苦荞重组自交系群体F_5代SSR遗传图谱的构建

以"小米荞×晋荞2号"杂交组合,通过单粒传获得的245个F_5代重组自交系(命名为SJ-RILs)群体为作图材料,构建SSR遗传连锁图谱。结果显示:350对SSR引物在亲本间有多态性的为59对,多态率为16.9%;多态性引物在SJ-RILs群体共扩增出80个等位变异位点;来自小米荞和晋荞2号等位基因分别占群体总基因型的51.5%和48.5%;采用作图Jionmap4.0软件构建的遗传连锁图总长度为1 106.74cm,含11个连锁群,80个分子标记,其中偏分离标记27个,相邻标记的平均间距为13.83cm。结论:该图谱可为苦荞遗传图谱构建、重要性状QTL的定位和基因组学研究隆奠定基础。     

重庆市常用及新选玉米自交系SSR指纹图谱构建

选用32对玉米SSR引物检测重庆市部分常用及新选玉米自交系间的遗传差异,基于扩增带型清晰、稳定和易于统计原则,从中筛选10对引物作为构建66个玉米自交系指纹图谱的核心引物.结果表明,共扩增出31个条带,每对引物检测到条带3~4个,平均为3.10个.多态性信息量(PIC值)变幅为0.487~0.723,平均为0.651.相似系数在0.29~0.94之间,平均值为0.62.聚类分析表明,10对引物可将66份玉米自交系区分开来.初步构建了重庆市66个玉米自交系的指纹图谱.     

大豆SSR标记的遗传图谱的研究

SSR(简单重复序列)标记具有匀称、随机广泛地分布与大豆基因组,多态性高,呈孟德尔式遗传,共显性等特点,在基因组中的位置相对稳定,可以做其他标记的锚定标记。在大豆分子标记遗传图谱构建有重要的应用价值。     

红花性状标记杂交棉新品种鲁05H9 SSR指纹图谱构建及应用

利用SSR分子标记技术对红花标记杂交棉新品种鲁05H9及其亲本材料进行多态性检测,从多态性高、重复性好的98对SSR核心引物中筛选出12对在双亲间具有多态性的引物、在F1中表现为杂合带的共显性标记。利用该12对引物构建了鲁05H9及其亲本的SSR指纹图谱。利用核心引物组合扩增的方法,可以鉴定鲁05H9的真实性和纯度,对于品种保护、纯度鉴定及杂交种推广具有极其重要的意义。     

基于SSR标记构建宝巾花品种的分子指纹

【目的】针对宝巾花(Bougainvillea)品种繁多、同物异名和同名异物多有发生的现象,利用可靠的分子标记技术进行品种的有效分类。【方法】基于15个简单重复序列(SSR)位点,利用荧光标记的引物对131个宝巾花品种进行PCR扩增,扩增产物经毛细管电泳检测,分析品种多样性和遗传距离,并构建品种聚类图和指纹图谱。【结果】15个SSR位点共扩增出85个等位基因,平均每个位点的等位片段数5.60个,Shannon’s 信息指数、观测杂合度和期望杂合度的变化范围分别为0.38~1.53、0.11~0.94和0.16~0.73,平均值分别为1.04、0.50和0.57,位点的多态性信息量介于0.15~0.69之间,平均0.51。宝巾花品种的遗传距离为0.00~0.65,平均0.33;聚类分析表明,同一种的品种大多数聚在一类,但同一个种仍有品种未聚在一类或亚类,也有多个种的品种聚在一类;有多对品种存在同物异名或同名异物的现象;基于11个位点可有效鉴别131个品种,建立了各品种的分子指纹图谱。【结论】对同物异名或同名异物的品种,需要进一步确认品种中文名或拉丁名;基于SSR标记的宝巾花品种的指纹图谱为宝巾花品种登记、注册和知识产权保护提供了可靠技术,也为品种鉴定提供了有效手段。     

蓖麻遗传图谱构建初报

以YC1×YF181自交形成的161个F2单株为作图群体,利用345对SSR引物和30对ISSR选扩引物,在亲本YC1和YF181之间进行了多态性检测,筛选出80对SSR和1对ISSR引物用于F2群体分析.利用上述引物组合共检测到145个多态性标记位点,其中的124个标记构建了蓖麻分子连锁图谱该图谱覆盖基因组全长396 cM,平均图距7.76cM.     

对三点自交法构建分子标记连锁图谱的改进

对三点自交法构建分子标记连锁图谱进行了改进，使分子标记连锁图谱构建更加精确，并结合F2群体的有关数据进行了模拟计算，证实该方法的可行性，结果表明改进的方法比原有方法更加有效。     

桂花品种SSR荧光指纹图谱的构建

利用SSR荧光标记技术筛选出的11对SSR荧光标记引物,构建了64个桂花品种的SSR指纹图谱。11对SSR引物共扩增出143个等位基因,平均每个位点13个等位基因。群体平均的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Shannon's信息指数(I)、观察等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为0.619 7、0.848 3、2.323 7、17.833 3和8.228 2。四季桂与秋桂(金桂、银桂和丹桂)的遗传距离较远。利用引物OF002、OF019、OSM63和OSM63中的任意2对可区分所有供试品种。64个桂花品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种特定的图谱,为品种鉴别提供依据。     

基于SSR标记构建广西杉木核心种质

为深入发掘和筛选广西杉木Cunninghamia lanceolata种质资源,本研究采用SSR标记技术检测国家级杉木良种基地864份杉木种质材料的遗传多样性,对比分析不同构建方法的差异,并采用t检验和主坐标分析法验证核心种质的有效性和代表性。结果表明：（1）22对SSR引物共检测到195个等位基因,平均等位基因（Na）为8.86,平均有效等位基因（Ne）为3.13,平均Shannon''s信息指数（I）为1.31,平均无效等位基因频率（Fna）为0.03,平均多态信息含量（PIC）为0.60。（2）相较其他构建方法,采用M策略的Core Finder软件是构建广西杉木核心种质的有效方法,筛选出的80份核心种质具较好的代表性。     

利用SSR标记构建沿阶草种质资源分子身份证

利用SSR分子标记构建沿阶草种质资源的分子身份证来鉴定各品种,选用已测序的、具有代表性的O.bodinieri(Tibet2387,Tibet3031,GY14,nie2370和nie2139)的种质基因组DNA为模板,从22对SSR引物中筛选出7对多态性好的核心引物,构建11份沿阶草种质资源的分子身份证,可有效区分各品种。建立优良的沿阶草条形码分子身份证,以及基于基因组测序或高密度连锁图谱构建开发一套备用引物,对沿阶草的高效利用将具有重要的意义。     

利用SSR 标记正确判断小麦杂交种中的杂株

 正确判断杂交种中混有的杂株, 是准确鉴定小麦杂交种种子纯度的前提。在分析180 份杂交组合的基础上, 以“京麦1100”为例, 提出了利用SSR 标记正确判断小麦杂交种中杂株的方法:1)筛选双亲间有多态性的引物不少于5 对;2)利用该引物检测亲本及杂交种的基因型, 并按照杂交种基因型记录原则记录每个个体的基因型;3)正确判断真实杂交种基因型:不论亲本是否存在非纯合位点现象, 只要某个体同时具备父母本的基因型, 均视为真实杂交种的基因型;4)判断杂株:当某个体在多个SSR 位点上与真实杂交种基因型不同时, 判断为杂株。     

用配子频率法构建多位点分子标记精密连锁图谱

阐述了配子频率法构建多位点分子标记连锁图谱的原理,推导了构建多位点分子标记连锁图谱的数学公式,并以老鼠F2 群体的RFLP数据为例,对其中前 4个连锁位点T175、C35、T93和C66采用配子频率法进行作图分析,与三点自交法和MAPMARKER程序所得结果进行了比较,同时对连锁图距的计算,无效组合的检出进行了分析。     

Construction of an electronic physical map of Magnaporthe oryzae using genomic position-ready SSR markers

Magnaporthe oryzae is a model for plant pathogenic filamentous fungi. We have assembled a simple sequence repeat (SSR)-based physical map of the species, using in silico sequence data. A set of 120 SSR markers was developed from the genomic sequence of the reference isolate 70-15. These markers were readily amplified from the genomic DNA of other isolates, and high levels of allelic variation characterised the parental isolates of the two crosses tested. All the markers were locatable to one of the seven M. oryzae chromosomes. An SSR-based physical in silico map was constructed, and pre-existing SSR and RFLP loci were integrated into the map, along with 23 Avr (avirulence) genes and two other genes of importance to the plant/pathogen interaction. This map provides a platform for population genetics and functional genomics studies in the model pathogen, and even in other evolu- tionally related pathogens.     

Construction of a genetic map and localization of QTLs for yield traits in tomato by SSR markers

Using an F2 population derived from the hybrid of Lycopersicon esculentum Mill. ‘XF 98-7’× Lycopersicon pimpinellifolium LA2184, a SSR genetic linkage map of tomato is constructed. The map contains 112 markers and spans 808.4 cM with an average distance of 7.22 cM between loci. Two quantitative trait loci (QTLs) for first flower node on chromosomes 5 and 11, two QTLs for number of flowers per truss on chromosomes 2 and 5, and five QTLs for fruit weight on chromosomes 1, 2, 3, 9 and 12 are identified.     

Construction of a genetic linkage map for cotton based on SRAP

DNA markers have been widely used in construction of molecular genetic linkage maps in plants. The first genetic linkage map of cotton was constructed by Reinish in 1994 using RFLP (restriction fragment length polymorphism)[1], which included 705 polymorphic loci on 41 linkage groups with a total length of 4675 cM. Afterwards, several genetic linkage maps were constructed[2—7], but no map is comparable to this one in marker density. A high-density genetic linkage map could be applied effec…     

Molecular mapping of a novel yellow rust resistance gene of wheat using microsatellite markers

Identification and genetic analysis of yellow rust resistance have suggested that wheat line R55 carries single dominant gene conferring yellow rust resistance. The bulked segregant analysis (BSA) for an F₂ population using microsatellite marker technique has indicated that the yellow rust resistance gene is located on the short arm of chromosome 1B, tightly linked to the microsatellite markers WMS11-193 bp and WMS18-184 bp, the linkage distance between the markers and the gene is 1.9 cM. This gene has been formally namedYr26. It is inferred from the pedigree, resistance and gene locus analysis that theYr26 has been transferred fromTriticum turgidum L. and is different from the other known yellow rust resistance genes.     

玉米S2和S4代株系遗传变异研究

本研究以52个S2和22个S4代株系及其组配的杂交种为材料,利用SSR标记分析不同世代材料间的遗传差异.结果表明,20对SSR核心引物在S2和S4代株系中分别检测到61和39个等位基因变异,每对引物平均检测到3.1和1.95个等位基因以及4.7和2.15个基因型.通过类平均法(UPGMA)将52个S2代株系划分为7大类群,其中A9-22和A9-37单独聚为一类,其余株系类群与系谱来源基本一致;将22个S4代株系划分成4大类群,与系谱来源一致.S2和S4代株系间差异位点数变幅分别为2-37个和0-23个,且系谱来源相同的株系间差异位点数少于其不同来源的株系.证明玉米S2代是急剧分离世代,随着世代的增加,S4代趋向稳定,群体整齐度增高,其相应杂交组合也表现出相似的遗传变异规律.