从腾冲热海免培养获得的5个16 S rDNA克隆分析

 用免培养法(culture-independent approach)从腾冲大滚锅高温热泉中获得的16SrDNA,经克隆筛选,测定了其中5个克隆的16SrDNA插入片段的近全序列.构建的系统发育树分析结果表明,5个克隆中有2个是Bacillus属,1个是Hydrogenobacter属,1个是Pseudomonas属,还有1个在Thermodesulfobacteriaceae科,介于Geothermbacterium属和Thermodesulfobacteria属之间.     

滑桃木的丛枝菌根

 用碱解离-酸性品红染色法对10株盆栽滑桃木的根样进行了调查研究,结果表明,10个根样中均有丛枝菌根真菌侵染,且侵染比率较高,平均侵染率75%以上,达到深度侵染.用湿筛-沉淀法对盆栽植物根际土壤分别进行处理,结果表明,根际土壤中平均每100g土中有孢子270个,无梗囊霉属(Acaulospora)和球囊霉属(Glomus)为优势属,其中,刺状无梗囊霉(Acaulospora spinosa)、细凹无梗囊霉(Acaulospora scrobiculata)和单孢球囊霉(Glomus monosporum)是常见种.     

再生水补给湿地香蒲根际细菌群落多样性分析

为了研究再生水补给湿地中水生植物根际细菌群落的多样性特征,进而分析根际细菌对水体污染的修复和净化机制,采用细菌培养构建的16S rRNA克隆文库与非培养的16S rRNA高通量测序相结合的方法,对生长于北京白河再生水补给湿地的香蒲根际细菌群落进行多样性分析.16S rRNA克隆文库结果表明:香蒲根际细菌主要有3个类群,最优势类群为变形菌门(74.51%);其次为拟杆菌门和芽单胞菌门,分别占总数的6.54%和5.88%.变形菌门中数量最多的是β-变形菌纲(59.80%).高通量测序结果表明:在门的分类水平上,香蒲根际细菌可分为13个类群,主要类群为变形菌门(34.71%)、拟杆菌门(16.20%)、放线菌门(15.20%)、芽单胞菌门(9.49%)和酸杆菌门(6.78%);在纲的分类水平上,香蒲根际细菌可分为26个类群,主要类群为4个变形菌纲(34.57%)和放线菌纲(11.15%).由此可见,构建克隆文库和高通量测序分析香蒲根际细菌群落的多样性结论基本一致,即变形菌门、放线菌门和拟杆菌门是香蒲根际细菌群落中的主要类群.     

16S rDNA克隆文库法分析地下水生物反硝化系统细菌种群多样性

采集地下水硝酸盐生物反硝化系统内的污泥样品,提取污泥样品中微生物的总DNA,构建细菌16S rDNA基因片段克隆文库,并通过16S rDNA序列系统发育分析,对反硝化系统内的细菌种群多样性以及菌群结构进行了研究。结果表明,地下水生物反硝化系统内细菌具有高度多样性,样品文库分为9个细菌类群,优势菌群为β-Proteobacteria(67.11%)和Bacteroidetes(15.79%),其中,β-proteobacteria为最优势菌群,以Rhodocyclaceae为主。对反硝化系统内细菌种群多样性的研究有利于确定优势菌种,为地下水硝酸盐生物反硝化修复奠定理论基础。     

XapR蛋白在嗜水气单胞菌抗生素耐药性的功能

研究嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila） LysR型转录调节因子中XapR蛋白抗生素耐药的调控机制。通过测定嗜水气单胞菌ATCC 7966（野生型菌株）与嗜水气单胞菌ATCC 7966 xapR基因缺失株（ΔxapR）对34种抗生素的最低抑菌浓度,系统地评价xapR基因抗生素耐药性;进一步利用定量蛋白质组学技术,探讨xapR参与嗜水气单胞菌调控的生物过程。结果表明：xapR基因缺失后细菌对头孢孟多的耐药性减弱;xapR基因可调控细菌碳代谢、TCA循环等多种代谢途径,此外还与外膜蛋白、TonB、ABC转运系统等抗性基因的表达密切相关。综上,XapR蛋白可通过调节细菌中心代谢途径以及多个抗性基因改变嗜水气单胞菌的耐药性。     

陕北榆林定边县采油区土壤微生物群落结构的分子生态学研究

对采油区钻井口石油污染和未污染土壤的细菌群落结构进行比较。采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)和16S r DNA克隆文库等方法,结合土壤理化性质进行分析。石油污染土壤含水率和有机质含量增加,土壤粒度、总氮、有效磷、速效钾和p H无显著变化。污染和未污染土壤中的细菌多样性丰富,群落结构存在明显差异;石油污染土壤中优势细菌类群为:变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门,且变形菌门细菌比例升高。研究揭示了陕北地区石油污染和未污染土壤细菌群落结构的差异。     

1株碱杆菌属菌株的分离和鉴定

 从新疆采集的盐土样品中分离到1株革兰氏阳性、严格好氧、产孢、嗜盐细菌菌株YIM 012,对其进行了系统分类学研究.菌株YIM 012为杆菌,生长最适温度为28~45℃,最适pH 7.0~8.0,并能在70~250g/L的盐质量浓度中生长良好.其DNA的G+C的摩尔分数为39%,16S rRNA基因序列分析结果显示,该菌株与碱杆菌属Alkalibacillus salilacus(DSM 16460^T)亲缘关系最近,相似性达到99.6%,但与同属其它2个有效种间相似性低于96%.杂交结果显示其与A. salilacus亲缘关系低于20%,并且在生理生化方面也有差异.综合分析,确定该菌株为碱杆菌属的1个新种,将其命名为嗜盐碱杆菌(Alkalibacillus halophilus).     

金钗石斛根际可培养细菌多样性及抑菌活性研究

根际土壤微生物对植物根系发育和植物生长具有重要促进作用.为探究金钗石斛根际土壤细菌的多样性,利用稀释涂布平板法和16S r DNA序列分析技术,对贵州贵阳、金沙和赤水三地栽培的金钗石斛根际土壤中的细菌进行分离和初步鉴定.同时,通过双层平板打孔法和对峙培养法筛选具抑菌活性菌株.结果表明,从金钗石斛根际土壤共分离了1010株细菌,包括67个OTUs,隶属于厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门α亚群(aProteobacteria)、变形菌门β亚群(β-Proteobacteria)、变形菌门γ亚群(γ-Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)的32个属.其中厚壁菌门(54.5%),芽孢杆菌属(Bacillus,44.5%)为优势类群.不同地栽培的金钗石斛根际土壤细菌群落组成存在差异,Shannon-Wiener指数为2.80~2.94.此外,通过筛选共获得23株抑菌活性菌株,其中,JCSHGTTB03-24和CYSHGTR2A05-20两株菌对多种植物病原菌具抑菌活性.金钗石斛根际土壤细菌具丰富的多样性和潜在的生物活性.研究为今后金钗石斛栽培和农业生物防治提供了宝贵的微生物资源.     

Characterization of root-nodulating bacteria on Retama raetam in arid Tunisian soils

The aim of this study is to investigate the diversity of Retama raetam root-nodule bacteria isolated from arid regions of Tunisia. Twelve isolates, chosen as representative for different 16S rRNA gene patterns, were characterized by 16S rRNA gene sequencing and phenotypic analysis. Isolates were assigned to Sinorhizobium, Rhizobium and Agrobacterium. Symbiotic properties of Sinorhizobium and Rhizobium isolates showed a large diversity in their capacity to infect their host plant and fix atmospheric nitrogen. Strain RK 22 identified as Rhizobium was the most e?ective isolate.     

Characterization of root-nodulating bacteria on Retama raetam in arid Tunisian soils

The aim of this study is to investigate the diversity of Retama raetam root-nodule bacteria isolated from arid regions of Tunisia. Twelve isolates, chosen as representative for different 16S rRNA gene patterns, were characterized by 16S rRNA gene sequencing and phenotypic analysis. Isolates were assigned to Sinorhizobium, Rhizobium and Agrobacterium. Symbiotic properties of Sinorhizobium and Rhizobium isolates showed a large diversity in their capacity to infect their host plant and fix atmospheric nitrogen. Strain RK 22 identified as Rhizobium was the most e?ective isolate.     

溃疡病猕猴桃和健康猕猴桃根际土壤细菌群落结构

从湘西永顺县猕猴桃基地分别采集萌芽期(3月)、生长期(6月)和成熟期(9月)溃疡病猕猴桃和健康猕猴桃根际土壤样品,采用宏基因组测序技术探究了土壤样品中细菌群落结构和种群丰度.结果发现：虽然3个时期健康猕猴桃和病患猕猴桃根际土壤的细菌群落结构和种群丰度存在一定差异,但优势属主要包括Acidobacteria类群、芽单胞菌属、Gaiella等.其中假单胞菌属细菌的种群丰度随生长期延长呈现出先上升后下降的规律,与猕猴桃溃疡病发生进程吻合,提示假单胞菌属细菌可能是猕猴桃溃疡病发生的传染源.此外,黄杆菌科和丛毛单胞菌科细菌在病患猕猴桃土壤样品中丰度高于健康样品,推测其与猕猴桃溃疡病的发生存在正相关关系;红螺菌科、高温单孢菌科,芽孢杆菌属和链霉菌属细菌在健康猕猴桃土壤样品中丰度高于病患样品,推测其在猕猴桃溃疡病发生中起拮抗作用.     

锰污染稻田土壤微生物群落结构和遗传多样性研究

采集了湖南省湘潭市锰矿尾渣坝附近受不同程度锰污染的7个水稻田土壤样品,总锰浓度范围为114~4611mg/kg.提取土壤细菌总DNA,用通用引物对其中的16SrDNA进行扩增,然后进行变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis),分析长期受锰污染的水稻田土壤微生物群落结构和遗传多样性变化,存在于污染最严重样点中的细菌种群对锰有较高的耐受性,不同锰污染的样点群落结构发生变化并且有菌种的消亡和新菌种的产生.锰污染直接和间接地改变了水稻田土壤微生物群落结构和遗传多样性.     

土壤对木霉生防菌株的抑制作用及这种作用的解除

通过测试80份不同来源的土壤对15株木霉菌株孢子萌发的影响，研究土壤的抑真菌作用，结果显示木霉在土壤中的萌发受到强烈的抑制(孢子平均萌发率仅为2．6％)，具有显著的普遍性，但是，高温灭菌处理后，土壤的抑真菌作用能够部分甚至完全消除。另外，将葡萄糖或糖蜜作为额外碳源与木霉孢子同时添加到土壤中时，土壤抑真菌作用也能够很好地被解除。     

土壤及其微生物对真菌的抑菌作用

 测试了云南省峨山、蒙自、弥勒、玉溪等地14份土样对4种生防菌(厚孢轮枝菌、淡紫拟青霉、粉红粘帚霉、贵州节丛孢),2种植物病原真菌(尖孢镰刀菌、水稻稻瘟病菌)孢子萌发的抑制作用,进行了其影响因子研究.结果表明土壤抑菌作用普遍存在,但不同地区、类型、土壤对不同菌株间抑菌作用有很大的差异.其中以峨山烟地土样抑菌作用最强,对生防菌ZK7,IPC孢子萌发抑制率达82%和81.6%,玉溪烟地土样相对较弱,对ZK7,IPC抑制率达42%和57.4%.病原真菌对土壤抑菌作用的敏感性低于生防菌,其孢子萌发平均抑制率为31.1%,大大低于生防菌的57.3%.土壤中微生物数量与抑菌作用成正相关,微生物数量是影响抑菌作用的主要因素.从土壤中分离到的几种细菌发酵挥发性物质对真菌的抑菌作用超过土壤,其对生防菌孢子萌发的抑制率在64.2%～75.6%,明显高于对病原菌的抑制率(15.2%～20.4%).同一细菌培养液挥发性物质对真菌的抑菌不具普遍性,而具有选择性.     

水稻土细菌群落对长期施肥和短期氮添加的响应

为更好地了解长期施肥下水稻土的细菌多样性、群落结构和组成,本研究以中性紫色水稻土长期定位试验基地为平台,采用高通量测序技术,研究长期施用化肥和短期氮添加对水稻土细菌群落的影响。实验结果表明：相比于短期氮添加,长期施肥显著提升土壤养分含量,同时使土壤pH值明显下降,并改变了土壤细菌群落特征。试验所用水稻土细菌主要优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）和绿弯菌门（Chloroflexi）,它们的总占比超过70%。长期施肥显著提高了富营养型细菌变形菌门和拟杆菌门（Bacteroidetes）的相对丰度。相关性分析和冗余分析表明,水稻土细菌多样性、群落结构和组成受到土壤pH和土壤养分水平（如速效磷、速效钾、全氮等）的显著影响。     

鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤微生物群落结构分析

为探究鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤微生物群落结构,该文以鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤为研究对象,采取0～15 cm、15～30 cm及30～45 cm深度的土壤,采用Illumina HiSeq高通量测序技术,研究不同深度土壤群落结构及其影响因素.研究结果表明：不同深度土壤样品理化性质和酶活性存在显著差异,随土壤深度的增加呈降低趋势.Pearson相关分析表明鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤理化性质与土壤酶活性之间存在不同程度的相关性.高通量测序结果表明不同深度土壤细菌和真菌群落微生物丰富度及多样性未达到在统计学意义上的差异显著水平(P>0.05),土壤古菌群落微生物多样性随土壤深度的增加而增加.在苔草植被根际土壤中共检测到41个细菌门类,其中变形菌门、酸杆菌门、绿弯菌门和硝化螺旋菌门为优势菌门;检测到8个真菌门类,其中子囊菌门、担子菌门和罗兹菌门为优势菌门;检测到10个古菌门类,其中广古菌门、泉古菌门、奇古菌门为优势菌门.冗余分析表明：土壤有机质、全氮、全磷和碱解氮含量是影响细菌群落的主要环境因子;土壤有机质、全氮、有效磷和碱解氮含量是影响真菌群落的主要环境因子;土壤有机质、...     

内蒙古通辽市砂质土壤中微生物群落结构及其与环境因子的关系

在内蒙古通辽市采集6个土壤样品,研究该地区砂质土壤中微生物群落结构及其与环境因子的关系。应用Illumina Mi Seq高通量测序技术发现,相对丰度大于1%的细菌门有放线菌门、变形菌门、厚壁菌门、芽单胞菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、拟杆菌门,相对丰度大于5%的真菌门有子囊菌门、担子菌门。典范对应分析显示影响细菌群落结构的环境因素主要有硝态氮、溶解性有机碳、铵态氮、总氮和含砂量,影响真菌群落结构的环境因素主要有溶解性有机碳、硝态氮、p H、总氮和含砂量。方差分解分析表明硝态氮、溶解性有机碳和铵态氮分别解释了20.73%、16.51%和15.59%的细菌群落结构的差异;溶解性有机碳、硝态氮和p H分别解释了22.29%、22.05%和17.76%的真菌群落结构的差异。研究为探索砂质土壤中微生物群落结构及其与环境因子的关系提供了理论依据。     

鲟鱼发酵过程中微生物的演替变化分析

为了解鲟鱼发酵中细菌群落多样性及动态演替规律,为发酵鲟鱼的品质提供理论数据,利用Illumina HiSeq测序平台,采集鲟鱼发酵过程中的7个阶段的样品,对样品中的细菌16S rDNA V4~V5区进行测序和系统发育分析。结果表明,样品获得序列数平均为46463条,各个发酵阶段的操作分类单元数目分别为新鲜鱼样1064,腌制鱼样952;发酵5d 454,发酵10d 442,发酵20d 327,发酵25d 372和发酵35d 356。7组样品中总体细菌组成较为复杂,含有38个门、196个科,在新鲜鱼样中,厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)占主要优势;在腌制阶段,蓝藻门(Cyanobacteria)占主要优势;从发酵开始至结束,厚壁菌门(Firmicutes)占绝对优势。在科水平上,新鲜鱼样中的主要优势菌科为肠杆菌科(Enterobacteriaceae),腌制样品中的主要优势菌科为肠球菌科(Enterococcaceae);从发酵开始至结束,主要的优势菌科为明串珠菌科(Leuconostocaceae),其次是乳杆菌科(Lactobacillaceae)和链球菌科(Streptococceae)。通过HiSeq测序能够更全面解析鲟鱼发酵过程中的细菌多样性;从测序平台提供的微生物多样性信息中发现,各样品间的菌属丰度存在一定的差异性,说明菌群组成与发酵环境密切相关,这为传统腌鱼发酵提供了理论依据和数据支撑。     

带状采伐对毛竹林土壤细菌群落结构及多样性的影响

[目的]研究带状采伐后毛竹(Phyllostachys edulis)林土壤细菌群落结构及多样性的变化,认识带状采伐对毛竹林土壤生态系统的影响,为利用带状采伐实现毛竹林规模化经营提供指导.[方法]对毛竹林进行不同宽度(3、9、15m)的带状采伐,25d后采集样地内土壤样品,采用Illumina MiSeq高通量测序技术...     

龙江河河岸带撑篙竹根际与非根际土壤细菌群落特征

为探究龙江河河岸带撑篙竹(Bambusa pervariabilis McClure)根际与非根际土壤细菌群落组成特征,揭示土壤细菌群落的相互作用与功能特征,以及影响细菌群落组成的环境因素,本研究开展该区域土壤理化环境因子调查,并进行土壤细菌群落高通量测序分析。结果表明,撑篙竹根际土壤pH值、氨氮(NH₄⁺-N)、硝氮(NO^-₃-N)和速效磷(Available Phosphorus, AP)均低于非根际土壤,水分含量(Moisture Content, MC)和土壤有机质(Soil Organic Matter, SOM)含量则高于非根际土壤,部分理化指标之间存在显著相关性。α多样性分析表明,撑篙竹根际土壤细菌群落丰富度较非根际土壤高,而多样性较非根际土壤低;放线菌门(Actinobacteriota, 26.93%)、变形菌门(Proteobacteria, 17.63%)、Patescibacteria(4.28%)、黏球菌门(Myxococcota, 3.25%)和蓝藻门(Cyanobact...