大规模GO注释的生物信息学流程

随着新一代测序技术的不断发展,海量的序列数据将为生物学研究者挖掘基因信息提供巨大的资源.信息挖掘的一项重要工作是对序列进行功能注释,其中最重要的功能注释方式是基因本体论( Gene Ontology,GO)的注释.利用生物信息学方法和软件工具集成了针对EST序列的大规模GO注释流程(large-scale GO annotation pipeline,LSGAP).该流程集合了BLAST、B2g4pipe以及Wego等软件和Swissprot、Nr或Interpro等常用蛋白数据库.用户可以将EST序列通过此流程最终获得可视化的GO分类统计图表,直观地显示基因在不同过程中的参与情况.为了验证LSGAP的准确性,对2007年发表的美洲牡蛎(Crassostrea Virginica)的EST序列进行了LSGAP分析,结果表明GO分析非常准确有效.通过与Blast2go和GoBlast等GO注释软件进行比较,LSGAP流程具有可以本地化运行BLAST、对硬件要求低和运行时间短等诸多优势,因此LSGAP流程是科研人员进行基因功能挖掘的有效工具.     

甘蓝型油菜乙醇酸氧化酶(GO)基因片段的克隆及hpRNA表达载体构建

通过PCR从甘蓝型油菜(Brassica napus)华双4号基因组DNA中扩增出乙醇酸氧化酶(GO)基因片段,DNA序列分析表明扩增GO基因片段的外显子部分与报道序列相同.以扩增出的GO基因片段作模板从一端设计引物扩增出一个相应的小片段.将GO基因大小两个片段反向连接,插入到植物表达载体2300-nap的napin启动子和nos终止子之间,植物表达载体2300-35S的35S启动子和nos终止子之间,分别构建成可转录表达出发夹RNA(hairpin RNA,hpRNA)结构的种子特异型和组成型油菜hpRNA干扰载体.     

矿井防尘供水管网系统的GO法可靠性分析

为保障煤矿生产的安全运行,采用GO法分析矿井防尘供水管网的可靠性.以双鸭山某矿防尘系统为例,根据其工作原理和结构建立GO图,利用概率公式算法对防尘供水管网系统进行定量和定性的GO运算,获得了系统的状态概率和最小割集.结果表明,比故障树法对同一系统的分析结果更精确.GO方法能够反映系统原貌,非常适合模拟有序列过程的状态系统.对于较复杂的系统,GO法则显得比较简单,优势更加明显.     

GO法分析矿井防尘供水管网的可靠性

为保障煤矿生产的安全运行,采用GO法分析矿井防尘供水管网的可靠性。以双鸭山某矿防尘系统为例,根据其工作原理和结构建立GO图,利用概率公式算法对防尘供水管网系统进行定量和定性的GO运算,获得了系统的状态概率和最小割集。结果表明,所有割集故障概率的和为0.009 502 6,精度较高。GO方法能够反映系统原貌,其操作码和信号流可以表示系统的多个状态,非常适合模拟有序列过程的状态系统。对于较复杂的系统,GO法则显得比较简单,优势更加明显。     

大黄鱼转录组水平miRNA的生物信息学分析

根据成熟miRNA序列在物种间高度保守的特性,miRNA前体可以形成茎环状的二级结构,以及miRNA非编码的特性,搭建出了miRNA挖掘的生物信息学流程,并利用此流程在大黄鱼全转录组中进行miRNA的挖掘,得到54条成熟miRNA序列以及54条前体序列(pre-miRNA),根据其种子区的序列将其归为29个miRNA家族。通过对预测得到的miRNA前体序列同其他物种中相同家族的miRNA前体序列构建系统进化树,揭示出同一家族的miRNA前体在不同物种之间的保守性和多样性。利用两种靶基因预测软件,对成熟miRNA进行靶基因预测,共得到2360个靶基因,并对这些靶基因使用BLAST2GO做了进一步的GO注释和富集分析。     

氧化石墨烯的制备及复合材料的性能研究

采用改进的Hummers法制备氧化石墨烯(GO),利用SEM、TEM、AFM观察GO表面形貌,XRD、Raman、FT-IR表征GO分子结构,通过MH-3型显微硬度仪测试GO/UHMWPE复合材料的显微硬度。结果表明:制备的GO为二维片状结构,厚度约1.1nm;GO的衍射峰为10.8°;G峰和D峰分别出现在1 590cm-1和1 350cm-1附近;GO含有氧官能团;随着GO含量的增加,GO/UHMWPE复合材料的显微硬度也随之增加。     

基于模糊GO法的惯性导航系统可靠性研究

GO法是一种以成功为导向的系统可靠性分析方法,但GO法不适合评价模糊不确定性系统的可靠性.为解决此问题,将模糊数学与GO可靠性模型相结合,引入三角模糊数和扩展原理分别对输入、输出数据的模糊不确定性进行量化,提出了不确定性多态系统的模糊GO可靠性分析方法——模糊GO法.惯性导航系统(INS)属于典型的小子样复杂机电系统,其可靠性存在一定模糊不确定性.以某平台INS为例,分别用模糊FTA、传统GO法、模糊GO法进行可靠性分析研究,结果表明:模糊GO法有效,是传统GO法的合理推广,可作为一种复杂多态系统可靠性分析方法.     

氧化石墨烯尺寸分级及细胞毒性研究进展

氧化石墨烯（graphene oxide, GO）是一种化学改性的石墨烯材料。作为化学法制备石墨烯的前驱产物,GO具有石墨烯固有的优异性能外,大量含氧官能团的存在还使其表现出两亲性,例如在诸多溶剂（尤其是水）中分散性能良好。不同尺寸的GO应用于不同领域。大尺寸GO因其结构完整,适用于于制备导电薄膜和整料。小尺寸GO因其优异的生物相容性和生物活性,常应用于生物医学领域。制备不同尺寸级别的GO,使其在不同领域中的应用发挥更好的作用很有必要。简单介绍了GO的制备方法及结构特性,重点总结了影响GO尺寸的因素、GO的尺寸分级方法以及GO细胞毒性的尺寸效应。     

氧化石墨烯（GO）对沥青抗老化性能的影响研究

氧化石墨烯(GO)是近年来逐步应用于道路工程的一种新型的无机纳米材料,是有效改善沥青物理性能和抗老化能力的潜在材料.为了探究GO能否提高沥青的抗老化性能,采用GO对70#基质沥青进行改性,探究了不同GO掺量(0%、0.5%、1%、2%、3%)对沥青的改性效果.通过不同掺量对照组的三大指标试验(针入度、软化点和延度)、薄膜烘箱实验(RTFOT)和压力老化容器实验(PAV)评价改性沥青的老化性能,并利用傅里叶红外光谱(FTIR)测试在不同GO掺量和不同老化时间条件下的羰基指数和亚砜指数.研究结果表明,随着GO掺量不断增加,GO改性沥青的软化点不断增大,针入度逐渐减小,延度明显降低,GO的添加可在一定程度上降低沥青内部组分发生变化的程度;当GO掺量为2%时,可以明显可以改善基质沥青的老化性能;GO掺量2%的改性沥青在RTFOT和PAV老化之间的增长斜率略小于GO掺量1%改性沥青,GO掺量2%的改性沥青与GO掺量3%的改性沥青增长斜率几乎保持一致;GO的掺入可以降低沥青中极性官能团在老化过程中的生成量,可以有效地阻隔沥青中小分子的扩散,延缓老化中发生的化学反应.     

聚醚胺接枝氧化石墨烯对沥青性能的影响

为了改善氧化石墨烯（GO）在沥青基体中的分散性,提升GO及其衍生物改性沥青的性能,合成了聚醚胺接枝氧化石墨烯（PEA-GO）并通过傅里叶红外光谱（FTIR）试验和X射线衍射光电子能谱（XPS）对聚醚胺接枝前后的GO进行化学结构表征,验证了PEA-GO的成功合成. 对不同掺量GO及PEA-GO改性沥青的性能规律进行了分析,结果表明：相较于GO,PEA-GO对沥青常规性能的改善作用更加明显. 在相同掺量下,PEA-GO改性沥青的针入度、延度、软化点均高于GO改性沥青,而PEA-GO改性沥青的黏度低于GO改性沥青. 在相同掺量下,PEA-GO改性沥青的复数剪切模量（G*）、车辙因子（G*/sinδ）均高于GO改性沥青,当PEA-GO的掺量为沥青质量的0.05%时,改性沥青的G*最高,且PEA-GO改性沥青的相位角（δ）均低于GO改性沥青,表明PEA-GO对沥青的高温抗变形能力、弹性恢复能力、抗车辙能力的改善优于GO.