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相似文献
 共查询到17条相似文献,搜索用时 187 毫秒
1.
目的:运用数据挖掘、网络药理学、分子对接方法探究中药复方治疗肺癌的用药规律及核心中药,为临床治疗肺癌提供有效的处方用药参考。方法:采用Excel2019收集整理临床治疗肺癌的常用中药复方,筛选有效复方,并通过中医传承辅助平台(V2.5)、SPSS Modeler 18.0、SPSS Statistics 25、cytoscape3.6等分析患者的证型分布、药物频次规律、核心药物组合以及药物关联规则等并得出核心中药;将核心中药运用TCMSP、Genecards、CTD等数据库收集有效成分、药物靶点、疾病靶点并获取交集,通过cytoscape3.9.0构建“中药-化合物-靶点-疾病”网络、再通过String平台、可视化驱动的生物信息学分析网站构建蛋白互作网络、最后进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,由以上分析结果得出重要化合物以及关键靶点做分子对接;结果:筛选得到有效处方407个,涉及中药324味,药物使用频次最高依次为甘草、茯苓、白术、陈皮、半夏、黄芪、党参、浙贝母、白花蛇舌草、薏苡仁;肺癌中医证型诊断中以痰瘀互结证(45.99%),治则治法以化痰散结和解毒抗癌为主,(28.99%、29.25%),中药以补虚药为主,(32.69%);性味归经统计为温性(41.39%);苦味(45.5%),肺经(25.82%)为主;关联规则表明,茯苓-半夏、茯苓,半夏-白术、茯苓,浙贝母-半夏-白术分别为同一组中支持度最高的组合;复杂网络中核心药物有党参、茯苓、白术、陈皮、浙贝母、黄芪、甘草。核心中药为白术、茯苓、半夏、浙贝母;网络药理学获得作用靶点89个、核心中药主要有效成分为12-千里光酰基-8-反式白术三醇、14-乙酰基各里光酰基-8-反式白术三醇、β-谷甾醇等,重要靶点为AKT1、EGFR、TP53等,GO分子功能富集结果显示可能与RNA聚合酶II转录调节、细胞对化学压力的反应、金属离子的反应等有关,KEGG通路富集分析结果显示,关键通路富集为肿瘤坏死因子信号通路、铂耐药通路、IL-17信号通路等;关键靶点与重要化合物的对接能量均小于0kJ/mol,对接构象稳定。结论:真实世界抗肺癌中药以味苦、性温,平,寒、补虚为主,针对肺癌发病机制正气亏虚、血瘀、痰、邪毒进入,以补气和中助阳、清热解毒泻火之法来达到治疗效果,基于数据挖掘方法研究对于真实世界治疗肺癌的用药规律研究得出其核心组方包括党参、茯苓、白术、陈皮、浙贝母、黄芪、甘草,而其现代药理作用主要为抗癌细胞增殖、抗菌、免疫抑制等;在治疗肺癌的中药复方中,白术、茯苓、半夏、浙贝母尤为重要,可作为治疗肺癌的复方核心中药,核心中药治疗肺癌主要通过多成分、多靶点调控肿瘤坏死因子信号通路、铂耐药通路、IL-17信号通路等达到治疗肺癌的效果,综上为真实世界中药复方治疗肺癌的用药规律特点。对中医药治疗肺癌的临床研究有一定的指导意义。  相似文献   

2.
运用现代技术挖掘治疗肝衰竭的用药规律,并分析核心药团治疗肝衰竭的作用机制。通过检索PubMed、Embase、Cochrane Library、中国知网(CNKI)、中国生物医学文献数据库(CBM)、万方(WanFang)和维普(VIP)数据库,收集治疗肝衰竭的临床处方,运用Excel 2016、SPSS Modeler 15.0及SPSS Statistics 23.0,对符合纳入标准的中药进行频数分析、因子分析、关联规则分析。检索TCMSP、SymMap、TCM-ID、Pharmmapper、TTD、Genecards等相关数据库,获得核心药团的活性成分、潜在作用靶点及与肝衰竭相关的作用靶点;筛选David数据库,核心药团对肝衰竭的作用靶点进行GO及KEGG分析;运用Cytoscape软件构建网络图、靶点图及预测作用靶点和主要化合物的结合度。共纳入154剂/张肝衰竭治疗处方,中药种类合计186味,其中排列在前5味的高频药物分别为茵陈、赤芍、大黄、栀子、丹参,从高频药物间因子分析中提取8个公因子,经关联规则分析,设置最低条件支持度≥10%,最小规则置信度≥100%,提升度1,得出置信度最高的核心药团为茵陈、白术、大黄。网络药理学部分,核心药团共筛选出36个化学成分和102个潜在靶点,与肝衰竭相关靶点20个。通过GO分析,富集出有效的生物学过程28个,4个细胞组成,以及12个分子功能,KEGG分析得出11条信号通路。从而得出结论。临床上可多用具有利水渗湿药物组合"茵陈、白术、大黄"。以及配伍活血和补益药。核心药团"茵陈、白术、大黄"可通过干预TNF信号通路、NOD样受体信号通路、Toll样受体信号通路、FoxO信号通路等通路而达到治疗肝衰竭的作用。  相似文献   

3.
应用网络药理学和分子对接探讨猫爪草多成分、多靶点、多通路治疗肺腺癌的作用机制。根据口服利用度和类药性的分析条件,采用中药系统药理学数据库与分析平台数据库筛选猫爪草主要活性成分及作用靶点;疾病靶点在GeneCards和OMIM数据库中获得;利用R软件绘制维恩图,获得活性成分和疾病的交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;利用Bioconductor数据库对预测靶点进行GO(Gene ontology)功能富集分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路分析。结果表明:筛选出猫爪草的10个潜在活性成分和40个作用靶点,其中有36个靶点与肺腺癌相关;主要活性成分为β-谷甾醇、豆甾醇等,这些活性成分作用于PTGS2BCL2BAXCASP9CASP3RXRA等靶点,通过调控神经变性的途径-多种疾病、神经活性配体-受体相互作用、小细胞肺腺癌、细胞凋亡、多细胞凋亡、铂类耐药、p53信号传导途径、大肠癌等通路发挥抗肿瘤作用。对猫爪草的有效成分和潜在靶点进行预测,为药物的应用和开发提供了新思路。  相似文献   

4.
利用网络药理学初步分析丹参治疗浆细胞性乳腺炎的作用机制,应用分子对接辅助研究丹参中活性化合物与浆细胞性乳腺炎主要靶点的亲和力,以证明筛选出的活性物质确实可与疾病靶点结合。基于中药系统药理学数据库与分析平台筛选丹参中的有效活性成分及这些成分的相关作用靶点,构建中药-成分-靶点网络,利用GeneCard数据库和DisGeNET数据库筛选浆细胞性乳腺炎的高相关性基因靶点,将药物成分靶点与疾病基因靶点相互映射,得到药物-成分-靶点-疾病网络,分析网络得到潜在药物活性化合物及潜在作用基因靶点,将此潜在作用靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用DAVID数据库对潜在作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。对筛选到的高相关性活性成分和靶点进行分子对接,选择浆细胞性乳腺炎相关度最高的靶点IL-6ICAM1PGR,在PDB数据库中找到其三维蛋白结构,后在Zinc数据库中找寻丹参活性成分的分子结构,利用autodock4.0软件将蛋白与分子相对接。得到中药有效活性物质59个及其相关作用靶点132个,疾病相关靶点125个,映射后得到BCL2L1EDNRAERBB2ICAM1IFNGIL-4IL-6NR3C1PGRSTAT3等10个潜在作用靶点,基因本体富集分析后找到潜在作用靶点共14个生物过程,京都基因与基因组百科全书分析后筛选得到16条信号转导通路,以乳腺癌通路、癌症信号通路、库欣综合征通路、NF-κB信号通路等通路为主。分子对接表明筛选出的药物活性成分与潜在作用靶点确有较大的亲和力。该研究初步筛选出了丹参治疗浆细胞性乳腺炎的物质基础,并揭示了丹参治疗该病症是通过多成分、多靶点、多途径共同调控。  相似文献   

5.
基于数据挖掘及网络药理学方法,探究中药治疗便秘的用药规律并分析核心中药的作用机制。通过检索中国知网、维普数据库、万方数据库中有关中药复方治疗便秘的文献,筛选符合要求的文献并提取数据,对中药复方的药物频次、关联规则及聚类进行分析。基于中药系统药理学数据库与分析平台获取核心药物的化学成分及靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD等数据库获取疾病靶点,借助Venny平台获取潜在靶点,采用STRING数据库、DAVID数据库进行相关机制分析。基于AutoDock软件进行分子对接。结果表明:筛选出复方85个;使用频次在10以上的有25味药,其中白术的使用频率最高;关联规则挖掘出白术-黄芪、白术-黄芪-当归分别是支持度最高的组合;聚类分析可将药物分为5类;挖掘出核心中药白术、当归、枳实和火麻仁。网络药理分析显示,核心中药治疗便秘的机制是化学成分作用于AKT1等靶点,进而调节癌症通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、p53信号通路等发挥治疗作用。该研究为中医药治疗便秘的用药规律提供了理论基础,为治疗便秘的中药复方的开发与发展提供了思路。  相似文献   

6.
利用网络药理学和分子对接探讨黄芪-白术-茯苓配伍使用治疗乳腺癌的分子机制.采用TCMSP数据库获取黄芪、白术、茯苓的化学成分及其相关靶点,在GeneCards、OMIM数据库中收集乳腺癌疾病的相关靶点,利用Venny 2.1筛选出二者的共同靶点,由Cytoscape 3.7.2绘制可视化的药物-成分-靶点-疾病网络及PPI网络;通过DAVID数据库对靶点进行GO和KEGG分析,并运用SwissDock软件进行分子对接验证.发现黄芪-白术-茯苓的22个有效成分可以通过调控93个靶点和98条通路对乳腺癌产生作用,且筛选的靶点蛋白与关键活性成分具有较好的结合活性.表明黄芪-白术-茯苓可以通过多成分、多靶点、多途径发挥抗乳腺癌的作用,从而为其临床应用及相关机制的研究提供了理论依据.  相似文献   

7.
目的:基于网络药理学的方法探讨了治疗川崎病的常用药对牡丹皮-赤芍发挥作用的潜在机理。方法:用TCMSP数据库对牡丹皮-赤芍药对的有效成分和相关靶点进行检索筛选,基于GeneCards和OMIM数据库搜索川崎病有关靶点,通过Venny工具分析牡丹皮-赤芍药对治疗川崎病的交集靶点。共有靶点经STRING数据库与Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络图,使用R语言分析GO功能和KEGG富集情况,经分子对接技术评价关键靶点与主要成分的结合力。结果:筛出牡丹皮-赤芍药对36个活性成分,243个潜在靶点,川崎病相关靶点1619个,活性成分-疾病共同靶点100个。PPI网络中核心靶点主要涉及MYC、HIF1A、AKT1、JUN等。GO功能分析获取GOBP条目1883条,GOCC条目40条,GOMF条目147条;KEGG富集得到168条信号通路,靶点集中在AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路和TNF信号通路等。分子对接结果中,槲皮素、山柰酚与JUN、AKT1、CASP3具有较好的结合能力。结论:牡丹皮-赤芍药对通过细胞氧化应激反应和血管内皮生长因子等生物过程,经多成分、多靶标、多通路作...  相似文献   

8.
通过网络药理学的方法,研究三七-白及药对在疾病治疗过程中潜在的药理作用机制.采用TCMSP数据库筛选三七-白及药对的活性成分和作用靶点,并用Uniprot数据库校正靶点信息得到靶点基因,利用CTD数据库获得靶点基因相关的疾病类型,通过STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络,分析得到核心蛋白,运用DAVID数据库富集分析靶点基因参与的基因本体论(GO)生物学过程及京都基因与基因百科全书(KEGG)通路.共筛选得到17个活性成分,涉及193个作用靶点.结果表明:槲皮素、β-谷甾醇和豆甾醇的作用靶点数目最多;靶点基因与35类疾病相关,主要包括癌症、神经系统疾病、心血管疾病等;蛋白相互作用网络分析得到核心蛋白AKT1,MAPK1,c-Jun,P53,TNF等;靶点基因主要涉及药物反应,RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等91条GO生物学过程,KEGG通路显著富集到癌症通路、乙型肝炎等66条通路,与前述疾病分析结果相符.  相似文献   

9.
通过网络药理学方法探讨猫爪草治疗结核病的作用机制。运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选猫爪草的活性成分和相关作用靶点;借助GeneCards数据库检索疾病靶点,活性成分靶点与疾病靶点作交集得到猫爪草作用于结核病的预测靶点;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图;将交集基因进行基因本体分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;最后应用AutoDock软件进行活性成分及潜在靶点之间的分子对接验证。筛选得到猫爪草的活性化合物12个,其有效活性成分主要作用于结核病的关键靶点有CASP3CASP8CASP9BCL2BAX。KEGG结果表明,猫爪草可能通过调节细胞凋亡信号通路从而对结核病进行干预。分子对接得到猫爪草的主要成分是豆甾-4,6,8、维太菊苷、豆甾醇、豆甾醇葡萄糖苷、谷甾醇乙酸酯和β-谷甾醇,对BAXCASP3CASP9作用明显。本研究从分子水平探讨了猫爪草治疗结核病的活性成分与潜在靶点,初步验证了其作用机制。  相似文献   

10.
运用数据库及可视化软件分析黄芪-白茅根治疗慢性肾小球肾炎(chronic glomerulonephritis,CGN)的有效活性成分并探讨其潜在作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台及BATMAN-TCM数据库收集黄芪-白茅根活性成分,SwissTargetPrediction和Uniprot数据库进行靶点标准化处理;通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、Drugbank、DiGSeE数据库筛选CGN相关靶点;应用 Cytoscape软件构建相关网络图;利用Omicshare平台进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析;采用AutoDock Vina及LigPlot进行核心成分与核心靶点的对接。黄芪-白茅根中共筛选出27个活性成分和271个活性成分靶点。对143个药物和疾病的交集靶点进行分析,获得7 084个GO相关过程,230个KEGG信号通路,其中差异的有4 663个GO相关过程,159个KEGG信号通路。分子对接发现本研究筛选的核心成分与靶点拥有较好的结合能。研究表明黄芪-白茅根是通过多成分、多靶点、多通路的作用方式发挥治疗CGN的作用,为CGN的治疗提供了重要的科学依据。  相似文献   

11.
基于网络药理学与分子对接方法,探讨中药人参-五味子配伍治疗特发性肺间质纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)的潜在分子机制.通过GeneCards、CTD、GEO等数据库预测IPF疾病靶标基因,从TCMSP平台筛选人参-五味子有效活性成分及其治疗靶标,构建中药-活性成分-靶标基因调...  相似文献   

12.
基于网络药理学方法预测丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的作用机制。通过数据库筛选丹参、柴胡的有效活性成分及相应的靶蛋白,并预测和筛选丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的作用靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-疾病网络图。绘制关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)网络。采用Metascape数据库对有效作用靶点进行基因本体(gene ontology, GO)注释分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析。筛选出丹参化合物65个,有效靶点162个,柴胡化合物17个,有效靶点251个。通过筛选得到丹参-柴胡药对与酒精性肝病的交集靶点161个。PPI网络发现AKT1、IL6、TP53、VEGFA、TNF、CASP3、EGF等可能是丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的关键靶点。GO注释分析涉及对无机物的反应、对有毒物质的反应、膜筏、枝晶、转录因子结合、蛋白质结构域特异性结合等信号通路。KEGG通路分析涉及肿瘤信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、癌症中的蛋白多糖、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等通路。初步探究了丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的关键靶点和涉及的生物学过程及信号通路,发现其作用是多靶点、多通路的。  相似文献   

13.
运用网络药理学和分子对接探究三棱-莪术药对抗乳腺癌的有效活性成分及分子机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台检索并筛选出三棱、莪术的有效活性成分和对应作用靶点,运用OMIM数据库、GeneCards数据库检索乳腺癌的疾病靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件绘制药物-成分-疾病-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein- protein interaction,PPI)网络,使用Cytoscape中MCODE插件进行分析并筛选出前10个核心靶点。借助DAVID数据库对作用靶点进行基因本体及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析,并绘制成分-靶点-通路网络图。最后通过AutoDock Vina等软件进行分子对接,验证核心成分与核心靶点的相互作用。结果表明,通过筛选得出7种活性成分、73个作用靶点,三棱-莪术与乳腺癌共同靶点43个。核心成分为常春藤皂苷元、β-谷甾醇、芒柄花黄素、豆甾醇、反式软骨酸,PPI网络显示其核心靶点为JUN、CASP3、PTGS2、ESR1、MPK14、PPARG、SIRT1、NOS3、TGFB1、NOS2。KEGG富集分析得到72条通路,根据P值筛选出与乳腺癌相关的前20条,主要涉及PI3K-Akt通路、VEGF通路、p53通路、MAPK通路等。分子对接显示活性成分与核心靶点之间有较好的结合力。研究表明三棱-莪术药对抗乳腺癌具有多成分、多靶点、多通路的特点,为该药对在临床中的应用提供了理论依据。  相似文献   

14.
运用网络药理学和分子对接方法探究威灵仙治疗类风湿性关节炎的作用机制。中药系统药理学数据库与分析平台、PubChem、SwissTargetPrediction数据库筛选威灵仙的活性成分及其作用靶点;OMIM、GeneCards数据库预测类风湿性关节炎的靶点;Venn图获取威灵仙-类风湿性关节炎的交集靶点;STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.1获取核心靶点;DAVID数据库进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析; AutoDock Vina1.5.6对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。威灵仙中的关键活性成分齐墩果酸、β-谷甾醇、豆甾醇、3-表齐墩果酸作用于MAPK3、PTGS2、CYP19A1等核心靶点,通过调控花生四烯酸代谢通路、卵巢类固醇生成等发挥治疗类风湿性关节炎的作用,分子对接结果显示关键活性成分与核心靶点具有较好的结合活性。该研究初步探讨了威灵仙治疗类风湿性关节炎的关键活性成分、核心作用靶点及其相关通路,为威灵仙的临床应用提供参考。  相似文献   

15.
通过中药系统药理学数据库与分析平台获取三七的主要活性成分及其相关靶点;通过GeneCards数据库预测类风湿关节炎相关靶点,并运用Uniprot数据库标准化蛋白名称,取三七-类风湿关节炎的交集靶点;通过STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用分析;采用Metascape平台进行GO(gene ontology)功能分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集分析;采用Cytoscape3.7.2构建活性成分-靶点-信号通路相互作用网络;利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键靶点和成分进行分子对接。结果表明:通过筛选获得三七核心活性成分7种,三七-类风湿关节炎共同作用靶点100个,其中核心靶点包括AKT1、IL6、VEGFA、TNF、TP53、JUN、CASP3、PTGS2等;GO分析获得1 064条信号通路,KEGG分析得到102条信号通路,其中与类风湿关节炎相关的信号通路包括AGE-RAGE、MAPK、TNF、IL-17以及HIF-1等;分子对接结果显示关键靶点与成分具有较好的结合活性。研究认为三七抗类风湿关节炎可能是通过对物质代谢、信号转导、炎症反应等多靶点及多通路的调节从而发挥作用。  相似文献   

16.
侯玥  李强  王岱杰  崔莉  郑心 《山东科学》2020,33(6):34-43
探讨黄芪-半枝莲药对治疗肺癌的机制。通过数据库检索黄芪-半枝莲有效活性成分、靶蛋白和肺癌相关疾病靶点,分别构建药物-化合物-靶点和化合物-靶点-疾病网络。构建关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,用R软件进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)的关键靶点的富集分析。得到黄芪-半枝莲药对的16个有效活性成分,作用于111个肺癌相关靶点,关键靶点包括TP53、AKT1、MAPK、TNF、VEGFA、IL-6等。GO富集分析主要涉及RNA转录、炎症、胞外和胞核,KEGG信号通路主要有TLR、NLR、HIF-1、FoxO、PI3K-Akt等信号通路,黄芪-半枝莲药对通过抑制炎症、信号转导、血管生成等过程共同起到治疗肺癌的作用。研究结果初步预测了黄芪-半枝莲药对治疗肺癌的分子机制,为该药对药理作用的深入研究奠定了基础。  相似文献   

17.
李丁艾  孙兆泉  尚军 《科学技术与工程》2023,23(27):11550-11561
基于数据挖掘川贝母治疗肺系疾病的核心中药和基于网络药理学探讨“川贝母-人参”治疗肺系疾病之支气管哮喘的作用机制。通过数据处理软件,利用统计学方法对所收集的含贝母肺系疾病中药组方进行频数统计、关联规则分析和聚类分析。并利用网络药理学知识对核心药对治疗肺系典型疾病支气管哮喘进行靶点收集筛选、基因本体论(gene ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析,最后利用分子对接验证。共筛选出含贝母处方420个,涉及中药463味;高频药物有甘草、杏仁等;聚类分析可得8类;高频核心二联药物组合有“川贝母-阿胶”“川贝母-人参”等,三联药物组合包括“川贝母-天冬-麦冬”“川贝母-天冬-甘草”等,四联药物组合“川贝母-桑白皮-桔梗-甘草”“川贝母-桑白皮-杏仁-甘草”等;由于阿胶为动物药材,则分析“川贝母-人参”药对治疗作为治疗支气管哮喘这一典型肺系疾病的核心药对,其中Hub靶点包括“AKT1”“PTGS2”等;核心活性成分包括“beta-sitosterol”“kaempferol”...  相似文献   

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