鳗鲡病原性气单胞菌AFLP分型研究

以32株从养殖鳗鲡分离的病原性气单胞菌为试验材料,采用Biolog自动菌鉴系统对其进行生理生化鉴定,结果表明,有20株被鉴定为嗜水气单胞菌,7株被鉴定为威隆气单胞菌,1株为豚鼠气单胞菌,其余4株未能鉴定到种.为进一步确定20株嗜水气单胞菌和7株威隆气单胞菌的基因型,筛选了2对引物(E-C/M-C,E-C/M-A)分别对这两个菌种进行了AFLP分析.结果表明:20株嗜水气单胞菌中共检测到88个位点,均为多态性位点;7株威隆气单胞菌中共检测到61个位点,其中60个为多态性位点.经UPGMA聚类分析表明:20株嗜水气单胞菌可初步分为3种类型,每种类型之间平均遗传距离为0.449,同一类型内不同菌株的平均遗传距离为0.127;7株威隆气单胞菌可初步分为4种类型,每种类型之间平均遗传距离为0.467,变异范围为0.415～0.525.该结果为鱼类病原菌的DNA分型研究提供了参考.     

苏芸金芽孢杆菌与蜡状芽孢杆菌基因组DNA同源性及多态性的研究

用ＲＡＰＤ－ＰＣＲ扩增到６１个标准株、生产用菌株及２４个蜡状芽孢杆菌参比菌株的全ＤＮＡ指纹图,通过计算多态性扩增片段的大小,利用ＮＴＳＹＳ软件进行聚类分析,蜡状芽孢杆菌菌株并未形成独立于苏芸金芽孢杆菌的聚群,这是此近缘种ＤＮＡ分子水平高度同源的新证据．６１个苏芸金芽孢杆菌的聚类结果表明：其ＤＮＡ指纹图与Ｈ－血清型有一定相关性．与引物０９５５－０３相比,引物０９４０－１２对苏芸金芽孢杆菌不同亚种及蜡状芽孢杆菌菌株具有更高的鉴别价值,大多数特异株ＤＮＡ全指纹图有菌株特异性,证实ＲＡＰＤ－ＰＣＲ技术是苏芸金芽孢杆菌及蜡状芽孢杆菌种下分类和鉴定的简便快速有效的方法     

分子标记在杨树遗传改良中的应用

介绍了杨树遗传改良中常用的三种分子标记;ＲＦＬＰ、ＲＡＰＤ和ＡＦＬＰ,并回顾了分子标记在杨树遗传改良中的应用;构建无性系指纹图谱,构建遗传图谱,群体遗传变异和系统进化及分类,杂种鉴定,数量性状基因定位以及分子标记辅助选择育种等。     

新疆棉花枯萎病菌7号生理小种的AFLP分析

采用AFLP技术对新疆棉花枯萎病菌7号生理小种的36菌株和2个标准枯萎病菌菌株进行了DNA指纹分析。结果表明：11对AFLP引物对供试菌株扩增出287条带,其中多态性带99条,占总带数的34.49%,棉花枯萎病菌7号小种的遗传距离变化在0.41~0.95间,平均为0.71,表明新疆棉花枯萎病菌的遗传多样性较高。利用NTSYS pc软件中UPGMA算法构建了新疆棉花枯萎病菌的亲缘关系树状图,聚类分析结果表明：供试菌系的AFLP指纹多态性与致病力多态性不相关,但枯萎病菌遗传多样性与病原菌的地理来源有一定的相关性。     

石刁柏雄性连锁的AFLP及SCAR标记的建立

目的:对石刁柏雌雄株基因组差异进行分析,筛选雄性或雌性连锁的分子标记.方法:利用限制性片段长度多态性技术,设计了多个引物组合,分别对石刁柏雌雄株基因组进行扩增.结果:在使用的72个引物组合中,引物组合E-AAG+M-CAT从雄性基因组中扩增出了一个雄性连锁的标记(MLDA555),该序列长度为555bp,AT含量为59%.Blast检索未发现相似序列.根据该片段序列设计的引物将该标记转化为雄性连锁的大小为523bp的稳定的SCAR标记,经过不同基因型雄性个体的验证证明该标记广泛存在于不同基因型石刁柏雄性个体中.结论:通过AFLP扩增筛选得到了石刁柏雄性连锁的AFLP和SCAR标记,为石刁柏性别决定机制的理解及石刁柏的分子标记辅助育种提供理论资料和技术支持.     

坛紫菜种质资源遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP技术从基因组DNA水平上分析福建省主要坛紫菜栽培品系和诱变筛选获得的突变品系的遗传差异,在25对引物中,有11对能得到重复性好的多态性扩增条带,总共在667个位点能扩增出条带,每对引物扩增带数为24~90条,并且各对引物扩增结果均显示样品间存在差异.共得到522条多态性条带,占总扩增带的78.3%.根据AFLP图谱计算了不同样品间的遗传距离(D)和相似性系数(GS).优良品系GL和CCS之间的遗传距离最小,仅为0.264,不同样品间的相似性系数介于0.602~0.736之间.并根据D值绘制了它们的UPGMA聚类图谱.     

Widespread distribution and fitness contribution of Xanthomonas campestris avirulence gene avrBs2

Disease-resistance genes introduced into cultivated plants are often rendered ineffective by the ability of pathogen populations to overcome host resistance. The bacterial pathogen Xanthomonas campestris pathovar vesicatoria causes bacterial spot disease of tomato and pepper, and this pathogen has been shown to overcome disease resistance in pepper (Capsicum annuum) by evading the recognition and defence response of the host plant. Numerous resistance genes to bacterial spot have been identified in pepper and its wild relatives, each providing resistance to specific races of X.c. vesicatoria. The resistance gene Bs1, for example, provides resistance to X.c. vesicatoria strains expressing the avirulence gene avrBs1; Bs2 provides resistance to stains expressing avrBs2 and so on. We now report that avr Bs2 is highly conserved among strains of X.c. vesicatoria, and among many other pathovars of X. campestris. Furthermore, we find that avrBs2 is in fact needed for full virulence of the pathogen on susceptible hosts. This implies that plants carrying Bs2 can recognize an essential gene of the bacterial pathogen, which may explain why Bs2 confers the only effective field resistance to X.c. vesicatoria in pepper.     

荷木种群在不同群落中的分子生态研究

用扩增片段长度多态性（ＡＦＬＰ,ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｆｒａｇｍｅｎｔ ｌｅｎｇｔｈ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）方法对荷木（Ｓｃｈｉｍａ ｓｕｐｅｒｂａ）在３个不同群落中的遗传变异进行了研究。ＡＦＬＰ分析结果表明其遗传多样性较高。用ＡＭＯＶＡ（ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｖａｒｉａｎｃｅ）分析表明,９５．９９％的遗传变化表现在种群内,４．０１％的遗传分化表现在种群间（Ｐ〈０．００１）     

AFLP分子标记在鉴定海滨锦葵杂交后代上的应用

海滨锦葵是较好的食用和工业利用的盐生经济植物。用 AFLP分子标记对海滨锦葵两对杂交亲本的36个F1 代个体的真伪进行了鉴定。18个AFLP引物对在亲本Hy103×Hh182间扩增出1 100条AFLP带,其中108条是多态带(多态率为9.82%);在亲本Slhy353×Blho301间扩增出1 181个AFLP条带,其中148条是多态带(多态率为12.51%)。实验结果表明:(1)引物对E AAC / M CTC在亲本Hy103×Hh182间扩增出5条父本特征带:401 bp,390 bp,156 bp,137 bp和108 bp,引物对 E AAG/M CTG则产生了7条:457 bp,356 bp,312 bp,251 bp,240 bp,190 bp和76 bp。父本特征带从Hy103×Hh182的8个F1 代个体均扩增出,表明其为真杂种;(2)引物对E AAC/M CTT在亲本 Slhy353×Blho301 间扩增出 5 条父本特征带:440 bp,393 bp,289 bp,162 bp和67 bp,引物对 E ACA/M CAT 则产生了 4 条: 448 bp, 360 bp, 217 bp和 145 bp;父本特征带从Slhy353×Blho301 28个F1 代个体中的26个个体上扩增出,表明其为真杂种,另外2个为假杂种。     

Construction and characterization of a bacterial artificial chromosome library of rice 5460F

Thermo-sensitive genie male sterile (TGMS) rice has a number of desirable characteristics for hybrid rice production. Many studies have demonstrated that the sterility of TGMS rice is controlled by a single recessive gene. It has been mapped for the first time on chromosome 8 and namedtms 1. Several AFLP markers which tightly linked to thetms 1 gene have been identified recently. In order to develop a detailed physical map of thetms1 gene-encompassing region and finally clone thetms1 gene, a bacterial artificial chromosome (BAC) library of rice 5460F (the fertile mutant line of TGMS rice 5460S) using a modified vector pECBAC1 has been constructed. The constructed 5460F BAC library consists of 16 896 clones with an average insert size of 119 kb, which represents about 4.7 times rice haploid genome equivalents. Neither chloroplast nor mitochondrial DNA was detected from the library. The library was screened with three single copy sequence amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers which tightly linked totms1 gene as probes and eight positive clones were identified.     

耐碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌的分离鉴定及生物学特性分析

以临床尿路感染患者尿液为研究对象,通过分离培养及16s rDNA进行肺炎克雷伯菌的分离鉴定;采用Kirby-Bauer纸片法进行药敏实验,并对分离株进行碳青霉烯酶表型筛选;通过PCR检测常见的碳青霉烯酶耐药基因、荚膜血清型和毒力基因分布情况;对分离的肺炎克雷伯菌株进行了生物被膜形成能力及其对小鼠致病力的分析。本研究从采取的86例尿液标本中分离检出11株耐碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌,分离率为12.79%。耐碳青霉烯酶基因PCR检测结果显示,blaNDM、blaVIM、blaIMP和blaKPC基因在分离株中均呈现不同程度的分布。耐药性分析发现11株肺炎克雷伯菌对氨苄西林耐药率为90.91%,对头孢噻肟耐药率为63.64%,对链霉素、庆大霉素、氯霉素和诺氟沙星的耐药率较低。耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌荚膜分型结果显示,分离的11株细菌中10株均为强毒力型菌株（90.9%）,其中K57血清型4株（36.4%）,K1血清型1株（9.1%）,K2血清型1株（9.1%）,K5血清型1株（9.1%）,K20血清型3株（27.3%）,提示该批分离株具有较强的致病力。此外,毒力因子分布结果显示,其毒力因子rmpA（54.5%）、Aerobactin F（54.5%）在菌株中分布较为广泛。生物被膜形成能力检测及小鼠致病性试验结果显示,9株分离株均有较强的生物被膜形成能力,菌株致病力可能与荚膜血清型及生物被膜形成能力相关。综上所述,临床分离的致尿路感染病原肺炎克雷伯菌呈现多重耐药特征,强毒力菌株以K57荚膜型为主,K1、K2均有分布,提示对尿路感染病原应加强耐药监测,合理使用抗菌药物,有效防控多重耐药和强毒力菌株的感染与流行。     

AFLP分子标记在鹀属遗传多样性分析中的初探

利用扩增片断长度多态性（AFLP）技术分析了鹀属(Emberiza)4种鹀(三道眉草鹀Emberi za cioides, 白头鹀Emberiza leucocephala, 白眉鹀Emberiza tristrami, 灰头鹀Emberiza spodocephala)基因组DNA的多态性. 在选取的39对引物中, 有11对能得到重复性好的多态性扩增条带， 每对引物扩增带数为27~76. 共得到535个标记位点, 其中429个为多态位点, 多态位点 比率达801%; 在UPGMA聚类关系图中， 4种鹀聚成一大类， 三道眉草鹀与白头鹀、 白眉鹀与灰头鹀分别两两相聚. 结果表明， AFLP可用于分析鹀属遗传多样性.     

黄瓜枯萎病菌内生拮抗细菌的筛选与鉴定

采用平板对峙法从黄瓜体内筛选对黄瓜枯萎病菌具有拮抗作用的细菌.结果表明,黄瓜体内的细菌数量为2.9-25.6×103cfu· (g·FW)-1,其中,植株不同器官的内生细菌数量不同,以叶中的细菌数量最多,其次为花,最少的为果实;从所分离的细菌菌株中筛选到20株对黄瓜枯萎病菌具有不同程度拮抗作用的菌株;选择拮抗效果较好的10株菌株,用革兰氏染色、鞭毛染色、芽孢染色和生理生化测定等进行鉴定,发现其均为芽孢杆菌属(Bacillus spp.).     

近交系大鼠DNA指纹图和微卫星DNA多态性的分析

实验动物常规生化标记监测方法主要是通过蛋白质的变化来推测相应的基因的变化 ,而在某种程度上存在着一定的局限性。而DNA指纹图和微卫星DNA是对遗传物质DNA的直接监测 ,比生化标记更准确、更可靠 ,更直观。实验中选取国内常用的SHR、SHRSP、WKY、F344、RCS、LEW等 6个近交系大鼠群体 ,采用DNA指纹图和微卫星DNA技术对 6个近交系大鼠群体进行DNA多态性分析 ,以期筛选出具有精确可靠、快速简便、灵敏性高的遗传监测方法。结果 :(1)DNA指纹图①在 4 0kb— 2 3 1kb之间各组的平均图带数在 14— 19条 ,同一群体不同个体间的相…     

AFLP的研究

AFLP(扩增酶切片段多态性)是由Zabeau等近年发明的一项新的研究生物遗传多样性的方法,具有技术可靠性和技术高效性.一次可获得50～100条谱带.本文详细介绍了AFLP的银染检测程序及其可能出现的问题,AFLP技术为不同来源和不同复杂度基因组的分析提供了一个有力的工具.     

HBK - SPF 鸭 MHC I 区域微卫星标记分析

摘要: 禽主要组织相容性复合体是一组紧密连锁高度多态的基因群,与免疫反应或敏感性密切相关,鸭 MHC I 区域全长 36. 8 kb,由 TAP1、TAP2 和 5 个 MHC I 拷贝基因( UAA-UEA) 组成。HBK-SPF 鸭是中国农业科学院哈尔滨兽医研究所培育的无特定病原体种鸭,分为 B 和 Q 2 个品系,已封闭繁育了 7 个世代。本文在鸭 MHC I 区域筛选了 4个微卫星位点,通过单链构象多态性分析和聚合酶链式反应直接测序,发现 A 位点具有多态性,为( GT) n 的重复结构,第 6 代 HBK-B 和 HBK-Q 的31 个个体和第 7 代 的140 个个体进行聚合酶链式反应,结果直接测序,在重复结构之前的 108bp 中,发现了 4 种纯合单倍型和 6 种杂合单倍型; B 位点未得到目的产物; C 位点位于 MHC I 拷贝基因UDA 和 UEA 之间,扩增结果与 UAA 和 UBA 之间序列高度同源,无法判断基因型; D 位点表现为单态,为( ATA) 15的固定重复结构。本研究为进一步研究鸭 MHC I 基因结构和建立家系提供了依据。     

Diversity and high nitrogenase activity of endophytic diazotrophs isolated from Oryza rufipogon Griff.

Diversity and nitrogenase activity of endophytic diazotrophs colonized in the wild rice Oryza rufipogon Griff grown in Boluo, Huilai County in Guangdong Province and Lingshui County in Hainan Province were studied. Thirty-seven isolates obtained from Oryza rufipogon were identified as putative endophytic nitrogen-fixing bacteria by ARA （acetylene reduction assay） test and further confirmed by PCR amplification of nifH gene fragments. All obtained strains have ARA activity and the same sized nifH gene fragments. Above the similarity level of 80%, the obtained isolates were assigned as Group Ⅰ to Ⅷ by the clustering of IS-PCR fingerprints. The SDS-PAGE whole-cell protein patterns were similar to those of IS-PCR fingerprints. Components and contents of fatty acid methyl esters （FAMEs） were used to differentiate the representative strains （Ls13, Ls8, BL1, BL12, HL6, Ls4） from Group Ⅰ to Group Ⅵ. The six representative strains showed significant difference in contents and components of cellular fatty acid methyl ester. 16S rDNA sequencing analysis showed that strains of Group Ⅰ to Ⅶ were located in Enterobacteraceae （y-proteobacteria）. Strains of Group Ⅰ and Group Ⅱ were closely related to Klebsiella sp.; Strain Ls8 of Group Ⅱ was a little far away from the genus of Pantoea （homology level 96% with Pantoea agglomerans）, which may represent a new species or genus in Enterobacteraceae; Strains of Groups Ⅳ and Ⅴ belonged to different Enterobacter sp.; Strain Ls4 and Ls 9 representing Group Ⅵ were close to Citrobacter amalonaticus with 98% sequence similarity; Strain Ls15 of Group Ⅶ showed 98% sequence identity with Pantoea sp.; Strains of Group Ⅷ were assigned to the genus Ideonella （β-proteobacteria）. Based on the above results, endophytic diazotrophs isolated from O. rufipogon showed great diversity and some diazotrophs showed high nitrogenase activity with 42.52 μmol/mL. h C2H4. Inoculation to rice tests indicated that the isolated endophytic diazotrophs significantly promoted the rice growth.     

利用16S-23S rDNA间隔区快速鉴定猪链球菌和马链球菌兽疫亚种

利用16S-23S rDNA间隔区(ISR)长度和序列的多态性,结合16S rDNA和23S rDNA的保守性,分别在16S rDNA末端和23S rDNA前端保守区设计上下游引物,进行PCR扩增.结果为21株猪链球菌均扩增出长度约为1200bp的片段,8株马链球菌兽疫亚种均扩出约1300 bp的片段,其他属菌株和阴性...     

玉米丝黑穗病菌的蛋白质多态性

对采自我国主要玉米产区的玉米丝黑穗病菌不同菌株在蛋白质和酶学水平上的多态性进行了试验研究,并进行了聚类分析.结果表明:玉米丝黑穗病菌在蛋白质和同工酶水平上存在着明显的分化现象.依据谱带聚类分析可以将23个菌株分为6组.同时发现,来自不同地区的菌株同工酶谱带无明显的变化规律,这可能表明病菌在同工酶和蛋白质水平上的生理分化地域性不明显.     

鲟源豚鼠气单胞菌分离与强弱毒株病原生物学比较研究

从患慢性出血败血综合症的杂交鲟和达氏鳇病鱼标本中分离到一株优势菌,优势率80%,经回感和重分离确定为致病菌,并经生理生化和16SrDNA检测为豚鼠气单胞菌,命名为ZZF071029（简称ZF1029）,以豚鼠气单胞菌弱毒株ZF1029和强毒株XL2-T为研究对象,进行了菌落形态学、运动性实验、溶血性实验、小鼠致死试验、角膜毒力实验、药物敏感性实验等病原生物学相关实验。实验结果证明,病原菌运动性、溶血性、小鼠致死力、角膜毒力与菌株毒力和致病力正相关,并与所致杂交鲟和达氏鳇出血败血综合症急、慢性程度和致死率一致。