以 16S-23S rDNA 间区序列为目的基因设计 PCR 引物鉴定多杀巴斯德氏菌

多杀巴斯德氏菌是养殖动物(鸡,猪,牛等)的重要致病菌.本研究以16S-23S rDNA间区序列为目的基因设计PCR引物鉴定多杀巴斯德氏菌.通过对多杀巴斯德氏菌ITS-IA(含有tDNA-Ile和tDNA-Ala的16S-23S rDNA间区序列)的测序和与GenBank中序列的BLAST,设计筛选了一对特异引物PS-F/PS-R.对引物的特异性和有效性,用PCR方法进行了验证.结果表明:所有的多杀巴斯德氏菌标准菌株和分离菌株都能被检出,而全部39株非多杀巴斯德氏菌都没有扩增出特异性条带.其检测灵敏度能达到102CFU/mL.研究结果表明,发展了的PCR鉴定方法是省时的和可靠的,整个过程只需要20 h,而传统的鉴定方法需要至少5 d的时间.     

加州鲈诺卡菌病病原的分离与鉴定

 加州鲈是我国南方的重要经济鱼类养殖品种,但近年病害问题十分突出。诺卡菌已成为危害加州鲈健康养殖的重要病原,目前对该病原菌的分离鉴定及种属类型的研究尚未见报道。国内首次从患病加州鲈体内分离得到诺卡菌,并最终确定了其病原种类是鰤鱼诺卡菌Nocardia seriolea。从患病加州鲈内分离到菌株NH090627,镜检发现该菌为革兰氏阳性的分支状杆菌。生理生化鉴定结果表明分离菌株与诺卡菌属Nocardia细菌的基本特征相符。回归感染试验证实菌株NH090627即为引起此次加州鲈结节病的病原菌。对该菌株的16S rDNA进行了扩增和序列分析发现,该菌株与诺卡菌属细菌的亲缘关系较近,且与鰤鱼诺氏菌N. seriolea JCM 3360的16S rDNA 序列同源性最高,达到99.9%。综合上述试验结果,我们将加州鲈结节病的病原菌鉴定为鰤鱼诺卡菌。为了指导该病的防控,还对该病原菌做了一系列药敏试验,结果显示,该菌株对氯霉素、链霉素、卡那霉素、四环素等抗生素敏感,但对磺胺类和氨苄青霉素有耐药性。     

牙鲆迟钝爱德华氏菌的分离及其鉴定

从患腹水病牙鲆体内分离致病菌,通过生理生化鉴定方法对该菌进行了鉴定;根据GenBank上报道的迟钝爱德华氏菌标准株(ATCC15947)的16S rDNA序列以及致病性迟钝爱德华氏菌所含有的菌毛亚基(Fi mA)基因(AB100170)的核苷酸序列设计了2对引物,对所分离到的6株疑似菌进行PCR扩增,均能够扩增出目的条带,基因片段大小分别为1 399,540 bp.序列分析表明,扩增得到的基因与其参考菌株序列高度同源,同源性分别为98.86%,100%.分子生物学鉴定结果与常规细菌鉴定方法所得结果一致,证明该菌为迟钝爱德华氏菌.将该菌肌肉注射鲫鱼,发病症状与自然死亡的症状相似,并从患病鲫鱼体内分离到该菌,说明所分离的迟钝爱德华氏菌是患病牙鲆的原发病原菌.     

一株拮抗姜瘟青枯劳尔氏菌的泛菌的分离及鉴定

从生姜田土中分离到一株对姜瘟青枯劳尔氏菌(Ralstonia solanacarum)有强拮抗作用的泛菌菌株Q6,对该菌株进行了形态特征、培养特征、生理生化特征的鉴定及16S rDNA 序列的分析.以16S rDNA序列为基础构建了包括12 株相关种属细菌在内的系统发育树,其中与11个泛菌属的菌株的16S rDNA序列的同源性为95.54%～99%.     

海南南繁基地玉米茎腐病病原菌的分离及鉴定

为明确海南地区南繁基地玉米茎腐病的病原,从玉米发病组织中分离病原菌,并进行了纯化培养、革兰氏染色、病原菌回接等试验,得到了2株对玉米有较强致病力的菌株,分别命名为JF02与JF04.随后通过PCR反应扩增了所分离的玉米茎腐病病原菌JF02与JF04的16S rRNA序列,并测序,序列分析表明,所分离的玉米茎腐病病原菌序列相同,属同一病原菌,且为狄克氏菌.该病原菌的分离和鉴定为玉米细菌性茎腐病的防治和抗性品种选育提供了一定的理论参考.     

貉源致病性沙门氏菌的分离鉴定与药敏试验分析

为了确定引起幼貉急性死亡的病原菌,从送检的病死幼貉的肝脏中分离到1株病原菌。通过常规的鉴定方法和16S rRNA基因序列分析鉴定方法,分离菌株被鉴定为沙门氏菌。动物致病性试验表明,分离菌株具有很强的致病性。药敏试验结果表明:分离菌株对头孢曲松、头孢拉定、大观霉素、新霉素、替米考星等5种药物高度敏感;对其他药物存在不同程度的耐药。     

网箱养殖鲈鱼内脏白点病病原的分离与鉴定

2007年5-6月,浙江省象山港海区网箱养殖鲈鱼暴发一种较为严重的传染性疾病.从自然发病和人工感染患病鲈鱼分别分离到LY-1、LY-2菌株.采用常规生理生化指标测定和分子生物学16S rRNA测序分析对病原菌进行分类学鉴定,两者鉴定结果一致并初步确定LY-1、LY-2均为哈维氏弧菌Vibrio harveyi.HSP60序列分析表明,所测病原菌HSP60基因序列与Vibrio harveyi同源性为99%,而与其他弧菌属细菌HSP60基因的同源性均小于91%.综合上述结果,LY-1、LY-2菌株被鉴定为哈维氏弧菌.     

16S rRNA测序在细菌鉴定中的应用

对分离获得的一株细菌P29,经聚合酶链式反应扩增后测定该菌株的16S rRNA基因序列,由16S rRNA基因序列比较可知,菌株P29与肠杆菌属和泛菌属亲缘关系最为接近,16S rRNA基因相似性达到99%.结合生理生化实验结果综合分析后,将其鉴定为泛菌属的成团泛菌.     

一株鹅源多杀性巴氏杆菌TSP-1的分离鉴定与药敏试验

为了确定引起雏鹅急性死亡的病原菌,从送检的病死雏鹅的肝脏、心血、肺脏病料组织中分离到1株病原菌,并命名为TSP-1。通过培养特性、形态学观察、生化试验、16S rRNA基因序列分析等鉴定方法,分离菌株TSP-1鉴定为多杀性巴氏杆菌。动物试验表明,分离菌株TSP-1具有很强的致病性。药敏试验结果表明:分离菌株TSP-1对头孢克肟、氟苯尼考、阿奇霉素、阿米卡星等4种药物高度敏感;对头孢曲松、庆大霉素、恩诺沙星、强力霉素等4种药物中度敏感;对氨苄西林、阿莫西林、四环素等6种药物耐药。     

乌江网箱养殖丁(魚歲)细菌的分离与分子鉴定

利用微生物学常用的细菌分离、纯化方法从丁(魚歲)中分离出9株菌株,编号分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ.分别扩增出9株菌株的16S rRNA基因约600 bp的片段,并对其测序,将测序结果输入到NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中,用BLAST工具对序列进行同源性比对分析,并利用MEGA4绘制系统进化树,结果表明:9株菌株的16S rRNA基因测序结果分别与不动杆菌(Acinetobacter)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophi-la)、希瓦氏菌(Shewanella baltica)、不动杆菌(Acinetobacter)、希瓦氏菌(Shewanella baltica)、霍乱弧菌(Vibriocholerae)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiellapneumoniae)的16S rRNA基因的核苷酸序列同源,同源性分别为96%,99%,99%,97%,98%,98%,99%,98%,98%.9株菌株的系统进化树明显分为3支,Ⅰ和Ⅳ聚为一支,Ⅶ独聚一支,Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅷ、Ⅸ聚为一支,其中Ⅱ和Ⅷ相聚,Ⅲ和Ⅴ相聚后再与Ⅵ相聚,最后与Ⅸ相聚.     

一株益生芽孢菌株的分子鉴定及其药敏分析

从健康土鸡盲肠中筛选出具有益生潜力的菌株Y31,利用细菌16SrDNA通用引物对其16SrRNA进行PCR扩增,得到1460bp的片段,该PCR产物序列通过Blast软件在NCBI网站中进行同源性比较,通过Mega3.1软件绘制系统发育树;同时,选择兽医临床上常用的15种抗生素,对菌株Y31进行药敏试验。结果表明,菌株Y31的16SrRNA序列与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)的16SrRNA序列的相似性为99.6%,在系统发育树中,它们在同一分支,且遗传距离最短,确定菌株Y31为枯草芽孢杆菌;Y31菌株对氨苄西林、青霉素及诺氟沙星有很强的耐药性,对链霉素中度敏感,而对试验中的其它抗生素高度敏感。     

土木香内生细菌的分离鉴定及抑菌活性检测

利用组织分离法从用药植物土木香根、茎和叶中分离得到内生细菌32株.采用纸片法对菌株进行了抑菌活性研究,并运用生理生化与分子生物学方法进行种类鉴定.抑菌试验结果表明,10株内生菌发酵液对大肠杆菌、枯草芽孢杆菌以及禽多杀性巴氏杆菌均有不同程度的抑菌活性.鉴定结果表明,菌株YIR-5,YIR-7,YIR-8,YIR-9为假单胞菌属菌种,菌株YIR-3,YIR-6为沙雷氏菌,菌株YIR-4,YIS-1,YIS-2分别为水生拉恩氏菌、薄壁芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌,而菌株YIL-3归属于芽孢杆菌属.土木香内生细菌组成丰富,莫海威芽孢杆菌（Bacillus mojavensis）YIS-1对大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和禽多杀性巴氏杆菌的抑菌活性最强.     

Isolation and Characterization of a New Subspecies of Aeromonas salmonicida （ Aeromonas salmonicida subsp, flounderacida subsp. nov. ） from Stone Flounder（ Kareius bicoloratus L. ）

Biological properties were studied to appropriate pathogenic bacteria which were isolated from diseased (or dead) stone flounder (Kareius bicoloratus L. ) which expressed bacterial septicaemia, including morphological characteristics, colony characteristics, physiological and biochemical characteristics and serum homology of isolates, the results showed that the isolates belonged to a new subspecies of A. salmonicida. In addition, the representative strains have been re-checked and detected the mol% G C ratio of the DNA by China Center for Type Culture Collection (CCTCC), the examined strains were also regarded as a new subspecies of A. salmonicida, and designated as Aeromonas salmonicida subsp, flounderac/da subsp, nov. by its isolated fish (Kareius bicoloratus ). Molecular identification of analysis of the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene were applied, the results showed high similarity (99%) with the 16S rRNA gene of Aeromonas salmonicida from GenBank database. Cluster analysis of phylogenetic tree revealed that the representative strain formed separately bootstrap-supported cluster.     

一株高产丁二酮菌株的筛选与鉴定

以湖南省湘西地区土家腊肉中分离的41株细菌为出发菌,采用平板显色法和邻苯二胺比色法筛选高产丁二酮的微生物菌种.通过菌落形态观察、生理生化特征测定和基于16S rRNA基因序列分析,对分离菌株进行鉴定.结果表明,7株细菌能产生较高含量的丁二酮,其中菌株BCL-8产丁二酮量最高,在葡萄糖蛋白胨水培养基中发酵20 h,丁二酮质量浓度达68.9 mg/L,该菌经鉴定为地衣芽孢杆菌（Bacillus licheniformis）.菌株BCL-8是一株优良的产丁二酮的微生物种质资源.     

一株分离自“生命营养液”细菌菌株的分类鉴定

从新疆地区特色饮料“生命营养液”中分离到一株优势菌株CICC 10820。旨在明确菌株CICC 10820的分类地位,为研究饮料“生命营养液”的营养功效及该菌的生物学功能和应用奠定基础。依次采用16S rRNA和磷酸丙糖异构酶(tpi)基因序列分析的分子分类鉴定工具对分离菌株进行分类鉴定,鉴定结果,菌株CICC 10820为第三梭菌(Clostridium tertium)。     

云台山白云岩表层土可培养细菌多样性

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析贵州云台山白云岩表层土可培养细菌的多样性.稀释涂布平板分离共获得131株细菌,限制性内切酶HhaⅠ和HaeⅢ对扩增的16S rRNA基因片段进行酶切分型,根据ARDRA酶切图谱划分为40个操作分类单元.16S rRNA基因序列测定和系统发育分析结果显示,这些菌株隶属于包括厚壁菌门(Firmicutes,64.89%)、β-变形菌纲(β-Proterbacteria,3.82%)、γ-变形菌纲(γ-Proterbacteria,17.56%)、放线细菌门(Actinobacteria,11.45%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,3.82%)等5大类群,共13个属.优势菌群为芽胞杆菌属(Bacillus,53.44%),亚优势菌群为寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.16%)、假单胞菌属(Pseudomonas,8.40%)和微小杆菌属(Exiguobacterium,8.40%).15.00%的有效序列与GeneBank已知序列相似性小于等于97%,可能为潜在新类群.研究表明,云台山白云岩喀斯特地区不仅含有较为丰富的细菌物种多样性,且潜藏着许多新的微生物资源.     

锦鲤弗氏柠檬酸杆菌的鉴定

对从病死锦鲤（cyprinuscarpioL．）肝组织中分离的2株菌（编号：HC050630B-1,HC050630B-2）进行了形态特征、主要理化特性、对健康鲤鱼的致病作用、药物敏感性等方面的检验;同时测定了HCOS0630B-1株菌的16SrRNA基因序列,构建了系统发育树。结果表明,2株被检菌为弗氏柠檬酸杆菌（C...     

酒鬼酒制曲车间产淀粉酶细菌筛选和系统发育

采用平板水解圈法对酒鬼酒制曲车间空气的细菌进行产淀粉酶活性筛选,运用基于16SrRNA基因序列的分析法对高酶活菌株进行系统发育分析.研究结果表明,65株受试菌株中,有24.6%的菌株(16株)淀粉水解酶活性呈阳性,其中有4株(JSM 2145008,JSM 2155001,JSM 2155017,JSM 2175012)产淀粉水解酶能力较强.基于16SrRNA基因序列的系统发育分析表明,这4个菌株分别属于细菌域3个大的系统发育类群中3个科的3个属.菌株JSM 2145008属于放线菌门微球菌科,与节杆菌属(Arthrobacter)的氧化节杆菌的系统发育关系最为密切,它们之间的16SrRNA基因序列相似性高达99.8%,且在系统进化树上形成一个稳定的亚分支;菌株JSM 2155001和JSM 2175012属于异常球菌——栖热菌群异常球菌科的异常球菌属(Deinococcus),分别与该属的大琼异常球菌和云威异常球菌系统发育关系最为密切(序列相似性分别为99.6%和99.9%);菌株JSM 2155017属于厚壁菌门芽孢杆菌科,与芽孢杆菌属(Bacillus)的同温层芽孢杆菌系统发育关系最为密切(序列相似性为100%),它们以极高的自展值支持(boostrap value,100%)在系统进化树上聚在一起.上述实验结果表明,酒鬼酒制曲车间空气源细菌中存在较高比例的产淀粉酶菌株,且这些菌株具有较高的类群多样性.     

海绵Pseudoceratina sp.共栖细菌多样性及其抑制甘蔗鞭黑粉菌活性研究

【目的】探讨广西斜阳岛附近海域海绵共附生细菌的多样性,并筛选对甘蔗鞭黑粉菌有抑制作用的活性物质,为发现潜在的细菌新物种及开发农用生防菌肥奠定基础。【方法】采用稀释涂布法,通过6种复合营养分离培养基,从海绵Pseudoceratina sp.中分离可培养的共附生细菌。采取细菌形态学观察去除冗余,通过PCR扩增菌株的16SrRNA基因序列,并通过构建系统发育树分析物种多样性。采用牛津杯法进行抑制甘蔗鞭黑粉菌活性筛选实验。【结果】从海绵Pseudoceratina sp.中共分离到可培养细菌54株,经16SrRNA基因序列对比后,获得24株细菌,隶属于13科14属。其中,菌株BGMRC 2118与已发表有效菌株的16SrRNA基因序列的最高相似率为96.46%,可能为潜在新种。抑菌筛选实验结果显示,有8株细菌的发酵粗提物对甘蔗鞭黑粉菌具有很强的抑菌活性。【结论】广西斜阳岛附近海域中海绵共附生细菌具有较高的物种多样性,蕴藏着丰富的新物种资源,富含生物活性菌株。