基于16S rDNA序列和RFLP分析的病鳗分离菌株鉴定

结合16S rDNA基因序列和限制性片段长度多态性(RFLP)的分析方法,通过与GenBank库中已递交的细菌16S rDNA基因序列进行同源性比较,对分离自发病鳗鲡(欧洲鳗鲡,日本鳗鲡和美洲鳗鲡)的30株细菌进行初步鉴定和分类.结果表明,这些细菌可大致分为气单胞菌属(Aeromonas sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、邻单胞菌属(Plesiomonas sp.)、克雷伯氏菌属(Klebsiella sp.)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)和肠杆菌属(Enterobacter sp.)等7个菌属.分析认为,部分分离菌株可能是引起鳗鲡病害的疑似致病性菌株.     

DNA指纹图在小鼠ES细胞嵌合体鉴定中的应用

尝试应用多位点DNA指纹技术,检测经过胚胎干细胞(ES细胞)途径所获得的嵌合体小鼠中ES细胞在各种脏器中的嵌合情况、检测ES细胞在嵌合体小鼠中是否实现种系传递。结果表明：采用新型的人工合成的寡核苷酸多聚体探针(JL-02探针)的多位点DNA指纹图谱,具有足够的多态性和很好的稳定性。适用于鉴定ES细胞在嵌合体小鼠各种组织器官中的嵌合情况,也适用于鉴定ES细胞是否具有种系嵌合能力,尤其适用于在嵌合体研究中,最适宜的品种组合具有相同的毛色或相同的酶型。     

rDNA ITS序列分析在中药材白花蛇舌草鉴定中的应用

通过测定茜草科Rubiaceae 4种耳草属Hedyotis植物的rDNA ITS序列并比对,为鉴定中药材白花蛇舌草提供分子依据.     

海洋细菌的分子鉴定分类

从南海海底沉积物中分离到一批细菌,克隆了其中产抗菌活性物且培养形态多变的细菌ＺＳ１１０的１６ＳｒＤＮＡ,通过和比较１６ＳｒＤＮＡ的部分序列,对ＺＳ１１０进行了分子鉴定,结果表明它是一株适应了海洋环境的芽孢杆菌属的枯草芽孢杆菌种。     

电子计算机在微生物分类和鉴定中的应用

微生物学领域是最早应用电子计算机进行分类、鉴定工作的领域之一。计算机的引入给微生物的分类和鉴定带来了革命性的变化。本文简要论述了电子计算机在微生物分类和鉴定中的应用概况、发展前景，以及数量分类法、提纲式检索表与计算机的关系等问题。     

一株放线细菌的分离及其系统分类学研究

从青海柴达木盐田周边的盐土中分离到一细菌形态的菌株M-7。通过对其形态、生理生化特性、细胞化学组分及16S rDNA序列分析等多相分类研究,初步确定该菌株为白蚁茵属（Isoptericola）的一潜在新种。菌株M-7的最适生长温度为28～30℃,最适生长pH为7．0～7．5,细胞球形或短杆状、无鞭毛、无孢子形成。     

计算机辅助鉴定技术在海洋浮游植物分类鉴定中的应用

本文对计算机辅助鉴定技术在海洋浮游植物分类鉴定中的应用进行了探讨,总结了不同技术的特点,并在总结计算机辅助鉴定技术在海洋浮游植物分类鉴定方面应用现状的基础上,对其发展前景做出了展望。     

rDNA介导的多拷贝整合表达载体的构建及其在酿酒酵母工业菌株中的应用

根据酵母整合质粒的设计要求,PCR扩增特定的2．2kb rDNA片段,并以此替换酿酒酵母(Saccharomyces cereristae)整合载体YIp5的URA3片段;在此基础上,引入G418抗性基因KanMX和酵母磷酸甘油激酶(phosphoglycerale kinase,PGK)组成型强启动子和终止子序列(PGKp-t),构建适合酿酒酵母工业菌株高拷贝整合表达载体pYMIKP,以细菌木糖异构酶(xylose isomerase,XI)基因xy/A为目标基因,通过载体pYMIKP引入到酵母工业菌株NAN-27中,酵母转化子在非选择培养条件下,连续生长50世代质粒稳定性为99．72％,目标基因高拷贝重组菌的木糖异构酶比酶活是对照菌株的67．2倍,达到0．672U／mg蛋白,实现了外源基因在酿酒酵母工业菌株中的稳定高效表达。     

模式识别程序及其在茶叶分类中的应用

本文介绍以Turbo—Pascal语言编写的模式识别计算机软件,报告用逐步判别分析和非线性映照法对中国的绿茶、红茶和乌龙茶进行的识别分类以及用非线性映照结果来鉴定这些茶叶的质量。     

作物抗寒性鉴定指标的分类及其应用

通过对国内外研究结果的分析,总结出可用于作物抗寒性鉴定的各种指标。作物抗寒性鉴定指标包括了形态指标、生理指标、生化指标、理化指标和生态指标共五类,其中绝大部分指标可作为作物抗寒性鉴定指标,少数指标由于研究结果不一致或报道极少,其准确性尚难以确定,应用时应注意选用。     

极端干旱区包气带异养微生物16S rDNA的多样性

在黑河流域下游河谷550 cm深的包气带中采集了10个土壤样品,相应地对各个样品中的土壤含水量、总氮、土壤有机质和pH值进行了采样分析,并进行了微生物计数和培养.通过培养,从不同的培养基和不同土壤层,共挑选出120个菌落,然后使用革兰氏染色反应、常规生理生化和内切酶分析,再选出不同的15个菌落进行16S rDNA扩增和序列测定,共发现15种细菌,并建立了可培养微生物的系统进化树.这15个种分别属于蛋白细菌门的α-(2种),γ-(2种)和β-(2种)组,高G C的革兰氏阳性菌(5种),低G C的革兰氏阳性菌(2种)和Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides细菌(2种),这些种群全部属于棒状或段棒状,表现出明显的多样性.结果表明:地下土壤的物理和地球化学特征的不同影响地下微生物的种群数量,该研究为极端干旱区地下微生物生态学和水文地质以及相互作用提供了一个非常有意义的窗口.     

6种瓢虫的RAPD分析及在分类上应用的研究

利用随机引物分别对6种瓢虫的DNA进行了聚合酶链式反应（RAPD－PCR）的实验。结果显示，用相同引物扩增不同种瓢虫的基因组DNA，扩增产物多态性DNA片段的数目是不同的；两种不同引物的扩增产物中，各自呈现出种、属的特异性片段，其可用于种、属的鉴别；聚类图显示了种、属之间亲缘关系的远近程度，并与形态学分类结果相一致。实验分析还发现：七星瓢虫不同个体间多态性DNA特有带较多，遗传较稳定；龟纹瓢虫与之相比，不同个体间多态性DNA的特有带较少，变异程度较大。     

鹿角菜18S rDNA序列分析及其系统发生分析

通过制备鹿角菜DNA,PCR扩增得到鹿角菜18S rDNA序列.测序拼接后全长1733 bp,碱基A、T、C、G含量分别为25.45%、26.72%、26.72%、21.12%,序列已提交Gene Bank登录号为GQ433994.该序列与NCBI数据库中其他褐藻18S rDNA序列比对后,得到可变碱基位点184个,简约信息位点161个,单碱基变化位点23个.转换碱基值Si为44,颠换碱基值Sv为30,转换颠换比值R约为1.5.NJ法构建的系统发生树显示18S rDNA在褐藻门中具有保守性,可用于辅助传统分类.PLACE数据库预测发现在鹿角菜18S rDNA保守区有多个与水分胁迫、光诱导、Ca2+信号传导等相关转录元件,这表明18S rDNA可能参与细胞重要调控途径.     

枝孢属11个种18S rDNA序列测定及与近似属序列分析

本文对枝孢属11个种单孢分离菌株18S rDNA进行了序列测定,并与其近似属尾孢菌属、假尾孢属、钉孢属、色链隔孢属、柱隔孢属及其有性型属球腔菌属进行了序列分析,构建系统发育树.结果显示色链隔孢属与枝孢属之间系统关系较近,尾孢属、钉孢属和柱隔孢属相互之间系统关系很近,而与假尾孢属系统关系较远.球腔菌属与所有参比无性型属的关系较远.     

番红花及其混淆品的rDNA ITS序列与AS-PCR鉴别

通过对番红花及其混淆品的rDNA ITS区序列进行 PCR 扩增、测序,并运用 Clustal X、Mega 3.0等软件进行序列分析.结果表明番红花 rDNA ITS 区序列全长650 bp,GC百分比为60.3%,与其混淆品的rDNA ITS 区序列存在着显著差异.另外,还设计出了鉴别番红花的位点特异性PCR引物,无需测序即可对番红花及其混淆品进行准确的分子鉴别.     

Comparison of the community structure of planktonic bacteria in ballast water from entry ships and local sea water in Xiamen Port

In this study, the bacterial community structures in samples of ballast water collected from a ship from Singapore and of local sea water collected from Xiamen Port were compared using restriction fragment length polymorphism (RFLP) and 16S rDNA sequence analysis. Except for dominant α-Proteobacteria that are common to both systems, the bacterial community structures of the two systems were quite different. Most of the clones derived from the different systems were grouped into different phylogenetic clusters, and the sys-tems share only one common RFLP pattern. The ballast water, which is likely from clean offshore waters, contains sequences specific to α- and γ-Proteobacteria. Phylogenetic analysis revealed that the ballast water contained sequences belonging to attached bacteria and bacteria commonly found in the open sea, as well as many novel sequences. In addition, no known pathogenic bacteria were detected in the ballast water samples. Conversely, water samples from Xiamen Port were apparently affected by the near shore environments.Specifically, in addition to α- and γ-Proteobacteria, water from Xiamen Port contained β- and δ-Proteobacteria, Synechococcus, Bacter-oidetes and Actinobacteria, which are common in coastal environments. Additionally, four pathogenic bacterial sequences and one plas-mid sequence of a potential red tide forming alga were detected in the water from Xiamen Port, which suggests that the local sea water is polluted. The results of this study can be used as background information to assess the risk associated with the introduction of non-indig-enous species to local systems and to establish ballast water management systems.     

锥虫Ls—rRNA序列分析与锥虫rDNA探针群

用大分子ＲＮＡ快速测序法测定刚果锥虫（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａｃｏｎｇｏｌｅｎｓｅ）ＬｓｒＲＮＡ５′端６９４个核苷酸序列．比较分析揭示伊氏锥虫、布氏锥虫和刚果锥虫之间以及它们与其它鞭毛虫和哺乳动物宿主的分子差异；表明ＬｓｒＲＮＡ高变区可以作为一个灵敏的分子指标研究锥虫属内的系统进化关系；并为研制属、种不同专一性的锥虫ｒＤＮＡ探针奠定了基础．人工合成锥虫亚属ｒＤＮＡ探针Ｄ１ｔｅ与ＰＣＲ方法联用，可以检测相当于单个伊氏锥虫的微量ＤＮＡ．     

好氧堆肥细菌16S rDNA多态性分析

采用传统培养方法和16s rDNA为基础的PCR-DGGE技术研究好氧堆肥微生物群落的演变过程.平板计数表明好氧堆肥过程中细菌数量呈现"升高一降低一降低"变化趋势,DGGE图谱表明不同时期存在不同的优势种群,少数优势种群存在于整个堆肥过程.PCR-DGGE技术为堆肥微生物群落研究提供新的分子生态学依据.