对喹诺酮C-3位构效关系的一些影响因素

用AM1分子轨道方法对萘啶酸及其类似物进行了优化计算。结果发现该类药物的抗菌活性与C 3位的空间构象和静电势分布有着紧密的联系。C-3位羧基 (或其模拟物 )与C-4位酮基共面性、以及它和母核共面性对抗菌活性十分重要,C-3位两个氧原子 (或其模拟羧酸)周围较强的负静电势也是影响活性的重要因素。     

用模拟从头计算方法(SAMO)计算大分子——Ⅱ.王冠醚化合物的研究

本文用SAMO方法(The Simulated ab initio molecular orbital techni-que),对王冠醚化合物:12—Crown—4;12—ane—4;15—Crown—5;18—Crown—6 进行了量子化学研究。计算所得分子轨道能量与实验所得光电子能谱相符合,采用分子碎片模拟合成了冠醚分子的静电势场,较好的说明了王冠醚化合物的成键机理。     

青霉素作用机理的量子药理学研究——巯基酶对β-内酰胺的进攻及催化机理

一、前言现已知道,青霉素的作用机理可归结为青霉素分子和细菌的一种酶——青霉素结合蛋白PBP的相互作用,即药物受体的作用。一些细菌的PBP受体,是以活性中心的丝氨酸—OH进攻青霉素的β-内酰胺环     

AlF和AlCl静电势的量子化学研究

本文报导用量子化学从头计算程序MQM81和分子静电势计算程序ESP所作的AlF和AlCl的计算,优选了它们的平衡构型,得到了分子轨道能级、偶极矩、集居数等一系列分子结构的信息。在此基础上计算了这两个分子的静电势。计算结果提出了AlF(或AlCl)双分子反应的一种可能性。     

计算小分子静电势的量子化学方法

分子静电势（Molecular Electrostatic Potential)是研究分子的一个量子化学理论指数，它可以有来判断分子的整体性质，尤其是分子的反应活性,本文介绍了并评述了小分子的分子静电势的多种量子化学计算方法，对比给出了一些简单分子的分子静电势的计算结果，以便总结出各种方法的适用性。     

单环β—内酰胺抗生素的定量构效关系的理论研究

在现代医药研究中,β内酰胺越来越受到重视,运用半经验量子化学的AM1方法对23种已知的单环β－内酰胺抗生素进行了理论计算,系统地研究了它们的定量构效关系（QSAR）,建立了单环β－内酰胺抗生素分子的结构活性模型,并在模型的基础上提出了新分子设计信息。     

应用ABEEMσπ模型快速计算分子静电势

分子静电势是量子化学的理论指标,可以用来判断分子的某些性质,尤其是分子的反应活性.由于静电势由分子本身的性质决定,不同分子在其周围空间各点产生的静电势不同,因此可以采用静电势来描述分子本身的性质.建立了一种新的快速计算分子静电势的方法,并以HF、H2O、NH3和CH4小分子为例计算了他们的静电势.其中的电荷采用原子-键电负性均衡方法σπ模型（ABEEMσπ）计算的结果,结构由MP2/6-311＋＋G（d,p）方法优化所得.基于杨等人建立的内禀特征轮廓理论,绘制了相应的分子静电势分布图.结果与从头算符合得很好,为大分子静电势的计算打下基础.     

硝基苯衍生物的撞击感度与其静电势的关系研究

利用HONDO程序包,采用从头算法对硝基苯衍生物的分子结构和分子中C—NO2键中点的静电势进行了计算.讨论了这类炸药分子C—NO2键中点的静电势最大值Vmidmax与其撞击感度之间的关系;根据和Rs3的感度大小进行了比较.研究表明:对于硝基苯衍生物炸药,可用其、Rp2分子结构和静电势,对Ro2、Rm2、Rp2的感度大小的关系分子C—NO2键中点的静电势最大值Vmidmax来确定其撞击感度的变化趋势;Ro2、Rm2的感度大小的关系为:Ro2和Rs3.>Rs3>Rm2为:Ro2,Ro2>Rp2     

利用ABEEM模型在分子形貌轮廓上计算几个五元环配合物的分子静电势

分子的许多物理和化学性质都与其静电势密切相关.分子静电势是指分子在空间某一位置产生的分子静电作用势能,分子之间的相互作用可以通过静电势这个物理量来表述.利用ABEEMσπ模型计算出回归到各原子位点的电荷分布,结合自编Fortran程序可快速计算得到分子的静电势,将其投影到分子形貌轮廓上,即可得到在分子形貌上的静电势分布图.笔者选取咪唑、吡唑、噻吩、噻唑和异噻唑等五元环配合物作为模型分子,分别采用从头计算方法和ABEEM模型方法计算它们的分子静电势,并将其投影到分子形貌上.通过比较,ABEEM模型方法不仅可以快速计算分子的静电势,且与从头计算所得结果一致.     

钯催化的串联环化反应构建β-内酰胺化合物

以N-(8-喹啉基)丙酰胺和取代碘苯为原料,通过钯催化的碳氢键活化与分子内胺化直接有效地合成β-内酰胺化合物.五氟碘苯在分子内关环形成C-N键的过程中起着非常重要的作用.在优化反应下研究底物适用范围发现,带不同给电子和吸电子取代基团的碘苯都能较好地发生反应,以低到中等的收率获得目标化合物.此串联环化反应的发现对快速构建β-内酰胺化合物具有一定的参考价值.     

β—单环内酰胺结构与活性关系的理论研究

对４种β－单环内酰胺进行了理论研究,运用量子化学ＲＨＦ／ＰＭ３法对４种β－单环内酰胺进行了结构优化和振动分析,根据计算所得的结果,分析了不同化合物的总能量、生成热、电子能量与活性及它们之间的关系,讨论了β－单环内酰胺的活性在分子化学键上的表征．     

并行计算在生物信息学中的应用

本文给出了一种在生物信息学中计算分子静电势的加速并行算法,分别在mpich和openmp环境下对1A30蛋白质(HIV-1PROTEASE)进行了计算,最后给出了结论。     

N_3H_3分子取代基效应的的量子化学研究

计算了羟基(—OH)和甲基(—CH3)对环丙氮烷和丙氮烯的取代基效应.环丙氮烷引入羟基后,1,2-二羟基环丙氮烷和1,2,3-三羟基环丙氮烷的N—N单键显著增长,而羟基的引入使丙氮烯分子的NN双键的键长变短,N—N单键的键长变长.引入甲基后,环丙氮烷的键长增长,而丙氮烯的NN双键的键长增长,N—N单键的键长变短.取代基引入后,N原子的孤对电子与N—O(N—C)键之间发生相互作用,整个分子的超共轭作用增强.随着取代基数目的增多,总能量和生成热降低,取代基数目与分子能量之间具有较好的相关性.     

密度泛函理论和从头算比较研究C78分子的静电势

根据Hartree-Fock和混合密度泛函B3LYP理论,用6-31G*基函数研究了C78富勒烯分子的静电势,比较了两种计算方法计算得到分子静电势值的大小,静电势图形和静电势差值曲线,分析了富勒烯的电子相关效应.     

密度泛函理论和从头算比较研究C78分子的静电势

根据Hartree-Fock和混合密度泛函B3LYP理论,用6-31G*基函数研究了C78富勒烯分子的静电势,比较了两种计算方法计算得到分子静电势值的大小,静电势图形和静电势差值曲线,分析了富勒烯的电子相关效应.     

核酸的分子静电势（Ⅲ）──酵母tRNA~（phe）的分子静电势

近年来，分子静电势（ＭｏｌｅｃｕｌａｒＥｌｅｃｔｏｒｓｔａｔｉｃＰｏｔｅｎｔｉａｌ）这一量子化学概念和方法受到了普遍重视．Ｐｕｌｌｍａｎ［１］及其合作者对核酸的分子静电势计算做出了一系列重要工作，有人曾介绍过这方面的工作，并进一步探讨了核酸的分子静电势［２］．本文着重介绍酵母ｔＲＮＡｐｈｅ的分子静电势，叙述有关的研究成果．讨论所获得的成果的一般特性．     

β-CD包结2-苯基-N-对甲苯磺酰基氮丙啶过程的理论初探

采用量子化学计算方法对β-CD-2-苯基-N-对甲苯磺酰基氮丙啶形成超分子体系的过程进行了理论研究。结果表明,主客体间的偶极-偶极作用与包合物形成过程中能量变化直接相关,2-苯基-N-对甲苯磺酰基氮丙啶(NT2PA)分子的苯基朝向β-CD的主面时体系最稳定,电荷密度拓扑分析发现,当苯基取向β-CD的主面方向时,NT2PA分子能与β-CD次面边沿的羟基形成氢键。因此,偶极-偶极作用可能是β-CD包结NT2PA的主要推动力,而NT2PA在β-CD内腔中的定位作用主要得益于氢键相互作用。     

单环β—内酰胺对大肠杆菌受体作用三维构效关系的比较分子力场分析（CoMFA）

模拟受体活性部位与配体分子间作用的势场模型,从三维空间进一步探讨单环β-内酰胺抗生素构效关系,指导新化合物设计与合成。我们根据活性类似物原理,采用比较分子力场分析（CoMFA）方法,对已知的26个单环β-内酰胺化合物对大肠杆菌作用的构效关系进行了研究。模拟了大肠杆菌青霉素结合蛋白（PBPs)与配体分子间的作用力场和静电力场模型。该模型有利于指导新型β-内酰胺抗生素me-too类药物的设计。     

多菌灵拉曼光谱理论研究

采用B3LYP杂化泛函方法,在B3LYP/6-311G(d,p)水平下对多菌灵分子的结构进行优化,通过频率计算获得多菌灵分子的拉曼光谱并对其进行指认.绘制多菌灵分子静电势分布图,讨论多菌灵分子发生化学反应的位置,计算HOMO-LUMO的能级差.     

异质富勒烯C44X6(X=N,B)的密度泛函理论研究

在混合密度泛函B3LYP理论下,用6-31G*基函数对异质富勒烯C44X6(X=N,B)的三种异构体D3(Ⅰ),C3,D3(Ⅱ)进行了几何构型优化.计算了前线轨道能级差、电离势、电子亲和势、绝对电负性、整体硬度和分子静电势.计算结果表明,所研究的C44X6(X=N,B)三种异构体中,具有D3(Ⅰ)对称性的异构体具有最低的能量.与全碳分子C50相比,D3(Ⅰ)异构体具有较小的电离势I、电子亲和势A、绝对电负性χ和球外的静电势,这说明它们更容易被氧化和与亲电试剂反应.