猴T淋巴细胞趋向性病毒l型RPA和荧光RPA检测方法的建立

目的为了提高口岸对进出境野生及实验用灵长类动物猴T淋巴细胞趋向性病毒l型(Simian T-cell lymphotropic virus type 1, STLV-1)感染情况的监测和流行病学调查,本研究建立了重组酶聚合酶扩增(RPA)和荧光RPA检测STLV-1的方法。方法使用软件分析不同国家和地区分离的STLV-1的gag蛋白(gag polyprotein)基因序列,设计RPA引物和探针,建立RPA和荧光RPA检测STLV-1的方法,并对方法的特异性、敏感性和稳定性进行验证。结果通过将猴其它特定病原体与STLV-1对比检测,证实建立的检测方法具有良好的特异性;通过敏感性试验,证实建立的RPA和荧光RPA方法检测下限与PCR一致;通过对30份STLV-1阳性和阴性核酸样本的检测,证实建立的RPA和荧光RPA方法,具有PCR方法一样的稳定性和可靠性。结论本研究建立的RPA和荧光RPA检测STLV-1的方法具有良好的特异性、敏感性和可靠性,可应用于STLV-1的监测和流行病学调查。     

抗CTLA-4的人单克隆抗体

根据该发明,提供了抗人细胞毒性T-淋巴细胞抗原4(CTLA-4)的全人单克隆抗体。且提供了编码包含重链和轻链免疫球蛋白分子之氨基酸序列的核苷酸序列,特别是跨越互补性决定区(CDR)的连续重链和轻链序列,特别是从FR1内和/或CDR1到CDR3和/或FR4内。还提供了与该文揭示的抗体具有相似结合特性的抗体及具有相似功能的抗体(或其他拮抗物)。     

马铃薯卷叶病毒中国株(PLRV-Ch)ORF2a基因3′端的克隆和序列分析

用设计合成的一对特异性引物，以马铃薯卷叶病毒中国株PLRV-Ch的RNA为模板，经反转录PCR扩增，将获得的ORF2a的3′端1kb cDNA克隆于pUCl9中，构建成重组质粒pLR7，经PCR检测、酶切检测，表明获得了ORF2a的3′端1kb cDNA克隆．从两端进行了两次序列分析，将获得的核苷酸序列与国外报道的四个PLRV分离株的相应区域的同源性进行了比较．结果表明它们具有高度同源性．文中对核苷酸中存在的可能移码序列及其下游的茎环结构(或假节结构)，以及上游特征性三次重复序列进行了分析和讨论，发现上游特征性三次重复序列连续排列可形成几个连续的互补双链区和发夹结构，这一结构可能与移码有关．     

RLM-RACE法快速克隆盐角草胆碱单加氧酶cDNA 5′末端全序列

采用RLM-RACE法,根据已获得的盐角草胆碱单加氧酶基因的部分序列,设计2条特异性嵌套PCR引物,成功地克隆了该基因cDNA 5′末端全序列,测序结果显示该片段包括5′UTR 154个核苷酸和编码区606个核苷酸,编码N端202个氨基酸,Blast P结果表明,该片段编码的蛋白序列与辽宁碱篷及其他藜科植物的胆碱单加氧酶同源性达到85％以上,同时找出了其转录起始位点,即为该序列的第1个碱基g．     

湿地松转录组SSR分析及EST-SSR标记开发

【目的】湿地松是南方地区优先推广的优质产脂树种。但湿地松分子遗传基础薄弱,基因组序列信息匮乏,影响了湿地松基因组学的深入研究。目前,湿地松分子研究所用的SSR标记主要来自其他近缘种或利用公共数据库中有限的基因序列资源开发的SSR标记,其多态性和通用性较差。为解决这一问题, 笔者根据湿地松转录组测序数据开发EST-SSR位点,并揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为湿地松分子标记辅助育种奠定基础。【方法】利用MISA软件对转录组序列进行SSRs查找和分布特征分析。查找标准参数设置为: 单核苷酸重复>10次,二核苷酸重复>6次,三、四、五、六核苷酸重复>5次。根据SSR位点两端的保守区域,利用Primer3.0设计并随机挑选120对SSR引物,通过琼脂糖电泳和毛细管电泳对来自美国和吉安的113份家系个体进行遗传多样性分析,确定引物多态性。【结果】79 574条unigenes序列中搜索到3 818个SSR位点,出现频率为4.80%,平均18.27 kb出现1个SSR位点,3 373个unigenes含有SSR位点,SSR发生频率(含SSR位点的序列数/搜索序列总数)为4.24%,其中2 980条序列含1个SSR位点,含1个以上SSR位点的序列有393条。在检测到的3 818个SSR标记中,单核苷酸分布最多,其次是二核苷酸和三核苷酸,SSR数量分别占总数的63.54%、19.15%和16.27%,而四、五、六核苷酸重复类型所占比例较小,分别为0.52%、0.13%和0.31%。SSR重复单元的重复次数分布在5~22次之间,除单核苷酸重复外的1 391个SSR中,重复5次的数量最多,为498个(35.80%);重复6次和7次的次之,分别为417个(29.98%)和198个(14.23%);重复10次以上的仅有38个(2.73%)。在检测到的731个二核苷酸重复SSR中,最常出现的重复单元为AT/AT,数量为491个(12.86%),AG/CT和AC/GT两种类型的重复单元出现的次数次之,分别为156(4.09%)和81个(2.12%)。在检测到的621个三核苷酸重复中,AAT/ATT是出现频率最高的单元,共139个(3.64%),其次是AAG/CTT,共122个(3.20%)。3 818个SSR中有24.59%的位置未知,其余的SSR则分布在非编码区域(untranslated region,UTR)或者编码区(coding sequence,CDS)上,分布数量表现为3'UTR>5'UTR>CDS。参试的120对SSR引物,有92对扩增成功(76.78%),其中24对呈现多态(20%)。24对引物(13个二核苷酸重复、7个三核苷酸重复和4个四核苷酸重复)共检测出81个等位基因,每个位点的等位基因数为2~9,平均为3.38个。多态性信息含量(polymorphism information content,PIC)为0.103~0.726,平均为0.349。【结论】通过对湿地松转录组数据的挖掘,共获得 3 818个SSR位点,主要重复单元为AT/AT和AAT/ATT,可扩增出多态性位点的引物重复单元以二、三核苷酸重复为主。基于湿地松转录组序列的SSR标记开发是可行的。     

食品中蜡样芽胞杆菌实时荧光RPA检测方法的建立与应用

为实现简便快速地检测蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus),根据GenBank中蜡样芽胞杆菌16S RNA序列设计特异性引物和exo探针,建立了一种实时荧光重组酶聚合酶扩增方法,在39℃恒温下仅需20min即可完成检测。该方法特异性扩增蜡样芽胞杆菌16S RNA基因片段,对其他芽胞杆菌和非芽胞杆菌无扩增;以蜡样芽胞杆菌基因组DNA作为模板,该方法的检测灵敏度为1.0×10-3ng/μL,同已发表的real-time PCR方法一致。人工污染实验表明,当大米饭中蜡样芽胞杆菌污染量≥1.5×10⁴CFU/g时,即可通过real-time RPA方法检出,所需时间仅为6～13min;而当污染量≥1.5×10⁵CFU/g时,才能通过real-time PCR方法检出,所需时间至少为30min(Ct值为20～31)。     

扁玉螺转录组SSR信息分析

采用生物信息学方法分析扁玉螺转录组文库EST序列(SSR)位点,并且设计简单重复序列(SSR)引物,以期为扁玉螺分子标记辅助育种提供有力的工具。对扁玉螺进行转录组测序采用Illumina Hiseq~(TM)高通量测序平台,再利用Micro SAtellite(MISA)工具,分析扁玉螺转录组中SSR的重复基元及其分布频率。利用Primer 3软件设计引物,并且通过SSRFinder筛选出SSR引物。从233 853条Unigenes中找到202 337个符合条件的SSRs,发生频率为45.34%,SSR位点的出现频率为86.53%。SSR位点中单核苷酸重复是主要类型,占总SSRs的63.44%,其次为双核苷酸和三核苷酸,分别为24.12%和6.73%。SSR所包含的重复基元中,单核苷酸重复基元A/T最多,占总SSR的54.15%;其次为双核苷酸AC/GT多,为15.9%。扁玉螺转录组中SSR位点出现频率高,而且类型丰富;大量的SSR分子标记技术有助于扁玉螺分子育种与遗传多样性分析提供更多的依据。     

几种鹤性别的分子生物学鉴定

以RAAV01和RAAV02两条随机核苷酸加聚体为引物,通过随机扩增片段多态DNA的方法,在白头鹤,白枕鹤,丹顶鹤等3种4对不同个体中,发现一条约300bp的雌性个性特异带,并应用这一方法成功地鉴别了未知性别的丹顶鹤个体,同时参照已知动物CHD基因序列的设计合成CHD基因引物,采用PCR方法在丹顶鹤雌性个体中扩增出一条206bp的片段,序列分析表明,该序列与已知其他鸟类CHD－W,CHD－Z基因的编码区和内含子区都有较高的同源性。     

番茄八氢番茄红素合成酶基因的克隆及超量表达载体构建

八氢番茄红素合成酶是植物类胡萝卜素生物合成途径中促进番茄红素合成的关键酶,根据番茄该酶的编码基因序列设计一对引物,通过RT-PCR在番茄中扩增出一个约1500 bp的全长cDNA片段.测序结果表明,此片段包含一个长为1239 bp的完整的编码框,其氨基酸序列与辣椒、向日葵、万寿菊、枸杞、番木瓜、温州蜜柑、拟南芥八氢番茄红素合成酶基因编码的氨基酸序列的一致率分别为88%、75%、75%、74%、73%、73%、7l%.对这个全长片段构建了超量表达载体,酶切检测表明该片段已插入植物表达载体.     

低能N+注入凤仙花的变异检测

以低能N 注入凤仙花(Impatiens balsaminaL)种子后获得了高茎、矮茎2个变异品系.对其进行过氧化物同工酶(POD)检测的结果表明,2个变异品系叶片的POD分子大小、表达强度和条带数目与对照相比都发生了一定变化.随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)分析结果也表明变异品系DNA链的脱氧核苷酸序列发生了变异,从25个随机引物中筛选出了9个具有多态性.实验证明适当剂量的低能N 注入能够在基因水平引起凤仙花的变异,为花卉产业的发展提供了一种遗传育种手段.     

云南松转录组SSR的分布及其序列特征

分析云南松转录组中的SSR位点信息的分布及其序列特征,为SSR引物的开发做前期工作.从80000条转录组Unigene序列中,搜索到2455个SSR,出现频率为3.07%,分布的平均距离29 kb.SSR以三、二核苷酸占优势,分别占总数42.73%和27.25%,而以四核苷酸的较少,仅占总数的0.98%.重复片段长度12~25bp,其中近90%的集中在12~20bp,平均16.09bp.AT/AT与AGC/CTG和AAG/CTT为二、三核苷酸优势重复基元,分别占基元总数的16.66%、9.65%和8.39%.从2899对引物中随机挑选32对引物用于检测,24对成功扩增.云南松转录组SSR位点出现的频率较高,分布距离较近,基元类型丰富,重复次数较高,具有较高的多态性潜力.云南松转录组产生的Unigene是开发SSR的有效来源,获得的SSR引物可为云南松种质资源的遗传变异研究提供更多的标记.     

多年生簇毛麦基因组Yr10全长同源序列的分离及鉴定

根据植物抗病基因保守结构域NBS(Nucleotide-binding site,核苷酸结合位点)、LRR(Leucine-rich repeats,富含亮氨酸重复)设计13条引物相互组合对多年生簇毛麦基因组总DNA进行PCR扩增,获得了小麦抗条锈病基因Yr10的全长同源序列DbRGAYr10,其序列全长为5615 bp,编码的氨基酸组成与其他已知的普通小麦(Triticum aestivum)、节节麦(Aegilops tauschii)、水稻(Oryza sativa)、大麦(Hordeum vulgare)、高粱(Sorghum bicolor)、一粒小麦(Triticum monococcum)基因组内Yr10基因或抗性类似基因编码的氨基酸序列具有89~90%的同源性,且大部分氨基酸序列保守.序列分析表明DbRGAYr10为类NBS-LRR抗病基因,包含TATA-box等顺式作用元件.本研究为最终从多年生簇毛麦中发掘新的抗病基因和开展遗传转化获得新的抗病品种奠定了基础.     

基于RFID供应链的双轨迹克隆检测方法

针对传统基于射频识别技术(radio frequency identification,RFID)的克隆检测方法面对供应链动态变化、标签误读的局限性,提出一种简单、有效的基于轨迹的克隆检测方法.该方法通过在标签中写入验证序列,使得随着标签随产品在供应链中流动,正版标签和克隆标签因验证序列的不断更新而出现不同,而且标签中的验证序列随时间变化会呈现一定的规律,于是形成一条序列轨迹,结合标签事件信息中业务动作的一致性形成2条轨迹,即双轨迹.该方案通过评估2条轨迹的正确性来发现克隆,在评估克隆存在时充分考虑了标签误读、误写、事件丢失以及错误运输.使用Arena对供应链进行建模和仿真.仿真表明,该方案对供应链动态变化具有灵活性,同时在牺牲较小通信量的情况下,有效地提高了检测性能.     

基于茎环法的RT-qPCR检测哺乳动物抗病毒siRNA的表达

抗病毒RNA干扰(RNA interference,RNAi)机制在哺乳动物中保守存在,宿主通过病毒源siRNA(virus-derived small interfering RNA,vsiRNA)引导Ago2蛋白剪切病毒RNA,从而发挥抗病毒作用.为了建立快速检测宿主抗流感病毒(PR8ΔNS1)和野田村病毒(NoVΔB2)特异性siRNA分子的方法,根据病毒特异性siRNAs序列设计茎环引物和扩增引物,筛选出具有高特异性和灵敏度的茎环引物和PCR扩增引物(16768,3280和24～45),成功建立了茎环法RT-qPCR检测哺乳动物病毒源siRNA表达水平的系统.该方法快速简便,准确性高,兼具较高的特异性与灵敏度,可作为小RNA测序替代方案检测siRNA或在测序前对宿主产生的病毒源siRNA进行有效监测与评价.     

甘蔗黑腐病病原菌的鉴定

 在云南开远6根发病的甘蔗茎上分离到甘蔗黑腐病病原菌,鉴定了该病害的病原菌,以期为防治和控制该病害提供一定的理论依据.基于致病性测定,ITSI-5.8S-ITS2 rDNA序列的系统发病分析和形态学观察结果,甘蔗黑腐病是由多脂长喙壳菌（Ceratocystis adiposa(Butl.)Moreau）引起的,该病菌导致甘蔗黑腐病在中国属首次报道.     

丹参COR413基因克隆及表达分析

从丹参EST数据库筛选出一条与冷调节基因(cold-regulated gene,COR)家族同源性较高的基因序列,并利用PCR方法得到该基因的DNA序列,命名为SmCOR413.该基因DNA序列长1708 bp,包含4个外显子和3个内含子,编码171个氨基酸,与其他9种植物中的COR413高度相似,相似性介于66%~78%之间,推测为COR413基因家族的一个新基因.生物信息学分析表明,SmCOR413所编码蛋白的分子量为19.77 kD,理论等电点为8.95,不具备信号肽.实时定量PCR检测的结果显示,SmCOR413在丹参根、茎和叶中都有表达,在叶、茎中表达量较高,根部的表达量最低.     

广西产眼镜王蛇毒α-神经毒素基因的分子克隆及序列分析

为获得眼镜王蛇（Ophiophagus hannah，简称Oh）蛇毒α－神经毒素（α-NT）的基因序列，依据眼镜蛇科不同毒蛇种类来源的α－NT基因有较高的同源性，设计1对上下游引物，为克服引物带来模糊扩增，在蛋白编码部分再设计1对上下游特异引物，用Nacleospin RNA Kit法从3条活眼镜王蛇毒腺中提取mRNA，以3′端引物合成的cDNA作为模板进行PCR扩增反应，测定产物的核苷酸序列，得到全长474bp的眼镜王蛇cDNA基因核苷酸序列。该核苷酸序列的信号肽与眼镜蛇树属Pseudonnaja textilis(Pt)、海蛇Laticauda semifasciata(Ls)100%同源，与眼镜蛇南洋亚种Naja sputatrix (Ns)、银环蛇（Bungarus multicinctus)(Bm)96.8%同源；蛋白密码部分有83．3％与Ns、79．2％与Pt、76．4％与Ls、74．1％与Bm同源。信号肽后紧接着的72个氨基酸有90．3％与已发现的眼镜王蛇毒长链α-NT Toxin a同源，大约有73．6％与Toxin b、69．7％与Oh-4、66．7％与Oh-5、56．9％与Oh-6A和6B同源，并与α－银环蛇毒素54．2％同源。说明新发现的眼镜王蛇cDNA是一条长链α-NT基因。     

野葛特异性PCR检测方法的建立与应用研究

一个物种特有的DNA序列可以开发成能够识别该物种及其加工产品的标记.为寻找野葛(Pueraria lobata)特有的DNA序列,建立野葛特异性PCR检测方法,通过对Gen Bank中野葛基因信息的检索分析,筛选出了同源序列少特异性强的野葛查耳酮合成酶基因作为研究对象.对该基因的特定区域设计引物,建立了野葛特异性定性PCR检测方法.利用该方法对野葛14个不同居群的DNA进行PCR扩增,均能扩增出226 bp的片段.而用相同引物分别对20种其他植物的DNA进行扩增均未出现特异性扩增产物. PCR灵敏度实验结果表明该方法的检测灵敏度达到0.02 ng基因组DNA,对市场上的葛根产品进行检测结果表明该方法可以有效鉴定葛根产品中是否含有野葛成分.该野葛特异性PCR检测方法特异性强、灵敏度高,可用于野葛成分的检测与鉴定.     

白蚁肠道木质素分解菌PY12的分离鉴定及lip基因的克隆

利用苯胺蓝平板法从白蚁肠道中分离到一株木质素分解高效菌株PY 12,经形态观察、生化鉴定和16 SrRNA鉴定为肠杆菌属的霍氏肠杆菌(Enterobacterhormaechei).根据已报道的lip(木质素过氧化物酶,Lignin Peroxidase)基因序列设计特异性引物,克隆该菌的lip基因,将其克隆入pMD19-T载体,获得的核苷酸序列为918 bp,并与GenBank中已知的lip序列进行同源性对比,同源性不高,但该核苷酸翻译后的氨基酸序列比对结果发现,其与假单胞杆菌Pseudomonas sp.编码蛋白质的氨基酸序列同源性为88.5%.     

石刁柏雄性连锁的AFLP及SCAR标记的建立

目的:对石刁柏雌雄株基因组差异进行分析,筛选雄性或雌性连锁的分子标记.方法:利用限制性片段长度多态性技术,设计了多个引物组合,分别对石刁柏雌雄株基因组进行扩增.结果:在使用的72个引物组合中,引物组合E-AAG+M-CAT从雄性基因组中扩增出了一个雄性连锁的标记(MLDA555),该序列长度为555bp,AT含量为59%.Blast检索未发现相似序列.根据该片段序列设计的引物将该标记转化为雄性连锁的大小为523bp的稳定的SCAR标记,经过不同基因型雄性个体的验证证明该标记广泛存在于不同基因型石刁柏雄性个体中.结论:通过AFLP扩增筛选得到了石刁柏雄性连锁的AFLP和SCAR标记,为石刁柏性别决定机制的理解及石刁柏的分子标记辅助育种提供理论资料和技术支持.