尼罗罗非鱼主要组织相容性复合体Ⅱβ(MHCⅡβ)基因的克隆、表达和多态性

MHCⅡβ基因在鱼类免疫反应中起重要作用。采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)技术,克隆了尼罗罗非鱼的MHCⅡβ基因。MHCⅡβ基因含有5个外显子和4个内含子,其c DNA全长为1 142 bp,开放读码框为750 bp,编码249个氨基酸。通过同源性分析和进化树分析发现,与其他硬骨鱼类和哺乳类的相似性在30.6%~78.6%,和鲈形目的鱼类同源性最高。从25尾罗非鱼的50个开放读码框的阳性克隆中共获得10条不同的核苷酸序列,分别编码不同的氨基酸。氨基酸序列比对分析发现,多态性位点主要集中在MHCⅡβ基因的第2外显子上。通过对海豚链球菌感染后易感个体和抗病个体的PCR-SSCP电泳分析,发现电泳条带出现2~12条不同的单带,测序结果表明个体存在1~6个等位基因,暗示至少存在3个MHCⅡβ基因座。q PCR检测表明,MHCⅡβ基因在鳃、心脏、脾脏等组织高度表达,在肾脏、肌肉、脑等组织中中度表达,而在皮肤、肠、肝脏等组织中表达最弱。在攻毒后的头肾组织中,MHCⅡβ基因的表达量呈现下降-上升-下降的变化趋势,表明MHCⅡβ参与了罗非鱼的免疫反应。     

卵形鲳鲹MHC Ⅱα及MHC Ⅱβ组织特异性表达分析

为了从蛋白水平和mRNA水平上比较和分析MHC Ⅱα和MHC Ⅱβ基因在卵形鲳鲹不同组织中的表达情况,本研究构建了重组载体p ET32a(+)/M-Ⅱα和p ET32a(+)/M-Ⅱβ来诱导其表达,并制备了多克隆抗体,而且通过qRT-PCR技术分析了MHC Ⅱ类基因在卵形鲳鲹正常组织中的表达.结果显示,本研究成功表达了卵形鲳鲹MHC Ⅱα和MHC Ⅱβ基因的融合蛋白,并制备出了效价高和特异性强的多克隆抗体;在利用Western Blot技术分析MHC Ⅱα或MHC Ⅱβ基因在卵形鲳鲹不同组织中对蛋白的表达情况时,均检测到一条大小约70k Da的疑似MHC Ⅱαβ二聚体的单一条带,且该MHC Ⅱαβ二聚体在脾脏、头肾、肠道、鳃中的表达量较高,而在胃、心、脑、肝中的表达量稍低.qRT-PCR的分析结果一致表明,MHC Ⅱ类基因广泛分布在不同组织中,尤其在与免疫相关的组织(脾脏、头肾、肠道、鳃)中,其具有较高表达量.     

草鱼MHC class I等位基因克隆及其多态性分析

为了阐明草鱼MHC class I等位基因的结构与多态性，进一步研究其与疾病的关系，从草鱼cDNA文库中克隆了MHC class I基因((Ctid—MHC I)；并通过对12个个体Ctid—MHC I的克隆，分析了其等位基因的多态性与三级结构．结果显示Ctid—MHCI等位基因在α1与α2区域变异幅度大，可分为6类((2tid—MHC I—UA～-UF)，9型(A～I)；但是其三级结构和抗原多肽结合的关键性氨基酸十分保守．结果 阐明了草鱼MHC class I分子在8个区域(A-H)置换率高，存在插入或缺失以及长度变异，使等位基因呈现高度多态性．动物MHC class I分子系统树也提示了我国大陆架上鱼类、两栖类、鸟类、哺乳动物和人的遗传距离与分枝年代．     

白鹭MHCⅡDABⅠ基因第二外显子的多态性与进化

克隆测序白鹭(Egretta garzetta)5个种群138份个体组织样本的主要组织相容性复合体Ⅱ类B基因(MHCⅡDABⅠ)第二外显子(exon2)序列,分析探讨exon2的多态性、进化选择、系统关系和种群遗传结构.主要结果如下:白鹭MHCⅡDABⅠexon2序列长度为270bp,共计定义了139个等位基因;序列分析显示exon2有101个核苷酸变异位点(37.4%)和31个氨基酸变异位点(34.4%);基于贝叶斯法构建的系统树显示白鹭MHCⅡDABⅠexon2有5个高支持率的谱系;肽结合位点(PBR)、非肽结合位点(non-PBR)的非同义替换率(dN)和同义替换率(dS)比值计算显示,PBR的dN/dS为1.99(p0.05),而non-PBR的dN/dS则略小于1(p0.05),表明白鹭MHCⅡDABⅠexon2受到正选择作用;根据等位基因在群体中的分布频率作分子方差分析(AMOVA),得到群体间分化指数(FST)为0.194 1(p0.000 1),提示白鹭MHCⅡDABⅠexon2存在显著的种群遗传结构分化.     

鱼类MHC基因的研究进展

MHC是高度多态的基因群,广泛分布于各种脊椎动物体内,其除了具有免疫功能外,还在其它许多方面起作用.由于MHC基因的多态性,使其在脊椎动物的遗传、进化、行为、保护及生态等许多方面的研究倍受关注.综述了自鱼类MHC基因的研究起步以来,国内外有关该基因的研究报道,包括其结构、功能和遗传特性等,并对其在鱼类种群遗传学及遗传育种中的应用前景做了展望.     

草鱼MHC classⅠ等位基因克隆及其多态性分析

为了阐明草鱼MHC class Ⅰ等位基因的结构与多态性,进一步研究其与疾病的关系,从草鱼cDNA文库中克隆了MHC class Ⅰ基因(Ctid-MHC Ⅰ);并通过对12个个体Ctid-MHC Ⅰ的克隆,分析了其等位基因的多态性与三级结构.结果显示Ctid-MHC Ⅰ等位基因在α1与α2区域变异幅度大,可分为6类(Ctid-MHC Ⅰ-UA～-UF),9型(A～I);但是其三级结构和抗原多肽结合的关键性氨基酸十分保守.结果阐明了草鱼MHC class Ⅰ分子在8个区域(A-H)置换率高,存在插入或缺失以及长度变异,使等位基因呈现高度多态性.动物MHC class Ⅰ分子系统树也提示了我国大陆架上鱼类、两栖类、鸟类、哺乳动物和人的遗传距离与分枝年代.     

鱼类MHC基因的研究进展

MHC是高度多态的基因群，广泛分布于各种脊椎动物体内，其除了具有免疫功能外，还在其它许多方面起作用．由于MHC基因的多态性，使其在脊椎动物的遗传、进化、行为、保护及生态等许多方面的研究倍受关注．综述了自鱼类MHC基因的研究起步以来，国内外有关该基因的研究报道，包括其结构、功能和遗传特性等，并对其在鱼类种群遗传学及遗传育种中的应用前景做了展望．     

2013-17 科技期刊亮点

建立大熊猫Ⅰ类MHC基因的分离及分型技术浙江大学生命科学学院万秋红等基于部分基因组测序分离了大熊猫全部Ⅰ类MHC(major histocompatibility complex)功能位点并建立其标记系统,以期为濒危动物的相关研究提供借鉴。研究人员通过构建大熊猫Ⅰ类MHC基因的克隆重叠群,共分离得到了6个Ⅰ类MHC功能基因,并将其分别命名为Aime-C,Aime-F,Aime-I,Aime-K,     

绵羊MHC Ⅰ基因多态性位点分析显示基因座存在重叠（英文）

主要组织相容性I(MHC Ⅰ)类抗原分子重链基因是目前所有蛋白分子中多态性最高的分子。MHC Ⅰ分子重链有5个功能结构域,包括α1、α2、α3跨膜和胞浆区,其中α1和α2又是I类分子中多态性最高的区域。总的来讲,α1和α2结构域与等位基群或等位基因族系相关,而α3和跨膜及胞浆域与MHC Ⅰ类分子基因座相关。人们对MHC Ⅰ认识和知识主要来自人和鼠MHC Ⅰ研究,人和鼠MHC Ⅰ不存在基因座重叠现象,但最近研究发现灵长类MHC Ⅰ基因座存在重叠现象。生物学方法克服血清学方法不能定义或确定I类分子的基因座的缺点。本项目选择2只来自不同品系的绵羊,通过对它们的MHC Ⅰ类分子α1和α2 cD NA的克隆、测序和分析,研究绵羊MHC Ⅰ类分子多态性,并探索该基因在绵羊中是否存在基因座重叠现象。对来自2只绵羊20个α1和α2区域cD NA序列分析,2只绵羊9个或11个α1和α2 cD NA分子表明它们至少有5或6个MHC Ⅰ类分子等位基因。比较目前所有绵羊MHC Ⅰ类分子α1和α2 cD NA序列,结合分析α3跨膜区和胞浆区cD NA序列,参照目前单位片分析确定的绵羊MHC Ⅰ类分子基因座分布,我们发现绵羊MHCI分子基因存在基因重叠现象。     

平衡选择和重组作用共同维持大熊猫I类MHC基因的遗传变异（英文）

Major histocompatibility complex(MHC)是脊椎动物免疫系统中负责抗原呈递的基因家族,其多态性维持机制一直是学术界的研究热点.多种进化动力参与维持MHC的适应性多态,导致物种间的MHC多态性维持机制各有千秋.本文通过检测大熊猫I类MHC的遗传变异,分析外显子和内含子区段的选择效应和重组事件,发现卧龙圈养大熊猫具有较高的环境生存能力,同时揭示平衡选择和重组作用共同驱动大熊猫I类MHC基因的变异能力.     

实验性癫痫大鼠MHC分子的表达

目的 证明癫痫的免疫学发病机制。方法 采用MHC McAb免疫组织化学染色。结果 实验性癫痫大鼠大脑海马锥状细胞层可见到NHC-Ⅰ，NHC-Ⅱ类分子的表达。结论 实验性癫痫大鼠大脑海马硬化发生过程中，存在着免疫反应发生。     

跑台运动训练对大鼠腓肠肌结构及最大收缩张力的影响

目的研究中等强度跑台运动训练对雄性SD大鼠腓肠肌结构及及最大收缩张力的影响。方法以60只雄性SD大鼠为实验对象,将其随机分为对照组和运动运动训练组。运动训练组大鼠进行连续4～6周中等强度的跑台运动运动训练,用张力传感器观察运动训练后腓肠肌等长收缩最大张力变化,用反转录聚合酶链式反应测量腓肠肌MHC mRNA含量,用免疫组化方法检测肌纤维中肌球蛋白的改变,镜下测量腓肠肌横截面积的大小。结果①连续4～6周跑台运动训练后,肌纤维MHCⅡx,MHCⅡb mRNA含量较安静对照组有显著性差异(P<0.05)和(P<0.01),而MHCⅡb和MHCⅠmRNA变化不明显。②运动训练后肌球蛋白转变为以Ⅰ型慢肌纤维为主,同时肌纤维横截面积增大。③方脉冲电刺激诱发6周运动训练组大鼠腓肠肌等长收缩最大张力较对照组显著增加(P<0.01)。结论中等强度运动训练可促进骨骼肌纤维的转型与骨骼肌重塑。     

哺乳动物MHC密码子使用概率的聚类分析

利用系统聚类分析方法对随机选取的3种哺乳动物的60个主要组织相容性复合体（MHCⅠ类和Ⅱ类）基因的mRNA序列进行了同义密码子使用概率偏性研究。结果发现，不同物种的MHC基因群中类型相同的基因具有相近的同义密码子使用偏性，而对于同一类型的基因由物种引起的同义密码子使用偏性的差异较小。即功能和类型决定密码子使用模式的大的分类，而物种决定该大类中进一步的差异。基因密码子偏向性的研究对于大幅度增加目标蛋白的产量具有重要的意义。该结果也为基因分类和基因功能的预测提供了新的生物信息学方法。     

Computational prediction of MHC Ⅱ-peptide ligands binding specificities by AUC Optimized Gibbs

在以短肽定义的或以抗原定义的疫苗设计中,识别哪个来自病原体的蛋白质片段会结合MHCⅡ分子是个重要问题.多数MHCⅡ表位预测的研究很少给出结合特异性的定量分析,所以这些模型的精确度仍然需要进一步提高.AUC Optimized Gibbs(AOG)使用约化同源性的AUC值而不是相对熵来引导采样,使得正样本和负样本的信息都被用于模型的训练.在10个HLA-DR4(B1*0401)原测试集和约化同源性测试集的测试中,AOG得到的平均AUC值分别是0.771和0.713,优于Gibbs的0.744和0.673.在定量IEDB的MHCⅡ测试集中,AOG得到的平均AUC值是0.766,而TEPITOPE得到的平均AUC值是0.718.从HLA-DR4(B1*0401)数据提取的信息可以识别某些有明显特异性的位置,即P1、P4、P6和P9位置,其对MHC-短肽结合有明显的影响.     

赤点石斑鱼MHC IA基因的克隆与表达多态性分析

采用RACE技术,成功克隆获得赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)非特异性免疫因子MHC IA基因的4个cDNA全序列,序列全长为1 680bp,含有3′UTR、启动子、多肽结合区(α1)、IGC区(α2)、跨膜区、胞质区和5′UTR区,编码区大小为1 074～1 080bp,共编码357～359个氨基酸,推测蛋白质分子质量约41.66ku.氨基酸序列分析发现赤点石斑鱼MHC IA分子具有经典MHC蛋白分子的空间结构,在多肽结合区则存在极其丰富的变异.利用Real time PCR和SSCP技术研究了赤点石斑鱼MHC IA的组织表达特异性和表达多态性,发现其在头肾、心、肝等12个组织器官中均能有效表达,在头肾,脾,胸腺等免疫组织表达量不仅高,表达多态性也异常丰富,而在与外界环境接触较多的鳃、肌肉、肠等组织表达较弱.此外,根据MHC IIB分子中相对保守的IGC区氨基酸序列构建了脊椎动物的系统进化树,也表明了该分子的IGC区氨基酸序列可以作为研究鱼类物种间进化关系的良好标记.     

长江安徽段渔业生态环境的评价

长江安徽段是鱼类的重要洄游通道,是我国淡水豚类的主要索饵场和栖息地.水质分析结果表明：长江安徽段的水质基本上符合地面水环境质量标准Ⅱ类和渔业水质标准的要求,其中个别站点的油类略超过渔业水质标准,说明个别江段受到不同程度的油污染.从生物学评价结果来看,目前长江安徽段的水质属于β中污带.     

世界鲟形目主要种类生物学

鲟鱼类是世界现存鱼类中最原始一的目。鲟鱼类广泛分布在北半球,中国鲟鱼类计２科３属８种,俄罗斯鲟鱼类计１科３属１４种;欧洲（含俄罗斯欧洲部分）鲟鱼类计１科２属９种;北美鲟类计２科３属９种。鲟鱼类系世界名贵经济鱼类,有着重要的渔业意义。     

长江流域鱼类资源

<正>长江是我国淡水鱼类种类最丰富的河流,也是我国野生鱼类资源和主要淡水养殖对象的优良种质来源。长江流域现有鱼类400余种(亚种),其中纯淡水鱼类350种左右,淡水鱼类之多居全国各水系之首。例如,珠江水系纯淡水性鱼类239种,黄河水系仅150种。长江流域有10种河海洄游性鱼类,中华鲟、鲥鱼等7种为溯河洄游性鱼类,鳗鲡与松江鲈则为降河洄游性鱼类。     

麻阳河自然保护区鱼类资源调查初报

本文报道了麻阳河鱼类48种,隶属4目10科,占贵州鱼类种数202种的23.8％。除鳗鲡为降河性洞游鱼类外,余皆为纯淡水鱼类。区系组成:鲤形日4科35种,其中鲤科鱼类为最大的一个类群,有28种,是麻阳河鱼类区系的主体,胭脂鱼是国家二类保护鱼类,为重要经济鱼种。     

9个地方鸡种MHC B-G座位多态性及其分子系统进化分析

以我国9个地方鸡为研究对象,对其MHC B-G座位全基因序列进行测序,以揭示这9个地方鸡种MHC B-G基因的遗传多样性,并构建其系统进化树.结果表明,9个地方鸡种MHC B-G基因序列具有较高的遗传多样性,在9个地方鸡种中共存在666个突变位点,其中单一位点突变554个,简约信息112个,共缺失782 bp.核苷酸多样度(Pi)为0.030 79±0.004 39,平均核苷酸差异(K)为182.639.9个地方鸡品种为9个单倍型,单倍型多样度为1.00±0.052.9个鸡种MHC B-G基因Kiumura双参数遗传距离范围为0.010～0.070,鹿苑鸡与新狼山鸡的遗传距离最小,为0.010;茶花鸡与东乡绿壳蛋鸡遗传距离最大,为0.070.根据9个鸡品种MHC B-G基因全序列构建的NJ树和ME树,茶花鸡单独聚为1类,其他8个品种被聚为2大类.Tajima's D值为-1.554 6,且差异不显著(0.10>P>0.05),说明MHC B-G基因为负向选择,不遵循中性进化理论,MHC B-G基因多态性不是遗传漂变的结果,而是自然选择和人工选择的结果.