确定食管癌发生的潜在机制,在生物信息学分析的基础上筛选关键基因.染色体维持6复合体(Chromosome maintenance 6 complex,MCM6)在多种恶性肿瘤中上调,但是,它在食管癌中的作用仍然不清楚.利用GEPIA数据库,研究MCM6基因在正常食管组织和癌性食管组织中的表达变化.结果表明,食管癌中MCM6基因有明显的高表达水平.利用免疫组化方法检测MCM6蛋白在正常食管组织及恶性肿瘤组织中的表达,发现食管癌中MCM6蛋白有明显的高表达水平.用卡方检验分析临床病理特征与蛋白表达的关系,发现本院78例患者MCM6表达与食管癌肿瘤大小有显著相关性.通过集落形成试验,确定MCM6能促进食管癌细胞的增殖.肿瘤生长试验证实了MCM6在小鼠食管癌进展中的促进作用.通过数据库和免疫组化检测MCM6与PCNA的相关性,发现MCM6与PNCA基因和蛋白呈正相关,进而推测MCM6可能通过影响PNCA的表达促进食管癌的增殖.综上所述,MCM6可能成为治疗食管癌的新靶点.